請到]曾伯函遲遲不肯就任兩江總督，又表現出對刺殺案的消極態度，也讓很多官員懷疑其中另有隱情。
其次是復審官刑部尚書鄭敦謹的異常行為。鄭敦謹是湖南長沙人。韶光進士，歷任廣東、河南、山西、陜西、直隸布政使，山東學政，都察院左都御史等職，素有“鐵面無私”的聲譽，后升任刑部尚書。刺馬案發生后，仁曦太后命鄭敦謹前往復審，鄭敦謹得諭后即刻星夜兼程抵達江寧，立意要將這個天下疑案審個水落石出。故而其抵達江寧后，稍事休息，便開始審案。怎料審案月余，案情仍與此前無異。最后，鄭敦謹和曾伯函聯名上奏審案結果。奏結雖然更加詳細，行文更加縝密，但基本內容卻仍照原奏擬定。所不同的是，第一，特別強調張文祥聽授海盜指使并挾私怨行刺，實無另有主使及知情同謀之人。第二，對張文祥量刑更加殘酷，除了擬以凌遲處死外，又增加了一條摘心致祭。最終，朝廷也不得不接受這一結案。但未等圣旨下達，更沒等張文祥正法，鄭敦謹便匆匆離開了江寧，曾伯函送的盤纏他分毫未受，他的兩個隨行的助手刑部郎中顏士璋和伊勒通阿倒是每人收了曾伯函的五百兩銀子。鄭敦謹并未回京交旨，走到清江，他聲稱有病不能回京，只打發兩個助手代他復旨。按照朝廷規制，欽差大臣不回京復旨是要治罪的。隨后朝廷下諭旨命其回京，但鄭敦謹堅持以有病為辭，請求開缺，并終生不再為官。鄭敦謹的兩個助手回京后，顏士璋被放到蘭州作替補知府，旋即回籍賦閑；而伊勒通阿隨后也奉旨回鄉頤養余年。
而會審官孫衣言給馬新貽寫的神道碑銘更是耐人尋味。碑銘稱，“賊悍且狡，非酷刑不能得實。而叛逆遺孽，刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷，用重典，使天下有所畏懼。而獄已具且結，衣言遂不書諾。嗚呼！衣言之所以奮其愚憨為公力爭，亦豈獨為公一人也哉！”孫衣言為江蘇候補道，馬新貽的親信，他自始至終參與了刺馬案的審理。此文一出，震驚朝野，輿論大嘩，仁曦太后自然明白其中大有隱情。但是，又奈之若何？前后介入的審訊官員已達五十余位，審案也已長達八個月之久。馬新貽已作古，朝廷無非加恩賜恤，以慰忠魂。仁曦太后又發布上諭賞加馬新貽太子太保銜，照總督陣亡例賜恤，入祀賢良祠，列國史傳，并賜謚端敏。又令在江寧、荷澤、廬州等地建立專祠，春秋官為之致祭。其子馬毓楨加恩賞給主事，分刑部學習行走。
對于朝廷的處理結果，馬家人極為不滿，馬新貽的弟弟馬新佑堅稱“疑案未明，死不瞑目”，在編寫完馬新貽的年譜后抑郁成疾，不久病亡，馬新貽的兒子馬毓楨（本為馬新佑之子，因馬新貽和夫人金氏無后，馬新貽又拒絕納妾，過繼給馬新貽為嗣子）也因“連喪二父”而大受打擊，精神一度失常reads;。
島津洋子在接觸到這個案子的時候，先對當時兩江一帶的情形和大乾帝國的整體局面做了背景分析，然后結合案情和主審官員們的種種怪異表現，最后她得出的結論，刺馬案實出自湘軍集團謀劃。
但湘軍集團為何要置馬新貽于死地呢？島津洋子認為馬新貽之死，發端應在彤郅七年仁曦皇太后曾召見他，密旨讓他調查湘軍攻陷南京后圣平天國金銀財寶的去向。
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