深沉的夜對于三好家是一個結束，但對于服部保長卻遠沒有到結束的時候，夜半三更獨自一人撐著雨傘站在滿目瘡痍的二條御所里，看著幾十個忍者披著蓑衣在雨水里發掘尸首，看到幾個時辰前依然美麗的御所變成廢墟，幕府將軍一朝命喪黃泉，即便鐵石心腸也要為之動容。
“太慘了！實在太慘了……”服部保長默默的盯著忍者們把死者的尸體一一擺放在水洼里，暗嘆道：“殘酷的讓我保長也無法忍受，室町幕府兩百年的基業就這么毀在那殺兄弒君的蠢材手里了！實在太可惜了。”
幕府完了，這是看到現場廢墟后每一個武士的心里話，不論室町幕府曾經多么輝煌燦爛，都終結于足利義輝之死的那一刻，無論將來足利義秋有多大的能耐重振聲威，都無法掩蓋他殺兄弒君的惡名，他的名聲完了，他的后代失去正統性，他已經失去成為將軍所應有的基本品德。
事實也確實如此，當第二天一大早三好家發覺二條御所里的尸體不翼而飛的時候，每個人都知道自己被狠狠的擺了一道，足利義秋氣的暴跳如雷，在床上拍著榻榻米折騰半天，最后還是撐不住患上感冒風邪、發熱頭痛的病癥，除了躺在床上不停的咳嗽，完全沒有任何的辦法。
松永久秀也病倒了，他比三好三人眾敬業的多，扛著大雨沒有選擇躲起來，于是就享受起足利義秋同病相憐的待遇，本來這也不失為接近足利義秋的好機會。奈何他的兒子松永久通捅了大婁子。需要直接承擔“暗殺”將軍的惡名。惡劣的局勢讓他難以安心的待在床上休息。
與此同時，二條御所的慘案終于散播開來，服部保長利用發達的情報網，迅速把昨日里足利義秋率軍攻打二條御企圖篡奪將軍之位，并親手逼死嫡親兄長足利義輝，眼睜睜看著母親慶壽院自殺的消息傳揚開來。
更妙的是這不是謠言，而是真憑實據的事實，足利義輝及其母慶壽院、其側室小侍從。以及譜代家臣等數百口的尸體，全部安葬在京都相國寺塔頭光源院內，相國寺住持親自前往光源院為死去的征夷大將軍做水陸法會，更進一步佐證這一事件的真實性。
待頭昏腦脹的三好家發覺情況不對準備辟謠的時候，京都大內里的正親町天皇下詔慰問可憐的足利義輝以及他的遺孀近衛賢子，朝廷里以従一位關白左大臣近衛前久為首，文武百官數百人浩浩蕩蕩的前往光源院吊唁逝去的將軍。
大概是基于唇亡齒寒的心里，這次京都公卿們的意見出奇的團結，哪怕是近衛前久的政敵二條晴良也沒有選擇在這個時候給他上眼藥，畢竟幕府這二十年來給朝廷帶來的好處多不可數。正親町天皇不用學他父親后奈良天皇賣字養家，堂堂権大納言也不用滿街兜售自家菜地里的新鮮蔬菜。日子過的優渥舒坦到是一方面，更重要的是公卿們的體面總算保住了。
來自京都各界的善男信女，領受過幕府大恩的公卿、武士、僧侶、文化人等自發的來到光源院憑吊死去的征夷大將軍，曾有人寫下悼詞：“君為將軍名震天下蓋四方豪杰，盛年戰歿基業盡毀一朝榮華散。”
足利義輝得到的戒名為光源院融山道圓，這個戒名算作為他的一生劃上一個不太完美的句號。
在吊唁的過程中，來自四面八方的武士越來越多，難免會有人內外諷刺足利義秋的惡行，對此他也只能聽之任之不敢有絲毫的針對之策，他更關心的是理順現在的亂局，盡快結束由于二條御所出事而引發的“騷動”。
這場“騷動”被稱作永祿大逆，完全不像足利義秋輕描淡寫所說的樣子，足利義輝被殺那么大的事情又哪里是他一個人就能掩蓋的，隨著正牌將軍死在二條御所里，使得京都的局勢立馬變的撲朔迷離。
這畢竟不是一百二十多年前的嘉吉之亂，足利義教時代的室町幕府強大無比，即使將軍死掉依然有三管領聯手推舉足利義教的嫡子擔任將軍，即便有土一揆這種小插曲也無法改變幕府依然穩如泰山的事實。
一百多年前畢竟是舊事，在經歷過應仁之亂、明応政變、船岡山之戰以及江州大樹、堺大樹兩統疊立的尷尬，幕府將軍像走馬燈似的換個不停，從將軍出爾反爾潑出去的水強行收回來，到幕府管領為一己之私廢立將軍，都在說明幕府正以大步流星的速度衰退著。
幕府衰退的重要標志是對地方領國的控制力大大衰弱，許多領國自應仁之亂結束就再也沒有任命過守護，守護空缺八九十年意味著許都領國缺少正統合法的權威，此時再出現將軍被殺的局面，就很難再重現當年幾位管領找幕府重臣以及幾個有力守護一商量，就把擁立將軍的事情給辦下來的順利景象。
忽然間京都的民眾發覺幕府將軍難產，不是因為幕府找不到沒有合適的繼承人，而是這個合適的繼承人剛剛參與謀殺兄長的惡毒之事，人們不能接受一個道德有嚴重瑕疵的將軍，這樣的將軍更加不能讓天下的武士感到安心，更不用提關東那條巨龍的態度。
面對這種不利局面，足利義秋感到非常焦急，原定計劃是足利義輝主動認他做養子，然后順順當當的接任將軍并把兄長送到寺院里“隱居”即可，卻不想鬧出這么大的惡事讓人痛苦不堪，但是事情還是得做，大病初愈就急忙找到朝廷申請征夷大將軍。
身為關白的近衛前久毫不猶豫的拒絕他的請求，理由是朝廷不能接受他這個殺兄弒君的新將軍，別說征夷大將軍不能給。就是左馬頭也不能給他。這是當著滿朝文武的面前紅果果的一巴掌抽在足利義秋的臉上。讓他頓時就記起自己嫂子就是近衛家的女兒，近衛前久這個混蛋迎娶的恰恰就是足利義時的妹妹，恨屋及烏就把他也給恨上了。
近衛前久不給面子，那就想辦法把這個關白給攆下臺，于是足利義秋就找到二條晴良告訴他自己的打算，二條晴良早就想奪回關白之位，于是兩人一拍即合同時在朝廷和京都發難，足利義秋把近衛御所給圍住。污蔑他窩藏殺害將軍的案犯，強行要索拿人。
他們自己弄死足利義輝，再賊喊捉賊血口噴人的污蔑，當然是抓不到任何案犯的，一大群武士大剌剌的在近衛御所轉了一大圈沒抓到人，卻不忘順勢擄掠近衛家的金銀珠寶作為“矢錢”繳納，這筆“矢錢”足有兩萬貫之多，乃是足利義時歷年贈予以及近衛家商屋的盈利，就這么被一幫粗魯的武士給劫掠一空。
近衛前久氣的渾身發抖，萬萬沒想到足利義秋竟然這么狠毒。更糟糕的是他的父親近衛稙家給氣的發病了，被這一幫惡徒闖進家里搜羅金銀珠寶作為“矢錢”給氣的腦中風。在家里渡過三個艱難的夜晚還是死掉，這比血債又被記載足利義秋的身上。
足利義秋已經決定清理他兄長足利義輝留下的關系，才不會在意近衛家和他有多少親戚關系，就趁著近衛前久家中治喪的機會，聯合二條晴良參他一本妄議幕府毀謗將軍，逼迫在家守孝的近衛前久辭去關白左大臣的職務，二條晴良也順勢再次擔任關白。
接著足利義秋以“秋”字不吉為由舍棄其名，并由二條晴良親自主持元服儀式，正式改名為足利義昭，并邀請朝倉義景擔任梳發加冠役，正式表明即將繼位征夷大將軍的野心，當他完成這一套復雜的程序，已經是六月底的事情，而此時京都的輿論變的越發對足利義昭不利。
畿內的輿論上至朝廷公卿，下至販夫走卒黎明百姓，都認為是足利義昭害死了自己的兄長，這個輿論氛圍很快傳導擴散到天下，對即將登位的足利義昭是非常不利的，在這個過程中，三好家起到非常惡劣的影響。
上洛擁立將軍就是他們想出的歪招，永祿大逆惹出這么大的動亂，罪責當然要歸咎于三好家的頭上，即使這種情況之下，三好家還敢在京都欺行霸市肆意破壞商業秩序，隨意的敲詐勒索豪商，甚至縱兵搶掠京都的商旅，像一群盜匪惡徒在京都里招搖過市橫行霸道，這些都對足利義昭的名聲起到至關重要的惡劣作用。
歸根結底這還是三好家高層掀起內亂，波及整個階層的動蕩讓三好家的幾位重臣沒功夫約束無法無天的低級武士，反正近衛前久家都敢搶還怕京都的公卿們作甚，于是京都城內一時間群魔亂舞，搞的是烏煙瘴氣苦不堪言。
三好三人眾和松永久秀的攻守同盟，就為永祿大逆的責任歸誰而鬧翻了，乍看起來這就是一樁很奇葩的扯淡事，其實還是兩邊都發覺事情鬧的太大不好收拾，殺將軍總得有個兇手，赤松滿佑不就是因為殺了足利義教，才被一幫如狼似虎的大名給活活弄死。
這兩邊都覺得自己責任不大，三好三人眾表示我壓根什么都不知道別算我的罪責，松永久秀冤枉的滿頭包，將軍是自殺的他連碰都沒碰一下怪他簡直沒有道理，至于他兒子松永久通的罪責也一并給推的干凈。
于是情況就變的更加離奇，兩邊都說自己沒錯那總得有個人為永祿大逆負責，足利義昭打死也不會承認自己弄死哥哥和母親，那怎么辦？只有打嘍！誰拳頭大誰有理，誰是輸家誰背鍋，就是這么簡單。
很顯然兵力占優勢的三好三人眾更強一些，哪怕被明智光秀所部突襲一把損失慘重，卻依然掌握著絕對的優勢地位，更重要的是此刻聞風而動的丹波國人掀起新一輪反叛，內藤宗勝帶著丹波國人返回家鄉看守老巢，而大和國人眾一直都不太老實，筒井順慶幾度對信貴山城發起進攻也讓松永久秀使不上全力。
更重要的一點是家督三好義繼并不看好松永久秀，更傾向于同族本宗的三好三人眾，于是松永久秀父子倆就被漸漸的排斥在足利義昭的圈子之外。出謀劃策受苦受累忙活好半天。自以為首功一件可以從此混成幕府重臣。榮華富貴唾手可得安享晚年不是夢想，卻不想事到臨頭，被自己最瞧不起的三好三人眾擺了一道，松永久秀簡直連死的心都有了。
三好長逸成功說服足利義昭，請他聯絡二條晴良從幕府申請一道朝敵治伐綸旨，把松永久秀、松永久通父子指為永祿大逆的“罪魁禍首”，策劃上洛的是他、攻擊二條御所的是他、殺死將軍的還是他，準備挾持足利義昭以令天下群雄的還是他。
足利義昭英明神武自始至終都被蒙在鼓里。三好三人眾被他的陰謀詭計耍的團團轉，三好義繼被他所愚弄，總之三好家從上到下一水的干凈，壞就壞在松永久秀、松永久通這父子倆，包括三好義興、安宅冬康、三好長慶之死都是由他一手策劃的，三好義賢當初不愿意撤退也是松永久秀蠱惑的，三好家衰落都是他的錯。
反正栽贓陷害張口就來不計成本，大方向總體是朝松永久秀怎么壞就怎么編排的路子走，沒過幾天若干個版本演化出來，大體就是松永久秀腳底流膿頭頂生瘡。從他親娘生下她那天就惡心的要把他丟進臭水溝里淹死，之所以能活下來是因為寺院住持收養。長大成人就一把火把那寺院給燒了。
投靠三好家出賣同僚陷害上司一路平步青云混成奉行，最終憑借鬼蜮伎倆成為三好長慶的女婿，開始把魔爪伸向整個畿內肆意作惡，弄死三好家兩代家督兩位一門眾還不行，這次又把目標瞄準無辜的幕府公方，毒殺足利義親暗殺足利義輝，都是他一手策劃執行的，他這么做是期望有朝一日做管領云云。
這謠言的檔次不高缺乏內涵，明眼人很快就會從謠言中發覺許多破綻，奈何架不住畿內輿論對轟動事件喜聞樂見的八卦心理，當年主動配合服部忍者繪制出三好長慶的惡劣形象，這次當然也不會放過一次抹黑松永久秀的機會，勞苦大眾需要娛樂精神，越是宮闈秘聞就越感到新鮮好奇，于是亂七八糟的民間謠傳就悄然傳揚開來。
近衛前久干脆以服喪為由閉門不出，只保留朝廷給予的従一位內覽的虛名在家賦閑，這還是正親町天皇堅決阻撓的結果，足利義時的舅舅正二位內大臣中院通為也被迫辭去官職，沒過幾天就帶著親眷百十余口離開京都下向關東去了。
近衛前久忙著料理父親的后世沒有走，親足利義時一派的公卿受到重創，多數公卿要么被強行蟄居要么主動辭去，堅決不辭退的就找個理由給辭退，比如近衛前久的従兄弟従二位権大納言、右近衛大將、源氏長者久我通堅，就被二條晴良誣陷勾當內侍為由，強請天皇下達勅勘令，奪去久我通堅的一切名譽，追放出京都。
一時間京都上下被攪合的風雨大作烏煙瘴氣，朝廷上下對此頗有怨言，其中就以正親町天皇顯得尤為不滿意，好端端的京都被三好家這幫四國武士殺進來攪合的滿城風雨，對朝廷不錯的足利義輝被殺，換上來個趾高氣昂以為自己很牛氣的足利義昭，才一個多月就接連廢黜多名高位公卿，簡直不把朝廷當人看。
正親町天皇認為，首先制造京都的罪魁禍首是三好家，沒有這一族在京都亂搞也就沒有足利義昭，其次則是足利義昭與二條晴良的政治同盟，飛揚跋扈毫無理智的對朝廷進行大清洗，大肆排斥非己方的公卿，搞的人心惶惶非常過分。
為此正親町天皇決心做些事情，在授予足利義昭従五位下左馬頭的官位，便向他提出必須盡快鎮定京都的禍亂，尤其是攪風攪雨的三好家，而足利義昭起初到不太在意，天皇的意見在將軍眼里一錢不值，但是政治盟友二條晴良的不滿卻不能不重視。
二條晴良對現行的京都亂局也逐漸有所不滿，讓他堂堂五攝家的家督和四國的一幫泥腿子同殿為臣到也罷了，還要和三好三人眾之流推杯換盞把酒言歡，傳揚出去他這個關白的臉面可就要敗壞盡了。
起初默許三好家在京都惹是生非，那也是趁機用軍事威懾力逼迫朝廷就范，要不然近衛前久哪里那么容易去職隱居，天文末年丟失關白之位，就是因為自己缺少軍事力量的支撐，痛定思痛才有這三好家作亂得到默許的前因。
而今朝廷里的大清洗告一段落，提拔親近九條一系的朝臣公卿也是順理成章，嫡子九條兼孝晉升従二位権大納言、左近衛大將，完成從上到下階梯式的權力滲透，已經不再需要惹是生非的三好家繼續在京都惹事，當朝廷上下把這種聲音逐漸傳遞給足利義昭，就迫使他必須要認真考慮怎么處理內亂中的三好家。
其實足利義昭也漸漸無法忍受三好三人眾的驕橫，更重要的是他很同情松永久秀，連他所背負的殺兄弒君之惡名也是松永久秀接過黑鍋，坊間傳聞松永久秀策劃實施上洛殺將軍的一系列事件，恰好給足利義昭背負的壓力減少很多惡劣影響，短暫的喘息機會，雖然這些日子他一直被三好三人眾挾持掌控，但心底里還是多少感謝這個背黑鍋能手的。(