且說大頭領一個不留神摔倒在地，剛要起身后背被踩了兩腳。李軍這是第一次進攻如此大的城市，此前雖然拿下蘇州，可是攻打蘇州城經過十分詳細的謀劃，且進攻時沒有團勇的配合，李軍從始至終隊形嚴整，清軍很快崩潰，沒有出現特別混亂的現象。
可是，這一次進攻南京，士兵們異常興奮，特別是李軍中的鄭軍士兵更是歡欣鼓舞。又有許多滿清的團勇參與進來，數萬人圍攻南京，且城墻已經塌陷，這怎么能讓這群人不興奮，不嚎叫呢？
李存真不覺又被踩了兩腳，眼看就要背過氣去，恰在此時突然有人一把將李存真拉起。過了好一會，李存真方才緩過勁來，原來是他摔倒的時候胸口正好膈中了一塊尖石，緩了一口氣，定睛一看，才發現扶起他的不是別人，正是李茂之。
“大頭領，你沒事吧？”
“事倒是沒有，只是我的大旗不知道跑哪里去了。”
“還去管什么大旗？這一戰我軍必勝！”李茂之信心百倍，鏗鏘有力地說道。
李存真聽罷熱血上涌，揮舞著自己的大刀喊著：“沖啊！”
“沖啊！”李茂之也揮刀大喊。眾人一起，跌跌撞撞地沖進城去。
當城墻轟然倒塌，江寧城內的清軍全都嚇得肝膽俱裂。沒有投降的團勇早就被“李存真乃大天師”且有“雷公電母相助”的謠言搞得人心惶惶。當巨響傳來城墻倒塌的時候，團勇根本無心守城，軍官更是拋下士兵朝著滿城奔去。滿城的洪武門外，只有朱國治的撫標營兩千八百多人迎戰。
姜誠隊第一個沖進城內，迎頭遇上的正是朱國治的撫標營。姜誠一聲令下，海盜們紛紛投出標槍，二百多根短矛朝著清軍刺去。清軍猝不及防，一時之間竟然有五十多人中槍。楊再輝又一聲令下，海盜再次投出標槍，清軍揮舞兵器格擋且也有三十多人中槍。
姜誠也不多話，拔出兩口寶刀，大喝一聲沖向清軍。海盜們投光短矛的也紛紛拔出背背的長刀沖向清軍。姜誠和楊再輝兩部人馬攻勢迅猛，清軍兩千多人被五百人打得連連后退。
正在此時，李軍的鐵甲軍趕到，長矛亂刺，清軍撫標營士兵血流如注，頃刻之間被刺倒一百多人。
朱國治的撫標營有不少老兵，揮舞著長矛與鐵甲軍戰在一處。殺喊聲，長槍的碰撞聲，叫罵聲，慘叫倒地哀號之聲不絕于耳。李軍鐵甲軍乃是軍中的精銳，百戰之師，與清軍相斗半個小時，便打得清軍節節后退。許多清軍已經堅持不住扔下兵器逃竄。剩下的老兵在苦苦支撐，但是眼看支持不住了。恰在此時，鄭兵揮舞砍刀吶喊著再沖上來，清軍抵擋不住，丟盔卸甲，哭爹喊娘，朝著洪武門急速敗走。
郎廷佐等人在南京外城崩塌之時就已經逃入滿城內。此時，撫標營逃到洪武門外，請求開門。郎廷佐嚴令緊閉城門，有擅自開啟城門者斬。許多撫標營士兵跪在洪武門外請求開門，城上只是不許，又有人朝城下射箭，開火銃，要撫標營士兵回頭與李軍死戰。
朱國治氣得在城外大罵，心中深狠郎廷佐居然帶著督標營先逃了。在城下大喊：“請開城門，放我軍入小甕城便可！”
城上答話：“總督大人有令，擅自開啟城門者死。有后退者死。”
朱國治大喊：“我乃江南巡撫，不受總督大人節制，快快打開城門！”
不論朱國治怎么說，城上就是不允許。朱國治無奈，只好帶著老兵回身再戰。朱國治為人雖然卑鄙可還算剛猛，大喊：“報答皇上隆恩，就在近日，眾人與我一同殺賊啊！”帶著撫標營的老兵和自己的親衛沖上來與李軍大戰。
此時李軍正亂哄哄地攻城，南洋火槍兵被人群擠散，無奈之下這群戰士只好各自為戰，朝著清軍開火。好在南洋火槍是線膛槍，準頭還是有的，隨著一股股白眼騰起，清軍中彈倒地者絡繹不絕。
朱國治率軍猛烈反撲的時候，李存真的大頭領紅色大旗緩緩朝著朱國治這邊移動。李軍以為是大頭領到了，大叫著沖鋒。
呂英杰率領大軍突擊，正撞上朱國治。呂英杰號稱南洋第一將，雖然此番乃是步戰但仍然能以一敵百。呂英杰殺散清兵，只見眼前有一人乃是官兒的打扮，也不要他性命。虛晃一槍，朱國治在親兵的保護下慌忙躲閃，呂英杰只把畫戟橫掃，只一下就打倒三四個人，那畫戟的鐵桿正打在朱國治的小腹上，朱國治吃痛彎腰抱腹，呂英杰又是一鐵桿砸下來，正打在朱國治后背，朱國治一口鮮血噴出，倒在地上。眾軍士上前，把朱國治擒了。
朱國治被擒，其手下早有聰明的丟下長槍跑開，其他老兵和親衛見朱國治被俘戰心全無，有的扔下兵器逃走，有跪地乞降。然而，隨后跟上的鄭兵對南京清軍恨之入骨，也不去管是逃走的清軍還是投降的清軍，只管用長槍捅過去，頓時血流如注，陳尸遍地。呂英杰根本喝止不住。清軍見李軍不納降兵，慌了神，奪路便逃。頓時，洪武門前一片大亂。李存真和李茂之帶領鐵甲軍殺到，方才制止義務兵“暴行”。此時的撫標營死得死，逃得逃就剩下不到二百人了。洪武門上的清軍見了無不大駭。
且說，姜誠和楊再輝率領海盜一路狂襲，揮舞砍刀，殺散清軍便向西進攻，沿著大中橋和內橋向朝天宮殺去。一路上姜誠等人早就殺紅了眼，逢人便殺，雙刀揮舞之處血如泉涌，哭爹喊娘。姜誠矯健，人高馬大，腳步迅速，清軍來不及逃走，都成了姜誠刀下之鬼。姜誠渾身是血，帶著五百多海盜，途中又有一千多其他各色李軍跟隨，一路殺向朝天宮。朝天宮清軍見了渾身是血的海盜，大叫一聲，作鳥獸散。姜誠帥眾人扒開石城門，關盛年率領五百多騎兵，兩千步兵跟進，沿著玄津橋沖進城中來。