陜西在清廷的掌控之中，使得川西要想向青海和甘肅兩省運輸武器裝備以及派遣人員的話，都得翻越高原才行，交通受到了嚴重的制約。好在川西這十多年來一直都在為戰爭做著準備，庫存的武器裝備非常多，足以裝備二十萬的軍隊了，加上現在齊江和成都的兵工廠都在開足馬力的生產武器裝備，倒也完全能夠滿足部隊的需要。
四月二十六日，川西軍副參謀長蔡云在河洲主持了對馬家軍的整編工作，王毓澤以少帥的身份全程參加，并且表達了自己的建議，定下了這一次整編的基調。川西軍在青海和甘肅的高級將領也全部參與了這一次的會議，這將直接關系到他們的切身利益。
川西軍這一次成功的擊敗了馬家軍，拿下了甘肅和青海兩省，十萬馬家軍中，除了一部分戰死的，被俘虜的馬家軍超過五萬人，這還不包括先期已經整編了三個旅。川西軍將打算再次從俘虜中挑選出三個旅的兵力來。當然，每個旅的兵力和裝備，將完全等同于川西軍的旅級部隊。
在會議上，蔡云宣布了巡閱使府的命令。川西軍除了之前新建的第十一旅，第十二旅和第十三旅之外，將建立第十四旅，第十五旅和第十六旅。其中，第十一旅的旅長而馬麒，副旅長為張樹森，參謀長為龔志強。張樹森和龔志強兩人是之前第十旅第二營的營長和副營長。他們兩人高升之后，第二營的營長將有石德友接任。第十二旅旅長為馬福祿，副旅長為徐川，參謀長為段永崢。徐川和段永崢之前是第十旅第六營的營長和副營長。第十三旅的旅長為馬正元，副旅長是岑智勇，參謀長是楊康順，也都是之前第十旅的軍官。第十四旅的旅長為馬國良，副旅長是陳元明，參謀長是劉俊賢。陳元明和劉俊賢是第四旅以前的軍官。第十五旅的旅長為馬毓良，副旅長是鄒雪風，參謀長是彭安國。鄒雪風和彭安國也是第四旅以前的軍官。第十六旅的旅長為丁忠明，原青馬軍的降將，副旅長是范子默，參謀長是余建明。范子默和余建明兩人，也都是第四旅的軍官。
這一次的整編，不僅僅是旅級主官的變化，還將打亂編制。把第四旅、第十旅和這六個新建的旅全部打亂，隨機分配人員。這樣可以有效的消除派系之分。缺點則是會讓部隊在短時間內喪失戰斗力。不過，即便缺點很嚴重，但為了保證不再產生軍閥割據勢力，在新組建的軍隊當中清楚馬家軍的那種舊式氣息還是非常有必要的。
另外各旅所欠缺的武器裝備和炮兵等技術兵種，也將等候成都方面的補充。成都方面將從退役的軍人當中招募，有些補充這些剛成立的部隊。只不過受制于交通的影響，要想補充完畢，恐怕也得需要兩個月的時間才行。好在部隊需要大量的時間整編，正好可以一邊整訓一邊等候武器裝備。
旅一級的整編只是第一步。隨后將以這八個騎兵旅為基礎，建立兩個騎兵軍。這也是川西軍的第一個軍級單位。第一騎兵軍包括第四旅，第十二旅，第十五旅和第十六旅。軍長為原第四旅旅長劉志業，軍銜晉升為少將，副旅長為馬福祿，仍兼任第十二旅的旅長，參謀長為郭德福，軍銜提升為準將。原第四旅的旅長由第四旅參謀長梁文華接任，軍銜提升到準將。軍部將由一個警衛營，一個偵察營，一個炮兵營，一個輜重營，野戰醫院和其他部隊組成。整個騎兵軍的兵力將達到三萬八千余人。
第二騎兵軍包括第十旅，第十一旅，第十三旅和第十四旅，以及軍部的直屬部隊，總兵力同樣是三萬八千余人。軍長由原第十旅的旅長趙博文擔任，軍銜晉升為少將，副旅長由馬麒擔任，同時馬麒繼續兼任第十一的旅長，參謀長有原第十旅的參謀長李卓擔任，軍銜晉升為準將。第十旅的旅長的職務，則有原副旅長扎西多吉接任，軍銜同樣晉升為準將。
軍人除了保家衛國之外，同時也希望能夠升官發財。這一次川西軍拿下了甘肅和青海兩省，不僅僅擴大了地盤，同樣也使得不少的軍人獲得了晉升，這讓那個川西軍全體都大為振奮。之前的川西軍沉寂的太久了，現在大家總算是看到希望了。
至于部隊的中低級軍官，一部分由馬家軍內部品行和才能較好的人留任，一部分則有川西軍的陸軍學院的畢業生擔任。最大程度的保證對部隊的掌控力。
接下來的時間，川西軍第一騎兵軍和第二騎兵軍都干勁十足的開始了整編。一些年紀大的，或者品行方面不過關的，全部被剔除出了部隊。同時，因為所有的部隊全部打亂混編，這讓很多人都沒有安全感。但是，隨著時間的過去，人心也漸漸的穩定了下來。當兵不就為了吃飯拿餉么？況且現在給川西軍賣命遠比給馬家軍賣命還拿得多，這又何樂而不為呢？唯一不滿的，大概是川西軍的條條框框比較多，這讓平時自由散漫慣了的馬家軍士兵們有些接受不了。但看在高額的軍餉的面子上，大家還是咬牙接受了。
一個月之后，第一批物資運抵了河洲，各部隊也陸續換裝，大量的火炮等重武器也開始裝備部隊了，這讓那些降軍們更加歸心了。在他們的眼中，川西軍已經完全武裝到了牙齒了。和這樣的部隊作戰，簡直就是在找死啊！加入川西軍，無疑會更加的有保障。
同時，也來了不少的政府官員，準備對青海和甘肅兩省的政府架構進行川西模式的改造。王毓澤和蔡云兩人，也專門會見了兩省的新任省長。甘肅省省長名叫左玉書，一個四十來歲的中年人，戴著一副眼鏡，身材雖然不高大，但顯得很睿智，以前的職務是四川省的副省長。青海省的新任省長名叫許章，一個三十多歲的年輕人，顯得非常的干練，之前是西康省的副省長。
左玉書和許章都知道他們的任務，青海和甘肅兩省剛剛被川西拿下，建設之類的都暫時還不忙，首先要做的是穩定局勢。而這和軍方有很大的關系，沒有軍方的支持，他們根本無法穩定局面。好在有馬家的人的協助，這方面倒是沒有什么問題。
而這個時候，清廷也終于得知了楊昌浚戰死的消息，頓時大怒，向川西方面問罪。而川西方面則和清廷打起了口水仗，盡量的拖延時間。有鑒于此，川西軍第一騎兵軍和第二騎兵軍紛紛加快了整編。武器裝備上還有不小的缺口，為了加快運輸，川西軍的后勤部已經動員了最大的運力了，甚至連飛艇都出動了。
當二十艘載重達到了兩噸的飛艇飛臨河洲的時候，所有的人都被這種遮天蔽日的龐然大物給震驚了。不少的牧民甚至下跪，請求真主的保佑。而不少隊的馬家軍的降兵更是決定死心塌地的跟隨川西軍了。川西軍連天上都能夠飛上去，清廷哪是他們的對手啊！他們的心態的轉變，也使得整編可以加速進行。
在青海和甘肅兩省，還有著不少的馬匪，很多都是馬家軍兵敗之后落草的。兩個騎兵軍也干脆借此機會，一面剿匪一面整訓，倒也收獲不小，同時也加速了部隊的整編。