第二天一早，肖天健也不等城中的守軍會作何反應，立即下令架炮轟城，另外派出兵將開始攻城。
一時間武昌城四面八方都響起了炮聲，隆隆的炮聲震得地面都為之顫動，各式炮彈更是呼嘯著飛入了城中，抑或是落在城墻之上，打得城墻上的守軍哭爹喊娘的四處亂竄，紛紛逃下城墻避炮，就連一些軍將自己都丟下當兵的跑到了城墻下面，就更不用說是那些當兵的了，在刑天軍炮聲一響，城墻上的守軍便逃下去了一多半還多。
氣的宋一鶴渾身直哆嗦，下令發炮還擊，于是城上的一些官兵只得在軍官們的命令之下開始發炮還擊了起來。
說起來武昌城的堅固程度，絕對不比開封城抑或是荊州城差到哪兒去，這里依靠著長江，水源充足，護城河寬闊，絕對是城堅壕深，地理上和荊州有很大的相似性，如果城內一萬多守軍信念堅定的話，以刑天軍集結在這里的兵力，想要攻克武昌城的話，也不能說肯定沒戲，但是起碼會給刑天軍制造出巨大的傷亡，而恰恰刑天軍怕的就是傷亡太大，影響到下一步的行動，所以守軍有極大的可能，是可以守得住這座武昌城的。
可是偏偏城中守軍做不到的正是堅守這一點，因為此時城中官民軍心早已離散，兵不思戰，將更畏戰，當官的則想的是能逃離此地，抑或是干脆投降，城中軍民根本形不成一個想法，只有少數人才想著守住城池，這樣要是能阻止刑天軍攻破武昌城的話，那還真是見鬼了。
不但是刑天軍來打武昌城不會失手，就連原來歷史上張獻忠在崇禎十六年的時候，來攻打武昌城，結果也是一樣的。
朝廷以及各地官府官員們雖然已經看到了刑天軍坐大，但是總是還在心存幻想，認為可以遏制住刑天軍的發展，而張獻忠等曾經為禍于湖廣一帶的賊軍，也沒有能力攻打像武昌這樣的江漢重鎮，再加上他們都認為有長江天塹在這里，賊軍想攻打武昌也不可能，所以自上而下一起當了鴕鳥，把腦袋扎在沙子里面裝作看不見，自始至終都沒有真正的重視過對武昌的防御，城中養兵不多不說，還常常缺餉，誰也沒有想到刑天軍動作會這么快，短短幾個月時間便連克襄陽、承天府、荊州、德安府、岳州、長沙等重鎮，并且虜獲了大批戰船，使得原來被官府視作天塹的長江這么快便失去了屏障的作用，眼睜睜的看著刑天軍幾路人馬撲向了武昌。
就在刑天軍發炮攻城的第二天，城中的人們便撐不住了，幾個官吏帶頭買通了守城門之人，連夜開城門試圖趁夜渾水摸魚逃離武昌府城，如此一來，更是鬧得城中人心大亂，最先投降的非但不是武昌守軍，反倒是被楚王視為依仗的楚王新軍中的一批兵將，在九月十六的上午，突然間發難將他們的軍將拿下綁縛了起來，轟然打開了城東的保安門，將早已侯在這里的一批刑天軍人馬迎入了城中。
整個武昌的城防體系就此當即崩壞，宋一鶴在城西聞聽消息之后，仰天大哭了起來，拔劍率領著幾十個家丁又糾集起了三四百死忠的兵卒，立即便穿城而過直奔城東，試圖死戰擊退已經攻入城中的刑天軍兵馬，重新奪回保安門。
而楚王府長史徐學顏和副將崔文榮得到消息之后，也趕緊組織了楚王府兵趕往城東試圖攔截刑天軍，重新奪回保安門，兩軍隨即便在城門內展開了一場大戰。
先期沖入城中的是劉耀本手下的一個叫馮西通的營將，同樣也是早年少年營出身，他領兵殺入城門之后，先是在叛軍的配合之下，奪占了城門，牢牢的控制住了城門一帶，并且親自提刀堵在城門內的道路上，率部和前來堵截他們的官軍死戰。
馮西通開始入城率兵不多，官軍還占據著兵力上的優勢，而且這些跑來反撲的官軍和楚王府新軍，皆為決心抵抗到底之人，在明知城門奪不回來，武昌府城便只有破城一條路的時候，在徐學顏和宋一鶴等官吏們的率領下，反撲的十分激烈，不少人爬上房頂朝著刑天軍放箭，更有些人前赴后繼的朝著城門沖擊。
而先期入城的馮西通所部不到五百人，則死守城門一帶，用鳥銃不停的還擊，阻止官軍的反撲，長槍手林立于街道之上，刀牌手則侍立于前，承受著一撥又一波的官軍的反撲，火銃手則攀上屋頂抑或是登上城墻，阻止官軍從城墻兩端反撲。
兩軍廝殺的是異常的激烈，馮西通這個小將連續率部打退了官軍數次反撲之后，身邊近衛全部陣亡，而他自己也身負重創數處，渾身浴血但是還是率兵死戰不退，使得后續的刑天軍人馬得以安然進入城中，鞏固住了城門一帶，開始對城內官軍進行反撲。
當馮西通看到大批己方的兵將已經入城，城門已經沒有危險的時候，才一頭撞倒在地，不等手下將他抬下去交給醫官救治，便合上了雙眼，一句話都沒有留下便在部下的懷中咽下了最后一口氣，只把手下們哭的是肝膽俱裂，就連劉耀本得知之后，都大哭了一場，發誓要替馮西通報仇。
隨著大批刑天軍攻入城中之后，官軍才無力再繼續進行反撲了，而且軍心當即大亂，趁著徐學顏和崔文榮率領主力殺往城東的時候，城南這邊由楚王府兵鎮守的文昌門突然間也有一批兵將叛亂，打開了文昌門，將城外刑天軍迎入到了城中，這一下刑天軍兩路夾擊，迅速的開始朝著城內殺去，城內的官軍至此徹底崩潰。
宋一鶴身為巡撫，卻提劍沖殺在前，做著最后的抵抗，終因寡不敵眾最終被沖過來的刑天軍兵將當場陣斬。
王府長史徐學顏幾乎同時也在城中被殺，那個副將崔文榮則率領僅剩下還有點斗志的少量兵卒，在城中繼續和刑天軍巷戰，在中午過后，也被刑天軍斬殺，至此城中再無人率兵抵抗，大批楚王府兵和官軍都紛紛放下了武器，宣告投降。
至此武昌城徹底被刑天軍攻占，連帶城中楚王一降，數百名湖廣官員和官吏皇親國戚等被刑天軍抓獲，同時被刑天軍抓獲的還有超過百余戶從湖廣各地逃入武昌城的豪紳家族，這些豪紳幾乎是無一例外的安排族人加入楚王府兵，試圖對刑天軍進行頑抗，結果刑天軍入城之后，毫不客氣的便將他們給來了一場大清洗，全部該抄沒的抄沒，該抓起來的抓起來，都押到了一個大院之中。
當武昌一戰落下帷幕的時候，基本上湖廣也就算是都被刑天軍控制在了手中，此時從湖廣南部也傳來消息，李信率部幾乎同時攻下了衡州，所以下一步橫掃整個湖廣，已經只是時間的問題了。
這一戰留守武昌的湖廣官吏系統，只有少量人提前逃出了武昌城，其余的可以說是被刑天軍連鍋端，整個湖廣的官吏系統被徹底的破壞掉了。
在戰后清點損失和斬獲的時候，肖天健得知了馮西通陣亡的消息，對于馮西通這個小將，肖天健并不陌生，在他的印象中馮西通是個稍微有點木訥的人，平時不茍言笑，總是板著臉，好像誰欠他錢了一般，所以軍中不少人不太喜歡和他打交道，覺得他太過無趣，而且他也是剛剛被拔擢成營將的，以前戰功也不怎么太多，所以平日里肖天健也很少留意他，但是沒想到這一次攻打武昌，馮西通居然作出這樣的壯舉，想想平日對他不太關心，現如今他卻為了自己的事業，流干了最后一滴血，肖天健為此頗為痛心。
但是相比刑天軍的損失，因為城中有官兵叛投，使得刑天軍整體上損失很小，整個攻打武昌城，傷亡不過數百人，其中陣亡還不到二百人，打這樣的堅城，在這么多守軍的情況下這樣的傷亡代價實在是不成比例，反觀這一戰的收獲，肖天健便有一種想偷笑的感覺。
這一次他們不但抓住了城中的楚王朱華奎全家，而且還抓獲了數百官吏，徹底瓦解了湖廣的管理系統，抄沒的銀子甚至超過了開封一戰之中的數額，直追洛陽城的繳獲數量，單是在楚王府之中，就起獲出了一百多萬兩銀子和近萬兩黃金，其余的古玩珠玉更是不計其數，裝車的話，都起碼要幾百輛大車才裝得下，可見楚王世代在武昌一帶盤剝了多少民脂民膏，可是守著這么多錢財，居然硬是要學福王，不肯拿出來用，現在倒好，白白都便宜給他刑天軍了。
除此之外，武昌府城作為湖廣省府，城中住了大批官紳的家，這些人也都世代囤積了大批錢財，現如今肖天健正是花錢的時候，絕不會跟他們客氣，該抄的都抄了，還有那些逃到武昌避難的各地官紳，也都攜帶了大批細軟住在武昌城之中，所以這些人家也不會客氣，照例抄沒便是了。
如此一來，刑天軍光是在武昌府城便“搜刮”出來了三百余萬兩銀子和兩萬余兩黃金，單是這筆錢，就足夠刑天軍再招募訓練十萬大軍了！
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