“有七個金碗交給七位天使，碗內盛滿了上帝的烈怒。頭六碗倒進地里、海河中，也倒在日頭、野獸的寶座。敵基督的軍隊聚集到哈米吉多頓。第七碗給倒在空氣之上，世上各國紛紛傾倒。”七碗滅世的過程，因為七名使徒的死亡而被逆轉，但是現在的聯合隊卻無疑巧妙地取代了“敵基督的軍隊”的地位，而第三新東京市則取代了“哈米吉多頓”的地位。即使是以南宮影的智慧，也不得不贊嘆蘿拉的心思縝密程度，連敵人都利用的人是最可怕的。
閑話休提，至此《啟示錄》的過程差不多算是完蛋了，因為“最終審判”已然完成，現在還活著的“人類”都擁有了“神”所賜下的豁免權，“人類補完計劃”在“一千年”這個不知道具體是多久的時間概念里將無法實現。初號機頭頂的狄拉克之海已然關閉，寓意新輪回的開始，接下來就應該是《創世紀》的過程了。
而要開啟創世紀過程，勢必就要讓南宮影成為神，這可是比“天使墜落”要困難無數倍的術式，理論上是無法完成的，但是借用這個世界真正存在的天使，蘿拉十分巧妙地基于“神子受難”的術式完成了這個“成神”術式。耶穌受難三日后復活，但是并非復活在人間，而是回
歸了天堂，十字教教義，天父耶和華乃“圣父圣靈圣子三位一體”，耶穌就是這個“圣子”。蘿拉的計劃就是讓南宮影借用初號機的“圣子”地位。在受刑之后以“圣子”的身份回歸天堂，而“三天”這個概念。由渚薰他們三個“天使”來強行取代，問題應該不大。
蔥娘已經成功的操縱了九臺量產機...里面的傀儡駕駛員，要不然這個雙馬尾絕對超神了。而初號機爆發出的AT力場也成功召喚了最終教條區的朗基努斯，現在這把鮮紅色的巨型叉子已經響應召喚，穩穩地停在了初號機的脖頸前，完成了“神子受難”最終階段的準備。被蔥娘操縱的量產機則是按照計劃用偽朗槍貫穿了初號機的雙手，刻下了“圣痕”，并咬著初號機背后的十字架向著平流層飛去。
“嘶...還挺疼。”南宮影甩了甩手。沒想到在這個世界自己居然享受了兩次穿手之刑，不過也算是他自找的。達到預定高度之后，量產機立刻松開了初號機，以卡巴拉生命樹的排列方式飛在空中，并開放了自身的S2機關，與同樣開放S2機關的初號機一起，召喚世界根源的降臨。而事情也很順利。卡巴拉生命樹的圖樣成功的浮現在了高空，不是書本上的圖畫，而是真正的世界根源意識。
儀式完成的同時，就在地下世界爆發了規模巨大的爆炸，作為人類認知中“天堂”的象征，深埋于地底的“黑之月”暴露了出來。受到黑之月的感召。位于地底的巨人莉莉絲也膨脹了起來，并且順手同化了零號機和阿米沙爾，幾乎毫無過程的變成了麗的樣子。以遮天蔽日之勢長到了初號機的高度，麗作為“圣母”，在整個儀式中存在的價值除了完成“三天”這個意義之外。另外一個目的就是賦予初號機也就是南宮影真正的“圣子”地位，作為“行刑者”的量產機已經沒用了。
“接下來。就讓這空無一物的軀干，去承受人類的祈愿，去祈禱人類希望的事情！”隨著麗面帶微笑的籠上了雙手，南宮影做出了整個儀式中對他來說最為危險的部分：放棄自我，以暗喻圣子的死亡。隨著這一步的完成，南宮影已經進入了假死的狀態，當然如果蘿拉的儀式出了什么岔子的話他可能就真的死了。而朗槍也插入了初號機的核心化為了原初的生命之樹，完成了“神子受難”的最后一步。
接下來的事情，南宮影已經不知道了，他將自己的生命完全交給了剩下的人。但是這并不妨礙儀式的繼續進行，與“圣母”麗一起化身巨人的，還有作為“圣父”的亞當也就是渚薰，他巨大的雙手中還捧著力天使。“亞當”作為天父按照自己的形象塑造出的第一個人，本身便擁有著“圣父”的屬性，加上司掌“神之力”的力天使塞路爾，這對兒組合在儀式中可以完全取代“圣父”的地位。
緊接著，同步軌道上的鳥天使降了下來，地面上的二號機也飛了起來。可以窺探人心靈的鳥天使，加上完全沒有自我的霞天使，正好可以作為“神”與信仰的連接，也就是“圣靈”而存在。“圣父圣子圣靈”三位一體便可成就真神，當然明日香和渚薰是不需要合體的，你們當力天使和鳥天使是干什么的？
三位一體的儀式已然完成，作為天堂象征的“黑之月”也緩緩的被麗捧了上來，整個儀式場完全上升到了外層空間，作為獻祭的“圣父”力天使和“圣靈”鳥天使全部被初號機化身的生命之樹所吞噬，然后緩緩沉入了黑之月。“造神”儀式已經基本成功，但是我們的主角卻依然在假死狀態中，這是整個儀式最難的一道坎兒：圣子是否能奪得“神明”力量的掌控權，現在沒有任何人能知道。
血色的LCL之海中，南宮影正再緩緩的飄蕩，他的身邊則站著三個尚顯稚嫩的身影。
“這就是你所追求的么？失去了形體，失去了意志，失去了一切。”
——那么你又在追求什么呢？自由天使塔布里斯。追求絕對的自由么？別說傻話了...人的存在是因為能被別人感知到，這個道理放在使徒身上也是通用的。不被人感知到，你的自由又有何意義呢？沒有任何存在能夠證明你的自由。
“不錯的想法，那也許正是我所追求的也說不定。”
——但是你真的做得到么？沒有了別人的世界。與沒有了自我又有什么區別？AT立場的存在并不僅僅是為了將人與人分隔開，更是為了能讓人互相感覺到對方的存在。哪怕互相傷害。但至少這份存在的記憶并不虛假，人的存在需要互相印證，就像是取暖的豪豬，雖然疼痛，但是真實。沒有了人類的祈禱，神便不再是神，你只是一個小小的天使，那種雖然絕對但是虛假的自由。你承擔不起。
“世界被悲傷所充斥，人們被空虛所籠罩，而人的心將被孤獨所掩蓋。人與人會相互傷害，也會相互背叛，沒有人可以了解別人，不會有人像你一樣的善良。即使如此，你也要回去么？你的手為了什么而存在？你的心又為了什么而存在？”
——麗么？連父親都不叫。我回去可要收拾你嘍！世界也許依舊丑惡，但是那些美好的事情，也不是虛假的不是么？寧叫天下人負我，休叫我負天下人，我只求問心無愧罷了，而且無論如何。你們都不會離開我不是么？我的手，為了僅握生命的力量而存在；我的心，為了守護世間的美好而跳動。
“總是背負這些的話，會很沉重的吧？如果痛苦的話...也可以放棄；如果不愿意的話...也可以逃走；渴望解脫吧？期望得到安寧吧？”
——死也不要！我的生命可不僅僅屬于自己，為了你...也為了大家。我要活著。
“不知道是該說恭喜還是該說遺憾，為了保全自身的存在。卻放棄了真正的自由。”南宮影從LCL之海中站了起來，十分不科學的站在了海面上，正對著掐笑嫣然的渚薰：“自由？那種東西代價太大了。沒有人是自由的，與家人的羈絆，與朋友的羈絆，與愛人的羈絆，享受著這些的我，可不愿意去承受自由的代價啊。我的存在，我所擁有的愛，也不是小小的‘自由’就能取代的！”
“即使ATField再次傷害你和其他人，你也依然要回歸么？”
“正是因為互相傷害，正是因為彼此間的不同，我們才能察覺彼此的存在不是么？人類會相互理解的，即使不使用人類補完這種方法，哪怕只是我的一廂情愿，哪怕這都是裝給別人看的。即使總有一天依舊會背叛，即使在那一天依然被被拋棄，但是，那時的心情一定是真實的吧？”南宮影淡笑了一下，“夢是現實的延續，現實是夢的終結，在虛幻中他逃避現實，依然有一個盡頭不是么？沒有一個人的世界，一點都不美好，人類生而美麗，正是因為彼此之間都是不同的，即使這種不同會互相傷害，這也不是我們編造理由報復現實的借口。不過說起來，在我的心中你們是什么？應該不是我乖巧可愛的女兒們吧？”
“是希望，是你心中所存在的希望，人與人互相理解的希望。”
黑之月，代表著人類起源的黑之月，緩緩地崩解了。一道又一道血色的線條劃過，將黑月完美的劃分為了一個個小方格。從這些線條中不斷的溢出血色的LCL溶液，正如它剛剛來到地球時一樣，當初它為為地球帶來了無數的生命，包括人類在內，如今，它將以同樣的方式，修復飽經創傷的世界。
黑月上的血痕越來越密集，最終整個星球崩潰成了一團紅色的光點，這些光點正是第二次沖擊時，死去的人與動物的靈魂，也正是這個世界被封印起來的星球意志，如今它們又重新回歸了地球的懷抱。兩名白色的巨人，麗和渚薰則伴隨著這些紅色光點的下落，和二號機一起回到了地面。在原地只留下了已經取得神之格位的初號機，更準確的說是南宮影，因為他們使用的是同一個靈魂。
“現實存在于未知之中，夢存在于現實之中，真實存在于心中。因為人類自身的形象是由人的心所塑造，而新的意向，將改變人類的靈魂和形態，意向，想象力，我們的未來，是憑借著時間洪流開拓的。只是，人類如果不靠自身的意志行動，那么什么都不會改變。失去了自己的形態，只能靠著自身的力量尋回，即使是失去了自身的觀點，或是被他人的言論所迷惑也是一樣的。”
因第二次沖擊被補完的一半人類和動物的靈魂全部回歸了地球，但是南宮影并沒有動用“神”的權利讓他們復原，即使他可以做到，他也不會去這么做。靈魂上的自由是上天賜給每一個生命最公平的權力，即使是“神”也不能肆意玩弄，究竟要不要回復自己的形態，要靠他們自己決定，南宮影能且唯一能做的，僅僅是給他們一個選擇的機會罷了，別的什么也不能做。
初號機身上的裝甲猛然炸裂開來，露出了灰棕色的猙獰原貌，張嘴伴隨著一道血霧吐出了朗基努斯之槍，同時背后出現了天使之翼形狀的AT力場。初號機，同時也是南宮影伸手握住了槍桿，將之折成了四分體的形狀，這種形狀象征著生命的再次繁衍。一道光芒閃過之后，地球上紅色的LCL之海開始緩緩的退色，籠罩在南極上空的血色能量也開始退去，海洋將不再是生命禁區，相信總有一天，這里又會像沖擊之前一樣，變得絢麗多姿生機勃勃了吧？
只要能用自己的心給自己塑造形象，任何死于二沖的生物都可以恢復原形，這是南宮影作為“神”給予這些生命的選擇權。任何生物都有著恢復樣貌的力量，都有著希望活下去的心，只要能想著活下去，無論在哪里都是天堂。只要還活著，無論在哪里都有獲得幸福的機會。只要太陽月亮地球還存在，一切都會有希望。
“辛苦了，老伙計。”初號機耗盡了力量，變成了好像巖石一般的雕塑，和朗基努斯之槍一起變成了漂浮在地月引力平衡點的太空垃圾。南宮影漂浮在外層空間中，滿臉感懷的撫摸著初號機的大臉，這張大臉并不美麗也并不光滑，但是卻十分的親切。在這個世界呆的時間并不長，和初號機相處的時間比不上以前的任何一臺高達，但也許是因為初號機有生命的關系，南宮影依然不由自主的將它當成了自己的戰友，“下面還有我所牽掛的人，雖然對不起，但也只能說抱歉了。”
南宮影離開了，那里還有著掛念他的家人，那也是支持著他不斷走下去的動力。初號機依然靜靜地飄浮在那里，似乎是在守望著這個滿目瘡痍的世界，伴隨著碇真嗣經歷了一次又一次的輪回，這臺機體也應該休息了。時至今日，終于尋找到了嶄新的黎明，它應該也可以安心的休息了吧？(