呂西安所說的新發現，指的是致病菌的發現。
細菌其實很早就被發現了，早在1702年，荷蘭科學家列文·胡克就利用他自己發明的顯微鏡發現了細菌。但是當時的人并沒有將細菌和疾病聯系起來。而且因為細菌無色透明，即使用顯微鏡，最多也不過看到一些因為細菌的運動帶來的光線折射而形成的影子，根本就看不清細菌的結構特征，自然也無法分辨細菌的種類和數量。
這使得很長一段時間里，細菌的發現除了給人們提供一些談資之外，基本上就沒有其他的意義了。
既然細菌和疾病的關系得不到驗證，那么什么消毒殺菌之類的技術自然也不會出現。在此前的戰爭中，為了降低士兵的損失，約瑟夫借口說在某部中世紀的筆記中看到了，關于東方的野蠻人將包扎用的紗布用沸水煮過之后，能減少傷員發燒化膿的記錄。雖然這個說法并沒有什么科學依據，但是完全可以用事實來證明一下嘛。
結果事實證明，在使用沸水煮過，然后再在太陽下曬干的紗布代替其他未處理的包扎物，效果非常明顯，傷員和俘虜們因為感染而死亡的幾率大幅度下降了。
雖然不知道這是什么原因造成的，但是既然這種做法有效，在拿破侖成為了第一執政之后，這類做法就開始在整個的法國推廣。包括《柳葉刀》雜志上也提到了這個事情。
約瑟夫表示，“存在即是合理”。既然這個方法被證明有效，那它背后一定有我們還沒有來得及發現的科學原因。為此約瑟夫開出了五千法郎的獎金，鼓勵學者們研究這后面的科學原理。
不久之前，約瑟夫的一個愛爾蘭學生卡羅爾在約瑟夫指點的大方向上，通過自己的努力，獲得了決定性的成果。
“老師懷疑，在被煮過的紗布，和沒有煮過的紗布上一定有什么我們看不到的差異。他甚至向我提到了列文·胡克先生的發現。
波拿巴老師對我說：‘卡羅爾，我一直有一個懷疑，我懷疑傷口潰瘍、發高燒什么的，都是由某種寄生蟲造成的。這種寄生蟲非常小，很可能比螨蟲都小。以至于肉眼無法看到它。列文·胡克先生曾經用顯微鏡發現過一些非常小的生物，我懷疑，這些東西，可能就是某種非常小的寄生蟲，它們也許就是造成傷口潰瘍，發燒之類的問題的罪魁禍首。
如果我的這個猜想是真的，那么這種蟲子就一定會在化膿潰瘍的傷口上大量繁殖。只是這些東西無色透明，我們無法看清楚它們，更不要說確定它們的數量的變化了。唉，要是有辦法讓它們變成不透明，有顏色的就好了。’
當時我靈機一動，脫口而出：‘我們為什么不試試看能不能用某種染料，給這些小蟲子染上顏色呢？’
波拿巴老師對我的這個建議非常的欣賞，他鼓勵我就從這個方向去展開研究……此后我試過了很多種染料，但是效果都不好，但是老師一直都在支持我，鼓勵我。他對我說：‘我相信，你一定能成為愛爾蘭在科學上的驕傲的。’
在老師的鼓勵下，我雖然遭遇了一次又一次的失敗，但最終，就像老師說的那樣，‘機會總是青睞那些有準備的人’……”——《與疾病作斗爭——卡羅爾·奧哈夫回憶錄》
有了細菌染色技術，細菌和各種感染之間的關系，就變得顯而易見了。
在有了這種技術之后的一個多星期里，卡羅爾就畫出了包括破傷風桿菌、金黃色葡萄球菌在內的數十種致病菌。依據這個發現，卡羅爾寫出了論文，并將它提交給了法蘭西科學院。
這絕對是劃時代的發現，但是呂西安卻提議，將這份論文押后發表。
呂西安說：“約瑟夫，讓你的學生將論文改一下，我覺得證據還不夠充分，應該還有臨床上的數據。我們在法國找一家醫院，在這里實驗對各種設施，比如床褥呀什么的嚴格消毒的措施，然后記錄病人的感染幾率，再選取一家英國醫院，最好是有托利黨和圣公會背景的醫院，弄到他們類似的情況下的感染率和死亡率。
然后我們在《柳葉刀》上先刊登出一篇名為《法國醫院的一些經驗》的文章。嗯，約瑟夫，我們法國的醫院中早就已經開始推行包扎用紗布煮沸日曬消毒了。我們就在這篇文中先介紹這個經驗，并特別點明，這一經驗來自與東方的游牧民族有關的記錄。然后再拿出你的寄生蟲猜測，以及我們的醫院和英國醫院在感染率和死亡率方面的對比。
《柳葉刀》的受眾群體非常有限，它的這篇文章不會引起太大的反響。這不要緊，這就是我們所需要的。我們先等一個月，然后讓《科學真理報》在科普欄目中加以報道，并指出‘英國人的醫院，因為各種骯臟和不衛生的環境，已經成為了對病人進行屠殺的屠場。在《柳葉刀》雜志已經介紹過法國的行之有效的方法之后，整整一個月，英國的醫療部門在這樣關系到人民的生命安全的事情上卻毫無反應，這值得人們深思。’
這樣的報道肯定會激起英國的那些家伙的不滿的，接著我們再讓《倫敦生意人》發表一篇文章，這篇文章要以經濟的角度，來加以分析，并得出與其花費成本來改進醫院，還不如就讓那些下等人死掉更為合算的結論。
接著再讓《太陽報》和《啄木鳥查理》跟上，用最尖刻的語言來挖苦諷刺，最后形成一場大爭論。我們讓這個爭論持續一個月左右，制造各種噱頭，讓英國人充分表演，然后讓《自然》，讓我們旗下的其他報刊雜志都卷入進去，然后……”
“《柳葉刀》是雙月刊，這個時候正好到了下一期《柳葉刀》出版的時候了。我們就在這一期的《柳葉刀》拋出決定性的證據，也就是約瑟夫你的學生的論文，徹底打垮他們。”拿破侖插嘴說，“我們前面要把浪頭弄高一些，最好弄到否定整個英國的醫學，最好能勾引著英國王家科學院也跳出來給英國醫生行會背書，然后我們一家伙打倒他們，讓他們，不論是英國媒體，還是英國科學院都一起名譽掃地。并順便建立起我們的權威。嗯，我覺得，為了刺激一下英國佬，讓他們變得更瘋狂，出的洋相更大，我有一個建議……”
說到這里，拿破侖卻突然閉了嘴，他回過頭來看了看約瑟夫，然后又說：“我就是一個建議，能不能行，咱們再一起討論……”
“拿破侖，你說什么呢？這里只有咱們兄弟幾個，還有什么話是不能說的？趕緊說，別磨嘰！”約瑟夫皺著眉頭道。
“那我可說了……你別說我不該說，我也就一個提議……要是不行……你就當我沒說過……”
“少廢話，快說！”
“嗯，我覺得呂西安的這個計劃，還有一些細節，可以在完善一下……嗯，我們讓波莉娜和大嫂……”說到這里，拿破侖趕緊瞟了約瑟夫一眼，看到約瑟夫的臉上似乎并沒有什么生氣的神色，便接著說，“讓波莉娜陪著大嫂到倫敦去玩，然后作為慈善活動的一部分，去某個英國醫院捐款，因為是慈善行動，當然就可以選擇比較底層的，條件特別差的醫院。
然后《科學真理報》上的那篇引發爭議的文章，就可以由波莉娜來寫。落款就用她的筆名。英國人肯定不能忍受一個女人對他們指手畫腳，肯定會跳得更歡。然后就讓波莉娜和他們打筆墨戰爭……嗯，波莉娜的語言完全可以再鋒利一些，挖苦諷刺什么的，怎么尖刻怎么來，怎么不負責任怎么來。其他報紙也可以跟上去諷刺英國人的科學素養還比不上女人……這真是，我想想都覺得好玩，甚至于比莫里哀的那些喜劇都要更好玩了……嗯……約瑟夫，你要是覺得不行，我們再另想個辦法？”
“為什么不行？”約瑟夫道，“我覺得這辦法不錯呀。不過，你把范妮扯進去干什么？讓她去了，你來給我當秘書？再說了，范妮根本就不是干這種闖禍的事情的料，讓波莉娜自己去不就行了嗎？反正她本來也就是個闖禍精！正好讓她本色出演。當然，這事情呢，一定要得到波莉娜自己的同意。她必須是自愿的……嗯，你們誰去和她說這個事？”
拿破侖立刻就把眼光轉向了呂西安。
“看我干什么？”呂西安說。他當然知道，要讓那個女闖禍精同意去干這個事，一點難度都沒有。但是如果是自己去說的。將來，萬一那個女闖禍精弄過頭了，出了什么問題，弄得媽媽問了起來，就這兩個哥哥一貫偏心眼的表現來看，多半，不，不是多半，而是絕對會把所有的鍋都丟到自己頭上。
“畢竟你經常帶著波莉娜到處玩的。就連媽媽都知道你和波莉娜很好的。”拿破侖暗帶威脅地說。
“好吧，好吧。”呂西安舉手投降，“不過，到時候媽媽知道了，你們可別……”
“如果媽媽知道了，那一定是因為你太無能了，呂西安。”拿破侖說。