對于在京都地區和明國軍隊進行決戰，幕府內部是有不同意見的。
德川家康家臣，尾張德川家長，輔助家康九子德川義直，綽號“槍之半藏”，被譽為德川十六神將之一，也是十六神將碩果僅存的渡邊守綱就明確向秀忠大將軍表示，在京都的會戰其實是十分不利幕府的。
“明國軍隊戰斗力十分高，他們的鐵槍鐵炮遠比我軍要先進，他們的一個士兵能抵得上我們五個足輕，因此雖然我們的軍隊人數眾于他們，但戰爭的結果依舊是未知數。”
任從二位權大納言，也是尾張近藩藩主的德川義直認同師傅渡邊的意見。雖然他剛剛率藩軍趕到京都，但之前已經聽不少重臣說起過明國軍隊的厲害。
“將軍閣下，從當前態勢來看，明國軍隊可能也寄希望于京都的決戰。”渡邊守綱無疑是在明示秀忠，他所制定的京都決戰方案很有可能就是明國軍隊所希望的。
一些重臣鑒于奈良之敗，以及薩摩、肥前等藩的叛亂，也希望秀忠能夠放棄無險可守的京都，率領主力退守關東，那樣將來還有機會。
如果堅守京都將主力打光，德川家就再也沒有東山再起的資本了。
“將軍，請您不必擔憂，天皇御所可以隨時搬離！”
幕府負責京都治安并監視天皇和朝廷的京都司代官板倉重宗也是主張棄守派，他表示只要將軍下令，他馬上就能帶兵強行督促天皇和朝廷東遷。
“放棄京都，如何和國人交待！”
桑名藩主、幕府武將之首的松平定勝對于渡邊等人的棄守一說十分不滿，他指出各部接到的命令都是退過京都，如果現在再下軍令撤離，各軍勢必會發生同奈良一戰相似場景，那就是極度的混亂。
“父親，如果真的要棄守京都，預計會有一半部隊喪失。”德川秀忠的長男德川家光是奈良撤退的組織者也是見證者，他親歷了部隊混亂無序撤退導致的嚴重后果，因此無法同意叔叔義直的意見。
“將軍，方略不可更改！京都之決戰關系日本之命運！”幕府老中土井利勝、青山幸成等人也不同意棄守。
“戰事至此，我們不干一下，也太對不起日本了！”
“如果戰敗，我們還有明天嗎！”
“不管是勝是負，得利的都是那些逆藩！”
“現在的局面兇險異常...”
主守派和棄守派于是發生了一場大爭論，激烈的爭吵聲驚動了德川秀忠的女兒和子。
這位一心要被父親嫁給天皇的小姑娘在知道了前面的爭論后，卻突然對左右服侍的婦人們說了一句中國的典故。
“如果事態不可挽回，為了家族，我可以和親。”
這句話很快就傳入了正在被重臣們爭吵而頭疼的秀忠耳中，秀忠想到女兒竟然有自我犧牲的念頭，頓感痛心，于是起身對重臣們疾呼：“明國人已迫近洛陽！洛陽乃天皇御所之在，值此大敵當前，若我等不作堅守，何以對天皇，何以對臣民！”
在德川秀忠的堅持之下，京都的決戰便是不可避免的發生了。
17日，大明提督海事太監、大明皇帝親軍監軍太監魏公良臣于京都西南之稻田小村舉行了誓師大會。
主攻京都第一軍連夜搭制而成的觀禮臺上，魏公公站在最前面，第一軍司令長官曹文耀和近衛師團長伍福銘分立兩旁，余下將校各官按班站序。
巳時，第一步兵聯隊長真田一郎代表第一軍受閱將士縱馬馳于觀禮臺下，揚聲請令：“請公公下令！”
“開始！”
魏公公大手一揮，戰鼓聲頓時齊齊響起，伴隨著蒼涼的號角聲，一陣陣整齊而又沉悶的步伐聲響起，八千余士兵分步、騎、炮依次入場演兵，喊殺震天。
四周觀武之維持會官員、當地百姓千余人目睹此景，均是震駭人心，不時有節奏的將手中三角明制小旗揮動，高呼“萬歲”，“皇軍必勝”。
演武之后，又是三聲炮響掠空而過。
萬眾矚目中，提督魏公公走下高臺，翻身上馬，依次檢閱即將北上攻擊的皇軍將士方陣。
各部隊繡有番號的長幡林立，又有紅旗無數。皇軍將士軍容之嚴整，士氣之高昂，盡顯強軍氣象。
“帝國之決戰，畢功于一役，大明萬歲，天子萬歲，皇軍萬歲！”
魏公公鶴音隨風波動，將士歡呼震耳欲聾。
“向左轉！”
隨著第一步兵聯隊真田長官一聲令下，受閱官兵依次左轉，扛著火銃踢著整齊的步伐向北方開去。
稻田村上空，響徹的是第一軍戰歌——《皇道樂土萬萬年》。
隨著皇軍對京都的進攻展開，堅守京都的日軍在各個方向都迎來了殘酷而壯烈的戰斗。
19日，第一軍之第一、第三、第五三個聯隊依次抵達京田邊、井手、三山木等京都外圍區域。
三山木宮津一線最先爆發交戰。
在炮兵聯隊的掩護下，皇軍第五步兵聯隊猛烈進攻守敵。守軍得不到增援，也缺乏藥子補充，且與外界失去聯系。最終在傷亡數百之后放棄宮津向后方突圍。
第五步兵聯隊第一大隊官兵率先攻入宮津，將大隊殊榮戰旗“斬倭先鋒”插在宮津藩校。
井手戰況一樣慘烈。據《皇明日報》隨軍記者報道：在一個山頭上，700多倭國軍人被皇軍圍困。經過一整天激戰，倭軍傷亡殆盡，幾乎只剩下一人。
京田附近，第一步兵聯隊對守軍發起了不下8次進攻，但都被守軍擊退。
在得到第二步兵聯隊和臺灣義勇一部的支援后，第一步兵聯隊終于突破京田。守軍幕府中央軍損失慘重。軍佑筆、軍奉行、侍大將以下傷亡1700余人。
在接到撤退命令后，該部日軍由于天黑事急，迷失方向，竟然誤入皇軍陣線，結果再遭重創，損失近千，其中直屬德川秀忠的武士旗本陪臣竟有數百之多。
京田、三山木等戰略要地的失守，讓京都西南失去重要屏障。為挽回戰事的不利，德川秀忠親命長男德川家光率軍萬余奪回。