蘇建林想趕到北門去找多鐸，但還沒等他出了玄武門，駐守北安門的清兵就己退到了皇城里面，蘇建林也無法趕到北安門去尋找多鐸，而是立刻與敗退回來的清軍展開了戰斗
而這時在東安門，清軍也向商家軍發動了一次反擊，為了掩護多鐸逃走，雖然明知不敵，但屯齊還是帶領人馬，向攻進東安門的商家軍發動了進攻
但這也是在南京皇城里發生的最后戰斗
但這時誰都看得出來，清軍的大勢已去，只不過是垂死掙扎而已，清兵的斗志也十分消沉，兩邊的抵抗都沒有支持太久，就立刻土崩瓦解，四路的商家軍都己殺入了皇城，正在皇城里全面展開對清軍的搜查和清剿，到外到是“放下武器，投降免死”的喊叫聲，而清軍在皇城里四處流竄，盡力躲避商家軍的追擊除了一小部份人還繼續負隅頑抗之外，大部份的清兵都選擇了投降，也包括相當一部份滿旗清兵
畢竟除了少數的皇族宗室以外，大多數的滿旗淸兵其實也是普通人，一開始守衛南京時，還有殉城、戰死、為國盡忠的決心，但在經歷了幾天的激戰之后，就是意志最堅定的滿旗清兵也身心俱疲，面對著商家軍黑洞洞的槍口和雪亮的刺刀，也都沒有抵抗之心，紛紛扔下武器，舉手投降
而率領清兵向商家軍發動最后攻擊的屯齊，在戰到最后，本打算自殺殉國，但被商家軍的士兵一擁而上，打掉了用來自殺了佩刀，結果被商家軍生擒活捉，成了俘虜
商毅是在十六日清晨進入南京，這時皇城里的戰斗己經基本結束了，士兵們正在清理皇城里的戰場，撲滅燃燒的火焰，并且收容降兵和俘虜等等工作不過在皇城外面，零星局部的戰斗還在進行著，因為南京城實在是太大了，而且這時人口稀少，讓清軍有足夠的空間躲藏，同時還有一部份清兵逃出了南京，在城外流竄，也給商家軍的清尾工作帶來了一些困難等到全面肅清南京城里的清兵，己經是三天以后的事情了
但這一切都不足以改變大局，整個南京地區這時也都已經被商家軍全面收復而這時距離商毅從南京撤離的時間，己經過去了十個月
這次進攻南京的戰斗一共進行了五天，商家軍一共戰死了二萬四千一百七十三人，傷一萬三千六百二十二人，而殲滅清兵四萬一千三百八十八人，俘虜竟多達四萬八千四百一十七人，這還不算被清軍臨時征調來的民兵
這些民兵還剩余三萬多人，經過鑒別之后，全部都釋放了其實鑒別起來也非常容易，只要是說得一口流利的南京話，基本就能夠證明是被清軍臨時征調來的南京人，也可以被釋放當然也有一些不會說南京話，但也自稱是民兵的，只能先關押起來，以后慢慢分辯
另外在戰斗結來之后，還繳獲了清軍的戰馬七千余匹，各種火炮二百二十七門，火銃六千三百七十七桿，盔甲刀槍旗幟是不竍其數，還有糧食十萬余石，白銀六十萬余兩等等其他物資因為清軍并沒有來得及把所有物資都運走只是被清軍俘虜的明朝官員，宗室等人都被轉移北上
商毅和亞莉桑徳拉一行人馬是在成進的陪同下，跨乘著騎在高頭大馬，沐浴著清晨的陽光，以勝利者的姿態，從承天門直接進了南京的皇宮沿途的士兵看到商毅的一行人，也都紛紛停下來，向商毅行禮，還喊著：“督師”或是“商督師”而商毅在大馬上，也向他們一一還禮，也道：“大家辛苦了”
穿過了承天門之后，商毅騎在高頭大馬上，左右看著南京的皇城建筑，雖然這不是商毅第一次進南京的皇宮，但這一次的感覺和以前那一次都不一樣，因為這個時代的南北二都之一的南京，如今己經完全在自己的掌握之中了因此心里也充滿了自豪感
亞莉桑徳拉和商毅一起進過北京的皇宮，但南京皇宮卻還是第一次來，因此在馬上也是左顧右盼，雖然戰爭留下的痕跡仍然十分明顯，有部份建筑甚致都己經被燒毀，但依然掩飾不住皇城的優觀華麗和威嚴氣氛
通過了午門，也正式進入了南京紫禁城，可以看見在正前方屹立的太和殿，亞莉桑德拉也不禁嘆息道：“商，我還以為北京的皇宮己經是這個世界上獨一無二的了，但南京皇宮看起來，似乎一點也不比北京的皇宮差這樣壯觀的皇宮有一個就已經是奇跡了，在你們的國家里居然有兩座，簡直是太不可思議了”
商毅呵呵一笑，正要說話，這時在太和殿前忙著清理戰場的士兵也都紛紛停了下來，擁到商毅一行人的進前，縱聲歡呼，有的喊著“督師威武”也有人喊“督師萬勝”而商毅也努力模仿著在影視劇看到天朝太祖的光粹形像，在馬上向兩側的士兵們揮手致意
就在這時，也不知誰大聲喊了一句：“督師萬歲”
人群中都稍停了一下，但馬上就有人附合起來，跟著大喊“督師萬歲”“督師萬歲”隨后，其他人也都加入了歡呼聲中，不多時整個皇宮里都形成了一個統一的聲音，全部都是“督師萬歲”
商毅剛聽到的時候，只是怔了一怔，但馬上恢復了常態，仍然向士兵們揮手致意，或是行禮，十分坦然的接受了這個歡呼而跟在他身后的成進一開始也有些緊張，但見商毅沒有表示反對，也就放心了，相反還在后面示意士兵們再喊得大聲一點，熱烈一點
亞莉桑德拉側著頭，笑道：“這樣的稱呼，是表示他們承認你是他們的皇帝了嗎？”
商毅淡淡一笑，道：“不過現在還早了一點”
說著一行人馬己經來到了太和殿前，商毅下馬之后，站在太和殿的臺階上，向士兵們行了一個軍禮，然后才帶著眾人一起，走進了太和殿，而在身后是山呼海嘯一般的歡呼聲，震徹云霄
這時太和殿里都己經收拾干凈了，地上連一滳鮮血都沒有了警衛連都守在太和殿外，而成進也向商毅告辭，去其他地方視查，整個大殿里只剩下商毅和亞莉桑徳拉、吳亮、安德烈等幾個人
看著這座熟悉的宮殿，商毅也不禁想起在十個月以前，南京保衛戰也就是從這里開始的，心里也不禁生出無限的感概來經過了十個月的努力，自己終于又回到了這個地方，而現在的一切事情也都發生了巨大的變化明朝己經徹底滅亡，現在只剩下幾個宗室藩王在南方苦苦支撐，維持著表面的延續而清廷經過了這一次失敗以后，恐怕也會元氣大傷，在短時間內，沒有能力再度發動南征，而自己也終于獲得了發展的空間和時間，直到這時起，才真正俱備了爭雄天下的實力
想到這里，商毅也不禁踏上了金階，來到龍椅寶座，撫摸著椅子的扶手，笑道：“有多少人就是為了這個位置，爭得你死我活，殺人無數”
其他人當然不敢上金階，只有亞莉桑徳拉走上了金階，然后一屁股坐到龍椅上，笑道：“這個位置有這么神奇嗎？那我先來坐一會兒看看有什么不同的地方”
商毅呵呵笑道：“感覺怎么樣”
亞莉桑德拉雖然大膽，但也不敢久坐，站起身道：“并不比家里的椅子坐得舒服啊也該讓你坐一會兒了現在這個位置也算是你的了”說著把商毅拉來，坐到龍椅上，然后又道：“商，收復了南京以后，下一步你打算做什么？馬上當皇帝嗎？”
商毅坐在龍椅上，這玩意以前在電視里經常見到，在參觀故宮時，也離得遠遠看見過，在這個時代也看過好幾次了，現在到是終于可以坐一坐了，因此向后靠了一靠，又敲起了二郎腿，道：“我剛才不是說過嗎？現在還為時過早了一點，等打下了北京，那就差不多”
他們正說著，只見成進匆匆又跑了回來，見商毅在龍椅上坐著，也怔了一怔，一時竟不知道該如何向商毅行禮了雖然平時都是行軍禮，但這時商毅可是坐在龍椅上，成進現在可不是什么都不懂的山村少年了，當然知道這意味著什么，只不過看商毅坐著的姿式，怎么看也怎么不像皇帝的樣子，因此神色之間也頗為尷尬
商毅見了他的表情，也不禁苦笑了一聲，看來封建思想果然還是深啊笑道：“成進，怎么進了皇宮，連軍禮都不會了”
成進這才會過意來，趕忙立站敬了一個軍禮，大聲道：“報告”
商毅也從龍椅上站起來，向他還了一禮，道：“什么事情”
成進道：“報告督師，我們己經抓到了多鐸”
商毅的眼睛一亮，道：“是嗎那可太好了，把他給我帶上來”