法軍利用乾軍部署分散，彼此不能相互照應的弱點，而己方卻有暢通的水上交通線，且裝備精良，訓練有素，因此經常悄悄摸出城外對乾軍營地進行短促的反擊，打了就跑，并且總能形成局部優勢而獲得較大戰果。由于乾軍根本摸不準法國人突襲那個方向，因此根本來不及救援，所以這種突然遭遇戰的結果往往是乾軍傷亡數十人而法軍毫發無傷或者僅傷亡數人。
9084年3月20日，河內城內的法軍在紅河河面炮艦火力和城外據點炮臺火力的支援下出城對乾軍進行了一次短促的突擊，聲稱打死乾軍300多人，后查明為打死23人、打傷60人，總計83人，己方損失輕微：重傷7人、輕傷1人，無人陣亡。
這種東打一槍、西放一炮的“零敲牛皮糖”攪得乾軍各營惶惶不可終日、一時間草木皆兵，士氣大受影響。相反，法國人的士氣卻因此高漲起來。
由于后勤供應相對充足，林苑生在仔細觀察了戰場之后，決定先對河內城進行嚴密合圍，斷絕河內城同外界的一切聯系，然后再發動進攻。在他的安排下，滇桂軍各營和黑旗軍各營迅速開始了行動，很快便完成了對河內城的合圍。
就在乾軍完成了對河內城的合圍之后，“意志銷磨”、“暮氣↑長↑風↑文↑學，w▼ww.cf◆wx.n⊥et已深”的劉仁義率領黑旗軍親衛營1000人和洋炮隊前來助戰了。
也許是覺得部下全都跟人家走了，自己這個黑旗軍最高統帥在山西城看家太過丟臉，劉仁義經過一番激烈的思想斗爭。還是來參加進攻河內的戰斗了。
只是劉仁義依舊是那么的精明。要他率領黑旗軍打攻堅戰。這種吃力不討好的虧本買賣他是絕對不會干的。在山西戰役時，法軍強悍的單兵作戰能力讓他至今心有余悸。因此，劉仁義非常“熱心”的代表黑旗軍承擔起了阻擊打援的艱巨任務。
就在林苑生準備發動進攻的時候，北圻地區竟然提前進入了雨季，充足的雨水使得大地變成一片泥濘，所以雙方在陸上不約而同的停止了大規模軍事行動，開始了一個相對平靜的休整期，一休整就休整了一個月；但是雖然陸地上的軍事行動停止了。而雨季的到來使得越南北圻的各條河流的水位大漲，以前的淺灘變成了河道，水深也變得適合船只航行，這對法軍來說可是進行水上機動的最佳時機。因為他們手里有一支非常強大的內河炮艦隊。水位的漲高無疑擴大了內河炮艦的活動范圍，使得這些裝備小口徑火炮和大量哈奇開斯五管機關炮的炮艦能夠給與西線各據點內的法軍以最大限度的火力支援。
9084年4月16日，法國南圻駐軍司令部派多米尼中校率領步兵600人，加上炮兵和工兵總計千余人分乘十余只民船，在五艘炮艦的支援下向河內開進。由于之前法軍對河內進行了幾次小規模的補給支援行動，但都被黑旗軍堵在了城外，連運輸船都被黑旗軍繳獲。這一次隨船的有一批守軍急需的彈藥、糧秣等物資給養，司令部給多米尼的命令很簡單：向河內孤城運送給養。并對城內的守軍進行輪換。
乾軍當然不能坐視法國人那么順利的得到增援，遂以黑旗軍黃守忠、吳鳳典部六小營2400人，滇軍五營2500人在城外設伏，對這支增援的法軍進行了盡力的阻擊，但由于法軍艦炮的火力太過熾烈，近5000之眾的乾軍最終也無法阻止多米尼于4月18日進入河內。
法軍此役的代價為戰死8人，傷25人。這支船隊在河內城中卸下物資以及生力軍后載上了幾百傷員和疲憊的兵卒，于4月19日突圍而出。多米尼中校則留了下來，協助貝蘭上校指揮和作戰。
河內城外的乾軍并沒有干等，在林苑生的指揮下，圍困河內的乾軍對河內城發起了幾次規模較大的強攻，但是由于缺乏重武器特別是重炮的支援，其配備的威力最大的75毫米行營炮又根本啃不動河內城的石質城墻，只能在城外左右徘徊、徒呼奈何。
為了攻破這座堅城，今野巖夫向林苑生和劉仁義建議，將山西城內的那門曾經大發其威給法軍內河炮艦隊以沉重打擊的120毫米大炮運到這里，用來攻城，林苑生和劉仁義同意了他的建議，專門派出一隊士兵回山西運炮。
劉仁義部扼守紅河，希望截斷法軍的水路交通，不過劉仁義反復的向林苑生強調：自己不可能單獨承擔打援和堵截的任務，林苑生為防后路有失，無奈之下只得下令將原本用于攻城的何秀林（云南宜良人，滇軍老將）部七營3600人改作打援部隊，配合劉仁義作戰，如此一來，用于攻城的部隊暫時就只能由桂軍、林苑生的苑軍和丁槐的“云貴苗兵”了。
9084年4月26日夜，根據三天前的會商約定，丁槐的云貴苗兵開始進攻河內南門，開始攻擊的異常順利，彪悍的云貴苗兵們（彪悍的同時軍紀差得夠嗆）很快沖進了南門外的幾個據點，并熟練的用手里的火把將其逐一點燃，一時間南門外火光沖天，干擾了城頭法軍步槍的瞄準，只能向所有有火光的地方胡亂的射擊一通；相比丁槐的好運，負責攻擊東門的桂軍運氣則差了許多，桂軍士兵剛剛躍出掩體，星星點點的火把立刻成了法軍絕好的射擊目標，剎那間河內東門外高地炮臺工事里的野戰炮，城頭掩體內的步槍以及紅河河面上的炮艦上的哈乞開斯機關炮三面的彈雨鋪天蓋地的灑到了這支可憐的乾軍頭上，桂軍右營統領陳德貴帶隊突擊到了城下，但是頃刻間喪生在法軍恐怖的交叉火力之下。隨他一起戰死的有100余人。另有200多人受傷。
桂軍攻擊不力。南門的丁槐軍也就失去了策應，進攻也明顯受阻，兩支乾軍在攻擊了三個小時后終于支持不住敗退下來，是夜的攻擊就這么虎頭蛇尾的草草結束了。
林苑生和丁槐當然不能就此罷休，又于4月27日和28日連續發動了兩次攻擊，但由于法軍已有準備，乾軍終究無法突破由野戰炮、哈乞開斯機關炮和格拉斯步槍組成的熾烈火網，只能徒增傷亡。三日攻擊下來，桂軍和倉促招募、未及操練精熟的苑軍暫時失去了戰斗力，攻擊河內的主力落在了丁槐的肩膀上。
迫于河內城外炮臺威脅巨大，丁槐決定先將城外的炮臺踹掉后再行攻城，由于桂軍、苑軍在之前的戰斗中傷亡慘重，已經無法繼續攻擊，當初被林苑生臨時派去打援的何秀林部除留兩營1000人幫助劉仁義打援外，剩下的都被調回參加進攻。
4月28日入夜，剛剛在白天擊退乾軍一輪攻擊的東門外炮臺內法國守軍和武裝教民剛準備休息，似乎發現炮臺前二百丈處有所異動。頗感納悶，不知乾軍的葫蘆里都賣著什么藥。直到4月30日凌晨才猛然發現乾軍已經不聲不響的用坑道作業的方法推進到了離炮臺僅僅數丈遠的地方，隨即慌忙以有限的兵力發動反擊，可是法國士兵和武裝教民待沖近乾軍陣地的時候突然發現無數三尺長的草把豎起，大隊的乾軍以草把為掩護發動了對炮臺的總攻，以草把抵擋法軍槍彈的射擊。畢竟城外炮臺的法國守軍兵力本來就單薄，還混有不少越南土著士兵和武裝教民，戰斗力不如正規部隊，在丁槐的攻擊下，人數不多的法國守軍被迫放棄了炮臺，倉皇撤回城內。
“計數萬束，滾擲前進，草把墻立，人不受槍，草壓炮臺，即可立破。”林苑生在自己的《入越筆記》當中做了這樣的記述。這就是滇軍最最拿手的“滾草龍”戰法，也正是憑借這個戰術，乾軍逐步控制了河內城外法軍的所有據點，終于斷掉了河內守軍的一臂；而同時劉仁義也成功的用繳獲的運輸船封堵住了紅河航道，河內終于陷入了四面被包圍的絕境了。
但在同時，丁槐也到了黔驢技窮的地步，他引以為豪的“滾草龍”戰法無法用于攻城，缺乏重型攻城武器的乾軍只能用人海戰術發動強攻。雖然城外的據點都被乾軍攻占，但是城頭守軍和明江上的炮艦火力依然不減，乾軍懾于法軍的火力猛烈，根本無法在白天行動，但凡白天一有大隊人馬的移動，立刻會招致兇猛而準確的火力覆蓋，只能借助夜色發動夜襲。
但就算能攻到城墻腳下，乾軍也很容易被城頭密集的火力死死壓制得動彈不得，若夜間無進展，黎明時刻必須及時撤回；若天亮后再不能撤回，那這群可憐的官兵們就只能一整天趴在城墻根下、依靠占據城外高地的戰友們不斷的放槍放炮分散、削弱城頭法軍的火力、提心吊膽的等到天黑才能撤回營地。這一個白天的日子可是非常不好過的：不僅要窩在城墻根腳下忍受著炮火，連吃飯都成了大問題。由于與后方的聯系被法軍火力阻隔，飯根本送不上去，送飯的兵丁們只能用布包裹著飯團用力投擲過來，如此做也是萬般無奈之舉，在密集火力的壓制下，投飯團的兵丁所承受的心理壓力可想而知，在這種壓力下投擲的準頭自然也是“可想而知”了，這樣的飯團到底能有多少能進入那些城墻根下趴著的可憐人的肚子里只有天知道了，更加倒霉的是如果哪天缺米，只能熬粥喝的時候，那么可憐人們就更加可憐了。這一天也只能餓肚子了，總不能用布包著黏糊糊的粥往前拋吧？
即便如此，林苑生和滇桂軍及黑旗軍的將領們還是絞盡了腦汁，想盡了辦法希望有所突破，5月10日、11日、20日和21日，黑旗軍用地道突擊加地雷爆破的方法連續發動了兩次突擊，但是因為埋雷不得要領，僅僅是“地雷發，城微崩。飛石斃我軍數人”的結果。缺口炸開后。后續部隊又無法及時沖上，法軍封堵及時，缺口處幾乎成了乾軍的停尸場，缺口也很快被乾軍士兵的尸首重新“封堵”，場面甚慘。
由于法軍兇猛的火力，乾軍的進攻一籌莫展。法國人托馬茲在他的《印度支那征服史》是如此描述的：
“9084年3月21日至5月22日，法軍二千名為乾軍二萬五千名（有夸張，直接參加進攻的乾軍總數不過一萬。而且還不是同時投入戰場）圍攻，乾軍武器良好，作戰勇敢頑強，其進攻河內之坑道及防守之工事，均獲法軍官一致贊揚。乾軍七次進攻，三次摧破城墻，城墻缺口填滿乾軍尸體。”
面對慘重的傷亡，乾軍的士氣低落，林苑生也意識到這樣的進攻只是浪費士兵的生命，沒有任何效果。5月22日夜，林苑生召集諸將會議。桂軍將領陳朝綱等人頗為沮喪，認為再打下去沒有意義，應該撤兵，黃守忠和吳鳳典等黑旗軍將領和今野巖夫則認為應該等那門120毫米大炮到來后繼續進攻（由于雨季提前到來使得道路泥濘難走，這門大炮還在來河內的路上艱難跋涉），劉仁義則默不作聲，會議最后的結果，在林苑生的一意堅持下，還是繼續進攻，但林苑生聽從了今野巖夫的建議，不再盲目發動進攻，只是嚴密合圍，只等那門120毫米大炮到來。同時林苑生還向趙沃接連求助，要求再派援兵。
由于原來助劉仁義作戰的滇軍炮手為主力的炮隊在戰斗中發揮了重要作用，林苑生意識到了乾軍攻堅武器的缺乏和洋炮的作用，這一次一改以前只要舊式劈山炮的作法，向趙沃打報告“請徐帥解大洋炮一二尊前來助力，則河內可破，法夷可滅。”
趙沃接到林苑生的報告后，立刻向頂頭上司徐延旭發了呈文，請派援軍和調撥前線需要的大洋炮，徐延旭倒是同意了，援軍自然是可以派的，但大洋炮一時卻上哪里找去？現在和船政及北洋方面聯系調炮倒是可以，時間卻來不及，徐延旭仔細閱讀了以前往北寧調運的軍械物資，發現曾經調撥給黃桂蘭的火炮當中有兩門船政用退役的海軍艦炮改裝的100毫米陸戰炮，還有配足的彈藥，于是他便把這個消息告訴了趙沃，要趙沃從黃桂蘭處調這兩門大炮，送到前線給林苑生使用。同時他也給黃桂蘭發了命令，要黃桂蘭派兵支援林苑生。
趙沃得了消息后便立刻派人前去黃桂蘭處索要大炮，并要黃桂蘭派兵支援林苑生，黃桂蘭答應得倒還算痛快，但聲稱那兩門大炮因太過沉重，“轉運不便，各營不愿領用”，一直放在倉庫里沒動，現在他那里軍火物資也不少，得找一找才行，讓趙沃耐心等待；至于派出援兵，黃桂蘭答應派出張勛所部“精武營”1200人前往，但因“軍械不齊”，請趙沃稍等幾天，“俟軍械齊備，訓練完全，立刻出征。”