政府機構設立方案已經由政務局拿出，并且經過軍委會主要成員的三輪討論和定案。國會成立，政府的組成方案終于出臺了。
實施總統制，確定國名，國旗，國歌，國徽及首都，甚至國會議長及總統的選舉雖然都是大事，但在最高層次的人眼中都沒有什么值得討論研究，倒是新中華政府究竟設立哪些機構，誰來出任部長，以及各省省長人選才是值得關心的。總統也罷，總理也好，總要有一大幫助手來幫襯。就一般官員而言，部長及省長才是最重要的。
當然，還有一個總理人選。不過，這個注定是龍謙行政副手的大人物肯定是方聲遠無疑了。
在國會完成總統選舉并明確政體后，轉入下一個程序。即委托總統來組建政府。
媒體突然發現，對于政府機構，外界所知甚少。至少沒有權威人士公開談過此事。除了已經組建并開始運作的國防部、教育部、兵工總署和國安總局外，其余部門都深藏于云霧之中。于是，在國會休會的這天，北京的媒體不約而同地探討起了政府機構的組建以及可能的部長人選來。新聞界不乏“高手”，他們在國會已經召開，國家的權力架構基本明晰后，拋出的分析頗有見地，吸引了無數的京師民眾參與到這個“游戲”中來。
22日國會休會一天。23日，按照國會批準的《政府組織法》，龍謙提名方聲遠擔任共和國首屆總理。當日，國會召開全體會議，批準了對方聲遠的任命。24日，龍謙提交了政府組建方案（該方案得到了新任總理的副署）。24日下午。龍謙向國會報告了政府機構的設立原則及職責分工。
按照《政府組織法》，政府機構的設立、取消、職責確定調整權歸總統。但須經總理副署方可遞交國會。國會在批準方案（含調整方案）后，須在七個工作日內研究批復。機構設置經國會批準后，主官的任命權就不需要國會批復了，只需要總理的副署即可生效。
對于總統制下的總統大權，這里出現了雙重制約，第一是國會對于機構及職能設置的審批權，第二是總理的副署權。
當前情況下，龍謙可以順暢地組建政府，但隨著時間的推移，后任總統就未必那么隨心所欲了。所以，國會議員們在對總統遞交的有總理副署的政府組建方案投票時，頗有些自豪的感覺。覺得國會的權力也蠻大，假如不能通過，總統不是得“乖乖”地拿回去重新修改嗎？
當然，這是不可能的。在系統“把持”國會的情況下，否決總統提案根本就不可能。26日，國會“高效”地批復了政府組建方案。
根據龍謙提交給國會的政府組建方案，中央分為行政系統，強力系統和司法系統三大塊。
先說行政系統。龍謙及其幕僚們設計的中央行政系統最高權力機關叫政務院，其首長為總理。總理在目前的情況下，其真正的角色卻是總統的秘書長，協助總統管理中央行政體系。
政務院系統設八部、一廳、二署、一行、一局。八個部分別為外交、財政、文教、工業、商業、農林、交通、民政。一廳為總統辦公廳。兩署分別為兵工總署和新聞出版總署。一行為中央銀行。一局為國家安全總局。總計
其中，國家安全總局在行政上受警政部領導。
強力系統為國防、監察部及警政部。三部不歸政務院領導，直接對總統負責。強力系統這個詞是龍謙使用的，方聲遠等人趕到有些不合適，但有想不出一個更貼切的詞匯。
司法系統為最高法院和司法部。前者實際為憲法法院，后者則管理全國的司法系統。
12月26日，龍謙發布了強力及司法系統各部門的任命名單。
國防部長：王明遠
警政部長：陳超
監察部長：曹敏忠
司法部長：伍廷芳
最高法院院長：宋教仁（兼）
27日，各部部長正式亮相。
外交部長：唐紹儀
文化教育部長：蔡元培
財政部長：段祺瑞
工業部長：周學熙
商業部長：張謇
交通部長：端方
農林部長：于右任
民政部長：王士珍
總統辦公廳主任：歐陽中
兵工總署：連樹鵬
新聞出版總署署長：秋瑾
中央銀行行長：賈繼英
國安總局局長：江云
在這份備受關注的名單中：蒙山系占了八席，尚不足一半。民黨占了三席，北洋系出人意料地占了三席（唐紹儀被劃為該系），無黨派或派系不明者占了三席（秋瑾、蔡元培、張謇）最令人意外的是，滿清權貴還出任了一個重要部門的部長，令所有人沒有想到。
表面上看起來很公道。一時間，國內及國外媒體一片贊譽之聲，認為龍謙展示了一種包容天下的氣魄。
名單公布后，媒體馬上做出了反應。顯然，龍謙只是抓住了軍權及警監察之權，其余的都對前敵手開放了。考慮到秋瑾及蔡元培的經歷，民黨和北洋系算是大獲全勝。甚至有媒體認為，方聲遠這個總理不好當，上面有個強勢的總統，下面又有一幫“反對黨”出任部長要職，這個總理還有什么趣味？
就行政系統而言，外交、財政、交通三部至關重要，但都給了體系外的人。尤其是段祺瑞出任財政部長令很多人沒想到。一直傳言與龍謙合作不太愉快的段氏要被打發回老家安徽任職，沒想到龍謙竟然將財政部如此重要的部門交給了軍人出身的段祺瑞！段氏的任命與出任交通部長的端方成為了這份名單中最令人感到不可思議內容。
名單是經過反復醞釀過的。反對端方和段祺瑞的聲音一直有，包括對王士珍的新任命。直到22日在海宴堂最后的討論中都未平息。但龍謙堅持，其他人的反對也就無效了。
自梁啟超回國擔任國會議員，一直有他將出任政府要職的呼聲。結果沒有，于是有人分析，梁氏還是沒有得到龍謙的信任。其實，一向對權位淡漠的蔡元培的確向龍謙提出讓出文教部長的動議，認為梁氏更合適這個職位，但龍謙沒有同意。
國慶日已經確定，4月28日！除了北方軍區司令官魯山身處前線不能前來，其余大區司令齊聚北京，他們是奉命前來參加開國盛典的。跟隨他們前來的還有百余名在開國之戰中立下戰功的官兵代表。這個國家是創立的，開國大典最有資格參加的就是軍隊系統。
26日，在預定的人員全部抵京后，龍謙在海晏堂召開了軍隊系統高級將領的秘密會議，會議的主題不是北方軍區向唐努烏梁海的進軍，而是政府組建，龍謙講了政府與軍隊的關系問題，團結問題和山頭問題。除方聲遠、陳超、王明遠、曹敏忠、連樹鵬和江云之外，政府其他官員未參加這次沒有任何報導的會議。RS