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真龍元年，在李璟的授意下，監軍國事睦王李倚正式上書長安朝廷，提請幽州薊城正式升為大唐第六座都城，以京師為西京，改東都為東京，改北都為北京。鳳翔府號為西京，成都為南京，燕京為上京。中京京兆府，東京河南府，北京太原府，南京成都府、西京鳳翔府，并改幽州為順天府，共為六府六京。
上京順天府，設留守朝廷，以監國睦王李倚鎮守上京留守監軍國事，以平章軍國重事秦王李璟為上京留守，順天府尹。同時，在上京設立三省六部諸衙，一應仿長安朝廷設置，尚書、門下、中書三省，又有三臺六部五寺九監，留守部衙規則只比長安中樞朝廷低半格。李璟就任上京尚書令兼中書令、侍中，并任御史臺御史大夫。
新設三省六部九寺五監三臺，與秦藩諸部衙合并。合并后，上京總有六省，除尚書、門下、中書核心三省外，還有秘書省、殿中省、內侍省三省輔助，主掌宮廷等事務。在尚書省下的六部之外，還有九寺的職能為六部補充，并且秦藩還設有次一級的財政、建設、交通等十八個司，這十八個司并不直屬于六部，是獨立于六部二十四司之外的新設之司。
原有的監察廳、檢察廳等廳衙依然保留，加上秦藩原來的內閣和五軍都督府以及參謀院，整個秦藩的中央部衙規模擴大許多，職能分工更加明確。
總的來說，依然是省閣院府的格局。三省和內閣及參謀院、五軍都督府這四大部門為核心。
上京各部衙紛紛兼并重組或者新設。整個燕京的權力格局也再一次洗牌。
李璟也借此機會。開始對調中樞的重要官員們。
尚書省的崔蕓卿和李振這兩個左右仆射，李璟將他們調任到門下和中書二省，尚書省其它官員也多調任二新設之省，然后又從地方各行省抽調官員以及部份燕京官員，組成新的尚書省。同時，內閣也完成換屆，原內閣學士們調任地方，新的內閣學士從各書院和學院抽調德高望重的學者擔任。就連參謀院和五軍都督府也與兵部一起。三衙對調。
短短時間，李璟就對整個秦藩的上層來了一次大調整，其目的自然是不讓人長期執掌一衙，特別是掛著參加政事的政事堂宰相們長期把持一衙，使得諸相的權利過大，以影響抑制李璟的君權。早在以前，李璟就定下了各個官職的任期，這并非是空話。
如尚書省的左右仆射，這是首相和次相，李璟早就規定。五年一任，最多連任兩年。屆滿之后。就得轉任他職。按李璟的制度，以后各省的主官，如尚書省左右仆射，門下省門下左右侍郎，中書省中書左右侍郎等必須有先在地方擔任總督的履歷，才能入選。而少則一屆，多則兩屆之后，三省主官要么退休，要么就得按制度對調中央他省。第二次中央三省任職，只能任職一屆五年，屆海后，要么加大學士、或者太傅等榮銜成為秦王顧問不再理具體事務，或者再轉任地方行省擔任總督職務。
這是一個嚴格的規定，三省的主官，得先有地方總督的任職履歷，然后得在六部中擔任過尚書主官，之后才能拜相成為三省主官。拜相入三省后，第一次可以連任兩屆，最多十年。然后必須得轉任三省中的其它二省，或者轉調地方行省。第二次中央三省主官只能擔任一屆，屆滿就得離職，或者調入地方，或者加榮銜成為秦王顧問，不再理具體實務。
對于其它的中央主要官職也幾乎如此，內閣成員更是只能從學院和書院中選任德高望重五十歲以上者，任滿最多兩屆就不能再連任。
而分掌兵權的參謀院和五軍都督府以及兵部三衙，更是嚴格規定不得連任，五年期滿，就得三衙對調。
雖然這樣的制度，會照成一些弊端，比如一些賢相可能得受制于任期，任滿之后不得續任。但李璟認為，把官員的任期縮短，也還是利大于弊端的。把整個官制弄的流動起來，這會大大增加中央和君主的集權，防止出現權相，或者各部衙職能下降的危害。同樣的，這也是增強君主權威，平衡秦藩官制設定中諸相權力很大的一種方法。
在李璟如今的權威之下，這新的改革很快就頒行下去。
崔蕓卿調任到了遼西行省任總督，保留同平章事的宰相榮銜，和太傅的榮銜，但不再是政事堂會議成員，也就等于不再是真正的宰相。尚書右仆射李振，則被調任中書省門下左侍郎之職，按新制度，三省的六個主官都直接就是政事堂的參知政事，是宰相。因此，李振依然是真宰相。不過從尚書省轉到門下省，他也從次相位置離開，制度規定，首相由尚書省左仆射擔任，次相由尚書省右仆射擔任。
新的尚書省左仆射之職，李璟提名由鄭從讜擔任，次相之職由鄭畋擔任。這個拜相結果，讓不少人都大為驚訝。二鄭雖然在天下名望極重，但他們畢竟是李唐之臣，投奔秦藩時間并不久。秦王居然直接拜二人為相，而且還分別任首相次相，主掌尚書省這個核心中的核心部門，他們很難不震驚。不過許多人馬上想到，年前鄭從讜和鄭畋都被李璟授為東北新設行省的總督，到現在，這個任職剛滿一年。可從制度上來說，二人卻是有地方行省總督的履歷，是完全符合三省主官須先有行省總督履歷的。并且二人上月從東北調回燕京，都還在六部中各擔任了一個月的尚書職。從制度上來看，他們的拜相沒有絲毫的問題。但從另一邊可以看出，這是秦王早就謀劃好的，為了讓他們拜相，早在一年前就已經開始為他們鋪路了。
新一屆的政事堂成立，這一次共有十三名大臣得授參加政事，拜為宰相。三省六名主官，加上六部中的史部、戶部、兵部三部尚書，以及參謀院和五軍都督府各兩人，一共十三名宰相。而核心部衙中的內閣，卻在新制中規定是不得拜相的。內閣本身的作用就是為了平衡相權，因此，內閣不得入政事堂。不過內閣的權利卻絲毫沒有削減，這一次內閣成員更是從原來的九個，擴增為十三個內閣成員。
新的內閣首輔為名士司空圖，次輔則是江西人芳林十哲中的鄭谷。十三名內閣成員，全被授予文華閣大學士之位。
政事堂十三名宰相，文華閣則有十三名內閣大學士。
在這輪秦藩中樞的大調整同時，李璟也對地方進行了一調整。
真龍元年四月，東北地區已經基本穩定下來，秦藩取得了全面控制。也就在這一月，李璟正式傳令，代朝廷賜封渤海王大瑋瑎為順國公，原渤海地區和東北其它地區，自東面大海一直到西邊的潢水發源的大興安嶺以外的蒙古高原的東端，將包括北海貝加爾湖在內的這一廣大地區，全部劃省設州立縣。
在燕山山脈以外的地區，除遼東、遼西、安東、熱河四行省外，新設海東、遼寧、吉林、松江、合江、黑水、嫩江、興安八個行省，整個關外地區，劃為十三行省。南至渤海灣，東至窟說島、北至外興安嶺，西至大興安嶺外的北海，這一廣闊的地區，都為秦藩的關外十三省之地。
而在關內，則有北平、河北、山西、山東、淮海五個行省，另外又有秦宗權的山南行省、楊行省的江北行省、錢镠的江南行省，董昌的浙東行省，張蕤的福建行省，于瑰的嶺東行省，和于球的嶺西行省，以及于琮的安南行省等八個名義上的尊奉秦藩的八藩行省。
秦藩實際控制的行省有十八個，聯盟性質的行省八個。另外還有琉球島、海南島、耽羅島三個海上巨島，只不過三島地盤很大，但暫時人口太少，因此只是各設一州。
十八行省一百余州，人口三千余萬。
新印刷出來的天下輿圖上，赤色的秦藩區域，在傳統的疆域上就占了三分其一。而如果把秦藩新開拓的東北這片廣闊的疆土算上，那么秦藩實際控制的地區，甚至已經超過了大唐疆域的一半。
看著地圖，李璟心中也不由的升起一股豪情。
可就當李璟看著地圖，覺得也許是時候開始向東南沿海地區開始布局的時候，他的聯盟八鎮的董昌卻稱帝了。
這是讓李璟意外的消息，也是讓李璟心情瞬間不好的消息。
而很快，李璟又收到了錢镠的來信，這封信在路上一直走了差不多半個月，才剛剛送到燕京。信里的內容更是讓李璟臉色陰沉了幾分，錢镠如此迫不急待的跳出來，要幫李璟掃滅董昌，恢復名譽，這讓李璟敏銳的直覺到，董昌稱帝之事，并不簡單。
按照誰最得利誰最嫌疑的推論，董昌稱帝一事，得利最大的無疑就是錢镠了，那么錢镠也是這件事情幕后最大的黑手極有可能。
稍一沉思，李璟立即開始讓趙江前去傳達，讓新一屆的政事堂成員和新一屆的內閣成員齊至勤政殿議事，另外召監察廳和軍方三衙在京高級官員將領們一起列席會議。(