1651年10月15日，清軍惠州總兵黃應杰部五千余人進抵南寧城下，與先期抵達的尚可喜、耿繼茂所部會師，使得南寧城下的清軍總兵力達到兩萬八千余。
清軍于九月上旬攻肇慶開始，在不到兩個月時間，迅速殺至廣西，連克梧州、蒼梧、藤縣、岑溪、容縣、懷集、北流、博白、興業、陸川、郁林、潯州、橫州等二十余城。如今大軍云集南寧城下，自然想畢其功于一役，攻克南寧，再順勢攻入云貴，將大西軍老窩給掏了。如此，正在攻湖北的西軍將成無根之萍，或可不戰自潰。
早在清軍入關之前，孔、尚、耿三人便被編入漢軍八旗，其中孔有德部編入漢軍正紅旗，尚可喜部編入漢軍鑲藍旗，耿仲明部編入漢軍正黃旗。
三王在去年受命分頭攻打廣西和廣東時，兵力還很薄弱，孔有德原有遼兵（遼東八旗漢軍）僅三千一百人，撥入新兵一萬六千余，湊足了兩萬人；尚可喜原有遼兵兩千五百人，補充新兵七千五百余，湊足一萬人；耿仲明原有遼兵兩千三百人，補充新兵七千六百余，亦湊足一萬人。
如今打了近兩年時間，孔有德被李定國從桂北一路逐回湖北，連戰連敗，兵力僅剩四千余。而尚、耿兩人卻是兵力越打越多，不僅兵力均膨脹到兩萬余，而且攻下了大半個廣東和廣西，可謂志得意滿。尤為讓兩人欣喜的是，只要破了南寧，奪取廣西，那距離他們改封就藩的云貴兩省，就已經不遠了。
從廣東一路殺來，除了肇慶遇到一些麻煩，其后不論是大西軍也好，明軍也罷，無不望風而逃，幾無經歷大戰，這讓清軍又找到了剛入關時熟悉的節奏。果然，這大西軍主力全部都集結至湖廣戰場了，以至于廣西空虛，平白讓我大清兵馬如此順暢地攻入廣西腹地。
就在所有清軍將領認為，南寧城也會如同前面的梧州、潯州、郁林等幾個大城一樣，會被輕松攻占，然后就可以攆著大西軍的步伐，繼續往西攻入云南。但集大軍數日附蟻攻城，竟然遲遲無法破城，城中守軍異常頑強，并且還擁有數門火炮，使得清軍在城下死傷累累。
隨后幾日，清軍改變圍三厥一的攻城模式，轉而集中所有兵力，對南寧城展開四面圍攻，妄圖以優勢的兵力，破開一點，然后引大軍入城。但數日下來，仍難以攻破城池。
其實，一路順利地攻至南寧，讓清軍有些誤判了形勢，大大低估了南寧守軍的實力。雖然自攻入廣西以來，勢如破竹，各地大西軍望風逃竄，空城而走。但清軍殲滅的西軍并沒有多少，而是基本保存完整，逐步退至南寧。如今，整個南寧城中，有李定國所部一萬兩千余精銳，加上陸續逃至城中的部隊，總兵力已有兩萬三千余，在整體實力上并不弱于攻來的清軍。
10月20日，午后，清軍剛剛結束了一次全面攻城行動，部隊尚未返回營中。南寧城幾座城門突然洞開，西軍以十余頭戰象為前導，兩萬余戰兵傾巢出動，朝正在退后的清軍掩殺過來。
是役，清軍大敗，損兵一萬五千余，惠州總兵黃應杰于戰陣之中避之不及，被戰象踩踏而亡，尚可喜、耿繼茂領敗軍一路逃回橫州（今廣西橫州市）。
10月22日，李定國督大軍兩萬余，圍橫州，以火炮轟開城門，再破清軍。
尚可喜、耿繼茂僅領六千余潰兵，狼狽東躥，逃至潯州（今廣西貴港市）。然而，未及喘息，李定國部軍馬又攻至，清軍未敢抵抗，棄城而逃，朝梧州而去。
10月27日，清軍連續放棄藤縣、岑溪、容縣、懷集、北流、博白、興業、陸川、郁林，一路逃至梧州城下。
然而，讓清軍絕望的是，梧州竟然在數日前被柳州而來的大西軍攻破，生生擋住了他們逃往廣東的道路。
無奈之下，清軍丟棄大量不易攜帶輜重物資，穿越山間小路，奔肇慶而去。
10月20日，就在李定國于南寧城下大破清軍之時，齊國集結陸戰隊官兵一千余，鄉兵八百余，自救軍四個營頭一千五百余，忠義軍三個中隊四百余，并聯合顧三麻子部，兵力總計六千余，動用十余門重炮猛轟廣州城，將此前毀損嚴重的西北角城垣再次轟塌。鄭軍由此大潰，三千余跪地請降，廣州城旋即克復。
廣州即下，齊軍隨即分兵三千余，乘坐百余小船，沿西江上朔，直驅肇慶。
肇慶數月前尚在明軍手里，為南陽伯李元（李成棟養子）駐守。本來在去年廣州失陷后，肇慶已經岌岌可危，城中守軍不到四千人，若是清軍大舉圍攻，城破人亡也是旦夕之間。
不過，尚可喜、耿繼茂等人因為清廷將廣東改封鄭芝龍，使得兩人大為不滿，便借口糧餉不足，部隊需要休整為由，簇聚在廣州附近，遲遲未攻肇慶。
待到了八月底，清廷發來調兵文書，急令尚可喜、耿繼茂等部清軍主力，迅速攻入廣西，擊大西軍后路，為日益艱難的湖廣戰場緩解一下壓力。
借著清軍刻意放水的時機，李元遂命城中軍民加強城池的防御力度，特意修葺了四周的城墻，增建炮臺數座、窩鋪六十余間，水城之上增添炮臺兩座，并拆除了離城四尺以內的所有房屋，用以增置樓堞。
一個多月前，尚可喜、耿繼茂集三萬余大軍猛攻肇慶，耗費十余日，折損官兵三千余人，才將這座堅城攻克，李元引殘兵千余至羅定州（今廣東云浮市），繼續抵抗。
清軍主力一路往西攻去后，留韶州總兵馬光明部三千余剿滅李元殘部。而鄭軍待清軍離開后，一千五百官兵隨即進駐殘破的肇慶城。
10月25日，齊軍突然攻至肇慶，當日午后，迅速奪取水城，掐斷了鄭軍南逃路線。
次日，齊軍一邊著令民夫拖拽火炮至城下，準備強攻肇慶城，一邊讓兩名來自廣州的鄭軍俘虜進城去勸降守軍。
待正午時分，兩名勸降的鄭軍俘虜出城告知，因守城將領和部分官兵家屬皆在福建，不敢未戰即降，否則可能禍及家人。
帶隊的第四陸戰營長石廣漢一聽，頓時樂了。“不敢未戰即降”，那就是要先打兩下，然后你們是不是就該力戰不敵，繼而“被迫投降”？
十余年的潛在盟友關系，鄭齊兩家彼此雙方人員交流甚廣，移民船隊往來大明時，也會經常停靠泉州、中左所（今廈門）等鄭氏轄地進行一番補給休整。許多鄭軍將領和齊國水師軍官也曾一起喝過酒，吃過席，甚至一塊逛過窯子，多少有些交情。
今年一月，鄭芝龍突然降清，并出動大批艦船突襲廣州齊國艦隊，使得兩家關系瞬間變成敵對。待五月齊國匯集了主力艦隊，開始打擊和削弱鄭氏水師。不過，在交戰過程中，齊國水師官兵并沒有對鄭軍下死手，只要鄭氏艦船上的官兵主動投降，一般都會獲得齊軍的優待。
此前鄭齊雙方友好合作時，齊國就對鄭軍旗下的數萬水手饞涎欲滴，時不時地挖些墻角，偷偷招攬一些鄭氏水手。如今，與鄭軍作戰，齊國水師除了要極力削弱鄭芝龍的海上力量外，還有一個重要目標，就是全力收編鄭氏的水手，以補充和擴大齊國的海軍隊伍。
至于鄭軍的陸師官兵，齊國并沒放在眼里。廣州一戰，數千人在齊軍猛烈的炮火轟塌城墻后，立時喪失戰斗欲望，紛紛跪地請降。
那么這個小小的肇慶城，恐怕也難擋齊軍的進攻。
然而，讓人意想不到的是，肇慶城中的鄭軍卻根本沒有投降的打算，反而抵抗得異常頑強。他們利用此前明軍留下的火炮，與城外齊軍展開對轟。雖然炮火不甚猛烈，但也讓齊軍試圖直接轟開城門快速破城的計劃根本無法實現。
攻城戰斗進行了一天，齊軍除了將城墻轟開幾道細小的裂縫，未取得更大的戰果，反而使得炮兵傷亡十余人。這令齊軍上下在驚訝之余，也是惱怒萬分。
若是尚可喜等清軍主力在廣西被李定國擊敗，說不定這個時候正在往肇慶的方向逃竄。不能攻占此城，那么清軍就能順利地從肇慶往東北方向撤退，走四會、清遠，至韶州，最后退回江西。
“明日再從船上卸下幾門重炮。”石廣漢憤憤地說道：“明日，誓要將肇慶城墻轟塌，讓鄭軍曉得俺們齊國軍隊的厲害！奶奶的，南京、廣州等大城都讓俺們攻下來了，在這小小的肇慶城下，還會讓俺們吃癟不成？”
“營長，城中鄭軍防守頗有章法，領兵的將領有些門道。……咱們還是謹慎一點為好。”一名戰術參謀提醒道。
“俺曉得。”石廣漢看著遠處肇慶城，若有所思地說道：“城中守軍將領叫施瑯，是近幾年來鄭軍竄得最快的將領之一。聽說，十幾年前攻臺灣荷蘭據點的時候，他就表現得非常亮眼，讓鄭軍第一時間攻下赤嵌城，取得了穩固的立足點，為最后全取臺灣立下頭功。此人打仗善于用奇，還喜歡弄險。你說，到了晚上，他會不會偷偷摸出城來，對我們發動一次夜襲？”
“營長，我這就去安排！”那名戰術參謀聞言，頓時心領神會。
10月26日，夜，肇慶城守軍主將施瑯遣七百精兵，夜襲城外齊軍大營。但遭到齊軍的精心設伏，幾乎全軍覆沒。肇慶城隨即全城警戒，防備齊軍趁勢攻城。
然而，擊滅來襲鄭軍后，齊軍并未趁勢發起攻擊，而是好整以暇地繼續安守大營，養精蓄銳。
10月27日，齊軍集中十門火炮，密集轟擊肇慶東城，至傍晚六點，此前遭到清軍破壞嚴重的東城一段城墻出現垮塌。齊軍指揮官石廣漢遂命令忠義軍發起突擊，攻入城中。
待夜幕降臨時，齊軍基本清除鄭軍的反擊。然而，令人失望的是，鄭軍主將施瑯趁著夜色，逃出肇慶，不知所蹤。
10月29日，清軍韶州總兵馬光明部聞之肇慶城破，立即置羅定州李元部明軍不顧，往高州（今廣東茂名市）逃去。
11月1日，清軍尚可喜、耿繼茂所部清軍三千余陸續出現在肇慶城下，整個隊伍輜重皆失，軍械也丟棄毀損近半。
在看到肇慶城頭幾面飄揚的赤色黃龍旗和黑衣軍時，清軍上下均露出絕望的神情。
別說城中駐守的是令清軍最為忌憚的齊國軍隊，就是普通的一千多明軍，也足以讓狼狽逃竄至此的清軍束手無策。沒有輜重補給，更沒有攻城器械，而且師老兵疲，軍械不足，如何能跨過肇慶城。
難不成，又鉆深山老林，逃往江西？若如此，最終能有幾人活命。
當齊軍列隊出城時，尚可喜長嘆一聲，解下腰間佩劍，擲于地上，命全軍跪地乞降。
耿繼茂掙扎良久，亦不甘地拋下手中長刀，跪倒在尚可喜的身后。
11月2日，原大順軍將領袁宗第、李來亨二人領四千余兵馬從梧州一路追擊而來，進抵肇慶城，與齊軍順利會師。
至此，清軍攻兩廣主力大部被殲，而攻至廣西欽州附近的郝尚久部八千余兵馬則徹底成為孤軍，覆滅也是時間早晚的事。
接下來，齊軍將出動水師艦隊配合李定國大軍，掃蕩廣東北部和東部地區，剿滅清軍和鄭軍殘余，徹底將這個富庶的省份納入大西軍的直接控制之下。
不論是擁有的人口，還是積存財富，廣東均數倍于云貴廣西等地，大西軍據有此地，將極大的提升和促進他們未來的戰爭潛力。
更重要的是，此戰還一舉全殲清軍漢軍八旗尚、耿兩部，若是再加上半年前被李定國打得抱頭鼠竄的孔有德部，清軍最能打的三王，均栽在兩廣之地。整個南方局勢，亦為之一變，使得大明轄地擁有了更為寬廣的戰略縱深。