李綱情緒也很激動，他對宋欽宗說道：“天下之理，誠與疑、明與暗而已。誠則明，明則愈誠，自誠與明推之，可以至于堯舜；疑則暗，暗則愈疑，自疑與暗推之，其患至于有不可勝言者。耿南仲當以堯舜之道輔陛下，而其人暗而多疑，所言不足采。”
宋欽宗聽后笑了笑，沒回應。耿南仲則“艴然怒甚”，拂袖而去。
不久，宋欽宗又在睿思殿召開茶話會。剛喝完茶，耿南仲忽然站起來奏說道：“臣剛才奏對時遇到左司諫陳公輔，公輔乃二月五日聯合李綱一起鼓動士民伏闕者，豈可處諫職？乞送御史臺根治。”宋欽宗及宰執們聞言皆愕然。
李綱先是一愣，沒料到耿南仲這么快就開始報復自己，他啟奏道：“臣剛才與南仲辨論于延和殿，實為國事，非有私意。而南仲對臣之言銜恨在心，故有此奏。伏闕之事，陛下素已鑒察，臣不敢復有所辨。但臣以菲才冒處樞輔，仰荷特達之知，未能有所補報，區區素志，欲俟賊騎出疆，道君鑾輿還闕，然后求歸田里，臣之愿也。今南仲之言若此，臣安敢復留？愿以公輔事送有司，臣得乞身待罪。”
宋欽宗笑了笑道：“伏闕士庶以億萬計，如何結構？朕所聞知，卿不須如此。”
宋欽宗想勸他們和解，可耿南仲揪住不放，意猶未已。李綱于是再拜，起身離開睿思殿，出居啟圣院。
啟圣院位于皇城西角樓西側，乃宋太宗降誕之地，是供奉宋太宗的神御殿。李綱讓人將辦公桌椅從樞密院搬到這里來，他要暫時待在這里。他給宋欽宗呈上一份劄子，請求去職，劄子曰：“臣聞見危致命，臣子之常分；陳力就列，古人之格言。方艱難之時，故當徇國忘軀，而于揣分量才，又有不能則止之義。輒伸愚懇，上瀆天聽。伏念臣賦性蠢愚，學問荒淺，比由庶僚，荷陛下異恩，擢在政府。自蒙委任，夙夜究心，外捍疆敵，內安眾志。上賴宗廟社稷之靈，陛下仁圣所格，丑類退師，京邑安疆。傳檄而三鎮堅守，奉使而兩宮協和，區區之忠，志愿粗畢。
而臣自事變以來，夜以繼日，無時暫休，智術殫于思慮，意氣索于憂虞，內度綿薄，實難勉強。況今朝登老成，賢智并用，正論得伸于廟堂，德意下洽于海隅。自此天下豪杰忠智之士，當連茹而進，內修政事，外攘夷狄，以副陛下嘗膽臥薪之意。顧如臣者，材術既疏，心慮憒耗，深恐有誤使令，以速罪戾。伏望圣慈許罷臣樞密院事，特除一在外宮觀，任便居住，則仰荷陛下終始保全之恩。捐軀報國，期于異日，干冒天威，取進止奉。”
宋欽宗接到劄子后，提筆批道：“今封還卿奏。豈可如此？托付之意至矣，更勿少疑。不得再有請，雖累百章亦當封還！”
第二天，即三月二十八日，李綱又連上兩份劄子，繼續懇請去職。他在第二份劄子中說：“......今早進對，與大臣議論不合，遂詆臣以士庶伏闕之事，疑臣結構，至欲御史根治。伏念臣備位樞管，橫遭誣蔑，有玷國體，寧不動心？”
宋欽宗在劄子上批道：“依已降旨不許，搬出啟圣院，依舊赴院供職。”
李綱在第三份劄子中說道：“況因廷對，同列議論，偶有不合，遂遭詆誣，茍包羞忍恥，強顏取容，不唯有玷國體，亦將取輕于陛下，其何以協贊帷幄之謀，折沖萬里？”
宋欽宗在劄子上又批道：“可赴院供職，不得再有陳請，今封還卿奏。”
李綱在第一份劄子中，并未說出要求辭職的真正原因，反而流露出一絲嘲諷的意味。他在第二份和第三份劄子中，忍不住說出了原因。很明顯，李綱這是在以辭職為要挾，給宋欽宗施加壓力。李綱這樣做的目的，是希望宋欽宗能出手懲處耿南仲。可是，耿南仲與宋欽宗關系非同一般，宋欽宗怎么可能處罰他呢？
其實，宋欽宗知道李綱這是在賭氣，并非真要辭職。這天，宋欽宗派御藥內侍去啟圣院向李綱傳旨，令他上朝覲見，并“押赴樞密院治事”。李綱只好上馬，離開啟圣院。
四月一日，宋欽宗要到寧德宮去看望太上皇后，又派御藥內侍去給李綱傳旨，令他扈從。可李綱并不從命，他給宋欽宗寫信說，自己“夜來傷風，頭目昬眩”，實在是難以隨班從駕，無法前往。
四月三日，太上皇還京，宋欽宗親自出城到郊外迎接。李綱以京城守御使身份，在新東門內迎拜。太上皇頭戴栗玉并桃冠，身穿銷金紅道袍，乘坐著色彩斑斕的七寶輦車，從興宋門入城。京城百姓皆夾道觀看，無不欣喜。
太上皇還居于龍德宮后，宋欽宗到底還是采納了耿南仲的建議，下令將太上皇身旁內侍全部去除。于是，內侍陳思恭、蕭道、李琮、張見道等十人并行貶黜，不許入門，敢留者斬。
李綱見自己的抗議毫無效果，最終還是耿南仲獲勝，他心情有些低落。第二天，他又上章，懇請罷免自己的知樞密院事職務。
宋欽宗連下兩道手詔，一封手詔曰：“卿忠義之志，朕所素知，方國家多難，實賴共濟，不得再有，請便赴院供職。”
另一封手詔曰：“卿屢貢封章，懇求去位，自陳危懇甚駭。予聞乃者，虜在近郊，士庶伏闕，一朝倉卒，眾數十萬，忠憤所激，不謀同辭，此豈人力也哉！不悅者造言，何所不至？故卿不自安。殊不知，朕深諒卿之不預知也。前日宰執臺諫，沮師敗謀，隔塞公議，已悉罷逐。方今四海所賴以為輔佐者，多聚廟堂，朕于任賢勿貳，去邪勿疑，自以為庶幾焉。卿其深體朕心，亟安厥位，以濟國事。”李綱仍然不答應復職。
宋欽宗于是又令太宰徐處仁和少宰吳敏，親自前去諭旨，請李綱復職，李綱還是不答應。宋欽宗無奈，只好將李綱詔之內殿，當面加以撫慰道：“賊馬方退，正賴卿協濟艱難，今遽欲舍朕，何之？前事不足介懷，宜為朕少留。”宋欽宗辭意誠懇而痛切。
至此，李綱才再拜，呈上謝表，受命就職。李綱覺得，自己雖然最終沒能擊敗耿南仲，但也贏得了足夠的面子。