熒幕上，托尼被奧創控制的機器人引走，隊長三人以及雷神跟那群忍者交戰，這群忍者除了石原里美以外都蒙著面，身上背著武士刀，不知道從哪里冒出來一大堆，當陳鋒一刀劈死一個的時候原地炸開一團煙霧，而尸體則消失不見。
娜塔莎找上了石原里美，鷹眼四處射箭，雷神一錘子下來雷蛇四散，蘇紫懸浮在空中，紫發飄動，狂風涌動，而陳澤化身齊天大圣，分身無數，一棒子一個，這群忍者被打的節節敗退，只有娜塔莎那里占據下風。
石原里美掃視戰場，神色冷靜，就在這時，一道同樣身穿黑色武士服，帶著面罩的男人忽然出現在了她身旁不遠處，淡漠說道：“可以走了。”
“OK。”石原里美點了點頭，說的同時，她用武士刀格擋下娜塔莎的一刀，平淡說道：“你們真可悲。”
“什么？”娜塔莎皺眉，然而石原里美沒有再多說，單手結了一個印，整個人化作煙霧散開，當娜塔莎沖過來時石原里美已經消失不見，甚至不一會的功夫，那群忍者留下一堆尸體后也有大批人成功撤離。
陳澤跟雷神想追，那個后來出現的男人回頭，雙手結印，冷漠的說了一句日語，意思大概是：“爆！”
隨著他的話音落，整個廠房各處的墻壁上都出現符箓一樣的紋路，一張張起爆符紋路亮起然后發生爆炸，徹底的擋住了他們追擊的腳步。
當煙塵散去時現場一片狼藉，到處都是焦黑的痕跡，但聯盟眾人卻沒有受到什么太嚴重的傷勢。
“這到底是怎么回事？為什么這里有這么多人？”托爾怒問道，蘇紫從空中降下來。皺眉說道：“他們可能早就知道我們要來。”
“那他們這么做有什么目的？這點埋伏也對付不了我們。”陳澤問道。
“托尼？”娜塔莎疑惑說道，隨后臉色一變，對著耳麥溝通道：“托尼？”
鏡頭切換，托尼跟奧創一追一逃，在空中互相攻擊，最后托尼成功將那具機器人打落下來，托尼居高臨下的看著它，機器人好整以暇的倚靠著一個大巖石，嘴里出現出現本大人的聲音：“你以為你贏了嗎托尼？”
“起碼現在來看是的。”托尼嘴上當然是不會輸，淡淡說完，抬手對準那機器人。
“哦？我們會再見的。”本大人的聲音充滿惡意，托尼手心發出一發能量炮將對方轟成渣，然后才頗為冷傲的說道：“是的，我會去找你的。”
“托尼。”
這時，托尼的耳麥里傳來娜塔莎擔心的聲音，托尼回復道：“娜塔莎。”
“你還好吧？”
“當然，我很好，怎么？”
“我們懷疑他們早就知道我們要來。”
“所以你們懷疑他們的目標是我？但是我這里沒事。”
“那他們的目的是……？”
兩人沉默了片刻，忽然神情一變，異口同聲說道：“神盾局！”
鏡頭切換，神盾局紐約基地內，也是忽然爆發起沖突，伴隨著一個光頭男人的一聲行動，很多神盾局內部的人紛紛將槍口對準自己原本的同事，一場騷亂瞬間爆發，尼克弗瑞在人的掩護下拼命逃脫出了基地，但開著車也被堵在了路上。
一頓機槍掃射后，車載系統播報：“系統受損。”
尼克弗瑞一連說了幾個功能后都是如此，他不由憤怒的說道：“還有什么系統沒有受損？”
一首歌忽然在車里播放了出來，語音不緊不慢的說道：“車載音響可以正常播放。”
“啪。”尼克弗瑞氣的直拍方向盤。
劇場里頓時響起一片笑聲，在這種激烈的情況下還能搞笑也是他們沒想到的，隨后系統重啟完畢，眼看尼克就要突出重圍，三臺機械戰甲從天而降，將汽車打翻，尼克爬出來就看到其中一個機器人手中拿著洛基的權杖。
權杖上面是心靈寶石，在《聯盟一》以后就一直被放在神盾局保管，現在會落到本大人的手里，也說明神盾里早就有了九頭蛇的人，甚至還不少。
“我早該知道的。”尼克弗瑞自嘲的說道，這一次的失敗看起來一點都不冤。
“沒關系，你以后也會是我們的一份子。”其中一個機器人說道，是本大人的聲音。
“之前的消息實力故意放出去的？目的是為了調開守望者聯盟。”尼克陳述道，事到如今還有什么不清楚的？
“你猜的很對，可惜沒有獎勵。”
“他們會回來的。”
“我等著他們。”本大人說完，那戰甲將權杖點了一下尼克弗瑞的胸口，剎那間尼克的瞳孔冒出一陣紅光。
“帶他走。”
一群人架住尼克弗瑞離開了街道。
后面的劇情看的影迷們揪心不已，聯盟眾人回到紐約前往神盾局的時候就察覺到了不對，但還是陷入了埋伏中，一番大戰炸毀了紐約神盾局，無數人看到了鋼鐵俠等人的戰斗，在神盾局的宣傳中，鋼鐵俠等人成為了恐怖分子，想要占領神盾局，憑借力量統治美利堅。
聯盟眾人被狠狠的擺了一道，而且神盾局也已經陷落，神盾局的態度也影響到了美國高層。
雖然有很多人不信，但形式已經對他們極為不利，而且他們內部也有了一些矛盾，托尼說早就應該聽他的，不要按照神盾局的指令倉促出動，應該調查出本大人的位置后一次性解決。
而陳鋒堅持應該有計劃有組織的去行動，只不過沒想到的是這個組織被端了……
“這是神盾局的問題。”陳鋒皺眉說道。
因為行動的失敗，眾人的心情都不怎么好，然而這時，新的人工智能星期五匯報，它找到了本大人的位置——日本東京。
對于本大人來說，他多年的謀劃已經近乎于成功了，神盾局完全落入掌控，全世界都布滿他的勢力，現在唯一的阻礙就是守望者聯盟的英雄們，只要干掉他們，他本大人就可以憑借神盾局去統治美利堅。。
而日本，就是他給他們準備的殉葬場。
聯盟眾人收拾好裝備，全體前往日本，而電影也進入了中后期，一場大戰即將展開。