金剛狼被帶到賊窩，在場的有真理子，銀武士，毒蛇，還有一個巨大的銀色武士機器人。金剛狼兩只手被困住，毒蛇用詭計使金剛狼伸出爪子并將其固定。
機器武士站了起來正準備用武士刀熱切掉爪子，這時真理子將固定裝置破壞。金剛狼開始反擊戰斗，這時候雪緒趕到，與毒蛇搏斗并將其重創。
金剛狼繼續與機器武士搏斗，武士將金剛狼一只手上的狼爪切了下來。金剛狼處于劣勢，這時銀武士良心發現，在背后偷襲了機器武士，但同時也被機器武士掐死。
金剛狼砍下了機器武士的頭，并將其踹到了樓下，同時雪緒也打死了毒蛇。機器武士活了過來，一下子砍掉了金剛狼的另外三根爪。
危急關頭，真理子用砍掉的爪子刺進了機器武士的身體。盔甲打開，里面的人原來是幾天前就去世的矢志田，原來他想奪取金剛狼的永生能力。
矢志田沒有罷休，用某種儀器吸走了艾德曼金屬。而矢志田也變得年輕了。金剛狼怒了，而這時骨爪也長了出來，金剛狼刺死了矢志田，并將其推進海里。
一切結束了之后，在機場，金剛狼和真理子道別，此時真理子已經接手矢志田公司，金剛狼和雪緒上了飛機兩人坐著飛機回到了美國。
金剛狼下了飛機，走到安檢口時旁邊塑料筐里的金屬物突然動了起來，這時，一個熟悉的聲音出現。是萬磁王！
接著周圍的一切靜止，已經死去的查爾斯教授竟然坐著輪椅出現了。
原來這個時候玻利瓦爾·特拉斯克所制造并指揮的新型特種戰斗機器人“哨兵”開始了對變種人的獵殺。
哨兵機器人可以檢測出任何形式的變種類型，而他們的基因則能夠讓他們瞬間變換和改造自身，從而擊敗變種人。
變種人徹底陷入了劣勢，經過十年的艱難抵抗。變種人最終還是失敗了。
這使得變種人的唯一希望，便是回到過去，在特拉斯克的研究最終導致他們的滅絕之前，改變歷史。
利用幻影貓凱蒂的能力，金剛狼羅根穿越時空開始了這個艱辛的旅程。他必須聯合年輕的變種人領袖X教授，以及他一生的對手萬磁王，去找到魔形女，并阻止她刺殺特拉斯克。
金剛狼穿越時空修改歷史，哨兵計劃取消。從這之后就形成了新的時間線。
天啟出生于埃及第一王朝，是地球上最古老、最強大的變種人沙巴泊，曾擁有無數信眾，但后來遭人背叛，被人活埋。
幾千年后，強大無匹而且永生不朽的天啟從數千年的深埋中獲釋，憤怒的他發現同類不再被視為神祇，他對人類世界充滿厭惡，決定摧毀它重造一個新世界。
為了實現自己的野心，天啟四處游走，開始搜集他的仆人——天啟四騎士。因為天啟的力量，暴風女、靈碟、天使、萬磁王的超能力得到巨幅提升，同時他也計劃將他的意識移入X教授體內，從而組建一支變種人的軍隊。
天啟的陰謀遭到正義的X戰警們的頑強抵抗，X教授、魔形女、琴·格雷、鐳射眼、夜行者、野獸、快銀等變種人聯起手來，與這個看似無法阻擋的敵人進行一場史詩對決。
最終天啟被殺，世界被拯救。不過琴·格雷因為使用了鳳凰之力，導致了黑鳳凰的覺醒。
1995年美國的航天發射場，奮進號航天飛機剛剛升空，地面的控制人員在高空檢測到一個類似太陽耀斑的巨大能量，隨即飛船失聯。
美國總統秘密給查爾斯教授打電話，要求出動X戰警前去營救下落不明的宇航員。
查爾斯教授隨即派魔形女擔任隊長，帶著琴·格雷、鐳射眼、藍惡魔、風暴女、快銀、野獸幾人駕駛X戰警的飛船飛入太空執行營救任務。
眾人到了太空看到一大團暗紅色的能量團在大肆涌動，而航天飛機就在能量團的邊緣搖搖欲毀。
藍惡魔帶著快銀傳送到飛機，將座艙內的6名宇航員系悉數救出。但被救出的宇航員說還有一個機長沒被救出。
當時航天飛機幾乎已經被能量吞噬，魔形女因為覺得太過危險不想救剩下的那名機長。
但查爾斯教授堅持要將所有人救出。不得已，魔形女派琴·格雷與藍惡魔再次飛入航天飛機搜救機長。
琴在飛機內用自己的意念力抵抗那股能量維持住飛機的形體，同時藍惡魔去救人。但在藍惡魔將人救出后，那股能量瞬間爆發直接沖向琴，琴瞬間化成一片火海。
為了不讓擴散的爆炸能量傷到X戰警的飛船，琴用僅存的意識將全部的能量導向了自己，瞬間發生了大爆炸。爆炸過后，藍惡魔將琴的“尸體”帶回了飛船。但琴不久后竟然自己蘇醒了過來。眾人虛驚一場。
回到地球，X戰警因為營救了宇航員而受到英雄一般的禮遇。但魔形女與X教授爆發了激烈的沖突。X教授為了讓人類接納變種人，常常讓X戰警委曲求全，自己陷入危險境地。
而魔形女則認為X教授應該多考慮一下變種人自己的安危。野獸漢克對琴進行了體檢，發現琴的能量大幅增加了，其能量高到現有的儀器根本測不出來。
晚上，在一個湖邊，三個不明物體悄然降落。一群德巴力星人從中出現，它們殺害了附近一群正在聚餐的人們，并化裝成他們的模樣。
X戰警的營地內，眾人正在舉行篝火派對慶祝任務勝利。琴發現自己的各種興趣、沖動比以前強了不少。在喝下無數杯酒后，周圍嘈雜的人聲讓琴再次失控，她釋放出巨大的沖擊波，將周圍的樹震斷，將人擊飛，而琴自己也失去意識昏倒在地。
正在受邀參加國宴的X教授通過心靈感應察覺到了琴的異樣于是匆忙返回。
對著昏迷不醒的琴，X教授利用意識機器進入琴的思維。他發現琴的能量太過強大，以至于他在琴的腦中植入的一個“意識防火墻”瀕臨崩塌。