改革后的紅蓮堂由諸葛亮出任總掌――這一稱呼借鑒自東大乘教――負責掌握教內武裝力量，并直接對康寧負責。
與此同時，和紅蓮堂同等級別的幾個分支機構也在組建的過程之中，之所以說是分支機構，是因為康寧已經計劃好設置一個具有常規決策管理職能的機構。
在咨詢大圖書館副館長阿克頓勛爵之后，康寧決定從羅馬帝國進口一份土特產：元老院。
元老院在羅馬帝國和共和國時期，長期作為一個審議團體，甚至在某段時間內，實際履行了立法職能。然而，康寧設置元老院的目的，卻不是將在二十一世紀的見識，束縛在十八九世紀的牢籠之中。
所以他大大的削弱了元老院的權利。
第一，強調元老院沒有立法權，該項權利由專門的，隸屬于元老院的法學口掌握。元老院只有審議權，否決權。同時，元老院院長，實際上的教主康寧，擁有最終否決權，免審議立法權。
第二，元老院的本質，是一個形式上巨大，實際上有效成分很小的權力機構，然而它卻是教內最高權力機構。他的職能，相當于北宋時期的中書門下。但是它的提案權，包括但不限于立法權，掌握在各個專業委員會手中。
第三，元老院的構成，罕見的，甚至可以說是史無前例的采取四院制。
上議院，俗稱總掌聯席會議。規模不大，由各個分支機構，包括職能機構、地方分支、教有資產的實際掌控人。對其他三個議院的提案擁有復核權、質詢權、否決權。
左議院，俗稱參謀長聯席會議，負責教眾和文羆商行極其殖民地的安全策劃，擁有調兵權、提案權。
右議院，俗稱三級四民會議。這里的三級會議和法蘭西人的三級會議并不相同，它實際上由三個串聯起來的機構組成，包括內法堂、專業審查委員會和四民會議。
內法堂，名字借鑒自秘密教門，實際職能卻接近御史臺，擁有質詢權、彈劾權。彈劾對象包括但不限于院長在內的所有教內公職人員。
專業審查委員會，是針對各個專業委員會的提案進行專業審查的委員會，設計的時候準備讓他行使六科給事中的權力，但因為人選過于專業，且與相關專業人員有著無法剪斷的密切聯系，以至于在成立之后很長一段時間，淪為專業委員會在右議院的發聲筒，四民會議和內法堂的科普人。
四民會議，在康寧離開山東之時就決定成立的議會機構，包括但不限于士農工商四種基本百姓。行使監督權、質詢權、提案權等權利。
這三個機構的權力依次降低，結合起來行使檢查監察職能。內法堂人員由教主兼院長的康寧任命，專業審查委員會由大圖書館提名，并由大圖書館提供顧問咨詢，四民會議由內部選舉產生，院長任命。內法堂堂主兼任右議院議長。
下議院，主要由各個專業委員會以及獨立議員組成，是一個不完全獨立的議會性質的結構，說它缺少獨立性，是因為大部分人員都由專業行業的翹楚兼職，缺少康寧將來最需要的監督機制。人選由專業審查委員會提名，或者院長直接任命。
元老院作為一個整體，除了已成立或者計劃成立的幾個政府性質的職能單位之外，還直屬幾個特殊機構。
大圖書館，對外招牌是獨樹樓――名稱是因為門口只有左側有一棵大樹，本來右側移植了一棵，不過沒養活，后來有好事者說這個名字的諧音是讀書，剛好符合大圖書館的內涵，說以就以此定名。它作為轉生者們的最大數據庫，記載了大多數九六時空已知的知識，并匯聚且即將匯聚更多的古往今來的大賢大能之人。
括兩個騎兵連和一個步兵營。他們協同作戰可以保證里面的重要人員在遭遇突襲的情況下，緊急撤離。
同時，他的旁邊就是元老院的另外一個特殊機構，契卡。
契卡的名稱借鑒自俄國十月革命時期，捷爾任斯基創立的強力機構。目的是在全國范圍內消滅和制止和怠工行為，將其積極分子交由法庭處理，同時還進行前期偵查和預審。但在這里，他的能力也被削弱，同時被賦予了反貪腐和審計職能，更多的像是一個大號的廉政公署。
有鑒于康寧商業立國的構想，反貪腐工作就變得極為重要，所以用契卡這么一個強力色彩濃厚的名字替換掉廉政公署，也是大勢所趨。至于已經存在或即將出現的反商行分子，則交由另外一個特殊機構來處理。
它就是劉桃枝領導的軍情七處。就連其它穿越者，也在他的偵察范圍之內。
契卡和軍情七處都擁有自己的武裝力量，其中軍情七處還不止一支，但都相當隱秘。
至于具備政府職能的各個堂口，地方政府職能的各個分舵，自然也都是元老院的下屬機構。只不過各個總堂還在建設之中，分舵還是老舊的組織形式。前者需要逐漸向政府部門看齊，爭取在制度構建上建立對明朝的優勢，后者需要向元老院看齊，做成一個個精簡版的，由中央總堂派出人員組建的，擁有較全面職能的地方單元。
當然，元老院也存在他的弊端，比如部分構成實質上已經構成行政部門，將來如若建國，必然需要裁撤改進，但康寧現在更需要專業人才更好的發揮自己跌才能，所以必須給他們施展才華提供足夠的條件，這其中就包括話語權。
所以，專業委員會所組成的下議院，是整個元老院當中，目前最被他看中的機構。目前，大規模的對外戰爭還不可能，武器的改良和制造反而是重中之重，監督權在發展初期雖然需要打好基礎，塑造良好風氣，但大多數轉生者都能管好自己，而且關系到人類將來的生死存亡，所以一般不會出亂子。至于那些土著，塑造良好作風的任務，更多的是教育口的工作。
教育口是繼國防軍工口之后，又將成立的職能部門，康寧惡趣味的為之取名，黃蓮堂。