兩年之后的某一天，藤原龍一被關押的那所監獄發生了暴動。
犯人們有組織地開始了越獄活動，他們群起而攻監獄守衛，從監獄守衛手中奪走了武器，隨后一路沖殺直接殺出了監獄大門。
資本主義時代就連監獄的私人化了，通常監獄為了節省成本，所以守衛的力量都是本著“夠用就行”的標準來配置的。雖然這個“夠用”的計劃肯定是留了余量的，但對于這種大規模的有組織暴力越獄，監獄守衛根本就擋不住。
獄警們不知道的是，早就有人在暗中團結了一批同樣受公司迫害而入獄的犯人，并在暗地里建立了組織。
這個組織暗中策劃了這次越獄，并且成功破壞了監獄的看守體系，幫助全體犯人逃出生天。犯人們在沖出監獄之后就立刻分散了，然后散布到了世界的各個角落里。
雖然人散了，但是他們的組織依舊沒有散。
隨后的日子里，他們將自己的組織命名為“秘黨”，打出了“消滅公司暴政，生產資料公有，權力屬于人民”的口號，并開始不斷發展成員。
他們開始在各個城市的陰暗角落里面四處活動，不斷地宣傳著自己的理念并吸引了一大批受眾。
在這個過程之中，越來越多的人成為秘黨的成員。其中大部分是“數字人”，還有一些中產階級的“自然人”受到了他們的感召，也加入到了他們之中。
由于前期資本積累的完成，當前世界的工業生產和農業生產已經高度自動化，這個時代已經沒有什么傳統意義上的工農了。但是大量的失業人口，以及服務業底層勞動人口，依舊成為了秘黨最廣泛的受眾。
張三是一個相當有手腕和氣魄的男人，他構建了嚴密的組織，讓秘黨從一群烏合之眾變成了一個紀律嚴明、信仰堅定的組織。
他們不斷地在暗中發展自己的成員，并且還策動了幾次暴動。雖然最后都失敗了，秘黨也有許多成員被處死，但這幾次暴動所取得的成果，卻比當年第一次“數字暴動”的時候更大。
公司開始改變策略了，資源和福利開始向下層傾斜，并且開始主動負擔一些公共服務職能——這些職能原本公司都是不愿意承擔的，他們只想獲得利益而不想承擔任何的責任。
但“數字人”和秘黨用實力告訴公司的高層，如果繼續予取予奪那么等待他們的只有更加激烈的群眾運動。
所以公司在他們走后，給“數字人”們提供了更多的就業崗位，更好的醫療保障和更好的住房條件，公司高層甚至開始認真考慮“社會化撫養”改革的有關事宜——秘黨人走后，他們為“數字人”蓋了學校、修了醫院、提高了福利待遇，但這不是因為他們良心發現，而是因為秘黨人來過。
但世界上比靈魂更難觸及的便是利益，公司高層的董事長或許可以從公司長遠利益的角度出發，去選擇向底層人妥協而出讓一部分公司的利益，但公司內部的利益集團可不會任憑公司的董事長出讓他們自己的利益——畢竟誰家還沒一頭自己的牛呢？
所以，矛盾的激化，愈加無可避免。
藤原龍一在不斷地斗爭過程之中，不斷地在成長。失去了一切之后的藤原龍一，和最初的時候的那個軟弱的公司狗已經完全不同了。
雖然他沒有像張三將自己的名字改成“張牧”一樣改變自己的名字，但他的變化卻要更加巨大。
失去了公司的束縛之后，他就像是真正的才能開始展現出來。他熟悉公司的體制、架構，也熟悉公司的一些弱點，他敢于策劃又敢于實施，常常會提出一些大膽的計劃，并且能以及精巧的操作讓計劃成功實施。
在一次又一次的運動之中，張三……這時候已經改名叫張牧了，他一手建立并完善了秘黨的組織架構，利用公司內部之間的利益沖突來幫秘黨在夾縫中求生，又通過自己的手腕幫助秘黨搞到了支持活動的資金來源。在張牧建立的組織基礎、經濟基礎之上，藤原龍一一邊策劃群眾運動，一邊組建起了自己的研究團隊，開始研究通過特殊義體武裝人員，來輔助秘黨開展活動。
當然，義體是非常昂貴的產品，藤原龍一的團隊雖然能造出義體，但是不可能將義體批量生產然后武裝一支軍隊。藤原龍一他們所制造的義體，通常用于特殊行業的從業人員——諸如間諜、黑客、暗殺者之流。
張牧作為首席執行官運作著秘黨，而藤原龍一則作為首席技術官為張牧出謀劃策以及提供支援，兩人通力合作漸漸讓秘黨發展壯大。
與秘黨的發展壯大相對的，公司的日子卻日漸艱難。
隨著“數字人”的反抗日益加劇，嚴重依賴“社會化撫養”產業增長的經濟逐漸下行。而在增長不足開始比拼存量的大環境下，公司與公司則開始搶奪起了有限的資源和市場。
全球前十的幾家公司，開始為了搶奪市場、原材料和供應鏈位置而爭斗，爆發了一點“小摩擦”。
以西歐聯合集團繼承人被刺殺為開端，爆發了史稱“公司戰爭”的世界大戰。
世界排名前十的跨國企業，紛紛參加到了這場戰爭之中，戰火歐洲燃燒到了亞洲，又從亞洲燃燒到了美洲。各地開始推行《失業人口再就業法案》，將大量的失業的“數字人”被征召進了軍事公司，殘余了這場大戰。
這場戰爭的開始，基本宣告了“黃金時代”的終結。
這場戰爭，持續了很長一段時間。在曠日持久的戰爭讓環境惡化、人口銳減、經濟崩潰，各種情況開始接連出現，公司的營業維持越來越艱難。
但是沒有辦法，戰爭的導火索一旦被點燃，不炸個一片焦土是不會停下來的。
在這個地獄之中，苦苦掙扎的人們開始渴望戰爭早日結束，同時也開始思考這場戰爭究竟有什么意義。
于是，越來越多的人開始覺醒，秘黨的理念前所未有地廣泛傳播。
終于有一天，一直在暗處積蓄力量的秘黨終于站到了臺前。