底層士兵煽動事件暫時得到解決，但是巴西國內的局勢卻沒有因此平靜下來。
五月五日，宣布獨立建國兩天后，薩爾多瓦黑人叛亂武裝派出部隊向北面進攻，用一天時間占領了只有一百多名警察駐守的卡馬薩里，隨后，叛軍兵分三路，一路從卡馬薩里出發向北占領巴伊亞州北部地區，一路由新招收的黑人青壯為主力，向巴伊亞州內部地區進發，最后一路從薩爾多瓦城出發，乘坐二十多艘俘獲的木船，進攻薩爾多瓦南部的伊列烏斯。
薩爾多瓦黑人叛亂份子迅速向其他地方派出部隊攻城掠地，除了有上次起義失敗的教訓，巴拉圭派出的軍事指揮人員也有不小的功勞。
敵人的敵人就是朋友，為了對抗巴西帝國，小洛佩斯能夠和南美漢人合作，也不會放過和巴伊亞黑人叛亂份子合作的機會，而且熟知巴西黑人秉性的小洛佩斯很清楚，巴伊亞黑人不會發展為像漢國一樣的力量，對巴拉圭向巴西方向擴張勢力沒有危害。
和李明遠想的差不多，把巴伊亞黑人當做消耗巴西帝國實力的炮灰，接下來對黑人叛亂份子的各項支援計劃便有條不紊的展開來。
首先，小洛佩斯從國內不寬裕的財政中拿出一部分資金作為黑人叛亂份子的起事本錢，其次通過占領的南馬格羅索州為基地，走內陸水路將一千多桿火槍及配套彈藥輸送到叛軍手中。
最后依靠派遣到薩爾多瓦的巴拉圭軍官從旁協助，并且根據巴伊亞州兵力被抽調南下的情況，制定了兵分三路，搶先在巴西軍隊回援前占領巴伊亞州全境的策略。
支援黑人叛亂份子的巴拉圭軍官歷經多年戰爭，戰場經驗豐富，因此在叛亂爆發初期，黑人叛亂份子進軍順利，用了不到十天時間，占領了巴伊亞州近半土地，不過隨著黑人叛亂份子占領的土地面積越來越大，他們對手下武裝的控制力度卻越來越力不從心。
巴西黑人來自非洲不同地區，每個地區又分成不同的部落，在建立南美黑人國家的統一目標號召下，盡管有幾萬黑人加入叛亂武裝，但是那些依據非洲土著語言、部落，劃分勢力范圍的黑人們通常各自負責一個區域，薩爾多瓦的叛亂政權中心在沒有面臨巴西軍隊打擊前，很少對散布各地的從屬勢力發出強制命令。
弱干強支是所有叛亂武裝都會遇到的問題，如果不能在初期解決附屬武裝過于強大的問題，可能會為叛亂活動帶來極大危害。
薩爾多瓦叛亂政權無法有效控制附屬的武裝力量，由此帶來了一系列問題。
五月十六日，一隊四百余人的叛亂份子離開駐地，進入其他黑人武裝份子的地盤，與對方發生武裝沖突，導致雙方共一百多人死傷。
五月十八日，巴伊亞州小鎮勞魯進駐兩百名黑人叛亂武裝，當天夜里，小鎮中二十多名白人女性被搶暴，一百多白人老幼被虐待后殺死。
五月十九日，弗雷塔斯發生第二起針對白人的屠殺事件，三百多白人被殺死后拋尸河中，一部分尸體順著河水流到南部的巴西軍隊控制區，引起巴西國內一陣嘩然。
五月二十二日，巴西軍隊與叛亂武裝交戰當天，一百二十多名逃難白人被殺死在距離戰場十多里外的森林中，……
屠殺就像一場瘟疫，傳染了參與屠殺的每一個黑人叛亂份子，同時通過屠殺釋放了他們心中暴虐與殘忍的黑人們更容易選擇再次屠殺滿足內心的變態欲望。
叛亂黑人零星的屠殺行為漸漸影響到其他叛亂武裝，等到薩爾多瓦城的黑人頭頭們發現手下武裝勢力的行為，再想阻止時卻已經來不及了。
黑人頭頭們反對手下屠殺白人不是出于文明教化，而是打算把黑人當做人質，在戰事不順時用來當做與巴西帝國談判的籌碼。
1837年巴伊亞黑人起義時，很多黑人叛亂份子用這條方法保留了一條活路，可是再次起義，幾場毫不起眼的小規模屠殺事件卻激起了叛亂份子內心的殘暴，使得事件一開始就朝著不受薩爾多瓦黑人頭頭控制的方向發展。
亡羊補牢，為時已晚，一個個屠殺事件被巴報紙披露出來，在巴西國內引起了軒然大波。
巴西白人們自詡文明世界的上等人，出于文明人的憐憫精神，他們廢除了黑人奴隸制度，但是距離廢除奴隸制度沒過幾年時間，那些聽話的黑人竟然騎到了白人老爺們頭上，
用殘忍的方法屠殺女人、老弱，這種事情傳播開來，飽受外部戰爭失利影響的巴西民眾再也忍受不了。
在普通的巴西百姓眼中，與巴拉圭、漢國的戰爭雖然失敗，但是大家好歹遵從文明人的規矩，沒有發生過大規模屠殺俘虜、百姓的事件，而那些受到皇帝廢奴法令恩惠的黑人，不僅不懂得感恩回報，還分裂國家、屠殺白人，這不是不把巴西帝國放在眼里嗎？
經濟停滯、內外矛盾激化的巴西民眾們憤怒的走向各地政府門前，強烈要求政府報復叛亂份子的屠殺行為。同時，靠近叛亂地區的年輕白人們出于保護家鄉安全和為國效力的目的，紛紛主動要求加入軍隊，平定巴伊亞黑人叛亂。
國內沸沸揚揚的民意還不算結束，屠殺消息擴散不到兩三天，漢國政府部門迅速做出表態
“漢國、巴西兩國間雖然有些矛盾，但是身為擁有五千年悠久歷史的文明民族，漢國政府強烈反對任何針對普通百姓的屠殺，同時，出于友好、真誠的目的，漢國政府建議巴西帝國皇帝佩德羅二世陛下反思執政中出現的失誤，糾正國內實施的錯誤方針。
拋棄以往的成見，本著平等、自愿的原則，尊重其他國家的主權完整，與周邊國家建立正常的外交關系……”
漢國政府發表聲明后，背后給巴伊亞黑人武裝提供武器支援的巴拉圭國王小洛佩斯也不甘寂寞，毫不客氣的站出來指摘佩德羅二世的不是，并且把自己打扮成南美白人保護者的形象，精神滿滿的號召巴西人民推翻腐朽沒落的佩德羅王朝，與巴拉圭王國合作，一同建立偉大的南美洲白人國家。
漢國、巴拉圭兩國站著說話不腰疼的表態給巴西國內沸騰的民意又添了一把火，剛開始叫囂報復巴伊亞叛亂份子的民眾把矛頭對準佩德羅二世，要求佩德羅二世取消關于黑人的優待法令，將巴伊亞地區的黑人全部驅逐出去，同時遠在巴伊亞執行平方任務的埃貝爾上尉等人也沒有閑著，他們一邊在前線部隊宣傳他們的主張，一邊命令潛伏在里約熱內盧的“巴西利亞騎士團”成員散布消息，爭取更多人認同他們的主張，要求佩德羅二世完成先前的承諾，立刻解除黑人軍團的武裝，將他們交給巴西軍隊看管起來。
一波未平一波又起，軍隊和民間沸騰的聲音使得佩德羅二世不得不再次妥協，將加西亞扶上巴西陸軍司令的位置，并且下達命令解除駐扎在各地黑人軍團的武裝。
巴西白人把內外矛盾積累出來的不滿發泄在黑人身上，面對周邊白人仇視的眼睛，黑人軍團士兵們的神靈已經很是緊張，當佩德羅二世解除武裝的命令下達，擔心交出武器遭到迫害的黑人士兵們，一部分攜帶武器逃跑，一部分在少數底層軍官的帶領下公開反叛，然后通過各種渠道加入叛亂武裝。
巴西黑人軍團根據廢奴政策建立，巔峰時期人數超過十萬，然而在佩德羅二世的一紙命令下，兩萬多黑人士兵或逃離到內陸地區或加入叛亂武裝，留下來的三萬多黑人士兵也在巴西軍隊的監視下解除武裝，進入專門為他們設置的監管區，由此，以往對外戰爭中發揮出不小作用的黑人軍團迅速煙消云散。
黑人軍團因為直屬于佩德羅二世領導的關系，一直不受巴西軍隊的待見，這次利用巴伊亞黑人叛亂視角解散黑人軍團符合巴西軍隊一眾大佬的心意，因此，在將剩余黑人士兵看管起來后，以加西亞為首的巴西老牌將領們迅速組織部隊開赴叛亂地區，打算采取步步緊逼的戰略一次性解決巴伊亞州屢屢爆發的叛亂問題。