至于商業，歷史上商人在中國地位都不高，即便是他們有錢也不行，商業的發展更是受到了各種制約，大明的經濟發展甚至還趕不上兩宋時期，所以肖天健認為，很有必要將商人的地位提升起來，重視對于工商業的開發，畢竟工農業的發展都離不開商業，今后許多人其實可以脫離土地的約束，進入到工商業之中，今后為國家提供有力的稅務財政，盡量減輕對農民的負擔。
對于這一點上，諸臣反應很大，覺得肖天健這么做，太過給那些商賈們長臉了，按照三六九等劃分，都是士農工商，商人的社會地位最為低下，特別是在大明，商人更是有錢但是卻沒有地位，現在專門成立商業署，是不是太抬舉他們了？
而且諸臣也看到肖天健的老丈人是個大商賈出身，還以為肖天健這是為了討好他老丈人才這么抬舉商賈呢，于是頓時紛紛提出意見，表示不支持這件事。
肖天健冷下臉對諸臣說道：“爾等難道以為我肖某單單只是為了我岳父才這么做嗎？要知道一個國家的富裕與否，關鍵并不是看你產出多少糧食，最終還是要看商業的流通，你們所用之物，低頭看看，哪個不是經過商人之手？沒有他們的話，家家戶戶以后難不成還回去自耕自織？
我要設置商業署，并非就是要抬舉商賈，而是要鼓勵經商，今后從商業和工業之中收取稅金，來減輕農民的負擔，有朝一日的話，如果工商業發達到足夠支撐國家財政的話，那么我就取消天下農民百姓的稅賦，讓天下的農民都過上好日子！
以后咱們中國的商品，要賣到天下各地區，包括海外的那些蠻夷們，都要用上咱們中國所產之物，讓咱們漢人來賺取天下的錢，到時候可收的稅賦之高，恐怕不是你們可以想象得到的！沒有商賈來做這件事，難不成還學大明，將所有沉重的稅賦徭役都壓在普普通通的農民百姓身上嗎？那樣的話遲早我們國家，還會出現這樣的大亂！什么時候才能立于世界民族之巔？
你們不理解我這么做，我可以不怪你們，但是你們要知道，這件事是利國利民之事，當然，經商者不許從政，從政者不許經商，這一條要給我記住，省的官商勾結壟斷市場，橫行于世！這一點今后不會變，省的跟現在的官員一樣，暗中經商，撈的各個盆滿缽滿，卻一毛不拔不給國家繳納稅賦，只要監察院發現有當官的暗中經商，那就給我滾蛋，去經商好了，總之當官的不許經商，經商的不許當官，以后即便是我的兒女們，也照樣按這條規矩來！這件事就這么定，鼓勵經商，但是要管起來他們比放任他們更好！”
諸臣一聽，得！這件事只能這么辦了，想想也是，把商業管起來，總比放任他們隨便胡搞要強，國家還可以收取大批的稅金，這又何樂而不為呢？
至于兵部方面，肖天健的意見很明確，武不干政，文不主兵，兵部就是負責天下兵馬的管理調動，主要負責的是對外的戰爭，不許干涉政務，當然文官系統也不能干涉軍隊，軍人就是軍人，單純一點更好，他們服從的是國家最高的控制者，也就是肖天健，最起碼現在是這樣的！
當然為了防止軍將坐大，尾大不掉，肖天健其實早就在安排這種事，刑天軍諸軍只能從后勤部領取糧秣，戰事情況特殊才能依靠繳獲之類的來滿足需要，平時是不許在駐地征糧征餉，后勤部的糧餉又要從戶部支取，軍官的選調也不是軍將可以做主的，一般人想要在刑天軍系統之中，培養出一支效忠于他們私人的軍隊，那是基本上不太可能的事情，所以兵部交給軍人去負責管理，也不怕出什么亂子，這一點最終也得到了諸臣的支持，這些部門不給眼下軍將們留一個也說不過去。
禮部方面肖天健認為可以盡可能的壓縮，今后主要負責外事方面的事情，說白了就是以后的外交部，一方面負責和外國交往，一方面要負責起來對外的情報搜集，至于皇室的排場問題，就可以能省則省。
肖天健的意思很明白，就是現在雖然要立國，但是國家經過這些年的動亂和天災人禍之后，已經是千瘡百孔了，排場的事情能免則免，今后省下錢盡可能的用于民事方面的事情，多給老百姓辦點實事。
于是禮部便成了六部之中最小的一個部，同時也屬于最不重要的一個部，諸臣最終也都答應了下來。
最后只剩下了吏部，至于吏部，肖天健也沒有過多的提出太多的意見，但是卻提出來對官員的選拔今后不見得就一定要通過科考來進行，當官要有文化是必然的，但是只讀四書五經會做八股文，是絕對不成的，學以致用，用人就要有所專才行，讓懂行的去管事，比不懂行的要強太多，這方面就是以后選官的標準，另外就是要設置推行更加嚴格的官吏考核制度，能上就能下，合格的官員可以舒舒服服的當官，但是不合格的庸才考核不通過，就直接貶回家種田去，省的禍國殃民。
這些繁雜的事情商量起來耗費了大量的時間，把肖天健和一幫準備的諸臣累的是暈頭轉向，肖天健更是不得不暫時將軍事上的事情委托給了李信負責，令其以總參謀部的名義暫時調派兵馬，在拿下鎮江府、揚州府、松江府、蘇州府之后，轉而便開始朝南對浙江用兵，同時抽調羅汝才和李栓柱的兵馬回湖廣坐鎮，精力放在荊州一帶，為下一步入四川做準備，
之所以讓羅汝才和李栓柱回師湖廣，做兵發四川的準備，主要原因是近期在肖天健展開對南直隸的攻伐之后，陜西方面也傳來消息，說時下盤踞在漢中的李自成近期發展速度也很快，麾下再次聚起近十萬人馬，一方面在朝北，對西安府、鳳翔府用兵，現已經拿下了鳳翔府，并在圍攻西安府，試圖將陜西省府西安給拿下，時下陜西巡撫汪喬年手中可用的兵將數量很是有限，各邊也已調不來兵力了，而他手中時下僅剩下了左光先、李國奇、高杰這幾員大將為了保住西安，他已經將時下手頭可以用的官軍都集中在了西安府一帶，很顯然要和李自成在西安決一死戰。
如此一來倒是便宜了正在陜北一帶活動的王承平了，王承平這段時間在閻重喜的支持下，迅速的控制住了榆林衛一帶，并且將兵力推進到了延安府周邊，蠶食掉了陜北大片區域，連李自成的老家米脂縣一帶，也落在了王承平的控制之中，王承平在陜北一帶力量發展也很迅速，麾下招募起了近三萬人馬，其中單是精悍的騎兵就有近萬人之多，下一步僅剩下了攻下延安府，繼續朝著慶陽府和平涼府一帶進兵了，所以李自成想要控制住整個陜西，現在已經是不太可能的事情了。
如此一來，李自成雖然有心拿下西安府，但是也不得不考慮刑天軍這個龐然大物今后對他的威脅，近期情報部門的內線卻傳來消息，說李自成打西安很可能做了兩手準備，一方面集兵攻打西安，一方面卻在漢中集結物資，做好了一旦攻不下西安，便率部攻入四川，將四川作為他今后盤踞的基礎。
如此一來，肖天健便不能坐視不管了，四川一旦要是讓李自成現行奪占的話，那么今后待他和李自成攤牌的時候，無疑將會是一件很麻煩的事情，四川多是大山，一旦李自成在這里站穩腳跟的話，今后想要將他再拔掉，那就不太容易了，所以肖天健在得知這個消息之后，趁著眼下南直隸之戰大局底定，于是便將羅汝才和李栓柱所部抽調出來，返回湖廣做入川的準備，相對于李自成從漢中入川，刑天軍這邊如果從荊州逆江而上的話，入川顯然會更方便一些，肖天健打算搶在李自成入川之前，便先行入川，最起碼也不能講四川整個讓給李自成。
李信接令之后，便調動兵馬，先調石冉到揚州府坐鎮，留部分新編降兵歸入其麾下，讓其一邊對這些新編降兵進行整訓，一邊防范官軍從淮安府一帶南下，其余的主力人馬一部分交給羅汝才和李栓柱二人通帶，返回湖廣，另一部分則由羅立和劉耀本率領從蘇州府開始朝著杭州府進軍，開始發動對浙江的攻勢。
接下來的戰事肖天健其實不用太操心了，南京會戰之中，官軍損失慘重，而且對于各地官府以及官軍的打擊都很大，浙江本來就沒有多少官軍，而且浙江兵在萬歷戚家軍之后，便再無名將雄兵可言，承平已久的浙江，面對著羅立和劉耀本這兩把肖天健手中的利刃的時候，可以說根本就沒有什么還手之力，別看韓、光美率領殘部跑到了杭州，但是以韓、光美這個膿包的本事，想要守住杭州，根本就是一個笑話。