薛崇訓召見新任軍器監丞蕭旦后以四品監的職位為獎勵，明碼實價地讓他去辦兩件事：第一件相對比較容易，造出耐用而性能可靠地鐵炮，之前神機署就研制出過四門可以使用的炮，加上近期冶金技術有望提高，此事已經看得見眉目了；第二件比較難，造出無膛線火繩槍，薛崇訓畫出了原理圖，建議蕭旦用鐵皮來鍛裹槍管，但這種東西是史無前例的，薛崇訓自己也搞不太清楚，他感覺很難成功，否則也不會用四品官職來做籌碼。
蕭旦真要能讓兵器進入熱時代，封他侯薛崇訓恐怕也不會吝嗇。現在才公元八世紀初，人類的整體技術水平本來就很落后，此前連火藥都沒有正式應用，但薛崇訓搗鼓出了焦炭和水泥，竟然還有火炮，嘗試成功后給了他自信，覺得有可能在某些領域進行大躍進發展。
發展技術的好處就是只需要錢和資源，不會牽扯太多，十九世紀有些用熱兵器的國家還是農奴制度也沒事，晉朝現在有一套成熟的封建制度還需要擔心什么？相比之下，革新秩序和規則的時候薛崇訓顯得比較謹慎，眼下的科舉雖然只是改進，也不得不考慮很多。
科舉制度薛崇訓想按照自己的意愿來，但權衡之后還是決定用保守的變法規則：由大臣主張，然后皇帝予以“認可”和“支持”。
有政治抱負和理想的讀書人會有自己對世道的理解和思路，然后通過做官來實現，就連浪漫主義的李白也有澄清宇內后功成身退的理想，只不過他實際在為政方便不擅長罷了。所以在很多情況下國家要進行一種新政，過程是這樣的：一批有同樣想法的大臣掌握權力之后，由一個重臣提出主張進行論證，又得到了皇帝的支持，然后就開始施行。
薛崇訓就打算這樣干，物色一個大臣來主持這場科舉革新。如此一來萬一變法不利，名義上是一部分臣子在政見上的錯誤，和大晉這個政權沒有關系，責任可以由一些大臣來扛，還有緩沖挽回的余地；若是皇帝親自主持，一旦失敗就是晉朝廷本身不行，至少說法上是這么回事。比如薛崇訓熟讀的《王莽傳》里王莽稱帝后親自頒布的一系列錯誤圣旨，導致經濟崩潰，憤怒的世人目標就直指新朝這個政權，覺得還不如劉漢。
當今朝廷，最有分量的大臣無非就是內閣、政事堂兩個衙門的十個人，一處是薛崇訓的心腹，一處是聲望權位都足夠的兩代元老。若是政事堂六個人里選，只能是張說來主持，以前其父官位很低，張說本身就是科舉進士出身，文采和能力一流，自己還愛好寫書；內閣四人，杜暹長于打仗，文采稍遜；王昌齡好像不太支持新科舉；張九齡和蘇晉比較適合，資歷也差不多，但蘇晉有擁立首功。
薛崇訓權衡之后，覺得讓蘇晉來主持會比較順利，他至少是一心支持薛崇訓的，不會在具體辦事的時候來回周璇，對薛崇訓實現自己的想法更有利。
但內閣學士雖然參與軍機要務，品級卻只是五品，蘇晉也不例外。讓一個五品官來主持天下科考的革新，好像不太嚴肅。所以薛崇訓在開始正事之前要做很多準備的布局。
在此之前他就肯定了杜暹攻占營州的功勞，當時的考慮不僅有東北軍事權重以及防止河北胡化，還有就是給杜暹升官奠定理論基礎。
不久薛崇訓就下旨，讓杜暹卸任南衙十六衛名譽武官銜，晉升為從二品東宮太子少保。至于薛崇訓沒有太子那并不重要，什么太子少保本身就是虛銜，什么也不用干的。什么也不用干也不等于毫無作用，作用就是提升杜暹的品級。他一個干著五品學士實權的官僚掛著從二品的品級，本身就是在提高內閣學士的地位。
又有開疆辟土的功勞為理由，杜暹升級也就無可厚非了；內閣學士里頭有個從二品的人，到時候蘇晉提出科舉變法，薛崇訓便能順理成章地將蘇晉也提到從二品，況且蘇晉本身就有擁立之功，被升為二品也沒人會非議，不然你還能說人家擁立錯了？
薛崇訓設計好了步驟，便開始構思新科舉的框架。科舉制度通過宋明的不斷變化，是漸漸發展到成熟的，除了薛崇訓沒人能一下子憑空想出一套合理的辦法來，這個事兒還得薛崇訓自己去琢磨。
首先是科考的內容取決于薛崇訓重視哪方面的才能，在他的想法里，禮、謀略、科技應用三方面是最有用的，前者是奠定天地君親師常綱的基礎，這是維護薛崇訓自己統治的基本秩序，在他還沒辦法制定一套被人接受的秩序之前，是不能破壞原有基礎的，而且他自問沒有達到自己去削弱自己權力的境界，也無法想通已經掌握了絕對權力的人有什么動力去推行“民主”；后者前所未有，因為古人沒意識到技術的作用。
其他的如詩詞歌賦等文化方面，薛崇訓覺得根本不用考，在官場士林一樣能發展，因為此時大家逢場交往就要用這些東西以顯示品味，這是流行，難道現代應試非要考唱流行歌曲不成；至于道德品格……只要沒有作奸犯科的經歷，也不好辨別，薛崇訓對于朝里那幫滿口仁義道德的士大夫，也沒覺得他們有多高尚，太高尚的人很難混到那些位置。
決定了輕重，然后薛崇訓便開始嘗試設計規則。隋唐以來的科舉制度雜亂，如科目居然有五十多科，而且考試并不是脫穎而出的充分條件，雖然應試制度有很多弊端，但公平性顯然比唐朝的制度好得多；薛崇訓打算借鑒的制度并非唐朝和武周時期的一套，實際上晉朝建立后這些東西仍舊照著前唐的慣性在運行，他想借鑒的是明朝的三級考試，在規則上制度化和標準化……明朝制度才是封建中央集權發展最成熟的規則；至于最后一個王朝清，只能是作為少民奴役大多數漢人的成功典范，比成吉思汗還要厲害，但制度上照抄之后華夷結合，畫虎不成反類犬。
正式科舉三級，步入科舉道路之前需要取得生員資格，有資格的生員一律稱為秀才。
資格考試為三步，這三步基本照抄明朝后稍作改變。三步從由低到高的行政級別進行，晉朝延續李唐覆滅前夕的地方行政區劃分州、縣兩級，除此之外還有“道”這個級別實際不屬于行政級別，天下十五道沒有制度性的衙門，只有中央委派下去起監察地方施政的御史，但可以在采訪使治所設置學政衙門，從而形成三級考試。
第一步，只要是晉朝管轄地盤內的人，士、農、工、商、軍籍貫的三代無作奸犯科記錄者都可以參加（較明朝范圍更廣），由各地縣令主持很簡單的入門考試，主要考讀書寫字、算術，也就是身家清白、識字、智商正常的人都可以入門了；第二步由各州刺史安排官員進行州試，參加這一步考試需要本縣秀才數名擔保身家清白，第一次因為沒有新制度下產生的秀才只有取消這個步驟，考的內容和第一步差不多考題稍難，關鍵是要讀書識字和有點頭腦，然后確認是良民出身；
以上都是一年一考，比較容易。最后一步是各道學政衙門專業主持的三年一考的院試，合格的就是各州治所的州學（州治所不設縣）、縣學的合格生員，成為秀才，有資格進入科舉道路了，這一步考試的內容也是薛崇訓革新的關鍵。三場考試，三個內容：經義（讀通傳統典籍）、策問、數學。
內容沒有詩賦，實際上就算在明朝最后一場詩賦考試也不是那么重要，聊勝于無的考試。但薛崇訓改成數學之后就不會不重要了，因為數學本身就容易判斷正誤，答案是標準的，不會做沒考合格就肯定沒法通過。運作起來也簡單，薛崇訓自己出題就行了，然后給考官下達答案，照著批閱試卷就行，就算考官自己沒讀通《數學》只要學了阿拉伯數字的規則，也能批閱出成績來。
薛崇訓的想法，只要是進入科舉的讀書人，都有各方面的基礎。這些選拔出來的士人有數學基礎，以后薛崇訓想在翰林院設置其他理科方面的研究部門就好找人了；就算沒有這方面志向的人，也不影響他們專攻策問，以前學的數學當做鍛煉思維并沒有什么壞處。
另外為了革新科舉方面的公正制度，規定從資格考試的院試開始批閱試卷之前都要讓書吏謄抄答卷、封上姓名；所有考試不需要用固定的模式做文章（除了數學），規定一個范圍自由發揮。
取得生員資格的人以及家人免徭役，不用再被點到去修河、工事、宮殿、運軍糧等差事；進入州學縣學學校讀書要進一步進取的優秀人才可以得到國庫財政補貼，但依舊交稅，真是一窮二白出身的人也交不了多少稅，況且全家還免了征丁這項大負擔。薛崇訓這樣構思是為了防止后期生員一多還當地主、大商人，造成財政困難。