伴隨著第五使徒的毀滅，NERV總部的危機暫時被解除了。對于大多數人來說，他們很快就恢復了原本平靜正常的生活。
但是對于赤木律子等人來說可就不是這樣了，在那天之后，赤木律子就幾乎廢寢忘食，想要搞清楚，當時擋住了第五使徒那一擊的究竟是什么！！
那不是AT力場，也不像是任何目前已知的科學手段能夠解釋的現象，甚至在對當時的觀測數據進行了一次又一次的解析之后，赤木律子只能夠得出一個讓她自己都不相信的結論———那就是在那個神秘的藍色光盾出現的時候，四周的一切物質仿佛都停止了變化，就好像強行被人為的凝固了一樣，形成了某種無法被解析的神秘構造。
而在這種構造下，別說是第五使徒的那次攻擊了，就是把那攻擊威力疊加十倍都不可能摧毀這面防護屏障！
這一點兒都不科學啊！那股神秘的能量來源在哪兒？它是如何進行作用的？為什么無法被觀測到？
赤木律子百思不得其解，技術部的人更是頭發都快掉光了也沒找出原因所在。至于綾波麗自然也被留在了總部，進行各種各樣的調查和身體檢查。不過結果也沒有太大變化，畢竟當時的綾波麗所做的事情全部都有記錄，至少從表面來看，綾波麗并沒有做什么特別奇怪的事情，EVA的操縱記錄也很正常………
目前綾波麗還被留在總部接受調查，不過方正并不擔心她的安全。畢竟方正可是給綾波麗身上施加了安全防護的，如果那些白癡真的蠢到敢傷害綾波麗，那么方正大不了直接撕破臉皮弄死他們罷了。
區區一個NERV罷了，就是把這個世界的所有戰斗力加起來，都比不上方正一根手指，目前方正之所以選擇從暗中推動，只是因為這樣比較容易建立后時代的秩序。畢竟如果能夠徹底掃除SEELE和NERV的話，那么接下來這個世界的地球依舊可以按照自己的方向慢慢發展，簡單來說就是善后比較方便。
但是如果讓方正直接出手的話，就意味著天道宮的全面干涉，就好像外星人試圖統治地球一樣………多少善后會有些麻煩就是了。
簡單來說就是，目前方正只想要解決目前這個世界的危機，但是不希望給他們搞售后。
但是如果NERV作死的話，那么方正不介意連售后服務一起給他們搞了。
也正因為如此，在赤木律子在總部對著綾波麗和一堆無法言明的數據苦惱之時，方正已經帶著碇真嗣連同葛城美里一起來到了太平洋上空。
在這里，他們將和太平洋艦隊匯合，然后接收被送到日本的EVA二號機。
藍天，白云，碧波。
走下直升機，看著眼前的太平洋艦隊，方正打了個哈欠，而碇真嗣這會兒也走了下來。
“方正先生。”
“嗯？什么事？真嗣？”
“那個………綾波她………沒事吧。”
“沒事。”
面對碇真嗣的詢問，方正笑著擺了擺手。
“赤木博士那邊好吃好喝供著她呢，而且她也不用擔心吃肉了。”
“哈哈哈………”
聽到方正的回答，碇真嗣露出了一絲苦笑，他也知道方正說的沒錯，在家里方正為了引誘綾波麗吃肉，也是每天都會上一道葷菜，更要命的是做的還很好吃。碇真嗣倒是不在意這些問題，反正他吃的再多也會在之后的鍛煉里消化的干干凈凈，不吃簡直對不起自己。
而綾波麗顯然就不這么“瀟灑”了，她是真的不喜歡吃肉，但是方正又一直勾引她吃肉，這讓綾波麗很無語………
現在方正帶著碇真嗣出差了，綾波麗也不用糾結吃肉了，可謂皆大歡喜。
那邊葛城美里去和太平洋艦隊的司令進行緊急用電源的交割，而這邊方正也帶著碇真嗣遇到了這部作品之中的第二個女主角。
“你就是第三適格者？”
穿著米黃色連衣裙的少女驕傲的抬起頭來，注視著眼前的碇真嗣，得意的抬起了下巴。
“我是第二適格者，惣流.明日香.蘭格雷，還請多指教啊。”
“你好。”
哪怕經受過方正的地獄式斯巴達訓練，碇真嗣的本質依舊是個自閉宅男，面對眼前這個意氣風發的少女，他多少還有些不太自在。
“我是碇真嗣。”
“嗯……………”
看著眼前的碇真嗣，明日香皺起眉頭，仔細審視了一下。
“看起來倒還像是那么回事吧，比照片上像樣多了。”
這也是當然的，從碇真嗣“落到”方正手里到現在，也差不多有一個月了，十四歲的少年，正是長身體的時候，又天天被方正用斯巴達訓練打磨著，此刻的碇真嗣早已經和原著動畫里那個瘦弱的自閉少年有了區別。
原本在動畫里，雖然是同歲，但是碇真嗣的身高卻是三人中最矮的一個，明日香經常罵他是“小鬼”也是這個原因。但是現在，經過方正的“教導”之后，碇真嗣的身高已經竄到了一米六，算是三個人里最高的，而且他的身材也發生了變化，雖然并沒有八塊腹肌安天下那么夸張，至少起碼看起來給人的感覺就是一個健壯的男人，走路也不再是彎腰駝背，而是挺直了身子………別的不說，起碼氣勢是有了。
“你好，明日香。”
方正這會兒也走了過來，對著明日香打了聲招呼。
“我是NERV的方正，或許你已經知道了，從今天開始，我將負責管理你的生活………嗯，還請多指教。”
看著方正，明日香微微愣了一下，接著她輕哼一聲，并沒有多說什么，只是點了點頭。
“那么，我先去處理葛城那邊的事情，真嗣，你和她好好相處吧。”
“啊，是………”
雖然碇真嗣向方正投來了求救的目光，但是方正卻是并不在意，只是呵呵一笑便轉身離開。自己已經把碇真嗣的外在硬件都給改造完了，接下來他內部能否成長，還得看他自己不是？
至于碇真嗣和明日香會怎么相處，方正暫時并不理會，他只是徑直走到了艦長室，而方正才剛剛打開艦長室的大門，就聽見里面傳來了葛城美里的慘叫聲。
“為什么你會在這里啊！！”
聽到這個聲音，方正探出頭，向著里面望去，只見葛城美里這會兒一副見了鬼的樣子，惡狠狠的盯視著前方。而在葛城美里的前方，則站著一個胡子拉碴，不修邊幅的男子。此刻的他正笑嘻嘻的撿起葛城美里掉落在地上的文件，然后還給了她。
“真是的，見到我會這么驚訝嗎？”
“比我想象的還要糟糕！早知道你在這里，我就不來了！”
一把拿過男子遞來的文件，葛城美里無奈的嘆了口氣。而這時男子也看見了從門外走進來的方正，微笑著對他伸出了手。
“你好，我是加持良治，初次見面，你就是NERV的方正三尉吧。”
“沒錯，你好，加持先生，很高興見到你。”
看著眼前的加持良治，方正眉頭微微一挑，接著面帶微笑，握住了加持良治伸出來的手。
對于眼前的男人，方正自然是有所了解的，他是葛城美里的前男友，同時也是NERV內務部的成員，但事實上，他同時也為日本政府做事，用現在比較流行的話來說的話，加持良治算是雙面間諜。
但是加持良治并不是什么壞人，事實上，他一直在為日本政府探查關于NERV和人類補完計劃的秘密，如果當時加持良治能夠找到有力證據來證明NERV試圖毀滅世界的話，那么說不定就會是另外一個結局。無奈加持良治最終功敗垂成，還是死在了碇源堂的手下，多少還是有些可惜了。
其實從動畫里的好幾個方面就可以看出，聯合國內部一直都有人在關注和警惕SEELE，顯然，他們也對SEELE的計劃感到懷疑。但是卻沒有辦法行動，畢竟無論SEELE和碇源堂背地里搞什么鬼，都不可否認只有NERV和EVA才能夠抵擋使徒，拯救世界。
所以這些人只能夠一面觀察，一面調查，尋找線索。
不過可惜的是，這些人最終還是沒有想到SEELE出手如此果斷，直接把全人類橙汁化了。以至于他們甚至都沒有來得及出手。事實上，就連劇場版里被SEELE誤導的國聯軍也是一樣。他們的目的是正確的，只可惜他們沒有搞清楚自己的敵人究竟是誰。
在劇場版之中，國聯軍對NERV發動進攻，原因就是從SEELE那里得知了NERV試圖毀滅人類（這個消息真的是一點兒錯都沒有），從而要強行占領NERV。只不過他們沒有想到這背后的一切主使并不是NERV，而是SEELE。
于是SEELE轉手賣掉了NERV，吸引其他人的注意力，然后趁機開啟自己的人類補完計劃………
說白了，整個劇場版就是SEELE和碇源堂互相賣對方，最后看誰本事大………然并卵，最后雙方全部完蛋，誰的計劃都沒有成功。
由此可見，果然人算不如天算。
腦中轉過了這么多念頭，但是方正面上并沒有露出什么表情，只是微微和加持良治握了握手就收了回來。
“方正三尉，你最好離這個男人遠一點兒，他可不是什么好東西。”
這會兒葛城美里也湊了過來，不滿的瞪視著加持良治，而加持則是苦笑了一聲。
“真是的，也不至于這么說我吧，還是說………這是你的新歡嗎？”
“我和葛城一尉僅僅只是工作關系而已。”
方正當然不會把自己和葛城美里聯系在一起，他對葛城美里可是一點兒興趣都沒有。
“是嗎？我還以為美里那么緊張，一定是有了新戀人了。”
“畢竟這個世界上再也找不出來比你更爛的人了！”
對于葛城美里和加持良治之間的夫婦吵架，方正是一點兒參與的興趣都沒有，而是百無聊賴的靠在窗口，望著外面碧波蕩漾的大海。不過話說回來，如果自己記得沒錯的話，這次應該會有使徒………
“轟！！”
然而，還沒有等方正腦中轉完這個念頭，就聽見遠處傳來了一聲爆炸聲響，隨后遠方可以看見一道水柱沖天而起。
“發生了什么事！”
此刻艦長也是急忙沖了過來，大聲喝問道。
“我們遭到不明身份敵人的襲擊！”
果然來了啊。
看著忙亂成一團的指揮室，方正只是默默的在旁邊看熱鬧，如果他沒有猜錯的話，來襲的應該就是第六使徒，而接下來只要碇真嗣和明日香乘坐二號機出去大顯神威就………
“方正先生！”
沉浸在動畫的回憶之中，以至于方正一時間都沒有反應過來，當他看著站在自己面前的碇真嗣和明日香時，方正反倒一愣。
“你們怎么會在這里？你們沒登上二號機？”
“晚了一步！”
明日香氣的伸出手去，用力砸了下桌子。
“我們沒趕上！”
“沒趕上？二號機呢？”
“這個………已經沉到海里去了…………”
“……………哈啊？”
聽到真嗣無奈的回答，方正也是目瞪口呆。
還有這種操作？
說好的兩人乘坐二號機出擊，然后打開使徒嘴巴的零距離炮擊作戰呢？
眼下二號機都沉了，這還打個鬼去啊！
方正收回目光，這才發現指揮室里不知道什么時候司令和葛城美里已經吵成一團了。葛城美里強烈要求收回二號機然后再出擊，但是司令卻明顯表示這個怪物太可怕，太平洋艦隊根本打不贏，這樣下去的話只會全軍覆沒，所以他要求立刻撤退，等使徒退走之后再來回收二號機———反正那玩意兒又不會自己跑了！
雖然從道理上來說，司令的話肯定是對的，但無奈現在這使徒顯然是打算對整個太平洋艦隊趕盡殺絕了。而以太平洋艦隊的火力，一來打不穿AT力場，二來也擋不住使徒的攻擊，這樣下去怕是還沒撤離完就被打光了。
失去了EVA，兩個駕駛員這會兒也很無奈，明日香更是氣的要命。也算是她運氣不好，當時她本來是想要按照“原著”那樣，帶著碇真嗣去見識自己的二號機的，結果還沒等明日香登船，二號機的那艘船就直接被使徒一個偷襲弄沉了，害的明日香只能夠眼睜睜的看著自己的二號機沉到海里去………
還能怎么說？只能說是運氣不好唄？誰叫使徒第一個偷襲的就是二號機在的那艘船呢？
沒辦法了。
看著吵的不可開交的葛城美里和司令，方正無奈的搖了搖頭。
看來，這次只能夠自己親自出手了。