朱翊鈞讓李時珍進京，其實是相中了他所創造的人為分類方法，這是一種按照實用與形態等相似的生物和礦物，將其歸之于各類，并按層次逐級分類的科學方法。
在朱翊鈞看來，李時珍能和祖沖之并列，在世界科學史上享有崇高地位，根本不足為奇。《本草綱目》雖然謬誤不少，但其科學分類方法比西方現代植物分類學創始人林奈的《自然系統》早了一個半世紀，被譽為“東方醫藥巨典”。對世界醫藥學、植物學、動物學、礦物學、化學的發展產生的深遠的影響，可謂無遠弗屆。
后世的生物學學生，將界、門、綱、類、科、屬、種七種分類背的滾管爛熟，覺得天下萬物井井有條，想當然的就認為此種分類方法很簡單。
殊不知在人類文明史上，分類學正是科學的萌芽之始。中國人之所以將科學命名為“科學”，即取意“反映自然、社會、思維等的客觀規律的分科之學”。一句話，無分科無以成學！
華夏先民最早的生物分類記載于西周，比西方科學家林內的生物分類方法少了兩種，卻領先兩千年。
之后的中國分類學思想體現在諸多文獻之中，而最為璀璨的，即為《本草綱目》。無論其中記載了多少謬誤，僅在生物、礦物分類學上的思想，足以光耀千古。
朱翊鈞在后世黨校的學習內容，不僅是簡單的飛梭和珍妮機誘發工業革命之類的初中歷史。
他記得很清楚，一次在黨校上課時，一個年輕的女教師旁征博引，講述了歐洲貴族和部分附庸風雅的資產階級，在地質、礦物、生物乃至昆蟲等方面的愛好研究，大大促進了新的地理發現，并為現代科學奠基。
后世工業革命和啟蒙思想催發的第一批成果，即為歐洲有閑階級流行的科學考察和探險。
他們一方面資助數學家和科學家，一方面自己也從事地質、礦物、生物等方面的粗淺研究，這直接誘導了化學和物理學的大踏步前進。而最開始的那批有錢人，都是從看似簡單的地質、礦物和生物分類開始做起。
后世達爾文曾受益于《本草綱目》，將之稱為“中國古代百科全書”。——而后世的某些中國人，那些拿著《大英帝國百科全書》、《美國國家地理雜志》放在書房內的附庸風雅之徒，何曾有一個在旁邊放著《墨經》、《本草綱目》、《考工記》、《水經注》、《夢溪筆談》、《天工開物》等等數之不盡的中華瑰寶？
朱翊鈞讓李時珍返京，除了要利用這個時代為數不多具有科學素養的大腦之外，還要利用他喜歡考證、鉆研的性格從事對牛痘的研究。
明代嘉靖初年之后天花在帝國廣泛流行。朱翊鈞在萬歷二年初曾經接奏報，寧國府有醫名傅思川者掌握“人痘熟苗”之法以為小兒種痘獲利，“百余小兒種痘僅一、二不存。”
朱翊鈞不知道的是，從傅思川手中流傳出去的人痘術簡直是以光速傳播到阿拉伯世界又把西方從天花肆虐中給挽救了出來。
人痘曾經被大哲學家伏爾泰這般評價：“我聽說一百年來，中國人一直就有種痘的習慣；這是被認為全世界最聰明、最講禮貌的一個民族的偉大先例和榜樣。”在西方思想啟蒙發生之時，若沒有傅思川的人痘術，不知多少人才將死于天花病毒。
這奏報提醒了朱翊鈞必須將牛痘在帝國的普及提上日程。他知道天花是人類消滅的唯一一個傳染病也知道其疫苗來源于牛痘，但他不知道，直接用牛痘中的膿液來種痘，是否可行。
于是他將傅思川從寧國府召入京師，指導一番后令其研究牛痘。但傅思川的人痘之法來源于其祖上，自己并無科研能力用擺弄人痘的方法來從事牛痘的藏苗和貯苗，無一成功。
此時朱翊鈞又想起了李時珍，即下令錦衣衛湖廣局尋找他并讓他進京——但因為湖廣局開始時沒跟李時珍說清楚到了八月底李時珍才進京接了這個任務。
比李時珍提前進京的還有“醫圣”萬全萬密齋、精通外科的陳實功等多名此時已經名顯當世的醫學大家。
萬全雖此時已經年逾古稀，但在皇帝諭旨召喚之下，還是將包括《內科要訣》、《幼科發揮》、《育嬰秘訣》在內的《萬密齋醫書十種》包在行李內，和六個徒弟一起帶到了京城。
因為名顯天下，萬密齋一進京，滿京城轟動。這勛貴重臣之家，險些把帖子和禮物堆滿了萬全賃居的宅子。因為這老頭醫德高尚，“視人之子如己之子”，不會拒絕人，這請他去看病的從第一天開始就排到了兩個月之后。
朱翊鈞見不是頭，怕他累著了，連忙派人將他請進宮，又如同菩薩一樣供奉在太醫院。這太醫院的諸位太醫見萬密齋來了，連爭勝的念頭都沒有，個個扁扁的服，把老爺子哄得日日開心，一點都不水土不服。
讓萬密齋給兩宮太后和自己檢查了身體，并上了一堂養生課之后。朱翊鈞正式召見萬密齋、陳實功等人，將自己的目的和盤托出——要趁著此際手頭寬裕的機會，重立太祖初期設立的醫學提舉司，并設立明代第一個真正意義上的大學——京師醫學院。
按照后世的醫學院產學研一體的辦學模式，此醫學院也仿照南苑武學院建制，首任山長即為萬全萬密齋。朱翊鈞在西苑西北角里面砌了一道宮墻，再把原來的宮墻上開了一個大門，即把已經荒廢掉的小校場從西苑割了出去，作為醫學院的校址。
同時，朱翊鈞還在新砌的宮墻上開了個小門，作為醫學院的后門。如此一來，此后他若身體有恙，打開這小門就能立即組織大規模會診。盡管這可能讓太醫院的太醫們感到心里不太舒服，但已經當了快兩年皇帝的朱翊鈞，此時哪里能照顧到他們的想法。
醫學院的設立，從體制到機制和后世的大學并無不同。在朱翊鈞和萬密齋等人交流之后，醫學院將設立醫學系、護理系、藥學系等大系，下設內科學、外科學、婦科學、兒科學、傳染病學、藥學、病理學等專科。
南苑武學院建立時，朝廷尚有些雜音不同，這京師醫學院的設立，滿朝廷全是稱頌之聲。朱翊鈞在領教了言官的馳名雙標之余，當然也要撩閑刺激他們一下，經過與陳實功商量，在醫學院內還設立解剖學——從事人體解剖研究。
讓朱翊鈞更沒想到的是，這在京師百姓中引出好多版本恐怖故事的新學科，卻仍未引起御史、言官得任何反彈。
朱翊鈞這才知道，這些所謂“秉正道而行，養浩然之氣”的老兄們，在涉及到他們自身生命安全的事情上，馳名雙標早已突破了大明朝的天際。