崇禎六年四月，皇太極領諸貝勒百官出沈陽城十里迎接孔有德耿仲明，以女真人最為隆重的“抱見禮”相待。
五月，山西巡撫許鼎臣上疏奏明山西連年且流寇肆虐民不聊生，奏請減免山西賦稅三年，正直朝廷剛查明各省欠繳鹽課三百二十萬兩，綢緞數十萬匹，勒令各有司限期補繳，朝臣鬧哄哄爭吵一番后，正為錢糧發愁的朱由檢拒絕減免山西賦稅。
當月，被皇太極趕到青海的林丹汗缺衣斷糧，領五萬蒙古騎兵于清水、橫城一帶入寇寧夏，明廷寧夏諸參將守備紛紛潰逃，林丹汗大軍一路大肆劫掠，直逼靈州，賀虎臣領一千余騎馳援靈州，并四處出擊，阻擊小股蒙古騎兵，不幸被林丹汗主力包圍，賀虎臣戰死，其子賀贊領五十騎突圍而出。
戰報傳到京師，朱由檢又驚又怒，遂追封賀虎臣都督僉事，并將延綏巡撫耿好仁逮拿治罪。
五月下旬，援交總兵鄧玘領兩千川軍與濟源善陽山一帶射殺紫金梁王自用，流寇遂推闖王高迎祥為義軍首領。
六月，流寇兵分數路，一路于山西潞安府攻破平順縣，殺知縣徐明揚，曹文詔率三千兵馬疾馳平順，大敗流寇，并一路從太行山追出河南北部，于陽城、偏店一帶殺得流寇連連敗退。
另一路流寇于河南北部先攻破河順鎮，再破林縣，又往南寇略輝縣一帶，進逼衛輝城，城內潞王告急，一日連發十數道急報四出求援。
因鄧玘的川軍離開四川已有數年之久，先是崇禎二年入京勤王，又于崇禎五年入登萊平亂，征戰千里，早已思鄉心切，登州孔有德之亂后，鄧玘上疏奏請返還四川，朝廷不允，又命他入河北剿匪，雖在濟源射殺王自用，但川軍早已毫無戰意，怨言不斷。
當月，闖王高迎祥、八大王張秉忠和闖塌天劉國能合兵攻打磁州，鄧玘領川軍馳援磁州，高迎祥、張秉忠等卻突然掉頭攻打兵力較為薄弱的河南毛葫蘆兵，鄧玘又掉頭馳援毛葫蘆兵，結果于林縣一帶中伏，川軍大敗，參將楊遇春戰死，川軍死傷一千余。
張秉忠持楊遇春印信前往毛葫蘆兵營寨調遣援兵，毛葫蘆兵信以為真，出兵馳援，途中又中埋伏，主將鄧守賢陣亡。
鄧玘領殘兵退守湯陰縣，被高迎祥張秉忠等圍困，幸得左良玉援救。
幸免于難的鄧玘與左良玉合兵一處，殺得流寇連連大敗，高迎祥張秉忠等人被攆得慌不擇路，一頭撞上昌平副總兵湯九州率領的昌平兵，又被殺得潰不成軍。
鄧、左、湯等人一路追擊，迎面碰上正四處亂竄的混天王，并將混天王斬于亂軍之中，又繼續追殺流寇主力，直至高迎祥張秉忠等殘兵敗將逃入太行山。
晉陜豫剿匪風起云涌之際，京師朝堂也同樣暗流涌動。
溫體仁和周延儒從崇禎四年就開始相互指使言官彈劾對方，諸如結黨營私、排除異己、收受賄賂、家中子弟橫行鄉里等等。
其實，這些事兩人都干得不少，只不過溫體仁更狡猾，也更奸詐，先一步拉攏了諸多宦官，從崇禎六年初宣府監軍王坤彈劾周延儒，引發朝野震動后，便逐漸占了上風。
緊接著，溫體仁一黨又發起更猛烈攻勢，戶科都給事中陳贊化、李世祺、戶科給事中朱文煥等再次彈劾周延儒收受賄賂，結黨營私等。
六月，周延儒見招架不住，便托病請辭。
朱由檢也厭煩了兩人在朝堂爭來爭去，大筆一揮賜下金銀彩緞，派兵護送他回鄉。
溫體仁終于如愿當上了首輔，執掌朝堂。
但他沒過上幾天好日子，沒多久東林黨、周延儒余黨等又開始紛紛彈劾他。
七月，明軍主力正在追擊圍布流寇主力時，殘余流寇趁機化整為零鉆出縫隙，跋山涉水，在太行山里漫山遍野四處亂竄。
沒多久便在山西遼州一帶重新匯合成上萬大軍，朝遼州以北的樂平縣進發。文學大
更有一部分流寇竄到了太行山脈西側的太岳山，并會聚一處，進入山西腹地的汾州一帶劫掠。
許鼎臣大吃一驚，急忙命山西總兵張應昌和監軍閆思印回兵，剿滅汾州流寇。
就在這時，許鼎臣收到軍報，山西游擊將軍秦川終于到了。
許鼎臣大喜過望，急忙寫調令派人送去給秦川，命他立刻馳援汾州。
其實秦川早應該到了，他只是路上花了點時間，收拾了一股只有數百人，卻帶著上百石糧食和好幾百白銀的流寇，這才姍姍來遲而已。
打流寇是個很掙錢的行當。
收到許鼎臣的調令后，秦川拿地圖看了一小會，然后大手一揮，掉頭往汾州。
馳援是不可能馳援的，他軍隊中運著兩百石糧食，還有戰馬十來天的豆料和草料，這些騾馬車在太岳山的山路上行進緩慢，一個時辰才走了十三四里路，還得找有水源的扎營地，每天只能行五十里路。
丟下糧食草料更是不可能的，以他在山西的名聲，當地官府是不會給他補給的，他只能時刻拖著糧食去打仗。
事實上，明軍之所以追不上流寇，就是因為得拖著軍糧前行。
流寇可以什么都不要，跑進大山里刨樹皮吃，也一路打劫，搶到哪吃到哪。
但明軍不行，客軍在當地常常得不到補給，哪怕巡撫之類的大官嚴令各地給軍隊籌集軍糧，當地的縣城、村寨等仍會緊閉城門，不給客軍靠近一步，好心的會從城頭上吊幾袋糧食下來，難說話的還會放炮攻打友軍。
曹文詔就挨過，追擊流寇的時候軍糧耗盡，想沿途縣城要糧，結果被城頭的守軍放炮轟死幾個兵。
盧象升戰死巨鹿之前，也曾軍糧短缺，向真定府乞糧卻分毫不得，最終心生絕望，力戰赴死。
明末各地州縣的官倉府庫里，確實很多都沒糧了，有些州縣官府也確實拿不出糧食。
但，那些縉紳大戶有的是糧食。
他們只是不愿捐出來而已。
各地趕來剿匪的客軍，基本上都會等各地巡撫、監軍等把軍糧送到，才會帶著糧食開撥剿匪。
這種難以得到補給的情況，不但使得流寇怎么剿也剿不滅，還容易引發士兵嘩變，使得將領縱容甚至親自帶隊劫掠百姓。
左良玉和賀人龍就是劫掠百姓最典型的兩個，這兩人性格比秦川還草莽，一言不合就搶，左良玉到后面更是擁兵自重，聽調不聽宣，最后被洪承疇給誘殺了。
秦川自然不會放過這個搶大戶的機會。