明代漕運，最開始是漕軍負責。自洪武后，即安排漕軍在運河周邊屯田，并負責運輸漕糧、維護運河等任務，負責的為漕運總兵。
洪武時期，京師在南京，漕運任務非常輕松；為了打擊蒙古而向北方和遼東的漕運，洪武時期一直海運為主，最高時一年七十萬石全靠海運。
永樂遷都北京后，開始時候是海運、陸運和河運并舉，第一任漕運總兵為平江伯陳瑄，當時他管著運河、陸地轉運和海運三部分人馬，鼎盛時期的海運在他的調度指揮下，也超過了七十萬石。
陳瑄是京杭大運河歷史上一個開創性的人物，京杭大運河在他的手上真正成為了明清兩代的大動脈。
這個人為人實心實意，做事事必躬親。他先疏通了會通河，后來又創造性的利用北方大小河流山體，建了好些水庫來儲水，并建設水閘數百，保證旱季運河有水可用。在他手上，最終實現了大運河的三千里貫通。
陳瑄一手建立起來的運河管理制度、儲水方法，淺船制造、倉儲分布等等運河維護運營辦法，一直用到了清末。
在他創立制度時，將漕軍改為兩部分，一部分維護運河治安，保衛運河安全的，仍稱漕軍；一部分改為專門運糧，稱為運丁。
到萬歷年間，吃餉銀的漕軍數量無太大變化，一直在四萬左右；而運丁由于在運河兩岸繁衍生息，從最初的八萬正丁發展到三十余萬。
明代運河上共有漕船五千艘左右。一船十個到十二個運丁，二十艘船為一幫，互相監督并取保做結，稱為漕幫，整個運河共有漕幫二百五十個。——后世所言的漕幫屬于半地下的黑社會幫派，雖然也是漕丁組成，但成立于雍正時期。
這些漕丁承擔著運輸任務，加上備丁，滿打滿算不超過八萬人。那剩下的二十多萬漕丁干什么？給漕軍軍官、各級衙門官員種地——種的還是曾經屬于朝廷的屯田或者是朝廷不承認的圩田，基本處于半農奴狀態，苦不堪言。
潘季馴上奏朝廷說，這治河使用的人力太多了啊。各地方征發勞役，耽誤了田間農活，老百姓苦啊。既然朝廷有意用海漕了，那用不到的漕軍和運丁俺潘季馴給包圓了——皇上，這些人未必夠啊，您要嚴格要求各省、各地方，該征發的還得征發!
反對海運的官員一看這家伙跳出來了，立即集火攻擊。說你吹牛呢，治個河能用五十萬勞役？
潘季馴招架不住，征得朝廷許可，將原來分解下達的治河任務匯總起來，總計劃發在邸報上，大伙兒一看，有一個算一個，全都直抽涼氣——嗯，這點子人是不太夠。
隨即領了治河任務的地方官就紅了眼，這可是雙優異的抓手啊。要想雙優異，最好辦法是本鄉勞役不征發，全用外來務工人員，這帳還算不清嗎？
一個雙優異，就給自家后代弄一個鐵飯碗。原先一個蔭子孫的恩典，干不到三品以上想都別想啊！
于是有上進心的紛紛寫信給潘季馴：協理大臣潘侍郎大爺，您忘了嗎？俺五舅老爺和您老人家同年啊，您別包圓了，給我個三萬兩萬的，我這兒發動鄉紳管飯，一天還發他們五十個大子兒工錢！
京師這邊你來我往，爭得熱火朝天。《皇明南京日報》也不閑著，實時跟進，將雙方論點都登載在報紙上并加以評論，雖然比京師消息延遲了五天，但江南市民還是大呼過癮。發現這報紙真好啊，俺看完了、聽完了，也能議議國家大事啦。
至于報紙上說的朝廷若用了海漕，將省下幾百萬石糧食，江南人都抻著脖子等朝廷給他們減負。
南京日報看似公允的立場，逐漸將雙方勝負之勢慢慢傾斜。而在報紙上開了專欄的王世貞，篇篇雄文如同匕首和投槍，最后終于把反對派在民間的輿論也打的潰不成軍。
萬歷三年十月底，張居正主持大廷議，經過一番討論并報皇帝批準，朝廷終于出臺了海漕政策，而這政策將最后的反抗也打的無影無蹤：
朝廷議定，將每年漕運任務分成兩半。一半本色，一半折色。
自萬歷四年開始，將二百萬石本色分解成二十份，每份十萬石，發包給有意競標的海商；另外二百萬石，全部折色——一方面為將來的一條鞭法打基礎，另一方面促進貨幣流通。
海商若想做這份生意，每年繳納一千兩銀子保險金，防著遇到蛟龍——即所謂的龍卷風。這保險金朝廷不收，由海商自主成立保險委員會，自行定損發放，但需要接受戶部監管。
海商承運漕糧后，上船多少，下船也是多少，損耗自己承擔。如果遭遇了風暴，保險金不足賠付的，自己賠，賠不出來，就破產清算，同時把承運商的資格倒出來。
朝廷就做三件事，一是地方政府把漕糧收上來運到碼頭；二是朝廷設立部門接漕糧，檢驗質量并發放運費；三是命令俞大猷以登州為基地，組建海巡船隊，保護海運漕糧的安全。
這政策一出，天下凡是想洗白的大海商全都眼含熱淚，高喊這一屆皇帝好啊，皇恩浩蕩的沒邊了也！我們立即響應號召，拿出一半的走私船，干漕運！
他們為什么這么有積極性？原來江湖中傳言，只要能拿到漕運資格，將來就算朝廷大查走私，那還有一半兒的買賣能保住不是。雞蛋不放在一個籃子里的道理，這些海商比地主都懂。
如此，最后只有運河上下的萬余名官員把王宗沐恨到骨頭里——你他娘的一個總漕，居然把本單位給干黃了！王宗沐啊王宗沐，我們一起艸你八輩兒祖宗！
這邊剛罵完，朝廷關于他們的安置政策也到了，在戶部下面成立海漕運糧司，專門管理海漕事務。由王宗沐加銜戶部左侍郎兼管，同時從漕官中選擇干練之臣一百三十二名員，進京當京官去。
這下子這伙子人也分裂了，為了這一百來人的海漕運糧司空缺，互相舉報扯后腿，差點打出腦漿子。
令人啼笑皆非，而且萬萬想不到的是。朝廷改河漕為海漕，最后最遭罪的居然是都察院。一方面因為朝廷成立了“河漕改海專班”，又抽調戶部、兵部和督察院等部門干員，十幾個督察組進行確責、督辦并查歷年賬本和積案；
另一方面——據左都御史葛守禮大人退休之后在筆記中記錄，從萬歷三年一直到萬歷五年，督察院收到關于漕運官腐敗的實名舉報信，就堆滿了兩個大書架——一直等他萬歷五年退休，擴了又擴的都察院連一半線索還沒查完。
而查貪查到手軟的都察院，抄家抄到腿軟的錦衣衛，最后對眾多被揪出來的犯官說的最多一句話就是：你們再等等啊，只要再等三個月，地方不就多了嗎？
他們的意思是指，到了萬歷三年年底，朝廷又在海漕運糧司下面，設置了京畿都漕運司，分了內外，內司在京，負責掌管通州到京師的陸運和倉廩的出納事務；
外司負責直沽向通州的轉運；同時海漕運糧司在湖廣、松江、蘇杭、福建、江西等地都設立了分支機構，負責地方漕糧轉運到碼頭的各項交接和監督事務——全加起來一千六七百個空缺，在原來的河漕部門找相對干凈的，居然沒湊全。
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