朱允炆搶到了先手，卻沒有搶到先機。
朱棣即將做出自己的應對
建文帝就要找上門了，這下子不由得朱棣了，要么造反，要么像他的那些兄弟們一樣被干掉。此時的朱棣可謂處境艱難，他比當年的朱重八還不如，朱重八就算不去造反，還可以逃出寺廟，去當盲流，混碗飯吃。可是朱棣卻沒有這樣的好運氣。天下是朱允炆的，他還能逃到哪里去呢？
道衍抓住了眼前的這個時機，繼續向朱棣推銷他的造反理論。對于這一點，朱棣是早已經習慣了，如果哪一天這位仁兄不說這些大逆不道的話，那才叫奇怪。以往朱棣對這些話還可以一笑置之，因為他很清楚，造反不是吃夜宵，說干就能干的，這個唯恐天下不亂的和尚身無長物，一無所有，才會全身心地投入造反事業。可是自己是藩王，和這些窮光蛋有天壤之別。怎么可能被這些人拖下水。
但是到現在他才發現，如果放縱這個侄子搞下去，自己會變得連窮和尚也做不了。
于是他開始了自己的準備工作，他招募大批強壯士兵為衛軍，并進行軍事訓練，地點就在自己的王府之內。所謂武器的批判不能代替批判的武器，要想造反，拿著木棍農具是不行的，這就需要大量的兵器，打造兵器的動靜很大，而當時又沒有隔音設備。朱棣在這個問題上充分發揮了想象力和創造力，他建造了一座很大的地下室，周圍樹起圍墻，并在附近開辦了多個養雞場，就這樣，地下室里叮叮當當的敲個不停，外面的人一點也聽不見。
此外，朱棣還吸取歷來農民起義戰爭中的先進經驗，虛心向農民兄弟學習，即在造反前要搞點封建迷信、遠古傳說之類的東西。為此他招募了一大批特殊人士。這些人被稱為異人術士，其實就是街上算命占卜的那些人，他把這些人搞來無非是為了給自己壯膽，順便做做宣傳工作，但他本人也不會想到，這一舉措在后來竟然發揮了意想不到的作用。
步步進逼
建文帝在解決其他藩王的時候，眼睛卻始終看著朱棣，因為他也清楚，這個人才是他最為可怕的對手。為了削減朱棣的實力，他先派工部侍郎張丙（上有曰旁）接任了北平市市長的職務，然后任命謝貴、張信為北平都指揮使，掌握了北平的軍事控制權。之后他還派宋忠（此名極不吉利）率兵三萬，鎮守屯平、山海關一帶，隨時準備動手。
刀已經架到脖子上了，朱棣似乎成為了板上魚肉，在很多人看來，他只能束手就擒了。
然而就在此時，朱棣卻做出了一件別人想不到的事情。
按照規定，建文帝登基后，藩王應入朝晉見皇帝，由于當時局勢十分緊張，很多人都認為朱棣不敢如期拜見新皇帝，但大家萬萬沒有想到，他不但來了，還干出了驚人之舉。
建文元年三月份，燕王入朝參拜新君，按說來到別人的地盤就老實點吧，可這位仁兄居然在眾目睽睽之下“行皇道入，登陛不拜”。可見朱棣囂張到了何種地步。
朱棣的無禮舉動引起了群臣的憤怒，戶部侍郎卓敬多次上奏，要求就地解決朱棣，建文帝竟然以燕王是自己的至親為由拒絕了這一正確提議。卓敬氣得跳腳，大叫起來：“楊堅、楊廣兩人難道不是父子嗎”？！
但建文帝仍然拒絕了他的提議。
朱棣就這樣在京城逛了一圈，風風光光的回了北平。而齊泰和黃子澄竟然結結實實當了一回看客，平日在地圖上運籌帷幄、決勝千里的所謂謀略家就是這樣的水平。
當然，建文帝手下并非都是一些如齊泰、黃子澄之類的人，事實證明，他還是有許多得力部下的。
成功的策反
在這場斗爭中，建文帝并非不堪一擊，他也使用了很多權謀手段，特別是在地下工作方面，可謂卓有成效。
建文元年（1399）初，朱棣派長史葛誠進京城朝見皇帝，其實這個葛誠也是個間諜，他的真實目的是打探消息，但朱棣萬沒有想到的是，此人竟然被策反了，而策反葛誠的正是皇帝本人。