固始汗此時獲悉西寧守軍兵力薄弱，于是帶領一萬部眾突擊西寧，軍至城下，成功包圍了郭君鎮。
但郭君鎮鎮定自若，組織百姓堅守城池，并親自領兵夜襲敵營，大獲成功。
不久米剌印率軍趕到，順軍對西寧附近地區的和碩特軍展開了猛烈的攻擊，同時開始了招降活動。在大順軍的攻擊下，固始汗占據的據點和寺院逐個喪失。
青海地區最重要的喇嘛教寺廟塔爾寺也被米剌印攻破，眾多很有威望的大喇嘛被迫投降，結果被郭君鎮下令一概處死，參加叛亂的喇嘛僧眾也遭到嚴厲鎮壓。
在和碩特軍節節敗退、一部分參加叛亂的蒙古王公紛紛投降的情況下，固始汗于十二月將扣壓的順朝使者送還大順軍，并附疏上奏朝廷，為自己開脫罪責，請求議和。李來亨對此置之不理，下令大順軍平叛到底，必取固始汗首級方能回師。
順軍繼續清除西寧附近的叛軍，很快收復了鎮海、申中、南川、西川、北川等地。固始汗被迫率領殘部向西潰逃。當米剌印等率領三千順軍進攻郭隆寺時，遭到這里萬余名喇嘛僧眾的頑強抵抗，戰斗異常激烈，可僧眾沒有正式軍事訓練，死亡慘重。
眾多黃教喇嘛逃跑后被順軍俘獲，押解入京，李來亨親自下令，對其一律處以死罪，傳首青海、西藏等地。
郭隆寺之戰是平定青海和西藏之役中最激烈的戰役，用郭君鎮的話說：“自滅清以來未有如此大戰者。”
固始汗在西寧附近戰敗后，率部退逃到離西寧千里之遙的柴達木河一帶。在這種形勢下，郭君鎮提出于四月草青時，四路并進合攻青海的作戰方案，而米剌印則提出乘春草未生，以精兵五千、馬萬匹，乘敵不備、遠程奇襲的作戰方案。
郭君鎮將兩種方案一并上報朝廷，李來亨最終采納了米剌印的作戰方案。這樣，大順軍便分三路向柴達木進剿。
米剌印率兵自西寧出南路西進，沿途捕殺叛軍的偵騎并消滅其留守部隊，神不知鬼不覺地進入柴達木河上游地區。很快順軍探知固始汗大營在烏蘭穆和爾，米剌印便率軍連夜拔營疾行，直搗和碩特軍大營。
當順軍抵達蒙軍營帳時，固始汗部屬尚未起床，人不及衣，馬未銜勒。順軍分四路發起突然襲擊，蒙軍猝不及防，倉皇逃散，潰不成軍。
固始汗見大勢已去，便服下毒藥試圖自殺，但被周圍侍從搶救了下來。很快順軍攻破和碩特軍營帳，順軍先鋒趙自牢殺入帳中，由于一些蒙古兵極力抵抗，亂戰之中，趙自牢即命令所部衛兵放排槍將固始汗等和碩特部的重要王公一并打死。
此役順軍徹底擊潰和碩特部，俘獲其王公不可計數，很快肅清了青海地區的一切敵對力量。米剌印率所部五千精兵，僅用十五天，奔襲千余里，直搗敵穴，擒斬固始汗，創下殊功，因此封侯。
而占領西藏地區的和碩特汗國經此一役，損失慘重，特別是固始汗遭到順軍俘殺，直接造成了和碩特汗國的大規模內部紛爭。
固始汗當初將八個兒子留在青海，護衛汗國，建立了八臺吉的軍隊，將青海劃分為左右兩翼。
如今左右兩翼的兵力都遭到了大順軍的毀滅性打擊，基本上被盡數殲滅，和碩特蒙古的勢力從青海地區全盤退出。
和碩特汗國的勢力范圍就此退縮到了西藏一隅之地，可是西藏的政教大權都握于達賴系統和第巴系統的手中，汗廷系統主要掌握軍事力量而已。
如今和碩特汗廷的軍事力量瓦解，原本達賴掌宗教和財經，第巴掌行政，汗廷掌軍事的平衡結構就被破壞了。
和碩特汗國本就是蒙藏二元維持的統治體系，汗國是蒙古貴族領導的，但是里面有格魯派領袖為宗教領導，形成二元關系。本來，固始汗汗國打敗藏巴汗，救了格魯派，把他們獲得在西藏政治領導層地位，但是五世達賴喇嘛系統不安于翻身，而且要獲得最高權力。
如今固始汗被順軍俘殺，和碩特汗廷的軍事力量和威望都遭到了沉重打擊。達賴系統為了奪取西藏的政教大權，立即起兵作亂，攻殺了固始汗的長子達延鄂齊爾，不久達延鄂齊爾之子丹增達賴又從西康殺回西藏。
丹增達賴間道疾馳，跨越了荒無人煙的山區，任馱馬凍餓而死，艱苦耐勞的蒙古將士們還是挺過了這段艱難的路程，以神兵天降的姿態突然出現在了五世達賴的面前。
藏軍猝不及防，雖然占有兵力優勢，可是驍勇善戰的蒙古兵行軍千里，拋棄了一切輜重，人人都知道一旦戰敗，絕無回家之路，因此士氣高昂，死戰不止，竟然一舉將人數倍于本方的藏軍徹底擊潰。
丹增達賴隨即攻占了日喀則和拉薩，繼位為和碩特汗國的第二代大汗達賴汗。
他為了報父親被五世達賴攻殺之仇，即以五世達賴行為不端為理由，將其廢除，另外從前藏地方貴族中挑選了合適人選作為六世達賴。
但這也造成了雪區僧俗各界有力貴族對達賴汗政權的抵制，地方上因此叛亂不斷，達賴汗忙于四面彈壓地方貴族的叛變，無力整合從青海敗退下來的和碩特余部殘兵。
四川方面順軍趁機大舉西進，由經略使苗里琛指揮部將賀珍、白文選、武大定等人興兵攻伐西康，消滅了當地殘余的和碩特余部，軍至巴塘后刻碑紀石后方返回四川。
在青海一帶，坐鎮西寧的征虜大將軍郭君鎮聽聞了西藏內亂的情況后，便立即派遣米剌印和熟悉青海道路的前明總兵馬科，一起率領精兵八千人，自青海急速入藏。
大順軍沿途招徠雪區貴族，熟悉西藏政教內情的米剌印趁機提議打出了復立五世達賴的口號。馬科同意他的意見后，順軍便獲得了雪區貴族的大力支持，沿途行軍毫無顧忌，星夜南下，穿越了冰天雪地的青藏高原以后，飛抵日喀則。