接著，陳友諒約張士誠東西夾擊應天，平分朱元璋的領地，應天大震。朱元璋只好召集眾將商量對策，一時眾說紛紜。
惟有劉基默不作聲，朱元璋于是征求他的意見，劉基認為如今最危險的敵人莫過于陳友諒，必須集中力量消滅他。
雖然陳友諒勢力強大，但他殺君自立，部眾離心，人民疲敝，故而不難戰勝，只要等他們深入，再以伏兵擊之，不難取勝。朱元璋同意劉基的判斷，于是設計誘敵深入，制造戰機。
朱元璋的部將康茂才和陳友諒是老朋友，于是修書一封，派人送到陳友諒營中，約陳攻擊應天，并說愿意在江東橋作內應。
六月二十三日早晨，陳友諒率艦隊主力趕到應天郊外的江東橋，才發現橋是石橋而非木橋，方知受騙中計。但為時已晚，朱元璋的伏兵奮起攻擊，陳友諒大敗。
朱元璋收太平，占領信州、安慶。陳友諒敗逃九江，第二年八月攻下安慶，于是朱元璋率軍直取陳友諒的老巢江州，陳友諒逃往武昌，朱元璋攻克江西和湖北東南部。
正在這時，中原紅巾軍發生分裂，力量削弱。至正二十三年（1363年）二月，張士誠乘人之危，派部將呂珍進攻安豐，劉福通向朱元璋求救。朱元璋率軍趕到安豐，救出小明王韓林兒等，把他們安排在滁州居住。朱元璋率主力營救小明王時，陳友諒認為反攻時機已到，于是率兵進攻洪都。
至正二十三年（公元1363年），陳友諒統率60萬水軍，巨艦數百艘，東征伐吳。漢軍鋪天蓋地而來。舉朝震驚，此時朱元璋忙于與東吳的張士誠作戰，無暇西顧，就算揮師西援，以朱元璋的勢力，也很難與漢軍抗衡。
因此，為了爭取更多的備戰時間，朱元璋給洪都方面下達了命令：誓死保衛洪都，等待大軍來援！
洪都守將朱文正接到這道命令后，平日里花天酒地。不務正業的他此時似乎變成了另外一個人。
他迅速召開緊急軍事會議，他以一個最高長官的身份用堅定的口吻對每一個將士說：“城亡與亡，我等誓死保衛洪都城！”
他立即分配兵力防守各個城門，接下來朱文正和南昌守軍們將要面對的是60萬大軍——當時堪稱世界上規模最龐大，戰斗力最強的軍隊之一！
洪都保衛戰打響了，六十萬漢軍在陳友諒統一指揮下，對洪都城發動了一波又一波的猛攻，城樓上的守軍與敵軍展開了殊死的戰斗！他們堅信援軍會到來，他們堅信自己可以守得下這座城市。
為了鼓舞將士，朱文正親自統率自己的親兵，登上城樓，與戰友們站在一起，用大刀，用自己的血肉之軀，抵擋60萬敵軍一番又一番地猛攻！
與朱文正一起守洪都的，還有被當年明月稱為“天下第六名將”的鄧愈。鄧愈是個擅長使用火器的將領。
敵軍一度攻破城墻，闖入城中，朱文正派遣鄧愈領兵前去御敵，鄧愈帶兵持火槍輪番射擊攻入城中的敵軍，漢軍紛紛倒下，余下的看到火器殺傷力這么大，十分畏懼。
在洪都守軍強硬反擊之下，漢軍只能退出城外。朱文正忙派人修補城墻。
由于洪都將士奮戰死守，陳友諒60萬大軍圍攻85天，長達三個月，都未能攻破洪都城。
陳友諒不禁嘆道：“朱元璋座下猛將如云，竟還有朱文正此等軍事奇才，若能效力于我，勢必如虎添翼！”
最終朱元璋準備好了一切，統率20萬大軍，千帆競揚，向洪都浩浩蕩蕩地開來。
這場戰役是中國歷史上最著名的守城戰役之一，也是中國軍事上上以少勝多的經典案例，對元末的政治格局產生了巨大的影響。
這場長達三個月的洪都保衛戰，使朱文正充分發揮了不遜于同時代任何名將的軍事天賦和指揮才能。造就了朱文正人生的巔峰，將他推上了元末明初諸將星璀璨的神話舞臺上。
洪都之戰略意義極其重要，這場戰爭決定了朱元璋的霸王事業，陳友諒的漢軍在此戰中消耗極大、勢力大削，為最終在鄱陽湖被朱元璋全部殲滅打下了堅定的基礎，洪都之戰改變了元末明初整個局勢。
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