而文書司，審計司這兩個直接由商毅管理的部門主事，都由葉瑤瑱來出任。
其實按商毅本事的想法，葉瑤瑱應該是只管文書這一塊，因為商毅考慮到自己未來有可能會長期征戰在外，真正能管理行政的時間不會很多，家里必需要留一個自己信得過的人坐鎮才行，周世奇的能力雖然不錯，但一來年歲大了些，二來他的家族在自己的集團中占了很大一塊，難保不會行些私弊的事情，必須對他的權力有一些制衡才行。
葉瑤瑱本身就俱被很強的親和力，而且在這次北京之行中，商毅發現葉瑤瑱其實也有很出色的組織才能，加上她又是自己的正房妻子，當然是最合適的人選。但是在目前來說，商毅手下精通算術的人材不多，而審計司同樣也是一個相當重要的部門，一直還找不到合適的人選，而葉瑤瑱以前做過財政，對審議的一套也比較了解，因此只能由葉瑤瑱來兼任。這樣一來，以后自己出征在外，家里有葉瑤瑱和周世奇共同處理，應該可以讓自己放心的。
整個民政系統就這樣確定下來，而在統戰部方面，參議司主事是唐鎮，其實目前來說，這個部門的主要任務還是訓練士兵，戰斗計劃基本是由商毅來制定，因此唐鎮是最適合這個位置的人，因為雖然后來的戰斗他基本都沒有參加，但后期加入穆陵軍的士兵基本都是由他來督促訓練的。
軍情司主事是周琦，他本身就是偵察營的營長，而商毅集團目前的情報工作，還是以臨陣打探敵情為主，碟報，暗哨，長期潛伏的人員暫時還沒有，因此這個職位自然非他莫屬了；軍器司主事仍然是孫和鼎，這一點沒有變化；只有后勤司這個位置一時還找不到合適的人選，只能先讓孫和斗來擔任。
這下各部門的主事人員都確定下來之后，商毅命令各部門下面的分支結構的安排和工作人員都有各主事人員自行設定和委任，并在十天之后甴各位主事將本機構工作人員名單和工作計劃都交給商毅來確定。同時商毅對各司的工作責任要求，規章制度都做出了比較詳細的規定。
整個行政系統建立起來之后，商毅也十分滿意，如果試行一段時間，能夠不出大問題，那么估計用這樣一套班子，可以穩定的保持相當長的一段時間了，就算是自己以后能夠建立一塊新的根據地，也是基本上也都足用了。
行政機構完善下來之后，商毅也立刻開始建全軍隊的建制,這也是為出兵南下作準備。
目前穆陵軍的整編工作以經基本完成，五個團和兩個獨立營的人員以經全部到位，接下來是各團營的武器裝配、作裝行動統一標準和糸統訓練，以及后勤保障方面的事情。
商毅首先確定，對軍隊正式定名為商家軍。對這個名字，軍中的諸將都沒有反對意見，因為在明朝本來就出現過一支以主將姓氏命名的軍隊——戚家軍，有這個先例在，別人也說不出什么來。而且這支軍隊也確實是商毅一手創建起來的，商毅不僅是這支軍隊的最高指揮官，同時也是全軍的精神支柱，可以說一但商毅不在了，這支軍隊就會立刻瓦解。
按照商毅的想法，第一團將留守在穆陵關，以第二團和第三團，騎兵營和兩個偵察連為主力，出兵南下，第五團為預備隊，第四團付責運送糧草物資。這一點相當重要，因為打仗從一定程度上說，就是拼后勤，盡管按明朝的規定，軍隊所到的地方，都甴當地提供糧草，但商毅現在可不敢相信明朝各地的官員，另外穆陵軍是以火器為主的軍隊，對后勤的依賴相當大，就算地方上能提供糧草，也不可能供應彈藥，因此還是自立更生為好。
按照商毅制定的標準，毎個團應該配備的主要火器是一千八百多支火槍和二十門火炮。
而商家軍原來有火槍兩千多支，這段時間以來，又修復和制造了一部份火槍，而且商毅從北京又拉回來了大量的火槍火炮，因此目前全軍共有各種火槍五千五百多支，俱體為：燧發槍加上改裝的共八百余支，魯密銃一千二百余支，鳥銃三千二百余支，自行生產的火槍三百余支。迅雷銃四十八支。火炮六十六門，其中有兩千斤紅夷大炮六門，一千斤紅夷大炮六門，一號佛朗機炮八門，二號佛朗機炮十六門，三號佛朗機炮八門，四號佛朗機炮六門，虎蹲炮十六門。
按現在的火炮、火槍數量，缺口還很大，僅僅只能夠裝配三個團。對此商毅決定，將第二團和第三團按標準配置裝配，毎個團裝配兩千斤紅夷大炮二門，一千斤紅夷大炮二門，一號佛朗機炮三門，二號佛朗機炮四門，三號佛朗機炮三門，虎蹲炮六門。一千八百九十二支火槍。
而第四團和第五團因為是預備軍和運輸部隊，因此不用裝配比較沉重的紅夷大炮和一號佛朗機炮，只配備較輕的二號佛朗機炮四門，四號佛朗機炮三門，虎蹲炮二門。另有只裝一個營即八百四十二支火槍。只有第一團暫時不裝配任何火器。
武器的分配就這樣決定下來。但由于火槍一下子增加了一倍多，雖然商家軍一直保留著一部份預備火槍兵，但依然出現了大量缺額，必須訓練新的火槍兵。同時商家軍還增加了十二門紅夷大炮，這可是商家軍以前從未使用過的大炮，因此炮手們必需盡快熟悉紅夷大炮的使用性能才行。
訓練大體分為兩類，新火槍兵仍然從基本的火槍射擊和三段連射開始練習，而老火槍兵則開始進行突擊、沖鋒、包抄、與火炮、騎兵、長槍兵協同作戰等練習。
雖然在此之前，商家軍和清軍作戰中取得了很大的戰果，但基本的作戰方式都是先守住城池，在守城戰中消耗敵軍的兵力和士氣，然而尋找機會，給敵軍發動致命一擊。即使是有小規模的野戰，也是先排好陣式，等敵軍攻上來，本質上和守城沒什么兩樣。完全屬于防守反擊型的戰術。
當然在面對強敵的時候，防守反擊確實是一種合理而有郊的戰術，但商毅考慮到，這一次南下，面對的可不是戰斗力出眾的清軍，而是相對實力差得多的農民軍，因此在南下以后的戰斗，不會全是守城戰了，野戰，白刃戰、攻堅戰、遭遇戰都會遇到，對商家軍來說，將會是一次轉型之戰。那么在現在就要本著以實戰為目標的原則，進行有針對性的訓練中。
因此在訓練中商毅一方面著重增加了拼刺刀的白刃戰訓練，另一方面也重點加強在遭遇戰時，通過挖戰壕，利用布袋盛土等方式，快速建立簡易陣地的訓練。對于以火槍為主要戰斗武器的商家軍來說，熟悉戰壕作戰技術，也是由為重要的。
同時還要考慮到南方的炎熱、和多雨的氣候特點，商毅也加強了士兵在高溫情況下行軍作戰，在大雨中行軍作戰的訓練。現在以經是五月中旬，基本以經進入全年最熱的時候，雖然是在小冰河時期，這一段時間的氣溫依然會達到三十度以上，由其是在正午的時候，太陽也非常毒辣，但卻成為商家軍雷打不動的固定訓練時間，而只要是遇到下雨的天氣，都是商家軍的重點訓練的日子。
不過現在軍隊訓練的俱體事情以經不用商毅再操心了，因為商家軍里以經有了一批合格的中層指揮官，商毅只需做好訓練計劃，然后交給其他各團的團長、獨立營營長，由他們根據自已的計劃，自行安排每天的訓練項目就行了。而唐鎮的工作是付責組織和協調大規模模擬實力訓練和各兵種的協調配合作戰訓練。商毅只是不定期的進行抽查和檢驗。
不過商毅打算在自己出發之前，寫好一本［步軍操典］的手冊，交給留守的唐鎮，以后對士兵的訓練，就全部按照［步軍操典］的要求來，也就不用商毅時時刻刻盯著了。
同時，商毅還給全軍設計制定了統一的服裝和軍旗。
其實各代的軍隊都有自已的軍服和軍旗，明朝的軍服除盔甲之外，一般都是鴛鴦戰襖。而軍旗除了主將的姓氏之外，一般都會使用猛獸的圖案標志。
不過商家軍從來就沒有穿過鴛鴦戰襖，一方面是來不及制做，另一方面也是商毅不想將鴛鴦戰襖作為自己軍隊的統一服裝。全部采用綠色棉布制作，對襟、短掛、窄袖，帶肩章，小腿用白布打綁腿，穿多耳麻鞋的軍服，并加上一頂八愣帶沿的軍帽，正中還鑲著一顆五角紅星。完全就是仿造后世共和國軍隊的野戰軍服。而軍旗也是釆用五角星為主圖案，再鋪以其他的猛獸圖案標志
其實軍服和軍旗是什么形式，這本身并沒有什么太多的意義，反正把盔甲一套，就全都遮住了，而且商家軍的將領和士兵大都是農民出身，也沒穿過鴛鴦戰襖，因此眾將看了商毅設計的軍服和軍旗樣版時，都沒有什么異議，相反對紅五角星標志覺得十分新鮮。
其實將商家軍的軍服和軍旗設計成這種樣式，這完全都是出于商毅的懷舊情節，誰讓他是特種兵出身呢？對于綠軍服、紅五星有著一種特殊感情，在估計不大可能回到自己原來那個時空的情況下，只能以這種方式來記念自己以前的生活。