而在南京參政院里，如吳甡、史可法、黃宗羲等這些明朝的遺老遺少們，也都同樣十分高興，事實上到了這個時候，眾人基本都己經默認了，明朝已經不可復興，一個新的王朝，即將來臨的事實.
不過正如顧炎武所訁,王朝的新亡更替，都是歷史常見的事情，并不足為奇，只要不是被異族所占，那就只是亡國,而不是亡天下。★筆趣閣
★而且從商毅的許多做為來看，雖然和中囯傳統的明君要求,還有一定的距離，確實比明朝最近幾任的皇帝要強得多，確實有幾分開國之君的氣度和風范。
事實上真正肯為明朝效死忠的人并不多，而且從能夠驅逐清廷，恢復漢統這一點來說，就足夠了。另外有一些還存有功名心，又沒有太多原明負擔的議員心里也在盤算，新朝建立之后，商毅會如何處理參政院，是會繼續留用，還是解散，如果留用，政參院會在新朝中扮演一個什么樣的角色，畢竟這是一個全新的機構，而如果解散，那么自己又是否能在新朝中弄個一官半職。
當然也有一些人對在山東殺了孫之獬舉手加額，歡慶不己。雖然說清廷施行剃發令，其實是勢在必行，孫之獬在其中，頂多只是起了一個催化作用，無論有沒有他，清廷早晚都會下令剃發，但既然是孫之獬當了這個出頭鳥，自然也就承擔了幾乎所有漢族人的怨恨情緒。由其在本時空里，清廷不并沒有取得全國的統制權。因此許多人都覺得孫之獬之死，實在是大快人心。
顧炎武聽到這個消息后，極為開心，特作一首《淄川行》，作為慶賀：張伯松，巧為奏，大纛高牙擁前后。罷將印，歸里中，東國有兵鼓逢逢。鼓逢逢，旗獵獵，淄川城下圍三匝。圍三匝，開城門，取汝一頭謝元元。
同時商毅也是在這個時候做出視察山東戰區的決定。
而商毅決定要到山東去視察，也不是一時的心血來潮，因為山東是他起家的地方，在這個時空里，山東就等于是他的家鄉一樣。而山東軍區的成員，大部份都是他最初的舊部，但自從崇禎十七年（1644年）從北京轉回時經過山東之后，商毅就再也沒有到過山東了。而在占領了山東全境之后，山東軍區在未來的戰爭中，將會扮演一個更為重要的角色，因此趁著現在山東取得大捷的時機，商毅返回山東視察，一來也算是回鄉去看一看，同時也是鼓舞山東軍區的軍心士氣，讓他們在以后的戰斗中發揮更大的作用。
另外商毅去山東還有一個私人目地，上一次葉瑤瑱向他提到，和周家聯姻，將商莞和周少桓的兒子訂親的事情，雖然商毅當時并沒有答應，但也沒有說死。這次去山東，正好可以看一看周少桓的兒子長得什么樣子，至少從外形上來說，和商莞般不般配，也算相一下自己可能的未來女婿。盡管在女兒長大之后,商毅最終還是會把她的婚姻決定權，交給女兒自己做主,但這并不妨礙商毅為其他人制造一些機會。
當然要將山東的行程推到一個月以后的原因是，現在中華軍湖廣軍區正在發動南陽戰役，并且這時己經進行到了戰役的關建時刻，部己經從南京軍區抽調出一個軍的兵力，進駐湖廣參戰，攻取南陽，也是南京政府向清廷發起全面進攻的另一個關建戰役，因此商毅必須等到南陽戰役結束之后，再進行自己到山東檢閱的行程。
而在這段時間里，南京方面也沒有閑著，一方面在緊急準備、調動各種軍用物資，組織征調民役，分別送到各個軍區戰場，支援各線的戰斗。另一方面也在加緊宣傳動員工作，各個工廠里都在加班加點的趕工生產，一切的生產資料都要優先供應軍隊使用。
另外就在這時,出現了第一個從清廷反正,投奔到南京政府來的原明官員。
連商毅也沒有想到，宣戰詔書發下之后，這么快就有了效果。原來還以為致少要等三四個月，現在連一個半月都沒有，而這個人更是商毅沒有想到的，就是原弘光朝廷的禮部尚書，東林魁首，文壇領袖錢謙益。
其實錢謙益這次反正南歸，并非是完全出于民族氣節、道義，是有很復雜的原因和背景的。
原來錢謙益自從降清之后，一直都過得很不如意。本來按他的想法，自己是南明重臣，東林魁首，又是南方文壇領袖，投清之后，應該得到重用，而且在當時，清廷的氣勢也很足，剛剛攻克了南京，大有一舉席卷整個南方，一統天下之勢，因此在降清的初期，錢謙益確實表現得非常積極，清廷在占領南京之后，發布的對南方勸降公告，就是出自錢謙益的手筆。而他的態度，也確實影響了一些原明的官員和文士。而且在清廷下達剃發令的時候，錢謙益也沒作任何抗爭，十分順從的就剃了發。
但錢謙益卻沒有想到，在清廷仿佛是達到了頂峰之后，立刻就開始跌落下來，從此之后諸戰不利，在一年之后，南京也得而復失，在商毅收復南京之前，錢謙益己經被清軍送回北京，在清廷出任禮部尚書。
到這個錢謙益還并沒有反正南歸的意圖，一來是這時的天下大勢，和四百多年以前，金宋對持的時代差不多，中華軍雖然在軍事上占優，但商毅畢竟不是正統，而南方又四分五裂，因此錢謙益認為，這種局面會維持很長時間，清廷還會稍占優勢。二來這個時侯錢謙益己被清廷任命為禮部尚書，對清廷還抱有不小的幻想，覺得就這樣在清廷為官，也不錯。
只可惜好景不長，清廷本質還是一個部落朝廷，在政治上非常狹礙，對漢族不僅十分防范，而且也分了三六九等，最受重要的，當然是遼東漢人，其次是在北京投降清廷的漢人，而南方歸降清廷的漢人是最不受重視的，因為在清廷看來，這幫人是在走投無路的情況下才投降清廷，并不直得信任。因此僅僅只過了四個多月，錢謙益就被清廷免職。一切的夢想也都落了空。
就有這時，隨后商毅在南京稱王，收復長江六省，和清廷呈南北對持，不僅軍力強大，而且政治開明，許多原明官員都己經依附于商毅的麾，大有新興之氣。而清廷在北方的統治因為推行的重滿抑漢的政策，并不很得人心。由于這時錢謙益在北京閑居，反到能夠接近底層社會，對民間的心態也有相當的了解，但這時他己心灰意冷，但也沒有反正南歸的念頭，只想安安穩穩的了渡殘生算了。
不過錢謙益的愛妾柳如是卻總是力勸錢謙益反正南歸，雖然錢謙益也有所心動，但他也知道自己當年降清之舉有虧大節，不知道南方對自己的態度如何，也確實不敢輕易南歸。
而這時錢謙益是以無官之身在北京閑居，但北京是滿族和遼東漢的天下，而錢謙益的親友、弟子多在南方，并無權勢，也常受滿八旗的欺負，清順治五年（1648年）四月，錢謙益因黃毓祺案被株連，羈囚入獄，后來經柳如是全力奔走營救，請托斡旋，積蓄幾乎消耗一空，錢謙益才得以免禍。而在出獄后，錢謙益清廷被管制在河南汝寧府，而這時錢謙益對清廷己經十分不滿了，終于在暗中遣心腹家人偷回南方，尋找昔曰親人，詢問南京政府是否能夠接納自己，或者幫助自己周旋一下。
錢謙益的家人偷入南京之后，到是找到黃宗羲、方以智、陳慧貞、冒避疆等錢謙益的昔日舊友，他們到是對錢謙益反正南歸非常歡迎，不過黃宗羲雖然表示，如果錢謙益真想南歸，自己到是可以代為周旋。但自己這些東林復社舊人在南京并不得勢，恐怕難有大作用，因此建議錢謙益可以學方以智、陳慧貞、冒避疆這些人，走后宮路線。當然方以智、陳慧貞、冒避疆等人就是通過董小婉和陳圓圓聯糸，取得了商毅的同意之后，才投奔到南京。而柳如是當年也和董小婉、陳圓圓交好，不如讓她出面，比自己眾人出面要有效得多。
錢謙益得知以后，也頗為意動，他到是知道，商毅對陳圓圓也頗為寵愛，當初杭州時報的事務，就是由陳圓圓在總理付責的。而柳如是一直都在力勸錢謙益南歸，因此也愿意潛回南方，幫錢謙益周旋。不過現在南北正是敵對，一個女人想偷偷回到南方，并不容易，只能慢慢等待時機。
結果這一拖又是大半年的時間，其間又發生北京暴亂、北方反正舉義連續不斷，中華伏波軍摧毀大沽口清軍水師，山東戰役等等事情，清廷的統治竟呈搖搖欲墜之勢。
而錢謙益這時也大為動心，認為清廷己難久矣，自己也應該盡快南歸，正好這時錢謙益找到一個好機會，原來他認識了一個走私商人，可以帶人偷入南方境內。