在東京都里，也許那近代英格蘭的寄宿靈稱為付喪神會更加合適一些。
第二幕緩緩展開。
因為落下來的幕布砸傷了《漢拔尼》的主演，所有舞臺臨時換上了作為由花田由加扮演女主角——克里斯提娜。
結果，在排練場和當晚的演出中。
克里斯提娜美妙的歌喉征服了所有人，包括當晚到場觀看演出的年輕的貴族拉烏爾，他也是歌劇院的資助人。
此后故事逐漸攀升向著高潮前進。
神樂真紀扮演的‘魅影’用歌聲引誘克里斯提娜來到他居住的地下湖心的屋內。
在這里，‘她’繼續用MusicoftheNight引誘克里斯提娜的心智以及表達自己的愛意：
看啊！這些墻瓦，這些樹木，這些綠廊和畫布上的景致，一切都蘊含著至高無上的愛情。因為在這里，它們是由遠遠超過凡人的偉大詩人所創造的。
這里跟我們的愛情很相稱吧，因為這份愛也是在此被創造出來的。
最后，克里斯提娜在看到魅影做的穿戴婚紗的自己的蠟像后，在魅影的美妙的歌聲中暈厥過去。魅影讓克里斯提娜躺在床上休息，自己則埋頭進行新的歌劇的創作。
第二天，克里斯提娜慢慢醒來，先發現了身邊的一個小八音盒（就是拉烏爾后來拍得的那個），漸漸又回憶起昨晚是如何跟隨魅影下到這里的。
第三天，好奇心驅使她壯膽趁魅影不備而摘下了魅影的面具。
此刻，聚光燈打在舞臺上，神樂真紀那冷漠而又優雅的面容展露在舞臺燈光之上。
引發了臺下觀眾的騷動：
這個飾演魅影的‘男生’是誰？竹尋高中還有這么帥的男生？
我支持他們。
不能太支持。
對于年輕人而言，外貌的仿佛是最大的加分項。
花田由加把本來應該是丑男的魅影想換成安道遠，現在變成了更適合的神樂真紀，不僅不是對歌劇的侮辱，反而是更抓住了學生們喜歡的戲份。
神樂真紀偽聲十分清冷：克里斯提娜，我滿足了你的好奇心，但也再不會讓克里斯提娜你獲得自由。
之后‘她’轉念又勸道：
克里斯提娜你不要害怕，隨著你對我的的了解，那恐懼終究會轉成愛意。
背景音樂Thinkofme恰到好處的響起。
燈光打落，而后點亮了一小片舞臺。
神樂真紀扮演‘魅影’唱起了獨白：
（想起我柔情的想起我
當我們已經說了再見偶爾想想我請答應我你會試著這樣去做
當你發現再一次你渴望讓自己振作、自由
如果你曾找到一瞬間想著我
我們從沒說過我們的愛能永存或者像大海一樣不曾改變）
杏子在臺下，但仿佛比臺上的演員還激動：換我來，我絕對立刻同意，讓演出部副社長演的男主滾蛋吧。
真紀真是太有魅力了。
就連藤井理惠也是現在才發現，原來自己的這位同班同學竟然還有這樣吸引人的一面。
安道遠默默無言，他覺得自己上去，或許也不能使這一出歌劇變得更加有歐西。
最后，一切到了畫上記號的時候。
演出社副社長扮演的男主角拉烏爾已經趕到地下室，但是被阻隔在鐵欄之外。
克里斯提娜！
他哀求魅影可以對他做任何事，但是一定放過克里斯提娜。
魅影被他的打攪激怒，趁他不防，用旁遮普套索套住了拉烏爾，并且逼迫克里斯提娜做出選擇：
克里斯提娜，你要么選擇拉烏爾的生命，借此換取自己的自由，要么就披上我準備的婚紗，換取拉烏爾的存活。
盡管拉烏爾表示自己可以為愛犧牲生命而在所不惜，但是克里斯提娜不忍愛人的犧牲。
她最終鼓起勇氣，告訴魅影：你會愛的力量，會有多么強大，上帝終究會拯救你的靈魂，你的天使不應該是我。
然后，她給了魅影一個長吻……
一個意味深長的吻，如同天上的造物主的光輝，照亮了魅影的封閉的心靈。
神樂真紀扮演的魅影被克里斯提娜的堅定的愛的力量徹底折服。
他松開了拉烏爾脖子上的旁遮普吊索，對克里斯提娜和拉烏爾揮了揮手：
你們趕快離開吧，并且不要再回來，也不要跟旁人提起這里的一切。
大幕真正落下。
燈光落下
所有的觀眾都屏住了呼吸。
最后的歌聲回蕩在竹尋高中的觀禮禮堂中：
（深夜里，每一種感覺都在漸漸復蘇
黑暗喚醒并刺激著幻覺
無聲中，所有感官放下了防備
無法抗拒我筆下樂符的誘惑
因為我譜寫了夜之歌
慢慢地，輕輕地，夜展現出了它的華麗
捕捉它，感覺它，細微卻令人震撼
聽到的樂曲如此真實，但那音樂卻似真似幻
烈如閃電，柔若燭光
無法至信的夜之歌
閉上你的雙眼，因為你的眼睛只會告訴你事實
或許事實卻不是你所想要看見的
也許那才是我尋找的夢）
大幕升起，舞臺上已經不剩一人，隨后一位一位演出社的參演人員，無論是拍賣師，還是合唱團的配角女演員，都一一出來謝幕。
當最后，花田由加也走出來。
觀眾們還在期待著仿佛是這次真正的主演，那位——歌劇的魅影。
但‘他’仿佛消失了一般，真正的消失了，直到謝幕結束，魅影的扮演者也沒有出場，這一點給所有來觀影的學生們留下了一絲懸念。
就好像這一切隨著那歌聲的漸漸消失，也變得如同泡影般消散了。
觀眾并不知曉的后臺中，花田由加抱住神樂真紀：真紀，真紀，為什么你不來謝幕，大家都等你呢。
神樂真紀此時已經換上了女裝，她聳了聳肩：我本來就不是演出社的人，而且這種結尾，我覺得才應該是屬于這部歌劇最好的落幕。
花田由加已經完全成神樂真紀的迷妹了：真紀，你來我們社團吧，我把社長讓給你，我相信絕對不會有人有異議的，求求了。
神樂真紀收拾好了所有的衣服，然后走向了后臺離場的門，十分灑脫擺了擺手：
小克里斯提娜，我也該出發了，遠方還有人在等著我呢。
花田由加沒有阻攔，她和一幫表演部的女生竊竊私語的討論起來：真紀雖然比我小一屆，但以后她就是我的偶像，姐姐大人了，你們別跟我搶。
你做夢吧，神樂真紀我永遠單推。
表演部的女孩子們已經快因為這件事情打起來了。
而此時竹尋高中的輪胎上，這場歌劇的熱度也被炒到了最高，很多只看了一半，或者干脆沒來的人腸子都快悔青了。
而‘魅影’的扮演者，就成為了更大的謎題，在竹尋高中的神秘傳聞中，都可以跟‘午夜莫扎特的樂曲聲’相提并論了。
當然，真紀不知道還發生了這些事情。
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