朱元璋想用自己的一己之力改變延續千年的權力制衡，最終受到了歷史規則的懲罰，朱元璋來到歷史的商店里，想要買一塊肥皂，歷史辯證法卻強行搭配給他一卷手紙。如果朱元璋泉下有知自己的行為導致的卻是這樣一個結果，估計也只能哭笑不得了。
朱元璋，你是偉大的，但也是渺小的。
在歷史規則這個龐然大物面前，你是那么的弱小，你的抵抗是那么的無力。
歷史大潮，浩浩蕩蕩，順之者昌，逆之者亡！
誠如斯言
朱元璋殺掉了胡惟庸，廢除了丞相制度，但他并沒有罷手，他的眼睛又轉向了掌握軍權的大都督府。當時掌管都督軍權的正是他的外甥李文忠，事實證明，在不信任大臣這一點上，對自己的親屬，他也一視同仁。他改組了大都督府，把這個軍事機構分成左、中、右、前、后五部分，至于原來的統帥李文忠，他也沒有放過。
由于李文忠曾經指責過他濫殺無辜，而且觸怒過朱元璋，朱元璋決定送佛送上天，連李文忠一起殺掉。就在他準備動手的時候，馬皇后站出來阻止了他，求他看在李文忠立有大功的份上，留他一條命。朱元璋從不賣別人的面子，但馬皇后與他共過患難，情深意重，于是他聽從了勸告，放過了李文忠，但仍嚴厲處罰了他，并削去了他的職位。
處罰李文忠并不是一個單獨事件，它有著更深刻的含義。這件事告訴所有的大臣，朱元璋在剪除異己這個問題上是有著大義滅親的精神的，無人可以例外。
胡惟庸案件牽涉的人越來越多，在某種程度上已經演變為屠殺。那些辦案的官吏們手持名單，到各個衙門去找人，找到就抓，抓回就打，然后逼供，再根據逼供得到的名單去抓人。這些力極大，即使衙門正在辦公，他們也能公然闖入，抓走所謂的犯人。從而導致了很滑稽的現象，往往官老爺剛剛還在堂上威風凜凜的斷案，這些人一進門，就把那位仁兄從堂上拉下來拷上枷鎖帶走。下面的犯人也看得目瞪口呆。
偵辦此案的線索來源主要是兩個部門，一個叫親軍督尉府，大家可能對這個名稱并不熟悉，但要說到它后來的名字，那可是無人不知，無人不曉——錦衣衛。
另一個其實并不能稱為部門，而只能叫群體，這個群體的名字叫檢校。他們沒有固定的編制，全部直接向朱元璋報告探聽到的各種情況。他們是朱元璋最主要的耳目。這些人晚上不睡覺，到處轉悠，從史料來看，他們的竊聽和跟蹤手法十分高明。比如國子監祭酒宋訥有一天上朝，朱元璋問他為什么昨天晚上不高興，宋訥大吃一驚。朱元璋拿出一幅畫，正是宋訥昨夜生氣表情的畫像。
這真是讓人毛骨悚然，要知道宋訥并不是睡在街上的，他在自己家里生氣，這些檢校不但一直在監視他，還居然饒有興致的把他生氣的樣子畫了下來，大家可以想象一下，在沒有照相機的當年，深更半夜，你坐在自家房里，居然就在離你不遠處（很有可能就在你家），有人正在一邊看著你，一邊幫你畫像。這種情節在現代恐怖片中倒是經常出現。
這些檢校的來源也很復雜，主要都是些社會閑散人員，也有文武官員，甚至還有朱元璋的老相識——和尚。這些人互相不認識，只受朱元璋調遣。
這些人無孔不入，捕風捉影，制造了很多冤案，正是有了這些人的幫助，朱元璋在胡惟庸案件的辦理上越來越得心應手，殺人越來越多。
官員們惶惶不可終日，牽涉的人也越來越多，甚至連已經退休的人也被抓回來，其中最著名的就是宋濂。
宋濂是朱元璋手下著名的文臣，也是一位優秀的學者，他是劉基的老鄉，被朱元璋委派了一個重要的任務，當太子朱標的老師。他完美的完成了這個任務，在他的教導下，朱標和他老子朱元璋完全不同，為人寬厚仁慈，甚有明君之狀，后來他又被委以修元史的任務，擔任總裁官。