二十六艘戰艦，這損失對于明軍水師的整體規模來講雖然不大，可不要忘記這二十六艘戰艦可是王東派出的精銳，尤其是分艦隊指揮官陸章霖是王東的愛將，早在寧波水師組建起就跟著王東了，后又在幾次戰役中立下大功。
本來，王東是打算等這次南征之后把陸章霖推薦給陛下，讓他擔任即將要組建的南海水師要職，而這次派下先行南下泉州也是出于這個考慮，試圖讓他在南征中立下足夠的功勞。可萬萬沒有想到，王東的舉動卻害了他，陸章霖出師未捷就葬生大海，連尸首都未能找回。
“藍延珍！好！好一個藍延珍！”王東氣極而笑，他沒想到明軍水師主力南下的情況下藍延珍依舊有膽量主動北上，還突然出現的泉州干掉了他這樣一支分艦隊。同時，王東也清楚，自己犯了輕敵之罪，在沒有絕對掌控制海權的情況下貿然讓分艦隊南下，可以說分艦隊的慘敗王東有很大的責任。
張鰹在軍報中還指出，由于藍延珍的聯合艦隊主動出擊，其目的顯而易見，那就是要用這種方式阻攔明軍水師對南征的水陸攻擊和對陸軍的支持。這種做法張鰹在之前曾在藍延珍身上用過一回，而且也是這樣的操作阻止了藍延珍聯合水師對藍理和年羹堯攻擊溫州的海上支援，現在藍延珍可以說依葫蘆畫瓢，把張鰹的招數拿來重用。
對于這招，張鰹深知其厲害，可以說在沒有完全解決藍延珍聯合水師的情況下明軍水師根本不可能達到目的，眼下最重要的是先在海上殲滅藍延珍的水師，只有徹底解決這個問題，明軍水師才能沒后顧之憂。
另外，張鰹在救治分艦隊之后就離開了泉州，帶著澎湖水師暫返澎湖去了。這主要是擔心藍延珍會趁澎湖水師離開的機會掉頭偷襲澎湖，一旦澎湖失守那么臺灣就危險了，澎湖是絕對不能丟的，它不僅是澎湖水師的老巢，同樣也是臺灣的門戶。
看完軍報，楊勖和陳五顯面面相覷，他們沒想到會有如此變故。此次南征，明軍上下可謂士氣如虹，在明軍各將領看來只要大軍一到，拿下福建簡直是輕而易舉的。
可誰都沒有想到，南征一開始的確是勢如破竹，大軍由溫州而出直到福州，這一路上除小規模交戰外福建地方根本就組織不起有效的抵抗，幾個小縣城更是聞風而降，無論是楊勖、王東或者陳五顯，甚至后面即將抵達福州的馬功成、錢大昌等，對于局勢都是異常樂觀，但大軍在拿下福州后才發現，這困難才剛剛開始。
由于藍延珍的聯合水師出現的泉州，王東在損失了一支分艦隊后不得不改變了戰術。除派一支艦隊駐扎福州，同時令澎湖水師在確保澎湖無礙的情況下派出戰艦搜索藍延珍水師的下落，而他的主力艦隊從福州而出，開始向南找尋藍延珍的聯合水師，以期解決這個問題。
但當明軍水師兵分兩路找尋藍延珍的時候，藍延珍的聯合水師卻蹤影全無，也不知道跑去了哪里。幾日后又傳來消息，藍延珍帶領水師突然在霞浦東北的海面出現，對明軍的運輸船隊發起攻擊。
虧得明軍的運輸船隊規模龐大，再加上得知藍延珍的聯合水師在泉州出現后寧波方面特意從崇明調了幾十艘戰艦增強了護航力量，藍延珍的聯合水師攻擊時間不長，當發現短時間內無法吃掉這支運輸船隊，同時又擔心王東的主力聞訊趕來，藍延珍在以快打慢一連擊沉多艘運輸艦后就主動撤出了戰場，掉頭朝東而去了，等王東主力趕到清點損失，雖人員因救治及時整體損失不大，但那幾艘沉入大海的物資算是徹底沒了，氣得王東是暴跳如雷。
南京城，朱怡成看完了由福建緊急送來的軍報，眉頭深深緊鎖起來。南征福建所遇到的問題也是他未想到的，他根本沒料到一個福建居然被打浙江還要困難，如今因為物資原因大軍進展遲緩，水師暫時又被藍延珍所牽制住無法全力支援陸軍。更重要的是由寧波南下的運輸船隊隨時隨地可能受到藍延珍的攻擊，再加上因為藍延珍聯合艦隊神出鬼沒，完全采取的是海上游擊戰的戰術，更給四海商行的海貿艦隊帶來極大威脅。
“這藍延珍還真有一套啊，沒想到學會了這么一招居然靈活運用自如？”朱怡成苦笑道，不過藍延珍的戰術雖然給明軍帶來了麻煩，但從福建戰局整體來看明軍的優勢是無法改變的。
拿下福建，是朱怡成進而控制住整個南中國的重要一步，只有拿下了福建明軍勢力才能進入兩廣，一旦兩廣光復，那么明軍就和清廷真正形成了各占半壁的姿態。
再加上南方氣候宜人，風俗開化，良港眾多，許多區域又同西方各國有著深入交流，控制住福建和兩廣區域，大明的水師就能近而把勢力向南洋深處延伸，另外南方還有許多小國，這些小國稻米一年三熟，是天然的糧倉之地，如果運用的好，足以滿足整個大明的百姓需求。
拿下南中國，控制整個南洋，會給大明帶來極大的利益，也是支持大明以后北伐的重要一環。所以，福建必定要取，不僅是福建，還有已在朱怡成眼中的兩廣之地。就算有再大的困難，在福建的大軍也要克服困難，盡快想辦法打下福建。
為此，朱怡成親自下令給前線，一是讓鄔思道保證前線的軍需物資，二是讓馬功成想辦法打破僵局盡快南下，之三就是王東的水師主力，無論如何要在海上打開局面，不管藍延珍如何，他的水師不僅要保證航道的要求，同時也要保證對陸軍的一定支持。
至于具體怎么做，又如何去做，朱怡成沒有說，要知道朱怡成遠在南京，對于前線指揮只需提出目標，至于那些細節方面還得靠前線指揮官自行判斷解決，做完這些事后，朱怡成把目光投向了江西，根據錦衣衛的報告，江西方面的清軍有攻擊九江的預兆，清軍在未做好完全準備，而且又是冬季馬上來臨的時候突然對袁奇部下手，這讓朱怡成感到奇怪，同時也似乎聞到了一些陰謀的味道。
也許是感覺吧，朱怡成總覺得江西會出事，但具體會怎么樣他暫時無法判斷，只能讓錦衣衛嚴密監視江西的動態，并讓人給袁奇那邊提了個醒，讓袁奇小心在意。
無論朱怡成之前和袁奇有什么恩怨，但在現在他們至少同是明軍，尤其是朱怡成正式登上帝位之后，袁奇和祝建才那邊都發來賀文，以表示承認朱怡成及皇帝位。
僅從這點，袁奇就算得上是朱怡成的臣子，不管這臣子是否只是表面上的。何況大家最大的敵人依舊是清廷，在中華未被全部收復，清廷徹底解決之前，朱怡成是絕對不會做讓親者痛仇者快的事，那怕最終有那么一天，那也是等神州大地重回漢人之手再說。
朱怡成的警告并沒起到效果，或者說袁奇根本就沒把朱怡成的警告放在心上。不久后，江西的清軍就突然對九江發起了猛烈攻擊，袁奇第一時間就拿在城中的清軍使者開了刀，把人頭砍下祭旗后親自帶兵出戰。
但袁奇萬萬沒有想到的是，當兩軍對壘大戰開始的時候，起初袁奇的大軍是占上風的，清軍甚至傷亡慘重，可不知道怎么回事，袁奇的左翼突然間崩潰，從左翼出現了一支近萬人的清軍，這支清軍幾乎毫無阻擋直接從崩潰的左翼殺了過來。
左翼的崩潰實在太快，袁奇還未來得及調整清軍就殺到了跟前，袁奇帶領中軍拼死抵抗，同時各部迅速回救，但之前被打得幾無還手之力的清軍就像是換了個人似的開始猛烈反撲，導致袁奇大軍前后受敵，勉強支持了半個時辰開始敗退。
袁奇部在野戰大敗，勉強保持部分軍力向九江城撤回，誰想等他撤到九江的時驚愕發現九江居然落到了清軍手里。望著城頭飄揚的清軍旗幟，還有和清軍將領站在一起朝著他大笑的周忠良，袁奇當即氣急攻心差一點兒從馬上摔下。
九江的突然丟失使得后路被斷，從而導致已是敗軍的袁奇部瞬間崩潰，幾萬士氣大跌的軍隊在清軍的追擊下四散而逃，王友三為掩護袁奇帶千人親自斷后，殺敵數十人后最后不幸陷入軍中，袁奇部的將領戰死、俘虜者更是不計其數，袁奇在高進等人的拼死突圍下好不容易才沖了出去，然后逃入鄱陽湖不知下落。
九江之戰袁奇先勝后敗，更因為留守九江的周忠良獻城使義軍全線崩潰。占了九江后，清軍趁勢而擊，沒花多少時間就拿下了武昌，自此，除袁奇暫時未能抓到，江西還有幾個小縣城未打下外，割據一地的袁奇部幾乎全軍覆沒。