不管怎樣，鹿賀一夫還是繼續看了下去。
《叛逆的物語》這個劇場版，保留了《魔法少女小圓》TV的立了flag必定應驗的風格，剛剛小圓還在說：“要是今晚夢魘不出現，大家都能睡個幸福的好覺就好了。”說完沒多久，flag立馬應驗。
這一回出事的是仁美，也就是小圓和沙耶香的好朋友，跟上條恭介交往的那個，之所以會被夢魘盯上，也是因為上條一門心思花在小提琴上面，根本沒時間跟她約會。
得知夢魘出現，五位魔法少女全部出動，匯聚到一處，與夢魘戰斗。
不過，確切地說不止這五個人，還有原為魔女的“貝貝”。
在TV的第三話，學姐巴麻美就是死在點心魔女之口的，而這個劇場版，點心魔女貝貝卻成了麻美學姐的朋友，仁美出事之前，麻美學姐在家里面，披著浴袍，貝貝就在她的身邊，爾后的戰斗，也有貝貝出力。
戰斗之前有五個魔法少女變身的場景，非常的賞心悅目，解決夢魘的過程也挺有意思的。
只是，鹿賀一夫依然看得云里霧里的，依然是怎么看怎么不對勁。
“這個劇場版，真的跟TV一點關系都沒有？”
鹿賀一夫這么想著，突然，熒幕上的情況有了變化。
不止是身為觀眾的鹿賀一夫感到不對勁，就連動畫里面的曉美焰都感到不對勁。
曉美焰找到杏子，向杏子說明了不對勁的地方，并且邀請杏子一同展開調查——前往杏子原先待的風見野。
杏子答應了，然而，兩人根本無法走出見瀧原以外的地方。
意識到不對勁，杏子當場就要變身魔法少女，不過被曉美焰阻止了。
曉美焰讓杏子暫時不要聲張，以免打草驚蛇，等到跟杏子分開，她便自顧自地思考了起來。
她認為自己和朋友們的記憶是遭到了篡改，認為見瀧原是魔女構筑的結界，然而因為圓環之理，魔女應該已經不存在于這個世界上，魔法少女的戰斗對象是魔獸，并不是魔女。
看到這里，鹿賀一夫總算不再懵逼了。
原來不是跟TV毫無關系，并不是同人性質的全新篇章。
不過，他也忍不住思考了起來。
魔女應該已經不存在了，但曉美焰又說見瀧原是魔女構筑的結界，這是怎么一回事？
圓環之理出問題了？
她一邊思考著，一邊繼續看了下去。
取回相關記憶的曉美焰，第一懷疑對象就是麻美學姐身邊的貝貝，因為她清楚地記得貝貝就是曾經一口咬斷學姐的腦袋的點心魔女夏洛特。
她跟小圓一起去了學姐家里面，趁著學姐幫忙添茶的工夫，動用了停止時間的異能，然后抓住貝貝，一番質問。
然而她沒想到的是，學姐留了一手，作為武器的絲帶纏在她的腳上，導致沒有被時停。
發現曉美焰在為難貝貝，學姐看不下去了，出手跟曉美焰大戰了一場。
整個戰斗的過程非常的精彩，非常的激烈，最后的結果是麻美學姐更勝一籌，曉美焰落敗，被沙耶香救走。
脫離險境之后，沙耶香向曉美焰闡述自己的見解，她認為見瀧原之所以變得這么和平安寧，是因為結界制造者對這個世界有著期待，同時問曉美焰找到背后的魔女之后打算怎么做，曉美焰卻質疑起沙耶香的言行甚至質疑沙耶香的存在。
另一邊，跟曉美焰戰斗過后的麻美學姐也忽然意識到了不對勁的地方，還沒等她想明白，一個嬌小的少女出現，居然就是貝貝。
因為懷疑沙耶香，曉美焰打算出手，沒想到被沙耶香輕易逃走。
之后，曉美焰就碰到了小圓。
一開始，曉美焰還對小圓有所懷疑，直到兩人之間的一番交談，她才確認跟自己對話的是真正的小圓，同時因為清楚地知道小圓與她以及朋友們永別的悲哀，忍不住掉下眼淚。
再之后，曉美焰終于得出結論：虛假的見瀧原，是因她的愿望而在靈魂寶石中創造出來的世界。
也就是說，她所懷疑的那個魔女不是別人，正是她自己。
這個展開，簡直讓人出乎意料，以至于這個結論一出來，鹿賀一夫都驚呆了。
不過這并不是毫無根據的猜測，而是事實。
現實世界中的曉美焰，已經處于瀕臨魔女化的狀態，而造成這一現象的正是丘比，是“孵化者”為了確保更加有效率地收集感情能量的方法，施加干預的結果。
也是因為從曉美焰那里聽說了魔女的存在，為了驗證，丘比才從外部干預曉美焰的靈魂寶石，使別的外部干涉被切斷，但來自內部的干涉又不會被隔絕，因此，在魔女化的曉美焰的期望下，包含小圓在內的一部分人被召喚到結界內，被改寫了記憶，形成了虛假的見瀧原。
丘比的目的是通過觀測圓環之理，對其進行干涉和控制，但結界內的小圓并沒有身為圓環之理的記憶，根本無法觀測，因此它就催促曉美焰向小圓尋求救濟，好讓小圓恢復關于圓環之理的記憶。
這種心思，在曉美焰看來，踐踏了小圓的本意，因此她非常的生氣，寧愿讓自己魔女化，被同伴打倒，也不愿意讓丘比得逞。
然而，就在曉美焰選擇破滅之時，小圓和其他幾位同伴出現。
原來沙耶香和本名為“百江渚”的貝貝，因為死前受小圓的引導，獲得了救贖，成為了類似于“圓環之理隨從”的存在，小圓也早就已經看穿了丘比的企圖。
之所以沒有身為圓環之理的相關記憶，是因為她在進入結界之前，將力量和記憶交給了沙耶香和百江渚，讓她們幫忙運送。
眾人聯手，“孵化者”的干預被斷開，丘比的圖謀以失敗告終，然而就在身為圓環之理的小圓與一同前來的沙耶香、百江渚一起現身，為了引導曉美焰而將手伸向其靈魂寶石的時候，反轉出現了。
曉美焰臉上浮現出了詭異的微笑，她伸手抓住小圓的手臂，將小圓作為人類的部分抽出，，這個行為，也讓她的靈魂寶石染上了超越詛咒的恐怖顏色。
接下來是丘比和曉美焰之間的一段對話。
“世界正在逐漸被改寫，難道這宇宙誕生了新的概念嗎？”
“究竟發生了什么？曉美焰，你在對什么進行干涉？你篡改了什么？”
“難以置信，盡染了詛咒的靈魂寶石，本應消亡的你的靈魂，為什么...”
丘比驚呆了。
“因為我想起來了，直至今天我重復了無數次，受傷受苦的一切，都是為了小圓，所以，我現在才能連疼痛都感覺可愛。”
曉美焰說道，“污染了我的靈魂寶石的，甚至已經不是詛咒了。”
“那究竟是...”丘比感到難以理解。
“你不可能理解的，孵化者，這才是人類感情的極致，它比希望更炙熱，比絕望更深邃，就是愛啊。”曉美焰笑著說道。
“你究竟是什么人？既不是魔法少女，也不是魔女，你究竟想變成什么？”丘比連忙問道。
“是啊，現在的我，確實連魔女都算不上，畢竟我輕蔑侵蝕了那等同于神的神圣之物，能辦到這種事的，就只能稱之為‘惡魔’了吧？”曉美焰一邊變身成惡魔形態，一邊說道。
丘比怕了：“這下子明白了，要利用你們人類的感情太危險了，這種荒唐的結局，我們是無法完全控制的。”
說著，它就要離開。
只是，曉美焰輕而易舉地就將它抓住：“為了處理涌現在我們世界中的詛咒，今后還需要你們在，我可要讓你們好好幫忙哦，孵化者。”
她抓著丘比，肆意蹂躪，肆意玩弄，丘比卻只能眼睜睜地看著，什么都做不了。
改寫之后的世界，麻美和杏子回歸原本的生活，沙耶香和百江渚則因為無法回歸圓環之理，再度以人類的身份在世間生存。
之后，小圓以轉學生的身份進入曉美焰的班級。
在曉美焰帶著小圓參觀校園的時候，小圓說自己似乎忘記了什么重要的事情，曉美焰則問她秩序或者欲望哪一個更重要。
她認為終有一天將與小圓敵對，然后又將當初小圓送給她的發帶還給小圓，還含淚說道：“果然還是你比較合適。”
再之后，某個半月之夜，曉美焰坐在懸崖邊的椅子上，不遠的地方，草地上有什么動了一下，是已經滿身瘡痍的丘比。
最后，曉美焰從高處一躍而下，故事就此結束。