雖然同被稱為東印度公司，但英國、荷蘭，還有后來成立的法國的公司，其在組織結構和營運方式上卻各具特點，有很大的差異。這種差異對三家公司其后的歷史發展也有著重大意義。
對于法國公司，之后會專門進行論述。在這里，首先介紹17世紀中葉經營管理已經步入穩定時期的荷蘭和英國東印度公司的公司組織結構和營運方式。
由六個城市的公司合并而成的荷蘭東印度公司擁有相當復雜的組織機構。說到公司，我們一般首先會想到總公司的存在，但荷蘭東印度公司卻沒有總公司，有的只是在聯合公司成立之前設于各城市的稱為卡梅爾（carmel）的六個分部。各分部擁有自己的造船廠，獨立舾裝后派遣船只前往東印度。但如果各分部各自為政、胡亂派船的話，就不能稱為聯合公司。關于公司的整體經營，由各分部的代表約60人組成董事會來負責。在董事會董事的構成上，阿姆斯特丹有20人，澤蘭有12人，其他四個分部則各有7人，董事這一職位起初是終身制。
在東印度公司成立前各個城市自行航海的時代，計劃并資助航海的人要負無限的責任，但在東印度公司成立之后，這種責任就變成了有限的。即便如此，最大分部的董事至少必須出資6000荷蘭盾，萬一公司出現虧損，必須首先使用這些資金來填補虧空。但在特許狀中，關于以公司名義負擔的針對第三者的債務，則明確注明他們無須承擔。這種有限責任制被現代的有限責任公司所延續。起初，董事的收入因每次航海的利潤不同而上下波動，1647年，公司引進薪酬制并實行固定工資制。
另外，一般的公司股東，最低也能收到10%左右的分紅，平均則能收到20%，但他們對公司的決策和經營方針沒有任何影響力。這一點和后面提及的英國東印度公司的情況大不相同。還有，公司不發行股票，出資者及其出資額只是計入公司的賬簿而已。但由于擁有穩定的高分紅率，荷蘭東印度公司的股份大受歡迎，據說最高時曾按照400%以上的溢價率進行交易。
對于公司的實質性經營方針，由董事中選出17位重要董事開會決定。該會議也被稱為“十七人會議”。每年召開兩到三次。在這17人中，阿姆斯特丹有8人、米德爾堡（澤蘭）有4人、其他四個分部各派1人，最后1人由阿姆斯特丹以外的五個分部輪流派人擔任。之所以采取這一做法，主要是出于避免讓阿姆斯特丹的重要董事超過半數的考慮。十七人會議的會場有六年設在阿姆斯特丹，其后的兩年則設在米德爾堡。
十七人會議下設財務、監察、財產管理、舾裝、通信等委員會，由出身各卡梅爾（分部）的董事具體負責。由于和東印度之間的通信業務特別重要，在海牙設立了專門的事務局。十七人會議的主要工作是決定各卡梅爾派往東印度的船只數量和公司員工、船員、水手的人數，確定運往東印度的商品的種類和數量、在東印度的進貨種類和數量，決定東印度商品的拍賣以及對投資者的分紅。
十七人會議的指令和訂單，首先全部送至設在巴達維亞的印度委員會。以總督為首的六人組成的印度委員會，在統一管理分散于亞洲各地的商館和要塞的同時，與十七人會議保持密切聯系，參與公司整個貿易業務的運營工作。財務會計、商品管理，以及與本國的通信聯系等商業相關業務自不必說，由于公司在東南亞擁有以巴達維亞為代表的幾處直接統治的地區，所以這些地方的行政、司法、軍務等工作也在印度委員會的管轄之下。
雖然印度委員會有義務每年向本國的十七人會議提交報告，但由于通信往來至少需要一年半的時間，所以日常工作基本上全由巴達維亞的總督全權決定。此外，從各商館和要塞提交的報告和咨詢也都先集中到巴達維亞，此處可以處理的事情一般就立即處理了。
后面還會提及，在荷蘭東印度公司的所有業務中，亞洲各地的貿易占了極大比重。這些貿易基本都是由巴達維亞總督和印度委員會負責處理。關于本國的十七人會議和巴達維亞的印度委員會之間的關系，18世紀初葉曾擔任總督的揚·凡·瑞貝克（Jan van Reibeek）曾說過這樣一句話：“祖國的紳士們在祖國下達最高指示，但在這里，我們根據自己的良知做出判斷。”據此可知，巴達維亞的印度委員會與其說是東印度公司在當地的辦事處，不如說是類似于亞洲總部那樣的重要機構。
英國東印度公司的組織結構和營運
英國東印度公司的體制，與本國沒有總公司而在亞洲擁有強大中心據點的荷蘭東印度公司形成鮮明對照。英國東印度公司在本國設有穩定的總公司，而在亞洲卻沒有像巴達維亞那樣的中心據點。
在16世紀中葉取得克倫威爾頒發的特許狀（1657）和查理二世頒發的特許狀（1661）之后，英國東印度公司的組織結構逐漸固定下來。這些特許狀中，首先承認公司擁有永久資本。英國東印度公司從此成為股份有限公司。其次，在東印度，公司的司法權、貨幣鑄造權、保護貿易活動的軍事權、非法貿易船只的檢舉權也得到承認。其他的英國人團體所進行的海上違法貿易活動，對于試圖以壟斷來確保收益的東印度公司而言，是一個很大的威脅。在取得特許狀之后，該公司終于可以名正言順地親自取締這些組織了。
倫敦的總公司辦公大樓經過數次搬遷之后，最終選擇了位于利德霍爾（Leadenhall）街的克拉文大樓（Craven House），這一建筑物后來被稱為“東印度大樓”。此外，公司在泰晤士河下游的黑墻（Black Wall）設有造船廠、貨物倉庫、退役水手醫院等。
每年4月，公司召開股東大會，投票選舉24位董事（其中總裁1名、副總裁1名）組成董事會，以負責公司的日常管理工作。每持有500英鎊股票的股東有一票的投票權，每增加500英鎊則相應地增加一票投票權。與荷蘭東印度公司的不同之處在于，英國東印度公司的股東可以按出資比例間接地參與公司的經營和管理。
董事會至少每周召開一次，圍繞船只派遣計劃、裝貨計劃、運回商品的銷售計劃、發給亞洲各地商館的命令和人事等問題進行商議。董事會下設總會計、監察、書記、律師、審計等各種高級職位，董事在各自分管的委員會中開展相關工作。
另外，17世紀前半期的亞洲，公司位于爪哇島的萬丹和印度西北部的蘇拉特的商館占據著最重要的位置。但無論是哪一個商館，都是設置于當地統治勢力之下，在防御能力方面存在若干問題。另外，公司的活動也一定程度受到當地統治者的制約。之后，馬德拉斯、孟買以及17世紀末的加爾各答的重要性開始增強。在這些地方，除了商館，英國人還設立要塞并派兵駐守，其行動幾乎不受當地統治者的制約。到17世紀末，英國人在這三個城市分別派總督進駐，令其分別管轄屬地內的商館。比如，波斯的商館屬于孟買轄區，亞齊的商館屬于馬德拉斯轄區。
由總督負責召開的委員會，不僅負責貿易業務，還負責東印度公司有關船只和士兵的軍事行動與作戰指揮、轄區內與臣民相關的領事業務和審判，還有和當地統治者之間的外交談判等。上述三地的總督轄區也和巴達維亞一樣，相對于倫敦的總公司擁有一定程度的自主權和獨立性，但并不像巴達維亞那樣實行集權統治。