世界地圖，一架飛機從紐約飛到了香江；隨后飛機的圖標消失，火車的圖標出現在銀幕上，向著北方而去，在地圖上劃出一道紅色的軌跡。
地圖與真實的畫面疊在一起，火車的圖標與真實的火車重疊。地圖與火車圖標漸漸淡去，真實的畫面出現在觀眾眼前，一列轟隆咆哮綠皮火車沿著鐵軌，在蒼茫的大地上前行。
鏡頭切到火車內，車廂里擠滿了乘客，墻壁上電風扇呼哧呼哧的響著，讓喧鬧的車廂顯得更加嘈雜。張純如抱著著包坐在硬板床上，看上去非常憔悴，又有些委屈，就像受了欺負的孩子。
鏡頭切到南京站，火車從左側開到畫面中，然后緩緩停住。全景，張純如拖著行李從火車上下來，好奇地打量著周圍的一切。大全景，張純如的周圍都是人，他們順著月臺浩浩蕩蕩地往前走。人群中的張純如看上去有些孤單，又有些無助。
鏡頭切到車站外，張純如在路邊攔了一輛出租車，然后用半生不熟的中文告訴司機，去南京大學西苑賓館。汽車緩緩啟動，然后順著街道在南京城里穿行。汽車停住，張純如打開車門從車上下來。
鏡頭切到西苑賓館的走廊里，大全景，張純如拖著行李箱迎著鏡頭慢慢走來。就在張純如走到鏡頭前，即將于鏡頭擦肩而過之時，攝影機轉動，對準了張純如的后背。張純如在一道房門前停住，用鑰匙打開了房門，并走進了房間。鏡頭切到房間里，張純如放下行李，拉開了窗簾。她坐在床上，重重呼了口氣，然后倒了床上。鏡頭切到窗外，外面碧空萬里，太陽噴灑著猛烈的光線。
咚咚的敲門聲響起，穿著大花低胸晚禮服的張純如整了整禮服，將門打開。三個中年人走了進來，他們告訴張純如，他們是楊夏鳴、孫宅魏，以及王衛星教授，將為張純如的這次南京之行提供幫助。
三位教授問張純如，張純如在嗎？張純如笑著告訴他們，我就是張純如。三位教授非常驚訝，他們以為“美國作家”張純如應該是個中年人，沒想到是個年輕姑娘，簡直像一名大學生！三人面面相覷，有一種我們是不是在浪費時間的感覺。
王衛星問張純如：“你為什么要寫這本書？”
張純如非常嚴肅地道：“屠殺猶太人，這件事全世界家喻戶曉，但是在美國，在西方，南京大屠殺的事實無人知曉。作為一個中國人的后裔，寫出它是我的責任。”
三位教授被這話打動了，而張純如帶的資料更是扯淡打消了他們的不信任。張純如帶來了《魏特琳日記》的復印片段，這是國內學界第一次知道《魏特琳日記》的存在。她在美國圖書館復印了1000多頁有關遠東軍事法庭審判的資料，而這些資料在國內已經遺失。
張純如簡述了此次來南京的目的，并提出了具體的要求：一是采訪南京大屠殺幸存者；二是實地察看當年的屠殺地點和當年外國人居住的房屋；三是收集并翻譯中文檔案資料。
三位教授作了分工，由王衛星收集整理資料，楊夏鳴擔任翻譯，孫宅巍還找來了遇難同胞紀念館副館長段月萍，她對幸存者的住址比較了解，有她出面方面張純如采訪幸存者。
鏡頭切換，張純如在孫宅巍、段月萍和楊夏鳴陪同下前往當年大屠殺的現場。挹江門紀念碑前，張純如靜靜站在那里，陷入沉思，汗水浸濕了她的頭發和t恤；與此同時，電影畫面的畫面疊化出當年大屠殺發生時的場景，日軍用機槍對著人群猛烈掃射，成批的中國人紛紛倒下，哀號之聲回響在荒涼的江岸……
接下來，張純如他們去了中山碼頭、煤炭港、草鞋峽……
每到一處張純如都會停下來，將自己代入大屠殺發生時的情形；而觀眾通過疊化出來的畫面，也都看到了當初日軍如如何瘋狂屠殺中國人的。
鏡頭切回到西苑賓館，窗外已經是漆黑一片。張純如站在一張1937年的南京地圖前，雙眼盯著地圖，在地圖上進行標注：“江東門一萬人被殺；燕子崖五萬人被殺；草鞋峽五萬七千人；煤炭巷三千人；魚雷營九千人；中山碼頭一萬人……”
華人和中國記者不必說，現場的美國記者和觀眾都這一串串的數字驚呆了。張純如的聲音不大，但她念出的這一個個數字卻像一把鐵錘，敲擊在所有人的心上，讓觀眾的心緊縮成一團，并不斷下沉。
張純如走到桌子前，坐在椅子上，重重呼了一口氣，然后看著筆記本怔怔出神。
鏡頭切換，張純如在楊夏鳴的陪同下走進南京師范大學隨園校區。楊夏鳴告訴張純如，金女大的舊址就在這里，那些建筑都保存完好。
南京師范大學校園里樹環抱，遮天蔽日，里面都是飛檐峭壁式古典建筑，點綴在綠樹叢中充滿江南的味道。銀幕前的觀眾驚訝的看到電影里的大草坪、以及中央樓、科學樓、藝術樓等建筑都完好無損的保留著。古老的建筑靜靜的矗立著，像在無聲的訴說過過往的一切。
張純如走到藝術樓的門前，輕輕推開了大門。就在房門推開的一剎，現場觀眾都微微一愣，房間里正在說話的魏特琳和程瑞芳猛然看向鏡頭，像看到了銀幕前的觀眾似的。不過觀眾們馬上反應過來，在房門推開的一瞬，時間又回到了1937年。
鏡頭切換，一個小男孩氣喘吁吁地道：“華小姐！華小姐！東瀛鬼子來了！他們有好多人！可能有幾百人！你快去看看吧！”
魏特琳聽到這話，臉上現出一片憂色，趕緊往大樓外面走。程瑞芳把那個送信的孩子叫道跟前，叫他跑步去中心樓和各宿舍樓，把東瀛兵到來的消息告訴工作人員。要他們確保年輕婦女和女孩們不要露面，也不要喧嘩。那孩子立刻去了。程瑞芳也走在大樓，快步追趕魏特琳去了。
魏特琳走出大樓不久，就看到一個中佐帶領著一伙東瀛軍人來了。魏特琳讓他們進了辦公室，叫仆人倒了茶。程瑞芳通過窗戶看了眼，校園內擁進了有一百多東瀛兵，悄聲告訴魏特琳：“校園里現在有很多他們的人。”
這些軍人一坐下，胖臉的中佐就自我介紹說，他是谷壽夫指揮的第六師團后勤部副部長。中佐說，他們需要魏特琳他們的合作。翻譯是個四十多歲的胖子，幫他翻譯著，其他三個軍官喝著茶。魏特琳道：“如果你們的要求合理，我愿意幫助你們。”
中佐哼哼一笑，繼續道：“我們打算在士兵當中加強紀律。自從攻下南京，我們的部隊在不長的一段時間里變得不太守規矩，主要是因為皇軍在紫金山戰斗中失去了很多弟兄，所以無法控制復仇的行動。現在，他們平靜下來了，是建立秩序、實現城內和平的時候了。我們將恢復娛樂業，這樣就需要一些女人。”
翻譯把他的話一翻譯完，魏特琳就堅決地道：“我們這里沒有那種女人。”
“根據我們的情報，你們難民營里邊有一些妓女。”中佐繼續道，“我們是來征召她們的，還會給她們發執照，這樣她們在娛樂男人的同時又可以掙錢養活自己。”
魏特琳道：“我沒發現難民中間有任何妓女。”
“我們可以輕易地認出她們，這個你不必擔心。另外，你不覺得這是保護像這位一樣的良家婦女最有效的方式嗎？”中佐看著魏特琳，用威脅的口氣道，“我們的士兵都是年輕力壯的家伙，需要女人幫他們放松放松。如果沒有女人，我們是很難保證你們的安全的。”
那腫眼泡的翻譯在把中佐的話翻譯完后，停頓了一下，看著魏特琳道：“魏特林小姐，這是命令，爭辯是徒勞的。”
魏特琳不知道該怎么辦，東瀛人真能看出妓女和良家婦女的區別嗎？他們要是選錯了人怎么辦？而且他們可能會故意選漂亮的良家姑娘！魏特琳征詢地看看程瑞芳，但程瑞芳沒有說話，她也不知道如何是好。
魏特琳猶豫了好一陣，艱難地道：“我不知道你們怎么能看出來誰從前干那種工作。”
中佐聽到這話知道魏特琳服軟了，發出得意地狂笑：“不必擔那個心。我們在這方面很有經驗，可以看出她們來，非常準確。”
魏特琳道：“不過，我有一個條件，那些女人一定得是自愿重操舊業的。”
中佐笑道：“當然，除此之外，她們還可以得到很好的報酬。”
魏特琳嘆了口氣道：“如果是這樣，你們可以找她們。”
突然，外邊傳來女認的尖叫，接著，四處響起了叫喊聲。魏特琳以及現場觀眾都意識到就在他們說話的時候，東瀛兵已經闖進校園抓人了！同時也意識到，那個中佐是故意把魏特琳拖在這里，好讓他的手下去抓人。
魏特琳站了起來，快步走到窗戶邊朝外張望。外邊的東瀛兵正在拖走一些年輕姑娘，被拖走的，都是身材不錯和相對漂亮的。很多姑娘都在哭喊，高呼救命，拼命想要掙脫，但兩三個東瀛兵拖著，她們根本掙脫不掉。
一個模樣清秀的姑娘死死抱住藝術樓前石獅子的前腿，尖叫著不肯放手。一個東瀛兵在她肚子上猛擊了兩拳，把她打得松開了手，然后將他拖走了。一個梳著兩把刷子辮的小女孩追著他們，大聲喊著“姐姐！姐姐”，可兩個年歲大些的女人把她拉住了。觀眾認出了那個姑娘是美蘭，而那個小女孩是她妹妹美如。
魏特琳渾身發抖，猛地轉身沖中佐喊道：“這是綁架！我要到你們上司那里去抗議。”
中佐輕蔑地一笑：“隨你的便。”說著把頭一擺，羊皮手套一揮，趾高氣揚地走出辦公室，他手下的人都跟著他離開了。
魏特琳跌坐在椅子里，哭了起來：“上帝啊，我干了什么！我根本就不該讓他們去挑女人。我怎么會這么蠢啊？”
“在你答應之前他們就已經開始抓人了。”程瑞芳一邊哭，一邊安慰道，“就算你不允許，他們還是會抓人的，這不是你的錯。”