而在解謎關卡方面，如果說《黑暗之魂》告訴了全世界什么是RPG該有的關卡設計，那么《塞爾達傳說》則是重新定義了“關卡設計”的含義。
當然，《黑暗之魂》是以一種玩家被虐的方式體現的，到處都充滿著令人絕望的陰謀，逼迫著玩家不斷受苦、找尋最優解，偶爾看見個篝火和捷徑簡直是要感動到哭；但《塞爾達傳說》則是恰恰相反，一個小小的神祠里面蘊含著很多的機關和種種不同的元素，唯一的挫敗感就是嘗試了很多方法之后還沒有解開的煩躁，可一旦解開了，玩家們就會為自己的機智瘋狂點贊。
整個解謎要素分為三個層級：呀哈哈神祠神獸。
呀哈哈的謎題都是相對簡單的，比如看到水里有一圈浮萍，只要從山崖上跳下去落到浮萍中心，就可以找到一個；山上有一圈小石頭，把旁邊的石頭搬過來放到缺口處，又可以找到一個；更復雜一些的，需要從水里撈出來鐵塊擺在一堆鐵塊上擺成特定的形狀，又可以找到一個。
而神祠的謎題難度則上升了一個檔次。
神祠有不同的類型，有些是直接顯露在地面上的，進去就可以直接挑戰；有些是周圍布滿了荊棘，必須采用特殊手段才能進去；有些干脆就是埋藏在地下，必須完成支線任務才能開啟。
比如在某個高塔上，玩家會遇到拉手風琴的鳥人，和他對話之后會得到一首詩的信息。根據這首詩的信息，玩家要降落到埋在土里的神祠上，隨著時間的推移，等高塔的影子和神祠的位置重疊的時候向著高塔射出一發火箭，神祠才會激活。
還有一些神祠隱藏在迷宮中，這些迷宮的墻壁全都是比山還要高，在林克體力不足的時候根本爬不上去，這時候玩家就真的體會到走迷宮的痛苦了。但是等玩家體力全滿之后又可以稍微逃逃課，直接爬到迷宮頂上找一條捷徑。
進入神祠之后，玩家必須綜合利用自己的各種能力來觸發神祠中的種種機關，有時候不僅需要一些智慧，還需要一定的手速。比如有些機關要求玩家必須在某個瞬間跳起用林克時間射中遠處的機關，手殘玩家必須得嘗試很多次才能最終完成。
而四神獸和最終boss戰的解謎元素，則是達到了最頂級的難度，玩家必須通過自己在神祠試煉中得來的種種經驗和知識才能過關。
在神獸戰之前，林克要進入神獸英杰所在的村落，完成主線任務，獲得NPC的幫助。
在神獸戰的第一階段，林克需要和NPC相互配合，靠近神獸之后，一邊抵擋神獸的遠程攻擊，一邊是用弓箭射擊神獸的紅色關鍵部位，讓神獸停下。
第二階段，林克會進入神獸內部，完成一個復雜的解謎關卡。神獸的關卡從規模上來說遠超神祠，難度也直線上升。每個神獸的關卡都是精心設計的，而且非常符合神獸本身的特色。比如水之神獸就是一只大象，在獲得神獸的部分控制權以后，林克可以操縱大象的鼻子由低到高地變化，從而爬上大象頭頂，或者是用鼻子里噴出來的水沖開機關，打開一些之前去不到的區域。
而且，這些神獸內部都是完全立體的關卡，不僅僅是分層那么簡單，不同的部位會互相影響，玩家必須有很好的立體思維才能解開謎題。為了適應這種關卡設計，《塞爾達傳說》還專門用了3D透視圖作為迷宮地圖。
四神獸分別是東南方濕地的大象、東北方火山的蜥蜴、西南方沙漠的駱駝、西北方群山的老鷹。每一種神獸都對應著獨特的區域和獨特的村落，風土人情、支線任務各不相同。比如濕地的種族是人魚，而群山的種族是鳥人，沙漠中是女人村落，林克還必須得變成女裝大佬才能進入。
第三階段，林克會和加農的分身進行boss戰，每個分身的能力、難度和打法都有區別，在擊敗加農分身之后，就可以正式收復神獸，獲得特殊的英杰祈福效果和專屬的英杰武器。
甚至比這些更難的，還有大師劍試煉這種東西。
在大師劍試煉中，玩家不能帶入任何的武器或者裝備，一切從0開始。從剛開始撿地上的小樹枝打最弱的小怪波克布林，一步步地拿到更高級的武器，到后來整個戰斗的難度直線上升，是名副其實的終極挑戰，中途失敗就只能從頭再來，即使是自信滿滿的硬核玩家，可能也要反復挑戰很多次才能通關。
如果說《黑暗之魂》是同一種關卡風格不斷變難、做到極致的話，那么《塞爾達傳說》就是花式炫技，從易到難，從簡到繁，無所不包，玩家永遠都能在游戲中得到完全不同的體驗。
而在戰斗系統方面，《塞爾達傳說》做得同樣優秀。
如果說魂系戰斗為平行世界中的冷兵器戰斗游戲制造了一種新的模式，那么《塞爾達傳說》則是告訴所有人，除了魂系戰斗，冷兵器戰斗還可以做些什么。
除了經典的持盾二人轉、盾反、閃避、潛行背刺等元素之外，《塞爾達傳說》還在很多方面做出了更豐富的選擇。比如更加流暢的射箭手法和多種多樣的屬性箭矢，完美閃避后及空中開弓觸發的林克時間，武器可以正常使用也可以拿來投擲，盾牌甚至可以拿來當滑板玩……
這其中引起爭議最多的，就是武器耐久的設定。
在其他游戲中，武器耐久掉光之后可以去修理，修好了就完美如初；但《塞爾達傳說》中武器耐久用光則是意味著這把武器徹底爆掉，想要再拿到，就要繼續去刷——除了劇情給的驅魔之劍（大師劍）。
在剛剛接觸的時候，絕大多數玩家都感覺非常不適應，我特么剛拿到一把好武器，結果還沒爽幾下的就給我打爆了？然后我一個堂堂勇者，被驅魔之劍認可的騎士，平時只能拿著波克布林的木棒去打怪？有好武器都不舍得用啊！
等到玩家們收集了一堆酷炫而又碉堡的武器之后，卻發現哪一把都舍不得用，最后還是沒耐久的驅魔之劍用著不心疼，拿來砍個樹啊割個草啊，沒毛病！
堂堂大師劍竟淪落到了如此地步，真是令人唏噓……