軍機處的設立，最初只是作為內閣的一個分支機構存在，且由朝臣輪流兼任，并無定員，雖然其繞過內閣，直接由皇帝決議軍國大事，引起了朝臣的警惕，但初時只涉及民變及邊關兵事，且確實提高了效率，故沒有引起朝臣們的足夠重視。
但隨著崇禎三年皇太極寇關之戰結束后，朝臣們這才發現，皇帝已將錦衣衛并入軍機處，作為軍機處情報機構，使得軍機處職權大增，不知不覺完成了君權的加強，內閣的作用，已被無限削弱。
得益于這兩年孫承宗穩扎穩打，構建寧錦防線，再加上何邪的先知先覺和火器的大量推廣，崇禎三年這場戰斗，并沒有被皇太極避開寧遠、錦州突入關內，遼東諸將拒敵于關外，一場持續三個月的大戰，使得清軍傷亡慘重，最終一無所獲，退回沈陽。
皇太極深以為恥，誓報此仇。
而明軍軍紀渙散，戰斗力差已是積重難返之事，這一戰，明軍同樣損失慘重，傷亡人數甚至和清軍不相上下。
但這一戰最終還是大明取得了勝利，且獲得的好處，是顯而易見的。
首先，陜西彈壓民變正如火如荼，連年饑荒，朝廷缺銀缺糧，即使皇帝一再免除陜西、山東等災區的賦稅，并撥糧賑災，且甘薯也解決了一小部分燃眉之急，但天災人禍，依然無法避免。
在這樣雙線作戰的情況下，遼東之戰能取得這樣的成果，已是殊為不易，極為難得了。
其次，經此一戰，清軍實力大損，短期內是無力再次發動戰爭了，孫承宗可以繼續推動他的戰略，穩扎穩打練兵修路，開辟京東屯田。
而值此全球性的小冰河災變時期，清軍想要生存下去，唯一的路就是往朝鮮打，往蒙古打，去獲取生存物資。
大明朝沒時間修生養息，也沒那個條件，但趁著這段寶貴的和平時期，可以平定內亂，徹底穩定國內局勢。
最后，經此一戰，軍機處的地位徹底被凸現出來，君權得到了進一步的加強和集中，錦衣衛在此一戰表現活躍，把情報網絡鋪到了關外。而且皇帝趁此戰提拔了一些人才，進入了軍機處，如史可法、劉肇基等人。
崇禎三年一月，帝冊封皇子朱慈烆為太子，以戒嚴免升殿，百官聽宣敕于午門，行十二拜禮。
四月，帝不滿陜西焦灼戰局，增兵陜西，于陜北將賊眾合圍，一戰而徹底平定陜西，張獻忠兵敗被殺，李自成不知所蹤。
陜西平定后，皇帝修建水運，調南方錢糧，定北方天災。
自此后五年，大明進入漫長的“崇禎新政”改革時期。
帝改革稅收制度，重啟商稅，改東廠為大明稅務局，魏忠賢為首任稅務總督。
這一舉措效果很明顯，東廠番子、錦衣衛和地方官員，形成了一個相互監督、相互制約的局面，雖然東廠動則抄家的狠辣手段遭到百官如潮彈劾，但僅僅崇禎四年一年的稅收，就足足頂的上過去三年的總和。
于是，無論是內閣還是六部官員都閉嘴了。
改革的過程自不是一帆風順的，這期間，皇帝也失敗過，例如開海禁一事，由于沿海富商和官員的阻撓，不得不被迫放棄；又如東廠收稅期間欺壓百姓，魚肉鄉里，激起民變，一度使得稅收工作停滯，甚至皇帝不得不暫時罷黜魏忠賢，于次年才復啟。
好消息是，大明有錢了，商稅征收已成定局，且甘陜山東一帶的饑荒由于甘薯的大量普及，得到了有效緩解。
另，皇帝練新軍五萬，以史可法為帥，以徐光啟為新軍教官，駐守京師。
大明朝就這樣磕磕絆絆走過了五年，這五年，各地災禍依然頻發，時不時有饑民暴動，但相比起原歷史，已經好了太多太多。
崇禎六年，帝納周氏姐妹為妃，同年，丁皇后誕下公主，賜號長平。次年，周氏姐妹誕下一子一女。
崇禎九年，魏忠賢病逝，皇帝追封其為忠國公，謚號“忠義”。王崇恩繼任大明稅務總督職位。
同年，裴綸升任錦衣衛指揮使，南鎮撫司改組監察院，監察廠衛法紀，沈煉為第一任檢察院都指揮史。
十月，孔有德、耿忠明殺毛文龍叛明降清，帝大怒，召滿朝文武廷議攻打金人事宜，百官紛紛反對，帝無奈作罷。
十一月，叛將孔、耿自朝鮮海路攻入關內，以尚可喜為內應，攻陷登州，虎視萊州；而皇太極又親自統領八旗軍十萬，避開寧遠、錦州，分兵三路從龍井關、洪山口、大安口突入關內，攻占遵化，京師告急，大明烽煙再起！
帝震怒，下決心要把皇太極留在關內。
帝以京城為餌，豎壁清野，誘敵深入，令遼東、宣府、及冀州三處呈合圍之勢，斷八旗軍后路，又以新軍統領京城防護。
萊登方面，帝命孫傳庭入山東，又派韓曠、盧劍星前往朝鮮行合縱之事，令盧象升出陜入魯，和孫傳庭兵合一處。
這是崇禎朝最大的一場戰役，這場戰役，一戰奠定了大明中興的基礎，也奠定了崇禎大帝的不朽之名！
皇太極在京城下遭遇了火炮、炸藥等新軍火器殘酷摧殘，丟下三萬尸體，倉皇而逃，孫承宗、史可法等將領得皇帝吩咐，穩扎穩打，步步合圍，將皇太極困于空城遵化，圍而不打。
崇禎十年三月，皇太極被饑困絕望的蒙古兵所殺，金人開城投降，帝不允，四萬之眾，皆坑之。
滿朝歡騰！
與此同時，孔有德敗退朝鮮，敗朝鮮官兵，割城而據。
崇禎皇帝的威望，到達了前所未有的巔峰！
三月二十七，皇太極之子豪格繼位，多爾袞攝政，統領金人兵馬大權。
四月初一，帝以孫承宗為帥，以史可法為副將，出山海關，反攻金人。五月十三，史可法以炸藥、火炮克遼陽，金人死傷無算！
五月二十，分兵撫順，以蒙古各部為內應，攻克撫順，袁崇煥屠城三日，被御史彈劾，帝命其戴罪立功。
五月二十七，大明合圍沈陽。
絕望的金人，爆發了驚人戰力！
這一戰，盡管大明有火器之利，但仍死傷兩萬有余，金人五萬人馬全軍覆沒，多爾袞與皇宮中殺后宮嬪妃及皇子公主，舉火自焚而死，皇子豪格不知所蹤。
金朝自此正式滅亡！
割據朝鮮的孔有德等很快向皇帝求罪乞降，帝命盧象升、孫傳庭格殺勿論。遂此二部和李氏朝鮮軍合圍，徹底殲滅孔有德所部，孔有德、耿忠明被部下所擒，尚可喜戰死軍中。
崇禎十年六月十六，孔有德、范文程等明奸被押赴京城，于菜市口凌遲處死，數萬百姓觀刑，無不爭啖其肉，爭飲其血。
崇禎十一年，大明開海事局，分別以史可法、鄭芝龍、李定國為將，分三個艦隊，遠征海路。
崇禎十四年，鄭芝龍于葡國海戰中戰死，帝賜其子鄭森爵位，追封鄭芝龍為忠勇伯。同年，史可法、李定國滿載而歸。
大明真的發達了，海路貿易的繁榮，徹底夯實了大明中興的基礎，源源不絕的財富自海上而來，使得國內災禍帶來的損失得到極大程度的彌補和緩解。
崇禎十七年，帝遷都南京，同年，萬邦來朝！
崇禎大帝在位三十二年后，大明已徹底變成了一個資本主義開始蓬勃發展的帝國，自崇禎十七年始，皇太子朱慈恒便開始游歷大明各地，甚至曾出海而行，這位年輕的太子對于新事物接受很快，同時，也由于韓曠等老臣教導，并不失沉穩。
崇禎三十三年，天子改革吏治，在國子監外令設軍校、工校，農校。
但改革實施了一半，丁皇后病重，旬月后撒手人寰，與世長辭。
帝悲慟不已，連續三月無心朝政。
崇禎三十三年七月二十七，崇禎帝退位，太子朱慈恒繼位，年號乾亨，崇禎被尊為太上皇。
太子延續了父親的執政思路，仍大刀闊斧改革，而經過崇禎一朝的努力，大明人才輩出，這些人才的出現，使得大明盛世再現，已成定局。
隨著兩位周貴妃相繼過世，太上皇常獨守空宮，怔怔發呆。
崇禎三十四年八月，太上皇召太子密談達旦，次日于皇極殿中設宴，酒罷，太上皇舉杯笑言：“吾欲歸天命，眾愛卿，寡人去也。”
遂當場消失不見，群臣嘩然！天下嘩然！
崇禎死后，乾亨帝及群臣追謚其廟號為恒宗。
崇禎、乾亨二朝，被后世稱為崇乾盛世，也被認為是華夏由封建王朝轉化為資本主義帝制的開端。
崇禎皇帝歸天命，飛升天界之事，也成為后世永遠解不開的謎團。