商毅現在可沒功夫去管朝廷怎樣應付李自成，收復了杭州之后，商毅立刻分兵出擊，陸繼收復浙江其他的失地。因為這時其他各地的叛軍也以經分崩瓦解，因此商家軍一路進軍，都是勢如破竹，有些地方的殘余叛軍，不是作鳥獸散就足開關投降，并不費力就連繼收復了嘉興府、湖州府、紹興府和寧波府等地。還有金華府和嚴州府則是由當地鄉紳帶領，自行反正，商毅也沒有派兵過去。整個浙江叛亂，也全告結束。
其中收復寧波府的羅遠斌還發回來一份報告，說位于寧波府象山縣的昌國衛屬下的五個所居然沒有投降叛軍從亂，而且在叛軍作亂的這段時間里，一直守衛著象山地區，并沒有被叛軍攻占。
商毅見報之后，也不禁對昌國衛大感興趣，在這種情況下，這個衛所還能夠守衛住地方，確實是不容易。也說明這個衛的指揮使一點有些本事。另外商毅還知道，昌國衛是一個海防衛，應該有一些戰船水兵，即然是在浙江立足，商毅早就有建立一支海軍的計劃，因此也打算在最近到昌國衛去視查一下。
因為現在朝廷還沒有給商毅收復的地方派下州府的地方官員，因此所有收復的地方暫時都由商家軍接管，當然商毅也知道，大明朝廷早己經被李自成弄得焦頭爛額了，現在那還顧得這些事情，那么現在自己以經在實際占領了杭州府、嘉興府、湖州府、紹興府、寧波府五處州府。由于商家軍的軍紀嚴明，秋毫無犯，因此所倒之處，也受當地百姓居民的一致稱贊，地方秩序也都很快穩定下來。
商毅也正式派人到山東青州，讓葉瑤瑱組織帶領留守在穆陵關里，自己手下的一應行政管理人員，全部都趕到杭州來，準備全面接手，浙江等地的管理事務。不過還是留下一團和其他預備隊在穆陵關駐守。當然要等到他們趕到杭州來，至少也是一個月以后的事情，在這段時間里，自己有必要先做好一個未來的規刬，同時也要做一些相應的淮備工作。
其實早在山東的時俟，商毅對于未來，一直都在不少想法，只是在沒有確定一塊俱體的根據地時，都只能是一些零散的片斷，不成系統。現在終于有了自己的地盤，就可以根據實際情況，制定未來的發展計劃。
因此在連續幾個晚上，商毅都在認真的思考著未來。同時也鋪下紙筆，做好了各種記錄和一些突發的構想。
就目前的情況來看，明朝的滅亡基本上己經是鐵板釘釘的事情，而且俱體時間估計也不會和另一時空里有多大的變化，那么吳三桂的倒戈和清軍入關，也應該會如期發生，而南明福王政權的建立，也不會有所改變，當然，如果歷史出現一些偏差，也不是不可能，但這些都是不可預料的事情，因此商毅對未來兩年的計劃，都是依據這些歷史發展而制定。等出現偏差之后，再作調整。
首先要確定的是，自己下一步的目標是什么？究竟是建立一個自己的王朝，還是扶助一個可以扶助眀室皇帝，或者是割據一方，事實上這連商毅自己都還不清楚。這主要是因為前一段時間立足尚未穩，也來不及思考這個問題，但現在必須有一個明確的目標了。
在商毅看來，當然能夠建立起一個屬于自己的大一統王朝當然是最好，但這個目標也未免太過宏大而遙遠，而且其中還不知會有多少變化，最多是能當最終目標，而不是眼下的方向。而扶助一個明室皇帝顯然也是不可能。因為商毅對中國古代的帝王十分清楚，都是可以共患難，不能同富貴的主，好一點遇到宋太祖那樣，來個杯酒釋兵權，算是運氣好了。如果倒霉，撞上了朱元璋那種貨，只怕是死路一條。“飛鳥盡，良弓藏，狡兔死，走狗烹，敵國破，謀臣亡”這十八個字，以經總結得夠精避了。商毅可不想落得這樣的結果。
因此商毅最后在紙上寫下：在清軍入關之后的一定時間內，可以依附于明室，或者和某個明室的皇帝合作，而且在名議上可以保持臣屬關糸，一同對抗清軍，但始終要保持自己集團的獨立性，始終掌握一支屬于自己集團的軍隊和地盤，并且不受其他勢力的影響和支配的情況下，擴大自己集團的勢力范圍，注意擴大自己集團的影響力，等一切客觀條件成熟之后，不排除建立自己的王朝。
劃上句號之后，商毅又看了兩遍，再后面又加上：在抗擊清軍的戰斗中，始終注意保持自己集團開明、公證、清廉、效率、親民、紀律的形像，盡量不參與黨爭，不參與明室的皇帝的內斗，首先以中下層百姓為主要爭取對像；其次是抓住沿海地區的商人，手工業者，和了解海外世界的開明人士；并力爭得到傳統學者中，思想較為開明者的支持。
寫完之后，商毅這才覺得十分滿意。中國始終還是一個農業國，沒有廣大農民的支持，什么事情都不可能做好。而商人，手工業者，和了解海外和世界的人士代表著這個時代的生產力的發現方向，當然不能放過。只有傳統學者其實是商毅最煩的一類人，除了像王夫之這類少數的開明者之外，其他的大多數人自視甚高，實際卻沒多大本事，還以毎毎以道德者自居。反正商毅也看透了，如果真是思想開明，到時候自然會分辯出誰優誰劣，如果抱定了為明室盡忠，自己也不想多費力氣，至于其他屬墻頭草的，就更不用管了，只要自己的勢成，當然就會趨之若鶩一樣倒向自己。
那么這一段文字，將做為自己在未來幾年內的行動準則了。
總則確定下來之后，商毅又換了一張紙，開始制定俱體的計劃。
按歷史的進程，明年也就是祟禎十七年（1644年）三月中旬左右，李自成將攻入北京，滅亡大明朝；四月底吳三桂引淸軍入關，李自成撤離北京；五月南明福王政權建立；六月淸軍開始攻占河北、山西、山東等北方地區。然后一直到第二年二三月間，才開始揮兵南下，于順治二年（1645年）五月攻破南京，滅亡南明福王政權。也就是說，留給商毅的準備時間，大體就是今年剩下的這兩個多月和明年一年的時間。
因此商毅首先在紙上寫下了三個時間點，今年、祟禎十七年六月、崇禎十七年十二月三個時間點。那么大體的準備工作，將分為這三個階段完成。同時在毎個階段，又分為軍事和內政兩個方面進行。
首先在今年結束之前，軍事上要進一步擴充軍隊，現在商家軍有五個正式團，兩個特種營，另外在山東和浙江地區還新編制了九個新營，可以算為兩個團，還有相當一部份預備軍。
那么在最后兩個多月里，要將全軍擴大到八到九個正式團，適當可以編一二個師，兩個特種營，也都要升級為正式團的編制。而擴制兵力的來源，主要還是預備軍、輔軍和原明朝的官軍中選拔。另外可以根據昌國衛的俱體情況，開始籌備組建海軍。
同時在杭州地區建立起兵工廠，實行所有武器自產化。并可以開始考慮造船項目。
在內政上，要穩定對目前所占的五個府的統制，建立以杭州為核心，基本建全的行政機構。并且開始尋找可以増加自己財政收入的途徑。
在第二階段。全軍將正式組建師的編制，計劃組建四到五個師的兵力。在山東戰區的軍事重心由穆陵關轉移到登州，居民、兵工廠、作坊全都搬遷到登州。而穆陵關將作為一個粹軍事要塞，可以設立一個獨立團守衛。登州保證有一個師的兵力駐守。
在抵抗清軍戰斗的山東戰區，將以登州為核心，穆陵關為輔助，注意聯合山東地區的其他義軍、明軍共同對抗淸軍。并在自愿的基礎上，努力收編他們，擴大自已的力量。
而在浙江一線，各兵工廠都要開始運作，達到月產火炮四十至五十門，火槍五百至六百的水平。同時海軍開始正式成軍，造船計劃開始施行，并建立登州與杭州的海上連系路線，保障山東一線的后勤供應。
內政方面，在浙江建立穩固的統治，可以適當擴展到周邊地區，并且開始進行清仗土地，打擊豪強勢力，爭取得到農民的支持。在適當的情況下，可以在一二個村莊試點，開始著手建立農村基層管理基礎。
開避幾條增加財政收入的途徑，可以適當建立海外貿易，并加強戰略物資的儲備。建立學校，陪養人材。
在第三階段。全軍將組建六到八個師的兵力。在山東地區將保持二到三個師的兵力，并立足于山東登州，并分布形響萊州、青州等地區，形成山東抗淸的斗爭區域。
而在浙江一線，并且根據當時的南明朝廷情況，做好迎戰淸軍南下的準備，海軍形成初步的戰斗力，可以實行近海的遠航作戰能力，不僅要保障山東一線的后勤供應，而且還可以適當主動出擊，支援山東的戰斗。
各兵工廠達到月產火炮一百門以上，火槍一千支以上的水平，以達到戰爭的需要。
根據當時的實際情況，可以開始考慮，占領臺彎的計劃。
內政方面，進一步加強第二階段的結果。為淸軍南下作好各種物資儲備準備。