但舉朝撤離北京，不論表面上說得怎樣冠冕堂皇，具體做出怎樣的安排，實際上都意味著要最后放棄北京和北方廣大地區，下一步大概只能在江南偏安一隅。
那樣的話雖然算不上亡國，但導致一個一統天下成為半壁山河，卻也有點像歷史上晉代的惠帝、宋代的徽宗，難免要擔誤國昏君的名聲。
自以為是圣賢之君而且極重視臉面的崇禎皇帝因而在這個問題上又一直極為慎重。他希望最好是能有一個有威望的大臣出面力主南遷，而則最后在群臣的極力勸說之下“不得已”而為之。至少可以保持一點面子。
而在這個問題上，崇禎皇帝的心態多少有點像在對清構和問題上的心態，內心極想，卻不愿露出形跡，因而在醞釀的時候極其機密，到后來卻多半不會有結果。
最倒霉的常常是參與了機密的人，一旦稍有泄露，就會被當作遮羞和泄忿的犧牲品。當年陳新甲就為了泄露和款的天機而被殺，就有著崇禎皇帝欲蓋彌彰的原因。
出于這樣的心理，在崇禎十六年初，關于南遷的討論也進行得極其詭密。正月初三日，宮里城里都還在忙著過年，崇禎皇帝悄悄地把詹事府左中允李明睿召進宮來，在德政殿里秘密召見。
李明睿只是個不起眼的文學侍從之臣，這次能夠受到特別召見，是因為他一直主張“南遷圖存”。他在年前曾上疏提出過這個問題，由于人微言輕，并沒有引起強烈反響。
崇禎皇帝在召見李明睿的時候把左右人等完全摒退，又再三四顧無人之后，才仔細訊問了關于南遷的設想。并且對他說朕早已有南遷之意。但無人贊襄，才拖到今日。你的意見同朕一致，朕決心已定。但諸臣都不同意，辦？你現在要保守秘密。”
崇禎皇帝同李明睿談了很長，中間還在文昭閣賜宴賜茶，茶飯后召入再談，詳細地商量了南遷的具體路線、沿途護衛、餉銀以及留守等諸方面的事宜，直到天黑才讓李明睿出宮。
從這次極不平常的召見中可以看出，崇禎皇帝當時在內心里確實已經決定了舉朝南遷，但出于名聲和面子的考慮。他卻遲遲沒有把這個問題提到桌面上來交群臣進行討論，他所希望的由閣部重臣首先提請南遷的情況也一直沒有發生，因而一拖再拖，
所謂南遷圖存終于成為泡影。而在這時候，崇禎皇帝再想要找一個如楊嗣昌、陳新甲那樣可以說說心里話的股肱大臣也已經沒有了。因為其他大臣都。就算是南遷成功，有了“首議之功”。可崇禎皇帝未來一定會秋后算賬。用的腦袋來挽回他的顏面的。那么誰又敢去做哪必死之事呢？
當然，崇禎皇帝也不是只有南遷這一手準備的，棄城逃跑難以施行，那就只有盡最大努力加強京城的守備。
而京城的常備衛戍部隊是所謂的“京營”，是一支已極的部隊，平時鬧餉生事。戰時不堪一擊。數年來清兵幾次威脅京師，真正的保衛力量主要都是靠著各路勤王部隊。
可是這一次大順軍可能不久就要兵臨城下，調軍入衛的事當然應該早作安排。可是京城以外的北方各路兵馬要在沿途抵御大順軍，不可能事先龜縮到天子腳下。南方的部隊又遠水不解近渴，崇禎皇帝能想到的只有山海關外面的寧遠總兵吳三桂部（當時朝廷也把余繼率領的狼嘯鎮，也算到了吳三桂的關寧鐵騎兵力中）。
而吳三桂出身將門，其父吳襄、舅父祖大壽都是關外著名的將領，他以大將子弟從戎，人稱精明深沉，勇武敢戰，不到三十歲就身任專閫大帥。他所率的四萬精兵在關外的歷次對清作戰中表現也是比較突出的，雖然在松錦戰役中有過不光彩的逃跑歷史，仍然被一致認為是關門最有戰斗力的勁旅。
在京師危急的時候，調吳三桂部入衛雖然未必真能擋住大順軍的幾十萬雄師，卻能給弱不禁風的朝廷增加一點信心。問題在于，抽調吳三桂軍入京，就必須放棄關外碩果僅存的寧遠城和鎮遠城，而且山海關的防御也會因此大為空虛，清軍一旦乘虛而入，后果同樣不堪設想。這樣拆東墻補西墻的辦法，同樣使崇禎皇帝和他的朝臣們兩面為難。
為了解救眼前之急，崇禎帝還是在三月的一次召對中首先提出了調吳三桂軍入關的問題。但這一次同歷來一樣，他仍然不想擔負棄關外之地和造成關門空虛的責任，因而只是提出由吳三桂帶精兵五千前往山西助剿，說是關外余兵尚多，不致造成山海邊防的破壞。同時，他又對閣臣們說此等重大軍機，應行與否，原應們主持擔任，未可推諉，延緩誤事。”還是要大臣們承擔責任。
可大臣們卻早已從歷史的經驗中得知，一旦主動承擔了調邊兵入關的謀劃，將來追究起棄關外之地和山海關殘破的責任來，皇上大概又要尋找替罪羊，那就是殺僧禍。因而大家一口咬定，就是不同意，任憑皇帝做主。
大學士陳演代表大臣們說：皇上要調吳三桂精兵入關，確為滅寇良策。但山海關和寧遠迫近京城，關系重大，為有吳軍，清兵才不能長驅直入，若一旦調去，其他各處未必能夠支撐得住。萬一有了差，臣等萬死也不足以承其責任。此事關系安危大計，臣等密議多時，不敢輕易以封疆為嘗試，伏乞皇上圣裁。
而兵部尚書張彥縉更明確指出，調不調吳三桂，實際上是棄不棄寧遠的問題。
崇禎皇帝無法向朝臣推卸責任，只得反復向朝臣解釋說放棄寧遠，退守山海關，雖屬下策，實在是不得已而為之。”
但陳演等大臣們為了慎重其事，其實是要徹底推脫責任，仍然提出茲事體大，要由九卿科道會議討論，再后來還提出要咨訊各地督撫的意見，即使放棄寧遠，也要妥善安排寧遠撤兵后山海關的防御和關外軍民的安置。因而調動吳三桂部的事情同樣一拖再拖，直到現在還沒有正式定下來。（