沈默的苦惱也是百官的苦惱，因為在相位穩定后，徐階終于騰出手來，開始刷新嘉靖朝渾濁不堪的吏治。
他首先開刀的自然是都察院，都察院御史職專糾劾百官，辯明冤枉，為反貪風紀之司，從成立的那天起，就是大明朝官僚體系的監督者，是朝廷對抗[]，提高行政效率的不二法寶。
然而嚴黨執政多年，早對都察院進行了數次清洗，將敢于直諫的正直之士或是罷官、或是流放，全換成自己的爪牙，將都察院變成了打擊異己、保護自我的看門狗，使其監督糾察的作用蕩然無存。許多不肯依附嚴黨的能臣清官被都察院彈劾下臺，而很多無德無能，貪婪成姓的庸官贓官，卻安然無恙，甚至得以高升。
所以徐階的第一步，就是給左都御史胡植挪挪地方，倒也不愧他，直接改任了大明朝最肥的差事，也是嚴世蕃一直盤踞的位置……工部尚書。嚴黨自然不甘心失敗，在廷推時竭力反對，但徐階已經是首輔，提前跟六部九卿打好招呼，尤其是在山西幫的支持下，取得了足足七成的支持票，將胡植踢出了都察院，并將右都御史劉燾順利的扶正。
徐階這回是用對人了，那劉燾雖然是進士，但靠帶兵打仗以戰功上位，生姓嫉惡如仇、做事雷厲風行，絕對不怕得罪人。一上任，他便開始整治手下的御史隊伍，立上一本奏曰：‘朝廷設風憲，所以重耳目之寄，嚴紀綱之任。近年以來，未盡得人，妄逞威福，是非倒置，風紀廢弛。臣請將闔院御史盡數開革；令各部院、各承宣布政使司重新保舉，務要堂上官開具實行，移咨吏部，審察不謬，方可任用。其后有犯贓及不稱職，舉者同罪！”也就是說，將都察院一百多名御史全都解職，然后令中央地方各大員重新保舉，且在任用后，如果出現犯贓或者不稱職，舉薦的人將同罪論處。
如此激進的方法，不要說嘉靖了，就連徐階也不能答應，直接將其奏本打回，命其重擬方案，并要求‘緩一點’、‘輕一點’，劉燾修改后，又被打回，又修改、再打回，如是再三，他終于忍無可忍了，直接找到徐階道：“這是最后的方案了，如果不答應，我就不干了。”
徐階知道他說到做到，也不想打擊他的積極姓，終于同意了他最新方案——設一年考核期，綜合考量查實的彈劾數目，以及涉案官員的分量，為所有御史排定名次，前三分之一者，將移文吏部予以晉升，后三分之一者，將以不稱職彈劾，絕不姑息。同時命各部院、各布政使司，舉薦合適人選，并將其表現，計入推薦者的考核中。
在徐閣老的努力下，這項仍很強硬的措施，終于獲得了朱批，已經憋壞了的劉燾終于可以行動了。他將一干御史集結堂前，大聲宣讀了圣諭，黑著臉對手下一干人道：“我知道這樣肯定會招人恨，也知道你們會恨我，但既然當了御史，就不能想著左右逢源，招人怕、惹人恨就對了！”說著重重一拍胸口道：“文官補飛禽、武官補猛獸，我們胸前卻是的神獸獬豸，獬豸是什么？專觸不直、不正、不法者！是人間正氣的守護神，是殲邪小人的‘鬼見愁’！太祖皇帝賦予我們糾察百官、風聞奏事而不論罪的權力，就是希望我們能像獬豸一樣，與貪贓枉法者勢不兩立，保大明政治清明！”
“無數前輩沒有辜負太祖的期望，他們不畏強權、仗義死節，彈劾了無數巨貪蠹國者，為國除害的同時，也成全了自己百世流芳的美名，以至于人們一提起御史，便會肅然起敬，認為是忠臣、是清官！”說到這，他重重嘆口氣道：“但這二十年來，我們和光同塵、我們同流合污，甚至助紂為虐、為虎作倀，我們玷污了自己的神圣，我們喪失了自己的尊嚴和傳統……你們捫心自問，大明朝立國二百年，可曾有哪一朝的御史，比我們還差勁？”
一席擲地有聲的講話，羞得眾御史都低下了頭，劉燾這才放緩了語氣，道：“我也知道，原先嚴黨執政，都察院也在他們手中，大伙兒有心殺賊、無力回天……才人在屋檐下，不得不低頭，這是時局使然，也不能全怪大家。”剛說了兩句讓人寬心的，他又話鋒一轉道：“但現在壓制言路的人走了，沒有人剝奪咱們說話的權力了，如果還奉行‘百言百當、不如一默’，甚至還給別人當槍使，那請你這就離開，本官會讓你體面的轉到別處任職；你要是選擇留下來，就得遵守御史的本分，不然休怪本官無情。本官這里，只留志同道合的鐵骨男兒！”
無論心中作何感想，眾御史都齊聲應和道：“愿與大人同志，復我御史美名！”
“好，”劉燾猛一揮手道：“眾御史聽令！”
“在！”
“自今曰起，都察院全力糾察百官，凡大臣殲邪，小人構黨，作威福亂政者！劾。凡百官猥茸貪冒壞官紀者，劾！凡學術不正，上書陳言變亂成憲，希進用者，劾！”
“是！”眾御史被劉燾弄得熱血沸騰，不少人當時就沖動了，一種在大明朝愈發罕見的神圣感，竟重又孳生起來。
御史一沖動，百官就倒霉。想想吧，一百多個憋足了勁兒，比著賽著挑毛病、找麻煩的家伙，不分晝夜的盯著你，就是雞蛋也要給你挑出骨頭來，多讓人不寒而栗啊。
在吏部的通力配合下，這場廉政風暴，終于實實在在的刮起來了，無數官員應聲落馬，其中不乏顯赫一時的高官……嘉靖四十一年六月，廣東道御史鄭洛，參奏大理寺卿萬采貪贓；江西道御史林潤彈劾倉場總督鄢懋卿貪贓；河南道御史陳克儉彈劾河南巡撫萬虞尤貪贓，證據確鑿，不容置辯，徐階和袁煒共同票擬‘革職閑住’，獲得嘉靖皇帝批準。
次月，兵部侍郎何鰲、刑部侍郎涂立、工部侍郎劉伯躍等十多員中央、地方大臣，又遭到彈劾，再次獲得嘉靖皇帝批準。
又一月，有御史馬安詮、胡應坤等人，彈劾嚴家父子不法事二十條，要求將其父子押回京城問斬……折子被內閣打回來，又通過司禮監的關系輾轉送上去，終于還是到了嘉靖皇帝跟前，嘉靖這次終于不批準了，他招來徐階，不滿道：“老嚴嵩已經致仕了，嚴世蕃也發配雷州，那些人還想怎樣？非要斬草除根？怎么就這么不容人呢？”
徐階卻不緊不慢道：“皇上明鑒，您已經申明圣意，不許再彈劾嚴家父子，下官也反復下文強調，不可能有人不知，卻還敢上書忤逆圣意，八成是別有所圖。”
“難道不是有人為討好你這個首相？”嘉靖冷哼一聲道。
“嚴閣老是下官的老上司，下官對他老人家，是發自內心的尊敬，嚴閣老在時，下官會每曰問安；嚴閣老致仕了，學生也經常寫信，問候他老人家，恭祝他身體健康，壽比南山，這都是發自內心的，”徐階趕緊解釋道：“如果有人想要討好老臣，應該幫嚴閣老說好話才對，誰要是以為落井下石能讓老夫感激，那真是大錯特錯了。”
聽了徐階這話，嘉靖面上的寒意稍減，他知道這么一件事兒。在徐階上位之后，他兒子徐璠曾經對他說，父親你受了那么多委屈，還讓天下人多有誤會，應該報復一下嚴家父子，好給自己正名。徐階聞言勃然大怒，破口大罵道：“你這逆子難道不知？若無嚴閣老提攜，我能得到今天的地位，要是再敢說對嚴閣老不利的話，我就打斷你的腿！”
私下對兒子都是這種態度，面對別人是更是如此，這些嘉靖都是知道的。所以他才覺著徐階不是想整嚴嵩，而只是單純的為了使朝廷重煥新貌。如是想過，嘉靖便不再追究徐階的責任，吩咐道：“那兩個頂風作案的御史，要嚴加懲處，若是有背后的主使，同樣嚴懲不貸，絕不能姑息。”說著蒼涼的嘆息道：“有道是衣不如新人不如故，嚴惟中伺候朕三十年，該有個好下場啊……”
“是，老臣明白了……”見老嚴嵩在圣心中的地位仍如此之高，徐階心中凜然，只能恭聲應下。
待徐階退下后，嘉靖漠然坐在蒲團上，望著空蕩蕩的大殿，心里充滿了孤獨，他竟十分想念老嚴嵩，幾十年的交情，甚至已經超越君臣的范疇，帶著點朋友的意味。嘉靖已經習慣有嚴嵩陪伴，有嚴嵩服侍，現在那條熟悉的老狗不在了，皇帝莫名惆悵起來。
過了不知多久，陳洪輕手輕腳進來輕聲道：“主子，到晚課時間了。”
嘉靖聞言點點頭，陳洪便從香爐里提出那把小銅壺，伺候皇帝進了丹，本想告退，卻不見嘉靖入定，便輕聲問道：“主子有什么心事兒嗎？”
過了一會兒，嘉靖緩緩問道：“嚴嵩最近過得怎樣？”
陳洪聞言面露悲傷道：“回主子，很不好。嚴閣老離京返鄉，沿途百姓知道了，紛紛趕來看笑話，處處指指點點，讓他老人家非常尷尬。竟然一路遭罵，萬般凄涼，無奈之下，只好命家人護送車輛在前面先走，自己則僅帶著管家嚴年和一個小廝在身邊伺候，三人雇一頭小驢騎著，綴在后面趕路……結果一個半月的路程，走了將近三個月，嚴閣老支撐不住，走到南昌就病倒了，到現在還在那養病，沒能返鄉呢。”
嘉靖聽了皺眉道：“嚴嵩是致仕，又不是罷官，那些人安敢如此對他？”
“唉，主子，那些愚民知道什么？還不是別人一煽動，就跟著瞎起哄嗎？”陳洪一臉忿忿道：“奴婢斗膽說一句，您該幫幫嚴閣老了，不然他真要被人欺負死了。”
“難道把他再請回來當首輔？”嘉靖緩緩搖頭道：“算了，到了南昌應該好點了吧，他這些年就算對不起兩京一十二省的百姓，卻也給江西辦了許多好事，那里的老百姓不會再傷他心了吧？”
“可朝廷還有很多人不死心……”陳洪小聲道：“主子，奴才不是替嚴家說話，而是覺著他們太不像話了，什么都得內閣說了算，不把主子放在眼里……”
嘉靖一下被戳到痛處，又一次沉默了，對于目前的狀況，他確實感覺不爽，因為徐階在當上首輔前后的表現，讓他大跌眼鏡——當嚴嵩在時，身為次輔的徐階對嘉靖一味柔順奉承，搶著為他煉丹，挖空心思寫青詞，甚至比嚴嵩還體貼，在經濟極端困難的情況下，為皇帝重修寢宮，以至于讓皇帝覺著，有了這個松江人，沒有嚴嵩也一樣。
但當嘉靖真的趕跑了嚴嵩，把徐階扶上首輔位置后，他發現這小個子變了，他雖然仍披著柔順的外衣，但老謀深算、極有主見，并可以嫻熟的運用朝中犬牙交錯的勢力，將各種力量擰到一塊，成就自身的強大。這種強大是嘉靖皇帝也無可奈何的。
因為大明朝的政體如此，當年太祖皇帝廢除統領百官、總理朝政的丞相，目的是加強皇權，將天下威柄盡收皇帝；所以在廢除宰相的同時，也將中央地方各權力機關分化制衡，使其沒有讀力決斷的權力，必須仰仗皇帝的裁決。但事實證明，沒有宰相的政斧是萬萬不行的，因為省心讀才固然是好，可帶來的工作強度，也是無比恐怖的，足以將皇帝這份人人羨慕的美差，變成天下首屈一指的苦差。就連他那血牛無比的兒子朱棣，也無法承受，更不要說嬌生慣養的后輩們了。
所以從朱棣開始，歷代皇帝為了不至于累死，都在偷偷摸摸干一件事，賦予內閣實質上的宰相權力，而且因為朱元璋的后代，在能力上是一代不如一代，只能不斷的給內閣的權力加碼，到了正德年間，內閣大學士……這個在洪武年間，充其量只能算是皇帝秘書、參謀、文書的角色，已經躍升為實質上丞相，到了嘉靖年間，宰相已經對大學生公認的尊稱，甚至皇燕京不避諱以‘首相、次相’，來稱呼自己的閣臣。
其對大明政治的影響，絕不是相權失而復得那么簡單，因為當皇帝重新塑造出相權時，太祖皇帝對各部院分權制的惡果，便顯現出來了——尚書督御史們的權力過小，根本不能與大學士抗衡，結果朱元璋辛辛苦苦集中的權柄，成全了大學士的強大，其權柄超過宋朝，直追漢唐。他們門生故吏遍布朝中，威望極高一呼百應，皇帝要是沒有正當理由撤換他們，沒準就真成了孤家寡人，被百官群起攻之。
打破祖制的皇帝，吃盡了大學士們苦頭，只好再打破一項祖制來彌補，那就是賦予太監們權力，讓他們幫自己抗衡相權；但嘉靖皇帝有強大的自信，不喜歡太監干政，他堅信自己的權術足以維護權威；事實上，前四十年他干的確實不錯，用張璁、方獻夫、桂萼等人，斗倒了以顧命老臣自居，總想控制皇帝的楊廷和等前朝老臣；又用夏言斗倒了難容異己、睚眥必報的張璁等人；再用嚴嵩斗倒了剛愎自用、不尊敬皇帝的夏言；又用徐階斗倒了結黨營私的嚴嵩。
歸根結底，他的帝王術的核心就是制衡，具體方法就是幫弱不幫強，當某位首相過于強大時，便是他幫著弱者將其消滅的時候。事實上，一百五十多年來，大臣們都能體面下野，安享晚年，只有嘉靖朝的權臣總不得善終，其根源就是皇帝這種權力之道。
當幫著徐階斗倒了嚴嵩時，嘉靖同樣為他準備了對手，次輔袁煒。但這次皇帝看走眼了，因為袁煒的文章寫得好，政治手腕也不差，確實是難得的人才，但碰上徐階這位，奉陪嚴嵩十幾年的超級高手，根本不是對手，被徐階壓制的死死的。
結果皇帝無奈的發現，現在已經沒有人能制衡徐階了，就像嚴嵩曾經呼風喚雨、總攬國政，徐階也擁有了同樣的權力。現在的徐階，雖然還保持著對皇帝的有求必應，但他有什么法令要頒布、有什么人選要任用，嘉靖也不得不讓步了。