“12月1日……昨天，最樂觀的漢妮大嬸死了。真不敢相信。她去世后給我們留下了這么多回憶……我從來也想不到竟然會親眼看到這么多的悲慘與不幸。好多帳篷都死得空無一人……今天我去醫院，那里躺著一個九歲的孩子，正在與死神搏斗。我問孩子的母親在哪里，他們說她一周前就死了。孩子的父親在錫蘭。這孩子十一的姐姐是今天凌晨死掉的。我看著這個孩子，憐憫之心油然而生……但是這么多悲慘的景象已經令我麻木，我發現我再也哭不出來了。我就這樣站在孩子的旁邊，直到被麻木和悲傷的感情所淹沒……”
——艾莉－巴登霍斯特日記，1901年
在原德蘭士瓦首都慶祝了戰爭的勝利結束之后，羅伯茨將軍于1900年11月29日離開比勒陀利亞，回國接任英軍總司令的職務。他將南非軍隊的指揮權交給基欽納勛爵，伊安·漢密爾頓勛爵（LordIanHamilton）接任參謀長。羅伯茨離開南非前給本土發去的電報中，將布爾人說成是“小股盜匪”，并說“戰爭已經真正告一段落，我的任務已經完結。”在羅伯茨大人“南非戰爭已經真正告終”的保證下，維多利亞女王得以欣慰地在一個多月后的1901年1月22日溘然長逝。
羅伯茨本人作為遠征軍前敵司令的任務的確是“完結”了，但是，他在南非留下的多達25萬人的軍隊卻經年累月不能擊潰布爾人的“小股盜匪”。退出城市的布爾軍隊，此時已經化整為零，組成多股游擊隊，發揮野戰騎射之長，襲擊英軍交通線，掠取英軍給養，殲滅小股英軍。布爾人的游擊隊在德韋特、德拉瑞、博塔、揚·史末資（JanSmuts）和詹姆斯·赫爾佐格（JamesHertzog）等人的領導下，越打越順手。他們熟悉地形，得到當地居民的支持，散布在廣大地區的布爾人農場成為游擊隊的根據地。基欽納勛爵在掌握南非英軍的最高指揮權幾個星期后，便致函新任陸軍大臣布羅德里克，表示深恐大臣“對于最近戰爭的發展會感到失望”。他估計以民兵身份作戰的布爾人仍有兩萬之眾，而且他還補充說：“……這些人并不是經常以民兵的身份出現的。在他們未奉號召出動之前，往往在他們的田地上，象最安分守己的居民一樣地過活，或許還以糧秣、牛奶和雞蛋接濟最臨近的英國駐防軍。……目前他們顯然已經全部出動，因而他們忽然之間顯得人數眾多，并且一有機會就勇氣百倍地進行活動。由于地域廣袤，所以布爾人可以來去自如，更由于非常機動，所以能夠乘隙襲取沒有充分警惕的任何哨站。每一個農莊都是他們的一個情報機關和供應站，因而幾乎無法包圍他們或擒獲他們。”
英軍象這樣疲于奔命的情形歷經數月。為了剿滅游擊隊，增援部隊不斷地開往南非，包括炮兵、騎兵、騎馬步槍兵、工兵部隊，以及大批的重炮、馬匹、野戰炮和機槍。但是，以無與倫比的技巧進行游擊戰的德韋特、博塔和德拉瑞所使用的戰術，是在英國任何軍事學校里都沒有教授過的。布爾人的卓越戰術使得基欽納無所施其計。
1900年12月至1901年4月，布爾游擊隊在博塔和德韋特的指揮下，深入開普殖民地作戰。1901年4月到9月的冬季戰役中，布軍游擊隊對德蘭士瓦和奧蘭治的英軍發動多次偷襲，并屢屢得手，俘獲大量軍火、給養和大炮。1901年9月至1902年5月，史末資和赫爾佐格再次進入開普殖民地。他們率領5000名騎兵，分成若干小股游擊隊，奔襲千里，深入英軍大后方，一直推進到大西洋沿岸和開普敦近郊，迫使英國在開普地區宣布戒嚴。
1902年3月，梅休因中將在離比勒陀利亞300公里的利希騰堡附近遭到德拉瑞指揮的游擊隊的包圍，梅休因將軍重傷被俘，其手下繳械投降。此役再一次震動了英國。英軍打得越來越艱苦，25萬大軍疲于奔命。
為了早日結束戰爭，從1901年3月開始，基欽納采取碉堡戰術、焦土政策和設置集中營來對付布爾人的游擊隊。在布爾游擊隊活動的地區，英軍架設鐵絲網，將布爾共和國分割成若干綏靖區域，進行分區掃蕩。鐵絲網的總長度達6000公里。綏靖區內每隔1至2公里設一座木板碉堡，派士兵駐守，凡是有人走近碉堡射程，一律射殺。共設置了八千多座碉堡。整個防御體規模之大，令英國人大為贊嘆。在這些綏靖地區內，凡發現布爾農場主幫助游擊隊，則周圍10英里內的農場、房舍一律燒毀。
英國人建立的一座碉堡
縱火焚燒民用目標的活動從英、美戰爭時期起便成為英軍的習俗，為廣大官兵所喜愛，從白宮到鄉間農舍無所不燒，后來這個傳統又在中國的圓明園發揚光大，成為在大不列顛軍隊中代代相傳的美德。為了在南非把這個美德繼續發揚下去，英軍決定不再僅僅限于焚燒那些支持過游擊隊的農舍，而是一鼓作氣，燒毀了奧蘭治和德蘭士瓦鄉間幾乎所有的布爾農場、房舍、教堂、學校、畜圈（共計焚毀3萬多座農舍），運走了所有的馬，殺死了所有帶不走的牛、羊、豬，炸毀了所有的水井，燒光了地里所有沒來得及收割的莊稼，徹底破壞了40多座城鎮。這一“三光政策”后來被日本陸軍仿效，在中國的東北和華北如法炮制。此外，基欽納還一改以往對戰俘的寬大政策，投降、被俘的游擊隊成員，以及參加過游擊隊的成年男性公民，一律流放到遙遠的印度、錫蘭和百慕大戰俘營。在開普殖民地和納塔爾殖民地，凡有響應“拿起武器”的號召的荷裔英國公民，一旦被俘皆判處死刑。
布爾人農民正在被驅逐出家園
為了徹底消滅游擊隊的活動基礎，基欽納又下令先后將十三萬六千名布爾人婦女，兒童和老人以及八萬多黑人仆役統統從被焚毀的農場上抓走，用敞蓬貨車或牛車運到一起，關進由他首創的集中營。南非的集中營首創于1900年9月，起初是收容那些家園被焚毀的布爾軍人家屬的難民營，基欽納在1901年將其改造為關押所有布爾平民的集中營。
南非境內的集中營有五十多座，分布在開普、德蘭士瓦、奧蘭治和納塔爾的鐵路線兩側，以及約翰內斯堡、布隆方丹、德班等大城市近郊。集中營內實行嚴格而苛刻的配給制度。每人每天四分之三磅玉米面、大米或土豆，一盎司咖啡，兩盎司糖，半盎司鹽，每周一磅肉（有親屬參加游擊隊的婦女和兒童得不到肉）。嬰兒和六歲以下的兒童每天可以領到四分之一夸脫的牛奶。黑人集中營的情況更糟，但是他們可以得到黑人親友的接濟，也可以在宣誓效忠英國后被釋放。集中營的四周環繞鐵絲網，凡有試圖翻越逃跑者一律射殺。
集中營內人口密度極高，帳篷、毯子、衣服和藥物奇缺，瘟疫流行，營養不良，1901年10月死亡率曾高達40.1%。集中營的高死亡率嚴重動搖了布爾軍人的士氣，同時也使英國人的形象在全世界面前一落千丈，本來英軍高舉的旗幟是替外僑伸張正義、征討無道暴虐的德蘭士瓦政府，但是現在全世界都在譴責英軍野蠻的集中營政策。一個年青的英國婦女埃米莉·霍布豪斯為集中營的狀況所震驚，向國內提交了一份長達15頁的報告，描述了集中營內的慘狀。按照戰時的通常作法，霍布豪斯小姐被宣布為祖國的敵人，立即逮捕并驅逐出境。但是她回歐洲后堅持斗爭，得到了廣泛的支持。在野的自由黨以年青的威爾士民族主義者勞合·喬治為首，猛烈抨擊保守黨和陸軍的野蠻政策，瑞士、德國、荷蘭、法國、美國派出了視察人員，歐美各國向集中營內的平民捐贈了大量物資。在國際和國內輿論的強大壓力下，英國國會不得不派出調查團前往南非。在對基欽納和集中營官員進行了嚴厲的批評后，集中營的配給和醫療條件方得以改善，死亡率迅速跌落到2%。整個布爾戰爭期間，死在集中營內的布爾平民共有27,927人，其中包括1,676名老人，4,177名婦女和22,074名兒童。
因饑餓和傷寒死于布隆方丹集中營的莉齊·范·澤爾（7歲）
除了集中營和焦土政策造成的打擊之外，在南非122萬平方公里的廣袤土地上，除了開普殖民地有幾萬南非荷蘭人同情、支持布爾游擊隊以外，頑固堅持種族主義立場的布爾人自己并不要黑人的支援，也要求英國人在戰場上不使用非洲人為助手。布爾民團如果在戰斗中逮到手持武器的黑人，立即槍決。好幾個布爾民團的頭目因此被英國宣布為戰犯而槍斃。所以，南非的四百萬黑人絕大部分對布爾人抱敵視態度，當地的非洲人利用英、布交戰的機會不斷襲擊布爾人的民團和農場，令布爾人深感孤立。
南非的布爾人居民人數甚少，德蘭士瓦和奧蘭治兩個共和國總共只有四十四萬左右的荷蘭裔白人公民，除了仍然堅持戰斗的兩萬多人外，戰爭已吞噬了將近七分之一的人口（包括流放到印度、錫蘭、百慕大等地的戰俘），臭名昭著的集中營又關押了十多萬人，南非的布爾人面臨著種族滅絕的危險。