朱元璋擊敗了張士誠后，便把主要精力放在對付徐壽輝身上，但他明白，自己真正的對手并不是那個虛有其表的徐壽輝，而是他背后那巨大陰影——陳友諒
在這段時間里，朱元璋做出的兩個決策使得他成為了最終的戰爭勝利者，第一個決策是高筑墻、廣積糧、緩稱王，正是這個決定讓他避開了天下人的注意，當其他農民起義領袖帝王思想膨脹，扯張虎皮做大旗，鍋里沒幾兩米就敢開幾千人的飯時，朱元璋充分利用了時間，不斷發展自己的實力。
另一個決策是在陳友諒和張士誠兩個人中間拿誰開刀，當時大家普遍認為張士誠比較弱，希望先對付他，并利用占據的江浙一帶土地擴張自己的勢力，從而與陳友諒決戰。應該說這個決策無論從哪個角度看都是正確的，但朱元璋在此時體現了他的天才的戰略眼光。
在實際決策中，不受他人，特別是多數人的意見的影響是很困難的，當許多人眾口一辭時，很多人都會從大流，甚至改變自己原來的看法，而朱元璋用他的智慧告訴了人們，真理往往是站在少數人一邊的。
朱元璋對他的謀士們說，你們的看法是有道理的，但你們沒有看到問題的關鍵，張士誠的特點是器小，陳友諒的特點是志驕，器小無遠見，志驕好生事。如果我進攻陳友諒，張士誠必然不會救他，而進攻張士誠，陳友諒就一定會動員全國兵力來救，我就要兩線作戰，到時就很難說了。
精彩！真精彩！
如此之見識，此人不取天下，何人可取！
大戰的序幕
無論怎么躲避，決戰這一天終究會到來，這是朱元璋和陳友諒的共識。
至元十九年（公元1359年），陳友諒已經完全控制了天完國，他的兵比朱元璋多，訓練水平也比朱元璋的士兵高，更要命的是，他的長處正是朱元璋的短處——水軍
陳友諒占據了湖北和江西，也就是說，他占據了長江上游，而朱元璋占據的應天是下游，必須要仰首而戰，由于他們正好在一條水路上，水戰就成為不可避免的戰爭方式。朱元璋一再避免決戰的原因也就在于此。
雖然朱元璋不懂物理，但他也知道拿漁船去和戰船決戰于水上，無異于自殺。
恰在此時，一件事情的發生使決戰提前爆發了。這是朱元璋萬萬沒有想到的
至元十九年（1359年）11月，常遇春率部攻克池州，陳友諒大為吃驚，準備安排部隊奪回，但事情泄漏，朱元璋有了準備，命令徐達與常遇春采用伏擊方式作戰，常遇春與徐達在九華山下設伏，打敗了陳友諒的軍隊，并俘獲了三千人。
此時，常遇春的老毛病犯了，他對徐達說，我要殺掉這三千人，徐達堅決不同意，并表示要上報朱元璋，但他沒有想到常遇春膽子大到驚人的程度，竟敢不經過請示，連夜將三千人全部活埋了！
常遇春殺降是有目的的，他留下了幾個人沒有活埋，讓他們回去給陳友諒帶去了一句話
我是常遇春，是我打敗了你！
麻煩大了。
陳友諒的憤怒
陳友諒真的憤怒了，自他從軍以來，沒有人敢再欺負他，在他面前總是畏畏縮縮的，常遇春何許人也，居然敢向自己挑釁！
他終于動手了，這次不再是小打小鬧了，打到應天，把朱元璋趕回去種田！
當然這是朱元璋所不愿意看到的
這次常遇春是真的把狼招來了。
至正二十年，陳友諒率領他全中國最強大的艦隊向應天進發，他的戰船名字十分威風，在此要詳細說說，分別是混江龍、塞斷江、撞倒山、江海鱉等，就差取名為驚破天了。
船名威風，那么戰船呢，應該說戰船也很厲害，這些戰船大都有三層樓高，各種火炮齊備，用這樣的船來與朱元璋的漁船打仗是不用攻擊的，只要用撞就可以了。
陳友諒在攻擊前通知了張士誠，讓他夾攻朱元璋，然后他以迅雷不及掩耳之勢命令他的無敵艦隊向應天出發。