半夜的熊熊火焰，在山下的坂城可是看的一清二楚，整個比叡山化作一片通紅的火海，仿佛地獄中描寫刀山火海的可怕靜香，山上隱隱傳來的哭號聲將睡夢的町民喚醒，包括遠處的大津、堅田乃至京都都可以看到這團火焰之山。
無論是何信仰的人們都在默默的為山上枉死的生靈祈禱，沒多久就看到從大火與屠殺中僥幸逃脫的延歷寺僧眾連滾帶爬的跑下山，這些僧眾一到町內就被迅速控制，倍受驚嚇的僧眾們也說不清到底發生了什么，除了形容火海和殺戮的一揆軍之外什么也說不出來，這場災難來的太快太急遠遠出乎他們的預料。
吉良家早在一向一揆軍蜂起的之前就已經明確得知情報，在一向一揆軍前腳堅田，吉良家的軍勢就趕到他們的大營，把其中的錢糧物資、武器裝備等查抄一空，留守老巢的一揆眾的親眷及所有涉案的人員通通異地關押，同時命令星野傳令高島國人警戒高島郡方向一向一揆軍逃竄亂入。
而坂町附近則被吉良軍勢團團圍住，就連町民們也自發加入保衛城下町的防衛中，剛到三更時分比睿山就亮起一片紅光開始，吉良家的軍民緊張的盯著山上的動靜，隨著火勢越來越旺喊殺聲也越來越響，這次連坂町附近的港口內暫居的商旅們也被驚醒，包括來往一些化人聚集在町內小聲議論到底發生什么事。
經過一個多時辰的喊殺山上的動靜越來越近，從日吉大社下山的參道上陸續出現不明人員向坂逃竄，吉良軍勢當即擒下這些不明身份的人員。又過半個時辰出現一支數百人的隊伍。他們也看到滿是火把的坂町嚴陣以待。這群軍勢二話不說掉頭向北逃竄，吉良軍也沒有盲目追擊，仍然選擇町下待機。
直到凌晨四點左右，一堆潰兵從谷內逃出，他們中有些人還舉著“厭離穢土,欣求凈土”，“南無阿彌陀佛”或者“卍”字旗，這些潰兵似乎想朝坂城方向靠攏，但還沒走多遠就城下町布置的鐵炮隊一通齊射嚇回去。于是這群潰兵也跟著調轉方向朝北逃竄。
在潰兵向北逃竄的同時，一長串火把逐次出現在山谷口，他們看到坂城外的吉良軍勢稍稍停頓一下，立刻就有一名武僧跑過來氣勢洶洶的喝道：“你們看到逃兵往哪退散的？”
吉良軍勢對此顯得很淡定，隨手指著北方漸漸消失的火光回答道：“北面！你們還能看到火把！現在追還來得及！我們還抓了許多不明身份的人，也一并交給你們！”
這名武僧擺擺手一路小跑著回去傳令，不過片刻比叡山的僧兵就朝北方追過去，又過了會兒才有一對僧兵過來接收吉良家扣押的不明人員，吉良軍也隨之就地解散回去繼續休息，吉良義時甚至根沒出天守閣。只是揉著眼看會兒比叡山的火勢就躺倒繼續睡。
直到在當天下午才陸續傳來消息，近江的一向一揆軍在北嶺比叡山延歷寺放了一把火。燒死多少人暫時還沒統計出來，但是預計死亡人數將突破兩千人，而一揆軍也丟下了八百具尸體向北近江逃竄，延歷寺東塔過火面積超過近百町，大火一直燒到中午才基撲滅。
當然這一切與吉良義時的關系不大，他只是派人去慰問一下，送出了價值幾百貫的藥品和食物然后就沒下，此次事件的影響力可以說是巨大的，這被視作是一向宗對近畿五山的挑釁行為，對“佛教母山”延歷寺的燒討簡直堪比殺死足利義教一般在近畿地區立刻引起一場大地震。
天臺座主堯尊法親王出離的憤怒，這簡直是奇恥大辱，就算當年足利義教也不敢燒掉延歷寺，這群無法無天的一揆軍竟然真敢冒天下之大不韙，天臺宗的一干僧眾也坐不住了，他們瞟一眼根中堂內空置的位置，這些座位的主人昨日還和他們一同談笑，今天就葬身火海或被一向宗暴徒討死，這讓他們不禁生出物傷其類的感覺。
于是天臺宗有史以來最快的一次決議只用一刻鐘就被擬定，堯尊法親王以天臺座主的名義下達討伐一向宗的法旨，畿內所有一向宗勢力均在打擊范圍之內，石山御坊的愿寺證如躺著中槍，這也是繼他的曾祖父愿寺蓮如之來，一向宗再次被指為“佛敵”。
不僅如此，堯尊法親王還親自出山，帶著一干僧兵抬著山王權限的神輿強訴朝廷幕府，強硬的要求幕府出兵剿滅石山愿寺，京都震動近畿震動，不到幾日時間延歷寺遭一向一揆無故燒討的事件如長了翅膀一樣傳遍天下。
畿內的天臺宗國人也隨之蜂起，他們打出尊法討逆的旗號，興起天臺一揆軍，近江國瞬間蜂起上萬大軍，山城國也有近萬一揆土民加入，聲勢浩大的一揆眨眼間云集，差點嚇尿愿寺一干僧眾，堯尊法親王的法旨遍發畿內，就連在三好長慶與畠山高政也接到法旨，只不過這兩家正對掐的高興，沒功夫搭理這事。
愿寺證如上書自辯，他請來自己宗家日野権大納言晴光從中說和，但是看起來效果并不怎么好，雖然天皇對愿寺證如的印象很好，但是那邊是憤怒的延歷寺，還有同仇敵愾的五山大寺，甚至連死敵興福寺也表示支持，延歷寺怎么說也是天下聞名的山門，就這么說燒就燒掉，那以后這些京都佛寺以后該怎么辦？畿內的寺院一下子全站到延歷寺一方，這時候任誰也知道該怎么處理。
不過愿寺也不是吃素的，以愿寺的強大網絡立刻就查出其中的來龍去脈，加賀一向宗偏偏跑到近江堅田活動，這其中透著多少詭異他們已經沒功夫管，只能順勢把責任推給了加賀一向宗不尊號令擅自進入畿內，燒毀日佛教母山大伽藍簡直罪大惡極。
于是愿寺立刻向向加賀一向宗全體寺院下達總破門令，同時還點名斥責越前、甲賀、越中一向一揆屢次三番違反愿寺號令，違反蓮如上人的“三法令”，并命令越前、越中地方的部分寺院一并破門，以上諸寺聚集的非法一揆軍當即解散不得有誤。
這一下事情就鬧的改變性質，加賀一向一揆在加賀鬧鬧京都的貴族化人們也管不著，但他們竟然喪心病狂的跑到比叡山殺人放火，長此以往朝廷和幕府的威嚴何在？誰都來燒一把，今天燒比叡山，明天燒瓜生山，后天就燒京都，近畿的各大山門臉面何在？
后知后覺的京都貴族們這才發怒，把昔年加賀一向一揆殺死守護富樫一族，自立為百姓把持之國的老賬翻出來，使得加賀國成為一個獨立于幕府的人間佛國，并要求朝廷與幕府嚴厲懲罰這群匪徒。
以前誰會在意一個遠國的土豪與農民到底鬧出什么事情，加賀國的一揆暴動也好，越前朝倉家打的九頭龍川合戰也好，可能連茶余飯后的談資都算不上，哪里能與談古說今，研究歌道，茶道，或者漢詩，書畫來的美妙。
這次變的不一樣，不管是不是天臺宗信眾大家都很關心比叡山被燒事件，何況京都的天臺宗信眾有一大半來自朝廷的公卿、皇族，一旦事情落在他們自己身上，這些貴族就覺得一向宗所作所為是如此的骯臟，反復利用土民的力量發動一揆，是個卑鄙骯臟的宗派。
無奈之下，石山愿寺值得再三表示自己被蒙在鼓里，但愿寺還是負有不可推卸的責任，尤其是他們的教義竟然鼓動不讀佛經念佛號即可成佛，這簡直是謬論中的謬論，以前就被朝廷流放過，這次的延歷寺燒討事件成為導火索，聲討愿寺的浪潮一浪高過一浪。
這下一向宗也慌了，開始四處求人說情卻鮮有收效，有些腦袋不清醒的坊官扯著嗓子喊出：“要不發動一揆吧！”愿寺證如差點被這夯貨給氣死，這個時候還發動個屁一揆啊，再發動那可坐實了邪教的名聲，以后別說發動信眾了不被武士們攆道海里喂魚就不錯了。
愿寺證如的危機公關還是確實起一定的效用，京都里有些人很同情他石山愿寺，其中就有許多公卿與愿寺證如有來往，平時也收過愿寺的不少禮物饋贈，覺得這家寺院的人品還不錯，而且佛門經典講的天花亂墜絲毫看不出哪里有邪教的趨勢，當然這話不能明說，只能通過幫他們說好話慢慢扭轉局勢。
這場巨大的“比叡山法難”經過一段時間的沉淀余波還未散盡，無故中槍的一向宗到處申訴還是得到正面回應，經過半個多月的危機公關，外加愿寺大谷家的宗家，日野晴光在其中跑前跑后的中介，朝廷決定對石山愿寺應當網開一面，高高舉起輕輕放下，愿寺家再遭毀滅的危機逐漸消弭。
看在朝廷的面子上堯尊法親王決定饒過一向宗，但是天臺座主還是不打算輕饒了他們，堯尊法親王首先要求一向宗給予賠償，隨后開出一份價值三十萬貫永樂錢的巨額罰單，同時愿寺證如自燒石山愿寺伽藍并立即退出近畿，高調宣布一向宗嚴禁在畿內從事傳道活動，否則天臺宗必討之。
愿寺證如真是無辜中槍中到死，可是他有什么辦法，北嶺延歷寺實在太強大他也不敢惹，當年蓮如上人就被天臺宗指了一次“佛敵”，然后才跑出近畿到北陸的窮鄉僻壤傳教，他不想重蹈曾祖父的覆轍再去北陸躲著。(