京都的町民們在右京為大館高信等戰死的奉公眾立下墳冢，并擺上鮮花瓜果糕點等貢品為死者祈福，從此以后六月二十八日這一天，便成為祭奠為守衛京都而死的幕府武士的公祭日，三好長慶聽到這個消息也是感嘆世事變化竟讓他走到與幕府對立的丑角上。
其實三好長慶本人很尊重這些戰死的武士，無論任何時代為忠節而死的志士都是值得尊敬的，正因為三好長慶的信仰缺失永遠做不到這些為幕府拋頭顱灑熱血所做的壯烈之舉，只能默默的為死去者祈福希望這些人將來能脫離地獄苦海往生極樂世界。
隨同三好家送還遺憾的還有一位三好家的使者三好長逸，他送來的一封三好長慶署名的親筆信，三好長慶在信中奉勸幕府公方及幕府眾不要做無謂的抵抗，那樣只會徒增傷亡還會毀掉京都千年的繁華鼎盛，身為幕府之臣僚理應為幕府基業貢獻一份力量，希望幕府公方能夠理解他的良苦用心。
足利義輝看到這封親筆信的時候，那真是恨不得親手掐死這個傲慢的三好長慶，竟然敢當著他這個幕府公方的面說出如此厚顏無恥的言辭，相比之下吉良義時那點問題可真不算個事，完全可以稱得上一個忠臣良將、良師益友。
身為幕府公方他怎么可能接受這么無恥的言辭，當場翻臉將書信摔在地上，指著三好長逸呵斥道：“好一番良苦用心，好一番真心實意！余未聞有如此做派的幕府忠臣，更從沒見過用兩萬軍勢突襲圍攻余的支城殺害余的忠臣。屠滅一座城里的兩千軍勢。此等大逆不道的行徑果然是良苦用心。真心實意！哼！爾等且回去告訴三好修理大夫，余為室町幕府征夷大將軍誓與京都共存亡，他的大軍只管殺進來，看看到底是三好修理大夫的太刀鋒利，還是余的忠臣猛士更多！”
三好長逸被足利義輝一通義正詞嚴的呵斥罵的滿面羞慚，只得抱頭鼠竄掩面而逃，跑到幕府來傳遞這等厚顏無恥的書信也難怪足利義輝要發飆，雖然自明応政變以來幕府幾經起伏。出現將軍被廢又復起再被廢，同時樹立兩個將軍等離奇的故事，但實際上操控這一切的始終是足利將軍家的一族管領細川氏。
半將軍細川政元發動明応政變廢除足利義材，迎立足利義澄為新一任將軍，細川高國給予大內義興管領代的職務聯合上洛發動船岡山合戰，重新迎立已經改名的足利義稙擔任將軍，最后是細川晴元支持足利義維擔任將軍，六角定賴支持足利義晴擔任將軍，最后細川晴元選擇與足利義晴和睦，并拋棄足利義維這個傀儡。
這一連串的變亂代表近七十年畿內的政局走向。自始至終都是管領細川家主導畿內的游戲，細川政元廢立將軍斗倒畠山政長。細川高國獲得大內義興的支持再次稱霸畿內，以及細川晴元的復霸京都全是細川家主導著，唯一的外人大內義興很快就死在返回西國平定尼子經久的途中。
可這次卻決然不同，叱咤京畿兩百多年的細川京兆家完全衰敗，而崛起的卻是前任管領細川晴元的家宰三好長慶，他崛起的方式是用時下流行的下克上，將主家擊敗并幽禁于攝津國普門寺中，此法也說不上多么惡劣，最多是一些堅持幕府法度的衛道者痛斥幾句。
可隨后三好家的胃口越來越大，竟然要學半將軍細川政元一邊操控傀儡新管領細川氏綱，另一邊操控另一個傀儡幕府將軍足利義輝，從十年前第一次輕車簡從的上洛開始，經歷深草合戰、桂川合戰兩次重創依然賊心不死。
到如今才渡過七年，又一次率領六萬軍勢殺向京都強行要挾幕府將軍，而三好長慶的人生標簽早已經被打上叛臣、逆賊等惡劣的名號，若不是有六萬軍勢稱霸瀨戶內海，掌控半個近畿的強大威勢，早就被蜂起的國人軍勢攻滅。
別看足利義輝這一番義正詞嚴的呵斥把三好長逸攆走，其實幕府手中的依仗失去一半如今非常虛，引以為豪的精銳前后搭進去六千人，只有四千余沒來及渡河的殘兵敗將退回京都固守，算上二條御所的一千留守軍勢，以及船岡山城、小泉城、吉祥院城的以前軍勢，加在一起能動用的力量只有六千人。
這六千人里有近半是山城國人眾，他們的同伴親友不少人死在桂川突襲戰以及勝龍寺城中，巨大的打擊幾乎將他們的士氣完全摧毀，百年紛亂讓山城國人一個個信仰缺失，早就不懂什么叫做忠誠，他們可以確定許多被殺的同伴絕對不是處于本心死去。
山城國人眾動搖了，他們無法把自己的利益捆綁在幕府身上，天生的墻頭草也不是一朝一夕就可以變成忠臣猛士，幾乎在一夜之間這些曾經毒咒發誓說要效忠幕府的山城國人眾，開始主動拉開與幕府的關系，借故推托守衛京都的職責拋棄幕府給他們的武器裝備逃回自己的家鄉。
不是他們的素質太高主動歸還，實在是眼下的局勢晦暗不明，這些墻頭草實在不敢貪圖這點小便宜，生怕吉良軍再來個絕地大反擊把幕府救回來，到那時他們這些墻頭草就會因為曾經卑鄙偷盜行為而被幕府捉拿，就山城國人眾這身板根本不是吉良軍的對手，更不用說半殘的狀態下更缺乏話語權。
七月初一足利義輝一覺醒來發現自己的軍勢減少一半，兩千六百多名精心培養的武士足輕拋棄身為幕府軍的職責跑回家，有些人留下書信掛冠而去，有些干脆什么都沒留下就一聲不吭的跑路，得知實情又把足利義輝給氣的不輕。
足利將軍家的軍勢從鼎盛時期的號稱“萬余騎”，瞬間跌落到只剩下三千五百多軍勢的低谷。雖然這點軍勢還是比當年只有一百多奉公眾強出幾十倍。但以前的苦日子誰愿意去再嘗試。好日子過習慣沒人想承受大落差的艱苦生活。
眼下京都只剩下三千五百多幕府軍作為守備，除此之外攝關、清華、大臣絕愛到是有不少類似的半公半武的武士莊官，但在京都的這些人加起來也不過幾百人，看家護院震懾宵小的覬覦保住產業或許還行，讓他們去上陣對付強橫的三好軍根本是送死，他們那點水平也就打打浪人，在究竟戰陣的精銳軍勢面前根本上不得臺面。
可是幕府的三千五百余軍勢也因為同僚一聲不吭的離去陷入動搖，他們多數是來自各地的浪人武士。還有少部分是五湖四海的武家庶子，來到幕府謀功業獲福利享受京都的太平繁華是第一目的，但這里面絕對沒有送死當炮灰這一條，他們不相信自己有能力模仿吉良義時，因為他們實在太差了點。
志向遠大的浪人都跑到近江坂本投軍，貪圖安逸的浪人跑到京都投靠幕府，原以為失去吉良義時的庇護，坂本這座飛速躥起的城市早晚要遭遇兵火的洗劫，最后就像許多彗星那樣在天際劃過一道痕跡然后消失，結果坂本沒有受到任何戰火打擊。到是京都要面臨巨大的危機。
戰爭是勇士之間進行的搏命游戲，怯懦者在一開始就注定將被淘汰出局。幕府參與的三千五百軍勢在接下來半個月里幾經動搖隨時面臨星散的危機，足利義輝費盡心機彈壓許以各種好處，又抬出若干名頭恐嚇都沒有用，最后還是請中條時秀的一萬軍勢駐守京都，才把這些鬧事的家伙全部彈壓下去。
事實證明太平盛世里訓練不出百戰精銳，中條時秀轄下一萬軍勢中有兩千五百人是經歷過水尾城合戰的強軍，這些滿身血腥氣的武士走在京都的大街上，就讓這些過慣京都富足生活的兵痞們位置畏懼，不經意瞥向來往行人的目光，就像雄獅撲擊獵物前鎖定自己目標時森冷無情的目光。
這群兇悍的武士到來給京都帶來影響有利有弊，好處是京都的治安突然變的就像坂本町那個級別，街上游蕩的城狐社鼠地痞無賴瞬間跑的干干凈凈，連那些潑皮浪人喝酒吃飯強賒賬的行為也突然間消失掉，整個城市變的十分安寧祥和。
弊端是太陽一落山京都被重兵把守，足利義輝親筆簽署的宵禁令下，京都的夜晚娛樂幾近停頓，公卿、富商以及文化人們被迫停下每日必不可少的飲宴，只能躲在各自家里摟著姬妾胡天胡地，當然也有大膽的人趁著日落前跑到友人家夜宿他的家中，至于這些人夜里都玩什么活動就不清楚了。
只讓中條時秀一人入洛也是沒辦法的事情，足利義輝最初下達的命令是讓中條時秀與六角義賢共同入洛鎮守京都，無奈中條時秀死活不同意這個決斷，三淵藤英好勸歹勸都說不通，到后來連六角義賢也突然變卦改成不同意倉促入京，這讓幕府十分撓頭。
他們拒絕原因也很簡單，三萬大軍進洛中鎮守幕府，這宇治川南北兩岸就沒有軍勢駐扎，如果三好長慶命令那四萬大軍趁機殺向近江，無論是奪吉良家的坂本町、大津町、堅田町，還是六角家的觀音寺城，都將給兩家造成致命的后果，老巢被端還再守京都就沒有任何意義。
最后兩位大將與幕府達成折中協議，中條時秀入洛鎮守京都，六角義賢來到伏見山原吉良家的大營接替鎮守京都以東的重任，這樣好歹還有個掎角之勢互相馳援，再輔以吉良水軍對淀川流域的掌控力，到不用擔心近江會在短時間內被三好家奪取的危險。
七月中旬京畿的平穩局勢再起波瀾，三好長慶似乎等到他想要的答案，大致判斷出幕府方支持軍勢的實力，于是迅速調動大軍向京都殺去，他這一動就大大出乎所有人的預料，因為這次三好軍的進軍路線，不是傳統的渡過桂川而是換成丹波出兵。
當三好義賢、松永久秀、內藤宗勝所率領的四萬大軍從丹波殺入山城國的時候，京都內的公卿武士乃至眾多守軍全都傻了眼，萬眾期待的吉良水軍頓時失去依仗。內藤宗勝率領一萬軍勢直取京都北部的船岡山城。松永久秀率領一萬軍勢直奔京都城外的小泉城。而三好義賢所部則直奔京都殺去。
三好長慶作用近兩萬軍勢竟然坐鎮勝龍寺城一動不動，這時中條時秀才徹底明白三好家的戰略，總大將掌控桂川以南的廣大戰略縱深，同時鎮守住身后攝津國的局勢安穩，讓他的弟弟以及譜代家臣率軍進攻京都，自己帶著這近兩萬軍勢還能作為別動隊，在京都攻擊戰中最緊張的時候突然殺出來充當生力軍，以起到一錘定音的效果。這就是他所用的一石三鳥之策。
中條時秀能看出來，六角義賢自然也能看出來，于是他當機立斷留下五千軍勢鎮守大營，自己親率一萬五千軍勢越過鴨川進入鳥羽與三好義賢軍勢展開激戰，中條時秀在確定三好家的戰略后第一時間發布命令，將京都七口全部封閉完全戒嚴，同時分兵支援京都外作戰的六角義賢。
菅沼定直接替小泉城城代，他所率領的一千軍勢需要直面松永久秀的一萬軍勢，菅沼定直的軍略只能用一般般來形容，讓他以一千敵一萬本就是一件極端困難的舉動。而這座小泉城年久失修，完全不能和勝龍寺城相提并論。甚至比船岡山城還要差上一籌，落在他肩膀上的壓力是非常巨大的。
船岡山城城代也換成更加善戰的一色直高，他所面對的則是同樣能征善戰的內藤宗勝，雖然他的軍略要比菅沼定直高出許多，但對面的內藤宗勝也比松永久秀更厲害，而且此人與吉良家有一箭之仇，攻擊的欲望遠比老謀深算的兄長松永久秀要高出一大截。
兩人面臨的局勢都十分危機，但京都南部的鳥羽原爆發的合戰更加扣人心弦，三好義賢率領兩萬軍勢突襲鳥羽口，這里是京都七口之一也是自桂川方向進入京都的重要通道，三好義賢對這座關口勢在必得，而六角義賢與中條時秀都不愿意放棄，雙方在此展開耗時長久的戰爭。
三好義賢的兩萬大軍對陣六角義賢的一萬五千軍勢，以及大河內國綱率領的五千援軍，在軍勢數量上雙方是持平的，但三好義賢的軍略明顯要比后兩者強出一截，而且因為吉良軍與六角軍之間的齟齬，在配合上難免產生較大的問題，三好義賢趁機切割兩軍之間的縫隙險些將兩軍給分割包圍。
還好大河內國綱對著突破切割口展開攻擊，成功挫敗三好軍的圖謀，雙方的軍勢在鳥語口外幾經反復糾纏在一起，隨著太陽落山最終還是罷兵還營，三好義賢將大營設在鳥羽口外不遠處的香泉寺做出長期作戰的架勢，六角義賢則在鳥羽口外扎營，大河內國綱退回鳥羽口內與吉良軍的守衛一起駐扎。
距離只有半里路之外就是丹波口外扎營的松永久秀，他主攻的方向就是丹波口外的小泉城，而內藤宗勝已經成功的突破京都七口之一的長坂口駐扎在船岡山下，直接威脅到京都的安全，中條時秀不敢放任此人攻入京都腹心，只能將三千五百幕府守軍留在二條御所待機，自己率領三千軍勢也留守二條御所彈壓幕府守軍，還要時刻盯著南北兩邊的變化謹防出現危機。
戰爭從七月初一直持續到七月底也不見結束的樣子，三好軍展現出兵力上的巨大優勢，穩扎穩打步步為營慢慢壓縮吉良軍與六角軍的活動空間，并在七月底攻破小泉城，并將吉良軍守將菅沼定直討取，城內守軍一千人無一幸免，這是吉良軍迎來的第一場慘烈的失敗。
這場激烈的籠城戰耗時近一個月，松永久秀為攻陷此城可謂是煞費苦心，斷水斷糧誘騙調略騷擾強攻等等手段，最后還是憑借人多硬磨生生磨死人數稀少的小泉城守軍，為攻陷此城松永久秀還付出三千六百多條性命才艱難拿下。
攻陷小泉城之后，三好軍滿心歡喜的以為能撈一票大的，結果遍尋城內發覺連一粒糧食都沒有，幾處存放兵糧的小天守干凈的可以跑老鼠，天守閣被一把火燒的一干二凈也沒有金銀珠寶之類的財物，軍械鎧甲破破爛爛沒有一件完整的。灰心喪氣的三好軍勢只能拿城外的數千居民撒氣。就這樣這些倒霉的居民又無端遭受兵火之災。只能連夜拖家帶口向京都城內逃避。
小泉城被破成為改變戰場局勢的一件大事，隨后半個月情勢突然急轉直下，一色直高把守的船岡山城因為城內的糧草被消耗一空而被攻破，索性城外的援軍中條時秀拼命掩護著他總算從內藤宗勝的虎口脫離出來，可是一千守軍已經所剩無幾。
小泉城破、船岡山城也被攻破，對六角軍的士氣造成極大的影響，這一影響很快就反饋到八月底的鳥羽口合戰中，三好義賢所部軍勢高歌猛進的攻入六角義賢的本陣。險些討取他這個總大將的性命，最后還是中條時秀的三千軍勢強力突襲將三好義賢的軍勢打退。
可這一救援就露出京都的腹心破綻，松永久秀就無法無天的沖破丹波口殺進京都城，中條時秀又率領大河內國綱所部殺回京都，在二條御所外與松永久秀血戰與右京長街上，惡戰持續大半夜直到天色蒙蒙亮才以中條時秀大獲全勝告終。
這一場惡戰打的極為激烈，吉良軍八千疲憊之師對陣同樣殘缺士氣低落的六千余松永軍，雙方一個缺少體力一個缺少士氣在京都的街道上混戰才顯得格外艱難，直到松永久秀配下第一大將號稱“槍中村”的中村新兵衛高次被中條時秀討取成為戰事的重要轉折點。
松永軍堅持的信念隨著中村高次被殺而化為烏有一路向丹波口逃竄，松永久秀被敗兵裹挾著狼狽而逃。而吉良軍鼓起斗志一路追殺出去，竟然將松永軍追趕的不敢進入小泉城。一路逃向鳥羽口的三好義賢大營躲避。
此役中條時秀討取兩千三百余首級，而自損不過六百余人，造成巨大差別的根本原因是松永軍權限潰敗逃竄中，被中條時秀沿途追殺討取近一千六百余首級，真正死在僵持戰中的只有那六百多人，松永軍陣亡在此戰中的陣斬只有七百余首級，余下皆是追殺潰軍的收獲。
松永久秀的一萬軍勢被徹底打殘，只剩下四千遭逢慘敗的潰軍不足以擔當一陣大將，只能合并到三好義賢的軍勢之中，讓三好義賢所部重新湊成兩萬軍勢，六角義賢見勢不妙立刻將伏見山的五千軍勢調過來也湊成一萬五千軍勢繼續與三好義賢僵持。
直到八月末的最后一天，命令內藤宗勝所部八千六百余眾從船岡山出發作為上洛的“先陣”，另一邊則命令三好義賢兩萬軍勢對六角義賢發動進攻，內藤宗勝的八千虎賁在右京飛鳥井與中條時秀所率領的幕府守軍及本部殘軍萬余眾遭遇，一場惡戰不可避免的爆發。
中條時秀的軍略與內藤宗勝相差不大論武勇更是技高一籌，但是他配下的軍勢個個疲憊不堪，幕府守軍又皆是不堪大用之輩，一色直高所在的右翼軍勢被內藤宗勝重點照顧損失慘重，若非同門師兄師岡一羽的協助下穩住局勢，中條時秀恐怕就要再吃一場敗。
即使如此雙方在右京激戰三日打的難分難解，打的整個右京一片狼藉戰火熊熊燃燒毀掉無數重建的庭院，右京之內的數十所佛寺被大火付之一炬，居住在右京的公卿與僧侶們緊急逃往比叡山避難，就連天皇也憂心忡忡的祈禱天下靜謐。
在京都以南的鳥羽口同樣爆發一場合戰，失去大河內國綱支援的六角義賢無法抵擋三好義賢與松永久秀的聯手夾攻，在鳥羽口被殺的一場大敗當陣戰死三千余眾，家中多名譜代家臣歿于陣中，六角義賢被迫帶著殘軍退回大營里死守不出。
肆虐多日的右京大火在一場豪雨下被澆滅，同樣被澆滅的還有繼續戰斗的意志，大戰兩個月難分難解早已讓雙方的武士對功業的渴望變的麻木，重復一天又一天的進攻同伴的劇烈傷亡，活著的武士看不到任何希望。
中條時秀所部只剩下五千余殘軍敗退到二條御所堅守不出，而幕府的三千五百守軍更是一陣被討死千余人，早早的退出飛鳥井合戰的序列逃回去舔傷口，相比之下內藤宗勝的日子也很不好過，八千六百軍勢只剩下不到六千人退回船岡山城，主要是被中條時秀率領的兩千五百經歷越中戰爭的精銳突破三陣一天就討取近千顆首級給傷到。
雙方的手牌被打的不剩多少，中條時秀所部及幕府軍一共七千五百余眾死守二條御所，六角義賢所部一萬兩千人在鳥羽口大營里被堵住，三好義賢一萬八千軍勢在戰場上取得的絕對優勢壓制的他毫無辦法，以六角義賢的軍略水準被戰斗到這一刻基本已到山窮水盡的地步。
中條時秀與六角義賢拼的那么狠，其實還是擔心三好長慶趁機渡河改變戰局的走向，本著拼掉一成是一成爭取震懾住三好家渡河的企圖，但無奈的發現雙方大將的指揮水準相差仿佛，兵員素質裝備差距不大，唯一的差別就是兵力差距實在太大。
兵力相差一倍多不說，還有兩萬軍勢就坐鎮在河對岸虎視眈眈，逼迫的中條時秀與六角義賢心態越發急躁，急于盡快擊退三好軍的入侵進攻卻忽視己方絕對的劣勢，京都除去二條御所算的上一座像樣的居城，京都七口與船岡山城、小泉城都不能作為依仗，而且最重要的一點，身為進攻一方的三好軍可以后退躲避，但防守一方的吉良軍、六角軍卻無路可退。
他們一退就必須拋棄二條御所，可是強情公方足利義輝已經早早的在石清水八幡宮發下重誓，絕對不會重復他父祖的悲劇，絕不允許任何權勢武家把征夷大將軍趕出京都，他絕對不會離開二條御所一步，哪怕身死也要與京都共存亡。
三好長慶冷冷的注視著京都的戰況，直到惡戰兩個月的京都進入殘局階段，他才決心渡過桂川突襲京都做最后一擊，于是動用淡路水軍數百艘戰船封鎖淀川，阻止任何從宇治川初入的船舶尤其禁止吉良水軍，已經可用作軍事用途的任何船只出現，這次安宅冬康學的很聰明，喝令淡路水軍堅決不能追擊吉良水軍，哪怕遭到偷襲也不能追擊以防誘敵深入再中招。
淡路水軍的烏龜戰術就認準淀川干流封鎖讓吉良水軍毫無辦法，他們的船只數量和質量完全不能和稱霸瀨戶內海的淡路水軍相提并論，除去偷襲騷擾之外還真沒有辦法經過淀川的交匯口前往桂川阻擋三好長慶。
三好長慶站在桂川北岸眺望著遠處飄蕩著淡淡血腥氣的京都，身后是兩萬虎狼之師士氣高昂的登陸，桂川上來往竄梭的船只全部飄蕩著三階菱五釘抜的旗幟，三好長慶壯志酬籌地說道：“再也沒有人能阻擋我上洛了！”(