“馬愛卿，國朝之南北兩京制，你以為如何？”
忽然間，一直沒怎么吭聲的崇禎皇帝看向吏部尚書馬士英，淡淡詢問道。
“回皇上，臣以為...”馬士英心中一驚，面上渾然不動，說道：“南北兩京制，乃是成祖皇帝定下的成規祖制，臣不敢妄自揣測。”
這話說的很中肯，崇禎皇帝明白是馬士英不肯多說，怕惹上一身騷，倒是也理解，當下還決定把話徹底挑明，點頭又道：
“朕有意廢除南京陪都，改成金陵，設省同制，撤銷南京六部，由京師統一管理全國政務，上通下達，馬愛卿又覺得如何？”
“這...”馬士英聞言有些震驚，一時竟是無從說起，猶豫半晌才道：“陛下，非是臣不遵陛下之命，而是天下之大，若不設兩京，當不能共御啊！”
“此言有理，但若朕非要廢了南京六部呢，又該如何？”崇禎皇帝點點頭，話鋒一轉，又道。
群臣聽見這兩人的對話，許多人都是面色大驚，廢了南京陪都地位，再撤了南京六部，那他們去做什么，回家種地不成？
這可不行！
南京都察院左都御史陳洪成出班道：“啟奏陛下，萬萬不可！”
“南京為我朝龍興之地，龍脈在此，又是太祖皇帝欽定國都，根不可斷，臣以為不僅不該如此，更應該遷都于南京，以北京為陪都。”
“如此，國事大有可為！”
又一侍郎站出來說道：“龍興之地在鳳陽，哪里是金陵？陛下，臣建議將鳳陽立為新都，南北兩京為陪都！”
看了陳洪成和一眼，崇禎皇帝沒有說話，這時候禮部尚書，皇子座師張爾岐出班道：“啟奏陛下，臣覺得可行！”
“兩京制不可廢，臣來南京日久，見六部及各官署鮮有實事可為，然則權柄愈大，肥碩流油，百姓卻日益困乏，便深感不安。”
“京師政令不得主南，南方之民以南京為主，不尊京師，長此以往，必國將不國！”
“所以，臣提議，不僅要撤銷南京六部，那些職權甚大但卻無甚實務的官署，都要統統撤銷，設立新的官署取而代之，但兩京制不可廢，仍要以南京為陪都！”
緊接著，工部尚書高弘圖出班表示贊同，說道：“啟奏陛下，兩京制使國朝安興至今，不可輕言廢之，否則，江南一帶必然再起動亂！”
“何況，歷鑒前朝，兩漢以洛陽、長安為兩京，繁榮興盛了四百余年！唐先是兩京，后甚至增加為五京制，我大明國土遼闊，不下于漢唐，若不設南北兩京，百姓不知朝廷，又如何上通下達？”
“臣懇請圣上三思！”
崇禎皇帝轉念一想，高弘圖和張爾岐兩個人說的倒也有些道理，心下有些沉吟，聽著下面群臣激烈的討論，擺手說道：
“今日就到這里吧。”
關于南北兩京制的爭端，實際上從成祖遷都開始，就一直持續，正因為這種無法決定下來的爭端，才使得大明直到英宗六年才正式定都北京，之前一直都稱其為“行在”。
意思自然就是皇帝率文武群臣暫時駐扎的臨時首度，自英宗六年正式定都北京之后，一直都沒有取消南京作為首度的合法性，朝廷將其稱為“留都”，即“置官留守的首都”，時人也稱“南都”。
因為南京是太祖所定之都，它名義上的政治地位重于唐代事實上的“東京”洛陽，但實際的地位卻不如唐代的洛陽。
因為唐代洛陽和長安相距不遠，一些皇帝（特別是改國號為“周”的武則天）曾長期住在洛陽，洛陽因此成為實際上的京師。
設兩個都城，皇帝可以朝發夕至，其實所謂“山高皇帝遠”對唐代的兩京制度不大。
留都南京對大明朝而言，更具象征意義，然而實際意義不大，崇禎從朱棣在皇明卷宗上的密辛得知，當時成祖皇帝選擇北京的原因很多，兩京制不過是他的借口罷了。
首先一個，明朝南、北“兩京制”形成后，北京作為政治、軍事中心，南京作為經濟和文化中心，很長一段時間，南北達到一種微妙的平衡。
其實崇禎皇帝也覺得該有第二個都城，以備后患，不過六部和那么多無用的官署只是為了留一個備份的朝廷，實在是弊端大而用處小。
并且這最大的一個用處，在歷史上的明末卻也根本沒有用得上。
設想一下，如果大明在只在南京設立一個都城，那么政治、軍事、經濟、文化中心都在南京，中國北方將持續凋敝下去，很不利于一個大帝國的統一與穩定。
若只設在北京，道理也是一樣。
朱溫滅唐，經五代十國大亂后，中國的政治格局從東、西競爭變成了南、北競爭。
無論是周武王東征滅商，秦始皇滅六國一統天下，還是劉邦以漢中為根據地取得天下，或是隋、唐兩朝依據關隴集團統一中國，關中一直是統治者的根本重地。
這些歷朝歷代的帝王，他們針對西北要重點防范的是游牧民族，即依靠函谷關，進可謀東部富饒之地，退可“一丸泥封”，保持根本之地。
唐代長安、洛陽的兩京關系便是在這樣的背景下形成的。
從趙宋開始，東西關系轉為南北關系，南面的漢族政權面對最大的威脅往往是來自北部崛起的游牧民族。
因此渤海之濱、燕山之麓的北京成為了“南北競爭”中最重要的重鎮，漢人政權失去它，必然只能偏安南方，且國祚不會長久，游牧民族若搶占到手中，則可揮鞭南下，興盛一時。
朱元璋并非不想用北京做都城，因為北京做都城最具戰略價值，然而當時大明軍隊剛剛從偽元手里收復大都，城池和周邊州縣還欠繁華和富裕，且胡化了四百余年，與淮河和長江流域的文化有隔膜。
當時的北京一帶，對主要生在江淮、浙西的大明開國功勛集團來說，是定都在一個完全陌生的地區，心里總是不踏實的。
崇禎皇帝在密辛中得知，朱元璋還曾派太子朱標巡查長安、洛陽和開封，想選擇漢、唐、宋的故都為首都。
然而這個念想再度落空，經過一次次戰亂，關中之地已經殘破，喪失了作為一個大帝國都城的條件，洛陽亦是如此。
開封處在無險可守的大平原上，最易受敵，戰略位置更不適宜。
建文帝即位后，因削藩引發“靖難之役”，朱棣攻破南京，建文帝下落不明，同年，朱棣即皇帝位，第二年，改元永樂，改北平為北京，十九年后，遷都北京。
南北兩京的爭端和建立，均從此開始。
遷都北京是朱棣方方面面的考量，一北京是他以往的封藩地，起兵“靖難”之前，已在此經營二十多年，建立了屬于自己的一套政治、軍事、經濟體系。
等他當皇帝后，北京及周邊地區已不在是“生地”而是“熟地”，遷都于此乃是瓜熟蒂落之事，況且南京一帶布滿了不服從他的建文舊臣，北京則相對穩定得多。
歷史上，韃清和蒙元一樣，都是北方的游牧民族征服了南面文化更發達、人口更多的漢人而入主中原，盡管歷史上韃清入關有了更多的戲劇性。
對中華的士民來說，他們是血腥的征服者，都是外來政權，而對韃清和蒙古人來說，和他們無非是把整個中國看做自己的戰利品。
無論對關隴、幽燕、齊魯、河洛，還是江南、巴蜀、嶺南，他們并沒有崇禎皇帝眼下或歷史上朱元璋和朱棣所想的這樣充分。
實際上，韃清將這些地方一視同仁，在他們眼中，這些不過是他們新占的地盤，根本無非輕重，他們重視的不過是自己發家的關外或漠北，那里才是他們的“老營盤”，是留后路的地方。
大明則不一樣，它是趙宋滅亡后近一百年，一個將“韃虜”驅逐出去光復中華的漢族政權，這也是歷史上很少見的北伐而非南下統一中國的政權。
皇明祖訓上不止一次的寫著類似這樣意味的話，江南才是根本重地，是大明王朝的發祥地。
而且，當大明的大軍在徐達、常遇春率領下攻占元大都，收復幽燕之地時，這塊土地從后晉石敬瑭割燕云十六州開始，經遼、金、元，已被異族統治了足有四百余年。
可以說，這是一塊高度“胡化”的土地。
大明時至今日的南北“兩京制”，正是在這樣歷史背景下產生的。
留都南京，皇帝平日不在此城，但卻保留了一整套的中央政府官僚體系，可謂是“朝廷的備份”，六部、都察院、五府和內廷的太監體系，一應俱全，缺的只是高高在上的皇帝。
南京朝廷的官員級別和北京同職官員也相同，南京周邊十四個府、州的相應事務，有些事務甚至連京師六部都不得干涉。
南直隸所轄的地區，乃經濟最發達、文化最昌明之區，天下賦稅六至八成多出自于此，若此次空手而歸，或是不能將南京徹底控制在自己手里。
日后必然還會生亂，崇禎皇帝可不想在戰事進行得如火如荼之時，后院起火。