這股海盜在官軍追剿之下，一路皆有傷亡。
至嚴州淳安縣時，只剩下大約六十多人。因迫于追殺，乃晝赴夜行翻山越嶺，進歙縣殺奔江蘇。
官府急調江蘇兵扼守。在旌德，典史蔡堯率當地民兵千余迎敵，但海盜們再次突破封鎖線，在南門外大肆劫掠之后揚長而去。隨后在涇縣，又擊敗率兵前來圍剿的知縣邱時庸。
七月十三日，這幾十名海盜抵達南陵縣城，守城軍民望風而逃，海盜不費吹灰之力就攻占了縣城，在城中再度燒殺劫掠，這時，建陽指揮廖印、當涂縣丞郭耿郊、蕪湖縣丞陳一道、太平府知事郭章，分別領兵起來增援，與海盜們在縣城東門外遭遇。
雙方正面交戰。廖印等拉弓射擊，海盜們缺少箭矢，順手接過官軍箭矢反射，就這么區區幾十個海盜，竟然殺的各路兵馬潰敗。陳一道帶兵獨進，奮力拼戰而不克，終被殺死。
出南陵之后，海盜們又流竄于蕪湖，但遭當地平民百姓抗擊，只得后撤向東，轉道太平府，殺入江寧鎮。指揮朱襄率幾百名勇士奉命守衛。海盜們趁其不備，忽施偷襲。
朱襄等人不知敵情，正在縱酒狂歡之際被劫營。朱襄奮力拼殺，身中數槍倒馬而死，官兵死亡三百多人，全部被幾十個海盜殲滅。
海盜們一路殺到了南京城下，耀武揚威地從安德門外經過，一時間城內人心惶惶，但竟無人敢出城迎擊。
南京舉城鼎沸，軍民皆驚。而倭寇不過五十余人。而當時南京守城明軍在冊是十二萬。留都兵部尚書張時徹、侍郎陳洙等閉門不敢出兵。反令市民自備糧械，登城守衛。
從南京城下示威而過的海盜，一路劫掠溧陽、宣興，因聽聞官兵在太湖出現，又跨過武進，越過無錫，一晝夜奔走了一百八十余里，到達濟墅關。
這時，有一路圍攻杭州的倭寇殘部正據此不遠，會師在即。
到這個時候，南京方面才作出了反應。南直巡撫曹邦輔親自督促副使王崇古，集各部軍隊，扼守要路，四面圍剿。儉事董邦政、把總婁宇率兵在陶宅鎮終于捕捉到了敵蹤。兩軍合剿，斬獲敵首十九級。海盜們這時方才窮途末路，想逃向太湖時，被官兵一路攔截，在楊林橋被追上并全部殲滅。
就這樣，這支歷史上最神奇百人海盜隊伍在橫行干里，殺戮戰傷官民四千人，官員陣亡一御史、一縣丞、二指揮、二把總，經歷了八十余日之后，終于結束了其傳奇般的旅途。
丁云毅說到這問道：“陛下認為這股倭寇是倭人還是大明子民？”
“倭寇，自然是倭人了。”崇禎不解地道。
丁云毅一笑：“臣認為此不盡然。從轉戰歷程看，其熟悉民情和地理，善于隱匿，能捕捉到官軍的弱點和心理，長于靈活機動的游擊戰，當非語言不通，水土不服的外國人。而其他們皆是黃衣紅蓋，這也不是扶桑國人裝束，故臣以為這股所謂‘倭寇’當為我大明子民。”
“什么？”這話聽在崇禎、王承恩、吳直等人耳中大覺驚訝：“既然我大明子民，為何還要冒充倭寇？”
丁云毅一聲嘆息：“因為海禁讓這些沿海百姓實在無法生存下去，他們不得不做起了海盜。而為了害怕連累到自己家人，他們又只能冒充起了倭寇那。”
崇禎的眉頭緊緊鎖了起來。
王承恩也在一邊說道：“陛下，隆慶元年我大明在月港設海澄縣。同年，福建巡撫都御史涂澤民議開禁例，準民間通海貿易，但拒絕與日本貿易，也終于得到批準。于是自此開始，海澄的月港都是唯一合法的出海通商進行海外貿易港口。而江南也一直是最富庶的地方，并且少有大規模的叛亂，市通則寇轉為商，市禁則商轉為寇......”
“市通則寇轉為商，市禁則商轉為寇。”崇禎喃喃的念著這兩句話。
丁云毅趁熱打鐵：“倭寇之亂在戚繼光、俞大酞等名將的圍追堵截下，逐漸平息下來。與此同時，在一些官員的倡議下，我大明開始放寬海禁，這種明智的措施使長期軍事行動難以壓制的局面迅速穩定下來，這甚至使一些官員也感到吃驚，從而更明確地認識到‘市通則寇轉化為商’的道理。海防力量的增強以及海禁的放寬，是從根本上解決倭患問題的兩個必要條件，兩者不應相互抵觸，而是相輔相成的關系。我大明強大的海防力量是保證自身安全及發展對外貿易的保障，而暢通的對外貿易又會成為我大明經濟發展的重要動力......”
說到這，丁云毅深吸了口氣：“所以，海禁斷不可行，只有開放海運，才能確保我大明海疆暢通無阻，使得百姓歸心于朝廷，使得海盜滅絕。”
“好，說得好！”崇禎一下提高了聲音：“丁云毅，說得好啊，只有開放海運，才能確保我大明海疆暢通無阻，使得百姓歸心于朝廷，使得海盜滅絕。朕今天開心得很，朕今天聽到了過去聽不到的話。福建巡撫鄒維璉原本上書，恢復海禁，朕也準了，現在看來，倒是朕沒有經過仔細調查，貿然下了決定。”
王承恩和吳直大駭，陛下這可是在那承認自己的錯誤了。
崇禎卻絲毫沒有注意這些，終于放下了手里的茶碗：“看來要解決海患問題，一個‘禁’字是禁不住的，比如當年大禹治水，必須改‘禁’為‘疏’，這才能確保我大明之海防那！”
“陛下英明！”這次是丁云毅真心說出了“英明”這兩個字來。
崇禎興致頗高：“所以整天坐在宮里，看那些奏本絲毫用也沒有。朕之前聽唐定王說你如何如何出色，朕這心里還不太相信，這才動了想要見你一次的念頭，朕這次見對了，見對了，你很有見識，很有見識那。”
丁云毅起身恭恭敬敬地道：“臣愧不敢當。”
“當得起，當得起，你當然當得起！”崇禎的聲音一下變得熱切起來。