鄭芝龍將目光投向琉球，也就是臺灣島，并非偶然。
鄭之龍這一生，是一個傳奇，早年他家境有些清貧，十七歲就跑到澳門跟隨舅父黃程經商。
他從舅舅黃程那里學到了許多商業知識，要學會打通關節，學到了大量的航海知識。
而且他在語言上有著驚人的天賦，在澳門不到一年時間，鄭芝龍就能說一口流利的葡萄牙語了。
后來他又陸續學會了日語、荷蘭語。有語言上的天賦，使他在與外國人打交道時贏得了優勢。
他的表現令舅舅黃程非常滿意。黃程于是讓他帶一批白糖、奇楠、麝香到日本，這些貨是搭大海商李旦的船只運抵日本的平戶港。
這一次日本之行，成為鄭芝龍一生最大的轉折，因為就在這次行程中，他出色的表現讓李旦刮目相看，并在不久之后，做出了一個令所有人為之震驚的決定：收鄭芝龍為義子。
從此，鄭芝龍在李旦集團迅速崛起，成為其中的核心人物，此時的他才二十歲左右。
但對他影響最大的人，并非是李旦，而是平戶的另一位華人海商顏思齊。
顏思齊與李旦是平戶華人海商中實力最雄厚的兩個人，李旦是純粹的商人，顏思齊卻有遠大的政治抱負，并不甘于只做一個海商。他仗義疏財、性情豪爽，贏得了德川幕府的重視，被任命為甲螺。
而顏思齊的第一個目標，是顛覆掌握日本大權的德川幕府，建立一個由華人把持的日本政府。
為此他網羅楊天生、陳衷紀、洪升、張弘、林福等二十八名海商，要說明的是，這些都不是純粹的商人，他們的武裝商船亦盜亦商，有很強的實力。
而武藝高強，實力已經很可觀的鄭芝龍。就是這二十八人之一。
顏思齊與這二十八人正式結義為弟兄后，對他們說道：“日本地方廣闊，上通遼陽、北直，下達閩粵、交趾，真是魚米之鄉。若得占踞。足以自霸。”
大家聽后十分激動，西洋鬼子能控制南洋各國，自己這些人為什么就不能控制日本呢？
為此二十八人同心協力。精心謀劃了很久，若是這次行動成功，整個亞洲的歷史都將被改寫。
可惜的是，當萬事具備，連起事的日子都定好時，消息卻不慎走露了。
德川幕府先發制人，調來軍隊準備剿滅這支海盜商團。幸好安排在幕府的內應提前把日本人的消息通知了顏思齊。于是大家緊急逃離日本。
撤到海上后，這群海盜商團急需找一個落腳點，于是。他們把目光投到了琉球，也就是臺灣島。
而這時，琉球島上還是一片蠻荒之地。
他們在北港登陸，開始了艱難的拓荒，并派楊天生回福建，招募了數千人前來。在北港建城，這標志著琉球的歷史翻開了新的一頁。
除了開發琉球島，他們更以武力控制了琉球海峽，從過往的商船上劫得大量財物。鄭芝龍雖然離開了日本，但李旦還在日本；
作為李旦的義子。他勾連起了顏思齊與李旦這個集團的商貿聯系，憑這一點，使得鄭芝龍在顏思齊集團中的地位更加重要。
留在澳門的弟弟鄭芝虎、鄭芝豹、以及堂兄鄭芝莞紛紛來投，便得他的實力進一步增加。
而這時一伙荷蘭海盜被葡萄牙人打敗后，也跑到琉球，占領琉球南部地區，并開始修筑兩座城堡：熱蘭遮城與赤嵌城。
雙方都是剛落腳琉球島，都在忙著舔傷口，所以一開始雙方一南一北相安無事，鄭芝龍還被派去給荷蘭人做了一陣子翻譯。
明天啟五年顏思齊在豬羅山打獵時染病，回來后不久便病死了。
顏思齊的暴死，使得集團的權力斗爭一下子陷入了白熱化。
值得一提的是，在此前一個月前，鄭芝龍的義父李旦也去世了，李旦手下龐大的勢力交給了鄭芝龍，鄭芝龍憑借李旦留下的實力，成功奪得了顏思齊集團這股勢力的頭把交椅。
如此一來，李旦和顏思齊這兩股勢力，一下子全落到了鄭芝龍手上，使他一躍成為東亞最強大的海上力量。
集兩股強大勢力于一身的鄭芝龍，本應比顏思齊更有作為，顏思齊念念不忘占領日本，臨終時還對大家說：“不佞與公等共事二載，本期創建功業，揚中國聲名。今壯志未遂，中道夭折，公等其繼起。”
可惜的是，鄭芝龍只繼承了顏思齊的實力，卻沒有繼承他的遺志，他沒有顏思齊那種志在四海的目光，他有的只是小聰明，只想著衣錦還鄉。
到崇禎元年，鄭芝龍手下擴大到了將近十萬人，船只的數量達到一千五百多艘，橫行東南沿海，無人可敵。
鄭芝卻忘了顏思齊的遺言，沒有率領這支強大的力量殺向日本，而是殺回了東南沿海，在沿海地區的不斷騷擾，令明廷非常不安。
當時的福建巡撫朱一馮無力應付，秘密約請荷蘭人參予清剿鄭芝龍的勢力，作為報答，朱一馮將向皇帝請求讓荷蘭人獲得與中國貿易的特權。
荷蘭駐琉球的總督韋特便率軍進攻鄭芝龍，結果鄭芝龍的炮火之猛烈，讓韋特兩腳發軟，一炮未發，便倉惶率著維蕾德號、伊拉斯莫號船逃往爪哇去了。
后熊文燦出任福建巡撫，成功招撫了鄭芝龍這只“燕雀”。鄭芝龍從海盜頭子變成了明朝的守備。
荷蘭人賊心不死，集結在東亞的力量后，多次襲擊福建，想從鄭芝龍手上搶奪海上商路控制權，都被鄭芝龍擊退。
尤其是澎湖一戰中，燒沉夷眾數千計，生擒夷眾一百一十八名，馘斬夷級二十顆，焚夷夾板巨艦五只，奪夷夾板巨艦一只，擊破夷賊小舟五十余只，奪獲盔甲、刀劍、羅經、海圖等物皆有籍存。而前后銃死夷尸被夷拖去未割級者累累難數。
但鄭芝龍招受招撫之后，精力都用在了經營福建上。
雖然在崇禎元年閩南大旱時，鄭芝龍便乘機向熊文燦提議，招納泉州、漳州數萬名災民，前往臺灣島墾殖，每人發給三兩銀，三個人發給一頭牛，讓他們在臺灣島上建立家園，開墾荒地。
但始終沒有花力氣去根除荷蘭人在琉球的勢力，荷蘭人經過這么多年經營，前后換了八位總督，現在已經是第九任總督歐沃德。荷蘭人在琉球島上的實力又已經非常可觀了。
鄭芝龍感覺福建的局勢越來越緊張，雖然不甘心就此放棄福建，但他決定先驅逐荷蘭人，占領整個琉球，作為鄭家將來的退路。
這一點得到了鄭之豹幾兄弟的支持，幾人商議一番后，決定由鄭芝豹率領艦隊攻打熱蘭遮城與赤嵌城，由鄭鴻逵負責招募百姓，大量移民琉球。
只是鄭鴻逵始終覺得囚禁隆武不妥，他猶豫了一下說道：“大哥，皇上之前當眾焚毀朝中官員通敵書信，并特諭不計前嫌。咱們何不再和他坦開來談一談，以恢復舊觀，安定八閩。”
鄭芝龍對武隆逃走之事，仍耿耿于懷，他語氣不善地說道：“那你就去找他談吧。傳我命令，讓關上加強盤查，但有叛逃者，通通斬了。還有，看好那個不孝子，別讓他再攪出什么風波來。”
對于長子鄭森，鄭芝龍是又愛又恨。他曾找來相命術士為自己兒子看相，相士一看鄭森的面相，立即驚嘆道：“郎君英物，骨格非常。”連向鄭芝龍道賀。
當時鄭芝龍很高興，連道：“我只是個武夫，此兒如能博取科舉功名，為門第增光則幸矣。”相士搖搖頭道：“此兒非科甲中人，實是濟世雄才。”
鄭芝龍聽了更高興，對長子寄予了無比的厚望。后來，鄭森的表現確實讓鄭芝龍驚喜，允文允武，英姿勃發，他幾兄弟都常夸鄭森是“吾家之千里駒。”
這世上的事，有時真是怕什么來什么，鄭鄭芝龍剛吩咐看好鄭森，貼身護衛黑旋風冼老三突然撞門進來，急吼吼地說道：“國公爺，不好了，大公子他........”
“他又怎么了？”鄭芝龍心頭頓時充斥滿了不祥的預感。
“大公子他帶著童海峰、楊期潢、施瑯，施福、洪習山一干人，沖入皇宮，將皇上和皇后劫走了。”
“什么？這個逆子，反了他！”