取得開封府和汝寧府的控制權以后，英國公張世澤和山東總兵牟文綬，分別自榮陽、西平進軍，由東、南兩個方向，對聚攏在宜陽的郝搖旗一部殘余大順軍形成合圍之勢。
首先就是南陽府的戰事，這一帶李自成也留有將領和地方官鎮守，但并非是什么名將，也沒有太多兵馬，只有幾萬人而已。
聽聞朝廷大軍來臨，并且全殲了張能，此地的大順留守將軍擊殺李自成布置在這里的節度使，扯旗歸順了朝廷。
南陽一帶，只有鄧州的大順軍還在頑抗，但是很快，牟文綬率領山東軍進剿，擊潰了該部流寇，將整個南陽府重新納入大明版圖。
收復南陽以后，接下來要做的，就是盡快與張世澤的京軍會是。
大約在崇禎二十一年的六月初，張世澤與牟文綬在宜陽縣勝利會師，郝搖旗督兵出戰，被牟文綬部下的部將周世錫擊潰。
在合圍宜陽的時間之內，還有一件事要做，便是派快馬前往汝州、河間府境內，招降地方，肅清殘余流賊勢力。
肅清地方的任務，交給了援剿過來的居庸關、保定等處其它地方明軍，張世澤和牟文綬一面派重兵環城，又一面對城中順將不斷招攬，好言好語。
六月初五，郝搖旗部將，大順果毅將軍焦言等三人經受不住誘惑，計殺郝搖旗，提著他的我腦袋，率數萬大順軍開城投降。
至此，河南全境光復。
后來，為正法三軍，張世澤下令殺焦言等三人，傳首河南，他又將宜陽投降的大順軍之中老弱解散，盡數發回原籍重新編戶入冊。
余的青壯還是老樣子處理，有的回家務農，大多數被分散發往全國各地，當兵的、幫工的都有不少。
拿下河南后不久傳來消息，崇禎皇帝御駕親征，潼關已在官軍之手。
張世澤留在河南穩定地方，牟文綬則與其分兵，率山東軍自洛南入陜，迅速逼近偽順政權的心臟——“西安”。
另一方面，接到河南全境丟失，官軍正從兩個方向進逼而來，李自成吐出一口老血，當即不省人事。
不過他在醒過來的時候，還是很果斷而堅決的下達了全面放棄陜西的指令，照他的意思，大順軍主力將取道商洛進入湖廣，再圖后事。
李自成這條命令下達之后，本來因官軍大兵壓境二人心惶惶的大順文武們，更都是一瞬失去了主心骨。
主子又要跑路了，自己怎么辦？
李自成率領主力撤出西安之后，堵錫率軍在后一路掩殺，追殺了大約幾十里的距離，斬首數以萬計，俘獲衣甲、輜重更是無計。
最后在商州一帶，堵錫的五省聯軍與堵錫的山東軍勝利會師，形成一支多達二十余萬的明軍主力。
這支主力軍隊追著李自成的屁股一路攆著走，但令人疑惑的是，他們追的陣勢大，但一點也不急，直到把李自成逼入商洛山為止，就不再追擊了。
接下來去干什么，堵錫留下一部分兵馬封住李自成再出來的路，實際上這貨被打成落湯雞，也壓根不會想再回來了。
余的兵馬則分散到陜西各處，比如牟文綬的山東軍，也分成幾個部分，向洛川、漢陽一帶進發。
不得不說，堵錫的猜測很正確，大順的腹地著實太空虛了，尤其是李自成帶著主力撤走以后，余的根本沒有組織起像樣的抵抗。
到了六月底的時候，潼關之戰結束不過也就半個多月的時間，延安、洛川、靈州、臨洮、洮州、榆林等處都被官軍拿下。
這些地方的順軍幾無抵抗，紛至沓來的，都是屈膝投降。
世人皆知，陜西四鎮是除西安以外，最主要的地區，在余的明軍進行陜西各地收復工作時，堵錫率禁軍親自負責對這四個軍鎮的工作。
即便是這四個軍鎮，固原、延綏、甘肅也已全部光復，唯有寧夏一鎮的大順軍聯合當地土司還在負隅頑抗，妄圖憑借地勢之利，抗衡朝廷天軍。
該地留守的果毅將軍田虎，聯合當地土蠻酋長吳忠，假意歸順，實則暗地備戰。
六月二十六日，率部前去接收寧夏鎮歸降的巴東總兵王學詩在紅寺堡遭到流寇與土蠻軍的伏擊。
后戰報傳來，巴東總兵王學詩力戰死，該部明軍一萬八千余人無一生還，王學詩的首級還被土蠻酋長吳忠掛在梁上炫耀。
消息傳到西安，崇禎皇帝震怒，增派山東軍入寧夏，并下諭旨，讓馬進忠等部盡快援剿，對那些頑抗的土蠻酋長不予姑息。
七月初三，山東總兵牟文綬攻克紅寺堡，斬殺土蠻酋長高沙。
同日，密云總兵馬進忠三戰三捷，連克永康、宣和、鎮羅三堡，三地土蠻酋長高銀、劉羅、宋清均死于亂軍之中。
七月初五，馬進忠與牟文綬合兵一處，四戰四捷，殲滅土蠻部落十余個，殺酋長及王子二十余人。
五日之后，官軍進圍寧夏鎮城。
土蠻酋長吳忠殺大順留守將軍田虎，提頭在城頭投降，但是這一提議被馬進忠及牟文綬以圣旨為由堅辭拒絕。
當日，官軍開始總攻。
官軍以重炮環城，實施連續不絕的火力壓制，兩個時辰之后，城池西南角落被轟開缺口，官軍將士魚貫而入，遂克寧夏鎮城。
土蠻大酋長吳忠死于牟文綬部將周世錫手中，城中聚齊的土蠻部落及酋長，都被全部殲滅得一干二凈。
堵錫傳來軍令，寧夏進攻戰以山東軍將領周世錫為首功。
此后，馬進忠留守寧夏，負責寧夏鎮內的殘余清剿，牟文綬則率山東軍向下，支持余部明軍進行整個陜西的收復和平亂。
現在的陜西，寧夏被迅速平定之后，更是風聲鶴唳，牟文綬下去以后，最多的工作就是對各地流民、百姓的安撫，就算偶有戰事，也是地方上出現了一些小亂子，兵至即平。
在此期間，官軍對整個陜西累積多年的豪強結寨、山匪聚眾，都進行了徹底的清除和剿滅。
因為一切都有崇禎皇帝在陜西坐鎮，所以即便是清剿豪強的過程中，也并未遇到太多阻力。