但指揮官群體中當然也不全是烏合之眾，烏合之眾大部分都是投機者。
指揮官群體的核心力量，也都是冷靜、清醒，主動參與的高層人員。
她們本來就掌握著協調作戰能力非常高的個人艦隊，她們控制的地方，本來就非常的難以攻陷。
而且在政變開始之后，以塞德里克為首的高級人類指揮官，馬上就想到了建制派反攻的可能。
她們也同時都知道，指揮官與艦娘之間的心靈傳訊能力，是指揮官群體相對自由艦娘的最大優勢。
她們迅速設計了一套專門的指揮系統，一個高級指揮官，帶領多個普通指揮官，組成一個指揮中心。
利用指揮官和艱難之間的無障礙的通訊，在一定程度上獲得無限的視野。
建制派的反攻，迅速突破了外圍的散亂指揮官的防線，遇到了高級指揮官組成的指揮中心控制的地區，就碰到了硬骨頭。
而這些指揮官的隊伍，畢竟是剛剛聯合起來，配合能力有限。
暫時而言，防御足夠，但是想要繼續進攻，就稍顯不足。
雙方很快就進入了僵持階段。
在地方上的建制派反攻的同時，總部的列克星敦·埃塞克斯本人，也陸續將原司令部直屬的特混艦隊整編完成。
然后分成幾個方向，一起航向首府軍港。
在總部軍港合適的攻擊距離之外，依次排開航母攻擊陣型準備空襲。
同時對塞德里克下達了最后通牒，要求塞德里克立刻投降。
塞德里克對于列克星敦的動作是早有預料的。
首府軍港的陸基偵察機，一直在周圍巡邏，塞德里克本人和盟友的直屬艦隊，都在軍港附近待命。
現在收到列克星敦的消息，塞德里克就知道，列克星敦的艦隊來了，而自己的偵察機全都沒有發現。
首府是一個城市，一座軍港，是固定的，而對方的艦隊則在海面上游弋，在某種程度上是敵暗我明的狀態。
塞德里克一邊命令放飛全部偵察機，擴大搜索范圍，直屬艦隊離港，準備戰斗，同時給列克星敦回電報：
“列克星敦女士，我們無意于與你們戰斗，我們的行動是為了改革不合理的制度，是為了為人類指揮官爭取應得的權利。
“我們誠摯的邀請諸位，與我們一起組建新的聯合議會和政府。”
列克星敦看了之后，直接回復說：
“不要再假惺惺的了，我知道你想要干什么，一個人類有怎樣的想法，對于我們而言沒有任何秘密。
“你，摧毀了元老會，六百多元老，至今沒有任何消息，兇多吉少。
“你，摧毀了司令部的核心機構和設施，數十萬人類和艦娘命喪你手。
“你，是整個司令部的罪人，你罪大惡極，罪無可恕，死不足惜！
“最后一次，現在立刻投降，我還可以給你留個全尸！”
塞德里克雖然知道說什么都沒有用了，但是還是繼續回復，爭取時間：
“非常抱歉，為了保持突然性，使用之前沒有進行實驗，所以我也不確定那種新式武器的真正威力。
“爆炸之后我第一時間召集人手撲滅火災，進入爆炸現場尋找元老們。
“到目前為止，已經發現了一部分，她們并沒有全部死亡，只是因為傷勢過重，短時間內無法恢復理智。
“我們現在最重要的是重建秩序，而不是彼此爭斗，消耗司令部的力量！
“您有什么要求，有什么想法，可以安排人手過來我們面談。”
收到這段話，列克星敦·埃塞克斯稍微遲疑了一會兒。
塞德里克的意思很明顯，元老們并沒有全都死亡，有一部分確認還活著。
但是，還活著的這些，理所當然的成了塞德里克的俘虜和人質。
但是列克星敦·埃塞克斯的決心，卻沒有受到多少影響。
俘虜有俘虜的應對策略，俘虜有俘虜的待遇，如果因為人質和俘虜，而影響到了正面戰場的決斷，那么關于權力和職責轉移的規定就沒有意義了。
所以，即便是列克星敦只在意活著的元老的狀況，但是卻沒有繼續跟塞德里克糾纏下去，因為列克星敦知道塞德里克在拖延時間。
于是，列克星敦給塞德里克發了最后一條電報：
“你最好保證元老們沒事，那能減輕你的罪惡，否則后果自負！”
然后不再等待塞德里克的回復，直接傳達了自己的命令：
“開始攻擊！”
三十多艘艦體化的艦隊航母，放出了總數過一千架的戰斗機和攻擊機，分成幾個機群，從多個方向，撲向自己曾經的首都軍港。
隨著距離越來越近，塞德里克這邊的防空雷達終于有了反應，看著屏幕上秘密嗎的光點，雷達兵馬上拉起了防空警報。
天空盤旋的陸基戰斗機，附近展開艦體的艦娘的戰斗機，馬上前出迎擊，一場大規模的空戰迅速展開。
雙方第一波的戰斗格外的激烈，雙方的成員都是憋著勁，開戰之后，都是用一種近乎拼命氣勢在戰斗。
列克星敦一方想要穿過對方的攔截，去攻擊首府的機場和資源設施，而塞德里克一方就要保護這些設施。
戰斗從一開始就迅速進入了焦灼狀態。
這種狀態，讓雙方都非常的糾結。
敵我雙方的艦娘隊伍的構成非常類似，而兩個本源戰艦相同的艦娘同時展開艦體，雙方的戰斗力將同時遭到削弱。
這就是司令部內戰的尷尬之處。
但是這并不是什么好事，艦體化的戰斗無法決出勝負，那么后面就會發生大規模的艦裝狀態的白刃戰。
而白刃戰的傷亡不僅規模大，而且幾乎是不可控的。
雙方都爭取在第一場戰斗中盡可能的占據優勢，避免勢均力敵的白刃戰。
但是實際的戰況是，艦娘實力更強的列克星敦，和擁有陸基戰斗機支援的塞德里克，雙方誰都沒有占到便宜。
持續了一個上午的戰斗，幾乎不分勝負，列克星敦一方的艦娘整體換了一批，還是無法攻入對方的防線。
列克星敦一方雖然摧毀了一些設施，但是對于整個首都而言，可以說并沒有造成實質性傷害。